Yn ystod haf 2018, cynhaliwyd ysgol haf flynyddol mewn biowybodeg ger St Petersburg, lle daeth 100 o fyfyrwyr israddedig a graddedig i astudio biowybodeg a dysgu am ei ddefnydd mewn amrywiol feysydd bioleg a meddygaeth.
Roedd prif ffocws yr ysgol ar ymchwil canser, ond cafwyd darlithoedd ar feysydd eraill o fiowybodeg, yn amrywio o esblygiad i ddadansoddi data dilyniannu un gell. Yn ystod yr wythnos, dysgodd y dynion weithio gyda data dilyniannu cenhedlaeth nesaf, wedi'i raglennu yn Python ac R, defnyddio offer a fframweithiau biowybodeg safonol, daeth yn gyfarwydd â dulliau bioleg systemau, geneteg poblogaeth a modelu cyffuriau wrth astudio tiwmorau, a llawer mwy.
Isod fe welwch fideo o 18 darlith a roddwyd yn yr ysgol, gyda disgrifiad byr a sleidiau. Mae'r rhai sydd wedi'u nodi â seren “*” yn eithaf sylfaenol a gellir eu gwylio heb baratoi ymlaen llaw.
1*. Oncogenomeg ac oncoleg bersonol | Mikhail Pyatnitsky, Sefydliad Ymchwil Cemeg Biofeddygol
|
Siaradodd Mikhail yn fyr am genomeg tiwmor a sut mae deall esblygiad celloedd canser yn ein galluogi i ddatrys problemau ymarferol mewn oncoleg. Rhoddodd y darlithydd sylw arbennig i egluro’r gwahaniaeth rhwng oncogenau ac atalyddion tiwmor, dulliau o chwilio am “genynnau canser” a nodi isdeipiau moleciwlaidd o diwmorau. I gloi, talodd Mikhail sylw i ddyfodol oncogenomeg a'r problemau a allai godi.
2*. Diagnosis genetig o syndromau tiwmor etifeddol | Andrey Afanasyev, y Risg
|
Siaradodd Andrey am syndromau tiwmor etifeddol a thrafod eu bioleg, epidemioleg ac amlygiadau clinigol. Mae rhan o'r ddarlith wedi'i neilltuo i fater profion genetig - pwy sydd angen ei wneud, beth a wneir ar gyfer hyn, pa anawsterau sy'n codi wrth brosesu data a dehongli'r canlyniadau, ac, yn olaf, pa fuddion y mae'n eu rhoi i gleifion a'u perthnasau .
3*. Yr Atlas Pan-Canser | Almaeneg Demidov, BIST/UPF
|
Er gwaethaf degawdau o ymchwil ym maes genomeg canser ac epigenomeg, mae'r ateb i'r cwestiwn “sut, ble a pham mae syndromau tiwmor yn codi” yn dal yn anghyflawn. Un rheswm am hyn yw’r angen am gaffael a phrosesu symiau enfawr o ddata mewn modd safonol er mwyn canfod effeithiau ar raddfa fach sy’n anodd eu canfod mewn set ddata gyfyngedig (y maint sy’n nodweddiadol ar gyfer astudiaeth o fewn un neu sawl labordy) , ond sydd gyda'i gilydd yn chwarae rhan sylweddol rôl enfawr mewn clefyd mor gymhleth ac aml-ffactoraidd â chanser.
Yn ystod yr ychydig flynyddoedd diwethaf, mae llawer o grwpiau ymchwil mwyaf pwerus y byd, sy'n ymwybodol o'r broblem hon, wedi dechrau ymuno mewn ymdrechion i ganfod a disgrifio'r holl effeithiau hyn. Siaradodd Herman am un o'r mentrau hyn (The PanCancer Atlas) a'r canlyniadau a gafwyd fel rhan o waith y consortiwm hwn o labordai ac a gyhoeddwyd mewn rhifyn arbennig o Cell yn y ddarlith hon.
