Les aplicacions a Qubes es divideixen en classes en funció de la importància de les dades que s'estan processant i de les tasques que es resolen, de cada classe d'aplicació, així com dels serveis del sistema (subsistema de xarxa, treball amb emmagatzematge, etc.). Quan un usuari llança una aplicació des del menú, aquesta s'inicia en una màquina virtual específica, que executa un servidor X independent, un gestor de finestres simplificat i un controlador de vídeo tall que tradueix la sortida a l'entorn de control en mode compost. Al mateix temps, les aplicacions són fàcilment accessibles dins d'un escriptori i es destaquen per a més claredat amb diferents colors de marc de finestra. Cada entorn té accés de lectura al sistema de fitxers arrel subjacent i emmagatzematge local que no es solapa amb l'emmagatzematge d'altres entorns. L'intèrpret d'ordres d'usuari està construït sobre Xfce.
Font: opennet.ru