ከአልጎሪዝም እስከ ካንሰር፡ ከትምህርት ቤት በባዮኢንፎርማቲክስ ላይ የተሰጡ ንግግሮች

እ.ኤ.አ. በ 2018 የበጋ ወቅት በሴንት ፒተርስበርግ አቅራቢያ 100 የቅድመ ምረቃ እና የድህረ ምረቃ ተማሪዎች ባዮኢንፎርማቲክስን ለማጥናት እና በተለያዩ የባዮሎጂ እና የህክምና መስኮች ስለ አጠቃቀሙ የተማሩበት ዓመታዊ የበጋ ትምህርት በባዮኢንፎርማቲክስ ትምህርት ቤት ተካሂዷል።

የትምህርት ቤቱ ዋና ትኩረት በካንሰር ምርምር ላይ ነበር፣ ነገር ግን በሌሎች የባዮኢንፎርማቲክስ ዘርፎች ላይ ከዝግመተ ለውጥ ጀምሮ ነጠላ ሴል ተከታታይ መረጃዎችን እስከመተንተን ድረስ ንግግሮች ነበሩ። በሳምንቱ ውስጥ ፣ ወንዶቹ ከቀጣዩ ትውልድ ቅደም ተከተል መረጃ ጋር መሥራትን ተምረዋል ፣ በ Python እና R ፕሮግራም ፣ መደበኛ ባዮኢንፎርማቲክስ መሳሪያዎችን እና ማዕቀፎችን ተጠቅመዋል ፣ ዕጢዎችን በሚያጠኑበት ጊዜ የስርዓተ-ባዮሎጂ ፣ የህዝብ ዘረመል እና የመድኃኒት አምሳያ ዘዴዎችን ያውቁ ነበር ። እና ብዙ ተጨማሪ.

ከዚህ በታች በትምህርት ቤቱ የተሰጡ 18 ንግግሮች አጭር መግለጫ እና ስላይድ ያለው ቪዲዮ ያገኛሉ። “*” ምልክት የተደረገባቸው በጣም መሠረታዊ ናቸው እና ያለ ቅድመ ዝግጅት ሊታዩ ይችላሉ።



1*. ኦንኮጅኖሚክስ እና ግላዊ ኦንኮሎጂ | Mikhail Pyatnitsky, የባዮሜዲካል ኬሚስትሪ ምርምር ተቋም

Видео | ስላይዶች

ሚካሂል ስለ ዕጢው ጂኖሚክስ በአጭሩ ተናግሯል እና የካንሰር ሕዋሳትን እድገት መረዳታችን በኦንኮሎጂ ውስጥ ተግባራዊ ችግሮችን ለመፍታት ያስችለናል ። መምህሩ በኦንኮጅኖች እና ዕጢዎች መካከል ያለውን ልዩነት ለማብራራት ልዩ ትኩረት ሰጥቷል, "የካንሰር ጂኖችን" የመፈለግ ዘዴዎችን እና የእጢዎች ሞለኪውላዊ ንዑስ ዓይነቶችን መለየት. በማጠቃለያው ሚካሂል ለወደፊቱ oncogenomics እና ሊከሰቱ ለሚችሉ ችግሮች ትኩረት ሰጥቷል.

2*. በዘር የሚተላለፍ ዕጢ ሲንድረም የዘረመል ምርመራ | Andrey Afanasyev፣ y Risk

Видео | ስላይዶች

አንድሬ ስለ በዘር የሚተላለፍ ዕጢ ሲንድረምስ ተናግሯል እና ስለ ባዮሎጂ ፣ ኤፒዲሚዮሎጂ እና ክሊኒካዊ መገለጫዎቻቸው ተወያይቷል። የትምህርቱ ክፍል በጄኔቲክ ምርመራ ጉዳይ ላይ ያተኮረ ነው - ማን እንደሚያስፈልገው ፣ ለዚህ ​​ምን መደረግ እንዳለበት ፣ መረጃን በማቀናበር እና ውጤቱን በመተርጎም ረገድ ምን ችግሮች ይነሳሉ ፣ እና በመጨረሻም ፣ ለታካሚዎች እና ለዘመዶቻቸው ምን ጥቅሞች አሉት .

