In l'estate di u 2018, una scola d'estate annuale in bioinformatica hè stata tenuta vicinu à San Petruburgu, induve 100 studenti universitarii è graduate sò venuti à studià a bioinformatica è amparà u so usu in diversi campi di biologia è medicina.
L'enfasi principale di a scola era nantu à a ricerca di u cancer, ma ci sò state lezioni nantu à altre aree di a bioinformatica, chì varieghja da l'evoluzione à l'analisi di dati di sequenza unicellulare. In u corsu di a settimana, i picciotti anu amparatu à travaglià cù dati di sequenza di a prossima generazione, programati in Python è R, utilizatu strumenti è quadri di bioinformatica standard, familiarizati cù i metudi di a biologia di i sistemi, a genetica di a pupulazione è a modellazione di droghe quandu studia i tumuri. è assai di più.
Quì sottu truverete un video di 18 lezioni date à a scola, cù una breve descrizzione è slides. Quelli marcati cù un asteriscu "*" sò abbastanza basi è ponu esse vistu senza preparazione previa.
1*. Oncogenomica è oncologia persunalizata | Mikhail Pyatnitsky, Istitutu di Ricerca di Chimica Biomedica
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Mikhail hà parlatu brevemente di a genomica di i tumori è cumu capisce l'evoluzione di e cellule cancerose ci permette di risolve i prublemi pratichi in oncologia. U prufessore hà prestatu una attenzione particulari à spiegà a diffarenza trà l'oncogeni è i suppressori di tumuri, i metudi per a ricerca di "geni di u cancer" è l'identificazione di sottotipi moleculari di tumuri. In cunclusioni, Mikhail hà attentu à u futuru di l'oncogenomica è i prublemi chì ponu esse.
2*. Diagnosticu geneticu di sindromi tumorali ereditari | Andrey Afanasyev, y Risk
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Andrey hà parlatu di i sindromi di tumore ereditariu è hà discututu a so biologia, epidemiologia è manifestazioni cliniche. Una parte di a cunferenza hè cunsacrata à u prublema di e teste genetiche - quale deve esse sottumessu, ciò chì hè fattu per questu, quali difficultà sorge in u processu di dati è l'interpretazione di i risultati, è, infine, chì benefici porta à i pazienti è i so parenti. .
3*. L'Atlas Pan-Cancer | German Demidov, BIST/UPF
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Malgradu decennii di ricerca in u campu di a genomica di u cancer è l'epigenomica, a risposta à a quistione "cumu, induve è perchè i sindromi tumorali nascenu" hè sempre incompleta. Un mutivu di questu hè a necessità di acquisizione standardizzata è trasfurmazioni di quantità enormi di dati per detectà effetti di piccula magnitude chì sò difficiuli di detectà in un settore di dati limitatu (a dimensione chì hè tipica per un studiu in unu o parechji laboratorii) , ma chì in l'aggregatu ghjucanu un rolu significativu un rolu enormu in una malatia cusì cumplessa è multifactoriale cum'è u cancer.
In l'ultimi anni, parechji di i gruppi di ricerca più putenti di u mondu, cuscenti di stu prublema, anu cuminciatu à unisce e forze in i tentativi di detectà è di discrìviri tutti questi effetti. Herman hà parlatu di una di queste iniziative (L'Atlas PanCancer) è i risultati ottenuti in parte di u travagliu di stu cunsorziu di laboratori è publicatu in un numeru speciale di Cell in questa cunferenza.
4. ChIP-Seq in u studiu di miccanismi epigenetic | Oleg Shpynov, JetBrains Research
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A regulazione di l'espressione genica hè realizata in diverse manere. In a so cunferenza, Oleg hà parlatu di a regulazione epigenetica attraversu a mudificazione di l'histone, u studiu di sti prucessi cù u metudu ChIP-seq è i metudi per analizà i risultati ottenuti.
