Aplikace v Qubes jsou rozděleny do tříd podle důležitosti zpracovávaných dat a řešených úloh, každé třídy aplikací a také systémových služeb (síťový subsystém, práce s úložištěm atd.). Když uživatel spustí aplikaci z nabídky, spustí se tato aplikace ve specifickém virtuálním počítači, na kterém běží samostatný X server, zjednodušený správce oken a stub video ovladač, který převádí výstup do řídicího prostředí ve složeném režimu. Aplikace jsou přitom bezproblémově dostupné v rámci jedné plochy a jsou pro přehlednost zvýrazněny různými barvami okenních rámů. Každé prostředí má přístup pro čtení k základnímu kořenovému systému souborů a místnímu úložišti, které se nepřekrývá s úložištěm jiných prostředí. Uživatelský shell je postaven na Xfce.
Zdroj: opennet.ru