3*. ፓን-ካንሰር አትላስ | የጀርመን ዴሚዶቭ, BIST / UPF

Видео | ስላይዶች

በካንሰር ጂኖሚክስ እና ኤፒጂኖሚክስ ውስጥ ለበርካታ አሥርተ ዓመታት የተደረጉ ጥናቶች ቢኖሩም "እንዴት, የት እና ለምን ዕጢ ሲንድረም ይነሳሉ" ለሚለው ጥያቄ መልሱ አሁንም ያልተሟላ ነው. ለዚህ አንዱ ምክንያት በተወሰነ የውሂብ ስብስብ ውስጥ ለመለየት አስቸጋሪ የሆኑትን አነስተኛ መጠን ያላቸውን ተፅእኖዎች ለመለየት (በአንድ ወይም በብዙ ላቦራቶሪዎች ውስጥ ለሚደረገው ጥናት የተለመደ መጠን) ደረጃውን የጠበቀ የማግኘት እና ከፍተኛ መጠን ያለው መረጃ የማዘጋጀት አስፈላጊነት ነው። እንደ ካንሰር ባሉ ውስብስብ እና ሁለገብ በሽታዎች ውስጥ ትልቅ ሚና የሚጫወተው በጥቅሉ ውስጥ ነው ።

ባለፉት ጥቂት አመታት ውስጥ፣ ይህን ችግር የተገነዘቡት በርካታ የአለም ሀይለኛ የምርምር ቡድኖች እነዚህን ሁሉ ተፅእኖዎች ለማወቅ እና ለመግለጽ ሲሞክሩ ተባብረው መስራት ጀመሩ። ኸርማን ከእነዚህ ተነሳሽነቶች ውስጥ ስለ አንዱ (The PanCancer Atlas) እና የዚህ የላቦራቶሪዎች ጥምረት አካል ሆኖ የተገኘውን ውጤት እና በዚህ ትምህርት ውስጥ በልዩ የሕዋስ እትም ላይ ታትሟል።

4. ChIP-ሴክ በኤፒጄኔቲክ ዘዴዎች ጥናት | Oleg Shpynov, JetBrains ምርምር

Видео | ስላይዶች

የጂን አገላለጽ ደንብ በተለያዩ መንገዶች ይከናወናል. በንግግሩ ላይ ኦሌግ ስለ ኤፒጄኔቲክ ደንብ በሂስቶን ማሻሻያ ፣ የእነዚህ ሂደቶች ጥናት በ ChIP-seq ዘዴ እና የተገኘውን ውጤት ለመተንተን ዘዴዎችን ተናግሯል ።

5. መልቲሚክስ በካንሰር ምርምር | ኮንስታንቲን ኦኮኔችኒኮቭ, የጀርመን የካንሰር ምርምር ማዕከል

Видео | ስላይዶች

በሞለኪውላር ባዮሎጂ ውስጥ የሙከራ ቴክኖሎጂዎችን ማዳበር በሴሎች ፣ የአካል ክፍሎች ወይም በአጠቃላይ የአካል ክፍሎች ውስጥ ሰፊ የአሠራር ሂደቶችን ጥናት ማዋሃድ አስችሏል። በባዮሎጂካል ሂደቶች አካላት መካከል ግንኙነቶችን ለመመስረት, ከጂኖሚክስ, ከትራንስክሪፕቶሚክስ, ከኤፒጂኖሚክስ እና ከፕሮቲዮቲክስ የተውጣጡ ግዙፍ የሙከራ መረጃዎችን የሚያጣምረውን መልቲሞሚክስ መጠቀም አስፈላጊ ነው. ኮንስታንቲን በህጻናት ኦንኮሎጂ ላይ በማተኮር በካንሰር ምርምር መስክ የብዝሃ-ኦሚክስ አጠቃቀምን በተመለከተ ግልጽ ምሳሌዎችን ሰጥቷል.

6. የነጠላ ሕዋስ ትንተና ሁለገብነት እና ገደቦች | ኮንስታንቲን ኦኮኔችኒኮቭ

Видео | ስላይዶች

በነጠላ-ሴል አር ኤን ኤ-ሴክ ላይ የበለጠ ዝርዝር ትምህርት እና ይህንን መረጃ የመተንተን ዘዴዎች ፣እንዲሁም ግልፅ እና የተደበቁ ችግሮችን ስታጠና እነሱን ለማሸነፍ መንገዶች።

7. ነጠላ-ሴል RNA-seq ውሂብ ትንተና | ኮንስታንቲን ዛይቴሴቭ, በሴንት ሉዊስ ዋሽንግተን ዩኒቨርሲቲ

Видео | ስላይዶች

በነጠላ ሕዋስ ቅደም ተከተል ላይ የመግቢያ ንግግር. ኮንስታንቲን በቅደም ተከተል ዘዴዎች, በቤተ ሙከራ ውስጥ ያሉ ችግሮች እና ባዮኢንፎርማቲክስ ትንታኔዎችን እና እነሱን ለማሸነፍ መንገዶችን ያብራራል.

