Sa ting-init sa 2018, usa ka tinuig nga summer school sa bioinformatics ang gipahigayon duol sa St. Petersburg, diin ang 100 undergraduate ug graduate nga mga estudyante miadto aron magtuon sa bioinformatics ug makat-on mahitungod sa paggamit niini sa nagkalain-laing natad sa biology ug medisina.
Ang panguna nga pokus sa eskuylahan mao ang panukiduki sa kanser, apan adunay mga lektura sa ubang mga bahin sa bioinformatics, gikan sa ebolusyon hangtod sa pag-analisar sa datos sa pagsunud sa usa ka cell. Sa dagan sa semana, ang mga lalaki nakakat-on sa pagtrabaho uban sa sunod-sunod nga henerasyon sequencing data, programmed sa Python ug R, gigamit standard bioinformatics himan ug mga gambalay, nahimong pamilyar sa mga pamaagi sa mga sistema biology, populasyon genetics ug drug modeling sa diha nga nagtuon sa mga tumor, ug daghan pa.
Sa ubos makit-an nimo ang usa ka video sa 18 nga mga lektyur nga gihatag sa eskuylahan, nga adunay mubo nga paghulagway ug mga slide. Kadtong gimarkahan og asterisk nga β*β kay basic ra ug pwede tan-awon nga walay preparasyon.
1*. Oncogenomics ug personalized nga oncology | Mikhail Pyatnitsky, Research Institute sa Biomedical Chemistry
|
Mikhail misulti sa makadiyot mahitungod sa tumor genomics ug sa unsa nga paagi ang pagsabut sa ebolusyon sa mga selula sa kanser nagtugot kanato sa pagsulbad sa praktikal nga mga problema sa oncology. Gihatagan ug espesyal nga atensyon sa magtutudlo ang pagpatin-aw sa kalainan tali sa mga oncogenes ug mga suppressor sa tumor, mga pamaagi sa pagpangita sa "mga gene sa kanser" ug pag-ila sa mga molekular nga subtype sa mga tumor. Sa konklusyon, si Mikhail nagtagad sa kaugmaon sa oncogenomics ug sa mga problema nga mahimong motumaw.
2*. Ang genetic diagnosis sa hereditary tumor syndromes | Andrey Afanasyev, y Risk
|
Si Andrey naghisgot bahin sa hereditary tumor syndromes ug naghisgot sa ilang biology, epidemiology ug clinical manifestations. Kabahin sa lektyur gipahinungod sa isyu sa genetic testing - kinsa ang kinahanglan nga moagi niini, unsa ang gibuhat alang niini, unsa nga mga kalisud ang mitungha sa pagproseso sa datos ug paghubad sa mga resulta, ug, sa katapusan, unsa nga mga benepisyo ang madala niini sa mga pasyente ug sa ilang mga paryente .
3*. Ang Pan-Cancer Atlas | German Demidov, BIST/UPF
|
Bisan pa sa mga dekada nga panukiduki sa natad sa genomics ug epigenomics sa kanser, ang tubag sa pangutana nga "unsaon, diin ug ngano nga ang mga tumor syndrome mitungha" dili pa kompleto. Usa ka rason niini mao ang panginahanglan alang sa standardized acquisition ug pagproseso sa dako nga kantidad sa data aron sa pag-detect sa mga epekto sa gamay nga magnitude nga lisud mahibal-an sa usa ka limitado nga set sa datos (ang gidak-on nga kasagaran sa usa ka pagtuon sulod sa usa o daghang mga laboratoryo) , apan nga sa aggregate play sa usa ka mahinungdanon nga papel sa usa ka dako nga papel sa ingon nga usa ka komplikado ug multifactorial nga sakit sama sa kanser.
Sa miaging pipila ka tuig, daghan sa labing kusgan nga grupo sa panukiduki sa kalibutan, nga nahibal-an kini nga problema, nagsugod sa paghiusa sa mga pwersa sa pagsulay sa pag-ila ug paghulagway sa tanan niini nga mga epekto. Gisulti ni Herman ang usa niini nga mga inisyatibo (Ang PanCancer Atlas) ug ang mga resulta nga nakuha isip bahin sa buhat sa kini nga consortium sa mga laboratoryo ug gipatik sa usa ka espesyal nga isyu sa Cell sa kini nga lecture.
4. ChIP-Seq sa pagtuon sa mga mekanismo sa epigenetic | Oleg Shpynov, JetBrains Research
|
Ang regulasyon sa ekspresyon sa gene gihimo sa lainlaing paagi. Sa iyang lecture, si Oleg misulti mahitungod sa epigenetic regulation pinaagi sa histone modification, ang pagtuon niini nga mga proseso gamit ang ChIP-seq nga pamaagi ug mga pamaagi sa pag-analisar sa mga resulta nga nakuha.
