L'applicazioni in Qubes sò divisi in classi secondu l'impurtanza di e dati chì sò trattati è i travaglii chì sò risolti, ogni classa d'applicazione, è ancu i servizii di sistema (sottosistema di rete, travagliu cù almacenamiento, etc.). Quandu un utilizatore lancia una applicazione da u menu, sta applicazione principia in una macchina virtuale specifica, chì gestisce un servitore X separatu, un gestore di finestra simplificatu, è un driver video stub chì traduce l'output à l'ambiente di cuntrollu in modu compostu. à u listessu tempu, l'applicazioni sò facilmente accessibili in un desktop è sò evidenziate per a chiarezza cù diversi culori di cornice di finestra. Ogni ambiente hà l'accessu di leghje à u sistema di schedarii radicali sottostanti è u almacenamentu locale chì ùn si sovrappone micca cù l'almacenamiento di altri ambienti. A cunchiglia d'utilizatore hè custruitu nantu à Xfce.