8. ናኖፖር ቅደም ተከተል በመጠቀም የጡንቻ ዲስኦርደር ምርመራ | ፓቬል አቭዴቭ, ጆርጅ ዋሽንግተን ዩኒቨርሲቲ

Видео | ስላይዶች

የኦክስፎርድ ናኖፖሬ ቴክኖሎጂን በመጠቀም ቅደም ተከተል ማድረግ እንደ ጡንቻ ዲስትሮፊ ያሉ በሽታዎችን የጄኔቲክ መንስኤዎችን ለመለየት የሚያስችሉ ጥቅሞች አሉት. በንግግሩ ውስጥ, ፓቬል ይህንን በሽታ ለመመርመር የቧንቧ መስመርን ስለማሳደግ ተናግሯል.

9*. የጂኖም ግራፍ ውክልና | ኢሊያ ሚንኪን, ፔንስልቬንያ ስቴት ዩኒቨርሲቲ

Видео | ስላይዶች

የግራፍ ሞዴሎች ብዙ ቁጥር ያላቸውን ተመሳሳይ ቅደም ተከተሎች ውክልና እንዲሰጡ ያስችላቸዋል እና ብዙ ጊዜ በጂኖም ውስጥ ያገለግላሉ። ኢሊያ ግራፎችን በመጠቀም የጂኖሚክ ቅደም ተከተሎችን እንዴት እንደገና እንደሚገነቡ ፣ የ de Bruin ግራፍ እንዴት እና ለምን ጥቅም ላይ እንደሚውል ፣ እንዲህ ዓይነቱ “ግራፍ” አቀራረብ ምን ያህል ሚውቴሽን ፍለጋዎችን እንደሚጨምር እና በግራፎች አጠቃቀም ላይ ያልተፈቱ ችግሮች አሁንም እንደሚቀሩ በዝርዝር ተናግሯል።

10*. አዝናኝ ፕሮቲዮቲክስ | ፓቬል ሲኒሲን፣ ማክስ ፕላንክ የባዮኬሚስትሪ ተቋም (2 ክፍሎች)

1 ቪድዮ, 2 ቪድዮ |ስላይዶች 1, ስላይዶች 2

ፕሮቲኖች በሕይወት ባለው አካል ውስጥ ለአብዛኛዎቹ ባዮኬሚካላዊ ሂደቶች ተጠያቂ ናቸው ፣ እና እስካሁን ድረስ ፕሮቲዮሚክስ በሺዎች የሚቆጠሩ ፕሮቲኖችን ሁኔታ በአንድ ጊዜ ለመተንተን ብቸኛው ዘዴ ነው። የተፈቱት የችግሮች ብዛት አስደናቂ ነው - ፀረ እንግዳ አካላትን እና አንቲጂኖችን ከመለየት ጀምሮ በሺዎች የሚቆጠሩ ፕሮቲኖችን አካባቢያዊነት ለመወሰን። በንግግሮቹ ውስጥ, ፓቬል ስለ እነዚህ እና ሌሎች ስለ ፕሮቲዮቲክስ አፕሊኬሽኖች, አሁን ስላለው እድገት እና በመረጃ ትንተና ውስጥ ስላሉት ችግሮች ተናግሯል.

አስራ አንድ*. የሞለኪውላር ማስመሰያዎች መሰረታዊ መርሆች | Pavel Yakovlev, BIOCAD

Видео | ስላይዶች

በሞለኪውላዊ ተለዋዋጭነት ላይ የመግቢያ ቲዎሬቲካል ንግግር-ለምን እንደሚያስፈልግ ፣ ምን እንደሚሰራ እና ከመድኃኒት ልማት ጋር በተያያዘ እንዴት ጥቅም ላይ እንደሚውል። ፓቬል ለሞለኪውላዊ ተለዋዋጭነት ዘዴዎች, ለሞለኪውላዊ ኃይሎች ማብራሪያ, የግንኙነቶች መግለጫ, "የኃይል መስክ" እና "ውህደት" ጽንሰ-ሀሳቦች, ሞዴሊንግ ላይ ገደቦች እና ሌሎች ብዙ ትኩረት ሰጥቷል.