5. Multiomica in Cancer Research | Konstantin Okonechnikov, Centru Germanu di Ricerca di Cancer
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U sviluppu di tecnulugii spirimintali in a biologia molekulari hà permessu di cumminà u studiu di una larga gamma di prucessi funziunali in cellule, organi o ancu l'organisimu sanu. Per stabilisce e cunnessione trà i cumpunenti di i prucessi biologichi, hè necessariu di utilizà multiomica, chì combina dati sperimentali massivi da genomica, transcriptomica, epigenomica è proteomica. Konstantin hà datu esempi chjaru di l'usu di multi-omica in u campu di a ricerca di u cancer cun un focusu in l'oncologia pediatrica.
6. Versatilità è Limitazioni di Single Cell Analysis | Konstantin Okonechnikov
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Una lezione più dettagliata nantu à RNA-seq unicellulare è metudi per analizà queste dati, è ancu modi per superà i prublemi evidenti è nascosti quandu li studianu.
7. Analysis di dati RNA-seq unica cellula | Konstantin Zaitsev, Washington University in St. Louis
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Conferenza introduttiva à a sequenza di una sola cellula. Konstantin discute i metudi di sequenza, e difficultà in u travagliu di laboratoriu è l'analisi bioinformatica, è e manere di superà.
8. Diagnosis di distrofia muscular usu nanopore sequencing | Pavel Avdeev, Università George Washington
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A sequenza cù a tecnulugia Oxford Nanopore hà vantaghji chì ponu esse utilizati per identificà e cause genetiche di e malatie cum'è a distrofia muscular. In a so cunferenza, Pavel hà parlatu di u sviluppu di un pipeline per diagnosticà sta malatia.
9*. Rapprisintazzioni Graficu di u genomu | Ilya Minkin, Università Statale di Pennsylvania
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I mudelli di grafichi permettenu a rapprisintazioni compatta di un gran numaru di sequenze simili è sò spessu usati in genomica. Ilya hà parlatu in dettagliu nantu à cumu si ricustruisce e sequenze genomiche cù i gràfici, cumu è perchè u graffiu de Bruin hè utilizatu, quantu un tali approcciu "graficu" aumenta l'accuratezza di e ricerche di mutazione, è ciò chì i prublemi senza risolve cù l'usu di i gràfici restanu sempre.
10*. Pruteomica divertenti | Pavel Sinitsyn, Istitutu Max Planck di Biochimica (2 parti)
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Prutiìni sò rispunsevuli di a maiò parte di i prucessi biochimichi in un urganismu vivu, è finu à avà a proteomica hè l'unicu metudu per l'analisi globale di u statu di millaie di proteini simultaneamente. A varietà di prublemi risolti hè impressiunanti - da l'identificazione di l'anticorpi è l'antigens à a determinazione di a localizazione di parechji milla proteini. In e so lezioni, Pavel hà parlatu di queste è altre applicazioni di a proteomica, u so sviluppu attuale è i prublemi in l'analisi di dati.
ondeci*. Principi basi di simulations mulekulari | Pavel Yakovlev, BIOCAD
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Conferenza teorica introduttiva nantu à a dinamica moleculare: perchè hè necessariu, ciò chì face è cumu si usa in relazione à u sviluppu di droghe. Pavel hà prestatu attenzione à i metudi di dinamica moleculare, a spiegazione di e forze moleculari, a descrizzione di e cunnessione, i cuncetti di "campu di forza" è "integrazione", limitazioni in a mudeli, è assai più.
12*. Biologia Molekulari è Genetica | Yuri Barbitov, Istitutu di Bioinformatica
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Una introduzione in trè parti à a biologia moleculare è a genetica per i studienti di l'ingegneria è i laureati. A prima lettura discute i cuncetti di a biologia muderna, i prublemi di a struttura di u genoma è l'occurrence di mutazioni. U sicondu copre in detail i prublemi di u funziunamentu di u genu, i prucessi di trascrizzione è traduzzione, u terzu copre a regulazione di l'espressione genica è i metudi biologichi moleculari basi.