5. Multiomics sa Cancer Research | Konstantin Okonechnikov, German Cancer Research Center
|
Ang pag-uswag sa mga teknolohiya sa eksperimento sa biology sa molekula nagpaposible sa paghiusa sa pagtuon sa usa ka halapad nga mga proseso sa pag-andar sa mga selyula, organo o bisan sa tibuuk nga organismo. Aron ma-establisar ang mga koneksyon tali sa mga sangkap sa biolohikal nga mga proseso, gikinahanglan ang paggamit sa multiomics, nga naghiusa sa daghang mga eksperimento nga datos gikan sa genomics, transcriptomics, epigenomics ug proteomics. Gihatag ni Konstantin ang tin-aw nga mga pananglitan sa paggamit sa multi-omics sa natad sa panukiduki sa kanser nga adunay pagpunting sa pediatric oncology.
6. Versatility ug Limitasyon sa Single Cell Analysis | Konstantin Okonechnikov
|
Usa ka mas detalyado nga lektyur sa single-cell RNA-seq ug mga pamaagi sa pag-analisar niini nga datos, ingon man mga paagi sa pagbuntog sa dayag ug tinago nga mga problema sa dihang magtuon niini.
7. Pagtuki sa single-cell RNA-seq data | Konstantin Zaitsev, Washington University sa St. Louis
|
Introductory lecture sa single cell sequencing. Gihisgotan ni Konstantin ang mga pamaagi sa pagkasunodsunod, mga kalisud sa pagtrabaho sa laboratoryo ug pagtuki sa bioinformatics, ug mga paagi sa pagbuntog niini.
8. Diagnosis sa muscular dystrophy gamit ang nanopore sequencing | Pavel Avdeev, George Washington University
|
Ang pagsunud-sunod gamit ang Oxford Nanopore nga teknolohiya adunay mga bentaha nga magamit aron mahibal-an ang genetic nga mga hinungdan sa mga sakit sama sa muscular dystrophy. Sa iyang lecture, si Pavel misulti mahitungod sa pagpalambo sa usa ka pipeline alang sa pagdayagnos niini nga sakit.
9*. Ang representasyon sa graph sa genome | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
Gitugotan sa mga modelo sa graph ang compact nga representasyon sa daghang gidaghanon sa susamang mga han-ay ug sagad gigamit sa genomics. Gisulti ni Ilya sa detalye kung giunsa pag-reconstruct ang mga genomic sequence gamit ang mga graph, kung giunsa ug ngano nga gigamit ang de Bruin graph, kung unsa kadaghan ang ingon nga "graph" nga pamaagi nga nagdugang sa katukma sa mga pagpangita sa mutation, ug kung unsa ang wala masulbad nga mga problema sa paggamit sa mga graph nga nagpabilin.
10*. Makalingaw nga proteomics | Pavel Sinitsyn, Max Planck Institute of Biochemistry (2 ka bahin)
, |,
Ang mga protina maoy responsable sa kadaghanang biochemical nga proseso sa buhing organismo, ug sa pagkakaron ang proteomics mao lamang ang paagi sa global nga pagtuki sa kahimtang sa liboan ka mga protina nga dungan. Ang lainlaing mga problema nga nasulbad impresibo - gikan sa pag-ila sa mga antibodies ug antigens hangtod sa pagtino sa lokalisasyon sa daghang libo nga mga protina. Sa iyang mga lektyur, si Pavel naghisgot bahin niini ug uban pang mga aplikasyon sa proteomics, ang karon nga pag-uswag ug mga lit-ag sa pagtuki sa datos.
onse*. Panguna nga mga prinsipyo sa mga simulation sa molekula | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Introductory theoretical lecture sa molekular dynamics: nganong gikinahanglan kini, unsa ang gibuhat niini ug giunsa kini paggamit nga may kalabutan sa pagpalambo sa droga. Gihatagan ug pagtagad ni Pavel ang mga pamaagi sa molecular dynamics, ang pagpatin-aw sa mga pwersa sa molekula, ang paghulagway sa mga koneksyon, ang mga konsepto sa "force field" ug "integration", mga limitasyon sa pagmodelo, ug daghan pa.
12*. Molecular Biology ug Genetics | Yuri Barbitov, Institute of Bioinformatics
, , |
Usa ka tulo ka bahin nga pasiuna sa molecular biology ug genetics alang sa mga estudyante sa engineering ug mga gradwado. Ang unang lecture naghisgot sa mga konsepto sa modernong biology, mga isyu sa genome gambalay ug ang mga panghitabo sa mutasyon. Ang ikaduha naglangkob sa detalye sa mga isyu sa pag-obra sa gene, ang mga proseso sa transkripsyon ug paghubad, ang ikatulo naglangkob sa regulasyon sa pagpahayag sa gene ug mga batakang molecular biological nga mga pamaagi.