12*. ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ጀነቲክስ | ዩሪ ባርቢቶቭ, የባዮኢንፎርማቲክስ ተቋም

1 ቪድዮ, 2 ቪድዮ, 3 ቪድዮ | ስላይዶች

የሶስት ክፍል መግቢያ ለሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ለኢንጂነሪንግ ተማሪዎች እና ተመራቂዎች። የመጀመሪያው ንግግር ስለ ዘመናዊ ባዮሎጂ ፅንሰ-ሀሳቦች, ስለ ጂኖም አወቃቀር ጉዳዮች እና ሚውቴሽን መከሰትን ያብራራል. ሁለተኛው የጂን አሠራር ጉዳዮችን, የመገለባበጥ እና የትርጉም ሂደቶችን በዝርዝር ይሸፍናል, ሦስተኛው የጂን አገላለጽ እና መሰረታዊ ሞለኪውላር ባዮሎጂካል ዘዴዎችን ይሸፍናል.

13*። የኤንጂኤስ መረጃ ትንተና መርሆዎች | ዩሪ ባርቢቶቭ, የባዮኢንፎርማቲክስ ተቋም

Видео | ስላይዶች

ትምህርቱ የሁለተኛው ትውልድ ቅደም ተከተል (ኤንጂኤስ) ዘዴዎችን, ዓይነቶችን እና ባህሪያቸውን ይገልጻል. አስተማሪው ከቅደም ተከተላቸው "ውጤት" እንዴት እንደሚዋቀር, ለመተንተን እንዴት እንደሚቀየር እና ከእሱ ጋር ለመስራት መንገዶች ምን እንደሆኑ በዝርዝር ያብራራል.

14*። የትእዛዝ መስመርን በመጠቀም ተለማመዱ | Gennady Zakharov, EPAM

Видео

ጠቃሚ የሊኑክስ የትዕዛዝ መስመር ትዕዛዞች፣ አማራጮች እና የአጠቃቀም መሰረታዊ ነገሮች አጠቃላይ እይታ። ምሳሌዎቹ ተከታታይ የዲ ኤን ኤ ቅደም ተከተሎችን በመተንተን ላይ ያተኩራሉ. ከመደበኛ የሊኑክስ ኦፕሬሽኖች በተጨማሪ (ለምሳሌ ድመት ፣ ግሬፕ ፣ ሴድ ፣ አውክ) ፣ ከቅደም ተከተሎች ጋር ለመስራት መገልገያዎች (ሳምቶልስ ፣ አልጋዎች) ይታሰባሉ።

15*. ለትንንሽ ልጆች የመረጃ እይታ | Nikita Alekseev, ITMO ዩኒቨርሲቲ

Видео | ስላይዶች

እያንዳንዱ ሰው የራሱን ሳይንሳዊ ፕሮጀክቶች ውጤት የማሳየት ወይም የሌሎች ሰዎችን ሥዕላዊ መግለጫዎች፣ ግራፎች እና ሥዕሎች የመረዳት ልምድ አለው። ኒኪታ ግራፎችን እና ንድፎችን በትክክል እንዴት እንደሚተረጉሙ ነገረው, ዋናውን ነገር ከእነሱ በማጉላት; ግልጽ ስዕሎችን እንዴት መሳል እንደሚቻል. አስተማሪው ጽሑፍ ሲያነቡ ወይም ማስታወቂያ ሲመለከቱ ምን መፈለግ እንዳለበት አጽንዖት ሰጥተዋል።

16*። በባዮኢንፎርማቲክስ ውስጥ ያሉ ሙያዎች | ቪክቶሪያ ኮርዝሆቫ, ማክስ ፕላንክ የባዮኬሚስትሪ ተቋም

ቪዲዮ 1, 2 | ስላይዶች

ቪክቶሪያ በውጭ አገር ስላለው የአካዳሚክ ሳይንስ አወቃቀር እና በሳይንስ ወይም በኢንዱስትሪ ውስጥ ሙያን እንደ የመጀመሪያ ዲግሪ፣ የድህረ ምረቃ ወይም የድህረ ምረቃ ተማሪ ለመገንባት ትኩረት መስጠት ያለብዎትን ነገር ተናግራለች።

