Aplikacije u Qubes-u se dijele na klase u zavisnosti od značaja podataka koji se obrađuju i zadataka koji se rješavaju, svake klase aplikacija, kao i sistemskih usluga (mrežni podsistem, rad sa skladištem itd.). Kada korisnik pokrene aplikaciju iz menija, ova aplikacija se pokreće na određenoj virtuelnoj mašini, koja pokreće poseban X server, pojednostavljeni menadžer prozora i stub video drajver koji prevodi izlaz u kontrolno okruženje u kompozitnom režimu. U isto vrijeme, aplikacije su neprimjetno dostupne unutar jedne radne površine i istaknute su radi jasnoće različitim bojama okvira prozora. Svako okruženje ima pristup za čitanje osnovnom root sistemu datoteka i lokalnoj memoriji koja se ne preklapa sa skladištem drugih okruženja. Korisnička ljuska je izgrađena na vrhu Xfce-a.
izvor: opennet.ru