13*. Principii di NGS Data Analysis | Yuri Barbitov, Istitutu di Bioinformatica
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A cunferenza descrive i metudi di sequenza di a seconda generazione (NGS), i so tipi è e caratteristiche. U prufessore spiega in dettagliu cumu a data "output" da u sequencer hè strutturata, cumu si cunvertisce per l'analisi, è chì modi ci sò per travaglià cun ellu.
14*. Utilizà a linea di cumanda, pratica | Gennady Zakharov, EPAM
Una panoramica pratica di cumandamenti utili di linea di cumanda Linux, opzioni è basi di l'usu. L'esempii fucalizza nantu à l'analisi di sequenze di DNA sequenziate. In più di l'operazioni standard di Linux (per esempiu, cat, grep, sed, awk), utilità per travaglià cù sequenze (samtools, bedtools) sò cunsiderate.
15*. Visualizazione di dati per i zitelli | Nikita Alekseev, Università ITMO
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Ognunu hà avutu a sperienza di illustrà i risultati di i so prughjetti scientifichi o di capiscenu i diagrammi, i grafici è l'imaghjini di l'altri. Nikita hà dettu cumu interpretà currettamente i grafici è i diagrammi, mettendu in risaltu u principale da elli; cumu fà stampe chjaru. U prufessore hà ancu enfatizatu ciò chì deve circà quandu leghje un articulu o fighjendu un cummerciale.
16*. Carriere in Bioinformatica | Victoria Korzhova, Istitutu Max Planck di Biochimica
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Victoria hà parlatu di a struttura di a scienza accademica à l'esteru è di ciò chì duvete prestu attenzione per custruisce una carriera in a scienza o l'industria cum'è un studiente, graduatu o graduatu.
17*. Cumu scrive un CV per un scientist | Victoria Korzhova, Istitutu Max Planck di Biochimica
Cosa lascià in u CV è chì sguassà? Chì fatti seranu di interessu à un pussibbili manager di labburatoriu, è chì sò megliu micca di parlà? Cumu duvete organizà l'infurmazioni per fà u vostru curriculum vitae? A cunferenza darà risposte à queste è altre dumande.
18*. Cumu travaglia u mercatu bioinformatica | Andrey Afanasyev, y Risk
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Cumu funziona u mercatu è induve pò travaglià un bioinformaticu? A risposta à sta quistione hè presentata in detail, cù esempii è cunsiglii, in a cunferenza di Andrey.
U Vaghjime
Cume pudete avè nutatu, e lezioni in a scola sò abbastanza larghe in temi - da a modellazione moleculare è l'usu di grafici per l'assemblea di u genoma, à l'analisi di cellule singole è a custruisce una carriera scientifica. Avemu à l'Istitutu di Bioinformatica pruvemu di include una varietà di temi in u prugramma di a scola per copre quante più discipline di bioinformatica pussibule, è cusì chì ogni participante impara qualcosa di novu è utile.
A prossima scola in bioinformatica si terrà da u 29 di lugliu à u 3 d'aostu di u 2019 vicinu à Mosca. . U tema di quist'annu serà a bioinformatica in a biologia di u sviluppu è a ricerca di l'anzianu.
Per quelli chì volenu studià a bioinformatica in prufundità, simu sempre accettendu applicazioni per i nostri in San Petruburgu. O seguite a nostra nutizia nantu à l'apertura di u prugramma in Mosca sta caduta.
Per quelli chì ùn sò micca in San Pietroburgo o Mosca, ma veramente volenu diventà un bioinformaticu, avemu preparatu in algoritmi, prugrammazione, genetica è biologia.
Avemu dinò decine , chì pudete cumincià à passà avà.
In 2018, a scola d'estate in bioinformatica hè stata realizata cù u sustegnu di i nostri partenarii regulari - e cumpagnie JetBrains, BIOCAD è EPAM, per quale li ringraziemu assai.
Bioinformatica tutti !
PS Se ùn avete micca pensatu chì era abbastanza, и .
Source: www.habr.com