17*። ለሳይንቲስት ሲቪ እንዴት እንደሚፃፍ | ቪክቶሪያ ኮርዝሆቫ, ማክስ ፕላንክ የባዮኬሚስትሪ ተቋም

Видео

በሲቪ ውስጥ ምን መተው እና ምን ማስወገድ? ላብራቶሪ ሥራ አስኪያጅ ምን እውነታዎች ትኩረት ሊሰጡ ይችላሉ, እና የትኞቹን መጥቀስ አይቻልም? የሥራ ሒሳብዎን ጎልቶ እንዲወጣ ለማድረግ መረጃን እንዴት ማቀናጀት አለብዎት? ትምህርቱ ለእነዚህ እና ለሌሎች ጥያቄዎች መልስ ይሰጣል።

18*። የባዮኢንፎርማቲክስ ገበያ እንዴት እንደሚሰራ | Andrey Afanasyev፣ y Risk

Видео | ስላይዶች

ገበያው እንዴት ነው የሚሰራው እና የባዮኢንፎርማቲክ ባለሙያ የት ነው የሚሰራው? የዚህ ጥያቄ መልስ በ Andrey ንግግር ውስጥ በምሳሌዎች እና ምክሮች በዝርዝር ቀርቧል.

መጨረሻው

እርስዎ እንዳስተዋሉት በትምህርት ቤት ውስጥ ያሉ ንግግሮች በርዕሶች ውስጥ በጣም ሰፊ ናቸው - ከሞለኪውላር ሞዴሊንግ እና ግራፎችን ለጂኖም ስብሰባ ፣ የነጠላ ሴሎችን ትንተና እና ሳይንሳዊ ሥራን መገንባት። እኛ የባዮኢንፎርማቲክስ ኢንስቲትዩት በተቻለ መጠን ብዙ የባዮኢንፎርማቲክስ ትምህርቶችን ለመሸፈን እና እያንዳንዱ ተሳታፊ አዲስ እና ጠቃሚ ነገር እንዲማር በትምህርት ቤቱ ፕሮግራም ውስጥ የተለያዩ ርዕሰ ጉዳዮችን ለማካተት እንሞክራለን።

በባዮኢንፎርማቲክስ የሚቀጥለው ትምህርት ቤት ከጁላይ 29 እስከ ኦገስት 3, 2019 በሞስኮ አቅራቢያ ይካሄዳል. የ2019 ትምህርት ቤት ምዝገባ አሁን እስከ ሜይ 1 ድረስ ክፍት ነው።. የዘንድሮው ርዕስ በእድገት ባዮሎጂ እና በእርጅና ምርምር ባዮኢንፎርማቲክስ ይሆናል።

ባዮኢንፎርማቲክስን በጥልቀት ማጥናት ለሚፈልጉ፣ አሁንም የእኛን ማመልከቻዎች እየተቀበልን ነው። የሙሉ ጊዜ ዓመታዊ ፕሮግራም በሴንት ፒተርስበርግ. ወይም በዚህ የበልግ ወቅት በሞስኮ ስለ ፕሮግራሙ መከፈት የእኛን ዜና ይከተሉ.

በሴንት ፒተርስበርግ ወይም ሞስኮ ላልሆኑ, ነገር ግን በእውነት ባዮኢንፎርማቲያን ለመሆን ለሚፈልጉ, አዘጋጅተናል የመጻሕፍት እና የመማሪያ መጽሐፍት ዝርዝር በአልጎሪዝም, በፕሮግራም, በጄኔቲክስ እና በባዮሎጂ.

በደርዘን የሚቆጠሩም አሉን። በስቴቲክ ላይ ክፍት እና ነፃ የመስመር ላይ ኮርሶች, ይህም አሁን ማለፍ መጀመር ይችላሉ.

እ.ኤ.አ. በ 2018 የበጋ ትምህርት በባዮኢንፎርማቲክስ በመደበኛ አጋሮቻችን - JetBrains ፣ BIOCAD እና EPAM ኩባንያዎች ድጋፍ ተካሂዶ ነበር ፣ ለዚህም በጣም እናመሰግናለን።

ባዮኢንፎርማቲክስ ሁሉም ሰው!

PS በቂ ነው ብለው ካላሰቡ፣ ከመጨረሻው በፊት ከትምህርት ቤቱ ንግግሮች ጋር አንድ ልጥፍ አለ። и ባለፈው ዓመት ጥቂት ተጨማሪ ትምህርት ቤቶች.

ምንጭ: hab.com