13*. Mga Prinsipyo sa NGS Data Analysis | Yuri Barbitov, Institute of Bioinformatics
|
Ang lecture naghulagway sa ikaduhang henerasyon nga sequencing (NGS) nga mga pamaagi, ang ilang mga matang ug mga kinaiya. Ang lecturer nagpatin-aw sa detalye kon sa unsang paagi ang data "output" gikan sa sequencer gambalay, sa unsa nga paagi kini nakabig alang sa pagtuki, ug unsa ang mga paagi sa pagtrabaho uban niini.
14*. Gamit ang command line, praktisa | Gennady Zakharov, EPAM
Usa ka praktikal nga pagtan-aw sa mapuslanon nga mga command line sa Linux command, mga kapilian ug mga sukaranan sa paggamit niini. Ang mga pananglitan nagpunting sa pag-analisa sa sunud-sunod nga pagkasunod-sunod sa DNA. Dugang pa sa standard nga mga operasyon sa Linux (pananglitan, cat, grep, sed, awk), ang mga utilities alang sa pagtrabaho uban sa mga han-ay (samtools, bedtools) gikonsiderar.
15*. Data visualization alang sa gagmay nga mga bata | Nikita Alekseev, ITMO University
|
Ang matag usa adunay kasinatian sa pag-ilustrar sa mga resulta sa ilang kaugalingong siyentipikong mga proyekto o pagsabot sa mga diagram, mga graph ug mga hulagway sa ubang mga tawo. Gisultihan ni Nikita kung giunsa ang husto nga paghubad sa mga graph ug mga diagram, nga nagpasiugda sa panguna nga butang gikan kanila; unsaon pagdrowing og klaro nga mga hulagway. Gipasiugda usab sa magtutudlo kung unsa ang pangitaon kung nagbasa sa usa ka artikulo o nagtan-aw sa usa ka komersyal.
16*. Mga Karera sa Bioinformatics | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Video: , |
Gisulti ni Victoria ang istruktura sa akademikong siyensya sa gawas sa nasud ug kung unsa ang kinahanglan nimo nga hatagan pagtagad aron makatukod usa ka karera sa syensya o industriya ingon usa ka undergraduate, graduate o graduate nga estudyante.
17*. Giunsa pagsulat ang usa ka CV alang sa usa ka siyentista | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Unsa ang ibilin sa CV ug unsa ang tangtangon? Unsa nga mga kamatuoran ang makapainteres sa usa ka potensyal nga tagdumala sa lab, ug unsa ang mas maayo nga dili hisgutan? Giunsa nimo paghan-ay ang kasayuran aron mahimoβg makita ang imong resume? Ang lecture mohatag og mga tubag niini ug sa uban pang mga pangutana.
18*. Giunsa ang paglihok sa merkado sa bioinformatics | Andrey Afanasyev, y Risk
|
Giunsa ang paglihok sa merkado ug asa mahimo ang usa ka bioinformatician? Ang tubag niini nga pangutana gipresentar sa detalye, uban sa mga panig-ingnan ug tambag, sa lektyur ni Andrey.
Ang katapusan
Sama sa imong namatikdan, ang mga lektyur sa eskuylahan lapad kaayo sa mga hilisgutan - gikan sa pagmodelo sa molekula ug paggamit sa mga graph alang sa genome nga asembliya, hangtod sa pag-analisar sa mga single cell ug pagtukod sa usa ka karera sa siyensya. Kami sa Institute of Bioinformatics naningkamot nga iapil ang lainlaing mga hilisgutan sa programa sa eskuylahan aron masakop ang daghang mga disiplina sa bioinformatics kutob sa mahimo, ug aron ang matag partisipante makakat-on og bag-o ug mapuslanon.
Ang sunod nga eskwelahan sa bioinformatics ipahigayon gikan sa Hulyo 29 hangtod Agosto 3, 2019 duol sa Moscow. . Ang topiko karong tuiga mao ang bioinformatics sa developmental biology ug aging research.
Para sa mga gusto magtuon sa bioinformatics sa lawom, nagdawat gihapon kami mga aplikasyon para sa among sa St. Petersburg. O sunda ang among balita bahin sa pag-abli sa programa sa Moscow karong tingdagdag.
Alang niadtong wala sa St. Petersburg o Moscow, apan gusto gayud nga mahimong bioinformatician, kami nangandam sa algorithm, programming, genetics ug biology.
Naa pud mi mga dosena , nga mahimo nimong sugdan sa pag-agi karon.
Sa 2018, ang eskwelahan sa ting-init sa bioinformatics gihimo uban ang suporta sa among regular nga mga kauban - ang mga kompanya nga JetBrains, BIOCAD ug EPAM, diin gipasalamatan namon sila pag-ayo.
Bioinformatics tanan!
PS Kung wala nimo gihunahuna nga kini igo, ΠΈ .
Source: www.habr.com