4. ChIP-Seq yn yr astudiaeth o fecanweithiau epigenetig | Oleg Shpynov, Ymchwil JetBrains
|
Mae rheoliad mynegiant genynnau yn cael ei wneud mewn gwahanol ffyrdd. Yn ei ddarlith, siaradodd Oleg am reoleiddio epigenetig trwy addasu histone, yr astudiaeth o'r prosesau hyn gan ddefnyddio'r dull ChIP-seq a dulliau ar gyfer dadansoddi'r canlyniadau a gafwyd.
5. Amlomeg mewn Ymchwil Canser | Konstantin Okonechnikov, Canolfan Ymchwil Canser yr Almaen
|
Mae datblygiad technolegau arbrofol mewn bioleg foleciwlaidd wedi ei gwneud hi'n bosibl cyfuno astudiaeth o ystod eang o brosesau swyddogaethol mewn celloedd, organau neu hyd yn oed yr organeb gyfan. Er mwyn sefydlu cysylltiadau rhwng cydrannau prosesau biolegol, mae angen defnyddio multiomeg, sy'n cyfuno data arbrofol enfawr o genomeg, trawsgrifomeg, epigenomeg a phroteomeg. Rhoddodd Konstantin enghreifftiau clir o'r defnydd o aml-omeg ym maes ymchwil canser gyda ffocws ar oncoleg bediatrig.
6. Amlochredd a Chyfyngiadau Dadansoddiad Cell Sengl | Konstantin Okonechnikov
|
Darlith fanylach ar RNA-seq un gell a dulliau ar gyfer dadansoddi'r data hwn, yn ogystal â ffyrdd o oresgyn problemau amlwg a chudd wrth eu hastudio.
7. Dadansoddiad o ddata RNA-seq un gell | Konstantin Zaitsev, Prifysgol Washington yn St
|
Darlith ragarweiniol ar ddilyniant cell sengl. Mae Konstantin yn trafod dulliau dilyniannu, anawsterau mewn gwaith labordy a dadansoddi biowybodeg, a ffyrdd o'u goresgyn.
8. Diagnosis o nychdod cyhyrol gan ddefnyddio dilyniannu nanopor | Pavel Avdeev, Prifysgol George Washington
|
Mae gan ddilyniannu gan ddefnyddio technoleg Oxford Nanopore fanteision y gellir eu defnyddio i nodi achosion genetig clefydau fel nychdod cyhyrol. Yn ei ddarlith, siaradodd Pavel am ddatblygiad piblinell ar gyfer gwneud diagnosis o'r clefyd hwn.
9*. Cynrychioliad graff o'r genom | Ilya Minkin, Prifysgol Talaith Pennsylvania
|
Mae modelau graff yn caniatáu cynrychiolaeth gryno o nifer fawr o ddilyniannau tebyg ac fe'u defnyddir yn aml mewn genomeg. Siaradodd Ilya yn fanwl am sut mae dilyniannau genomig yn cael eu hail-greu gan ddefnyddio graffiau, sut a pham mae’r graff de Bruin yn cael ei ddefnyddio, faint mae dull “graff” o’r fath yn cynyddu cywirdeb chwiliadau treiglo, a pha broblemau heb eu datrys gyda’r defnydd o graffiau sy’n parhau.
10*. Proteomeg difyr | Pavel Sinitsyn, Sefydliad Biocemeg Max Planck (2 ran)
, |,
Proteinau sy'n gyfrifol am y rhan fwyaf o brosesau biocemegol mewn organeb fyw, a hyd yn hyn proteomeg yw'r unig ddull ar gyfer dadansoddiad byd-eang o gyflwr miloedd o broteinau ar yr un pryd. Mae'r ystod o broblemau a ddatrysir yn drawiadol - o nodi gwrthgyrff ac antigenau i bennu lleoliad miloedd o broteinau. Yn ei ddarlithoedd, siaradodd Pavel am y cymwysiadau hyn a chymwysiadau eraill o broteomeg, ei ddatblygiad presennol a pheryglon dadansoddi data.
un ar ddeg*. Egwyddorion sylfaenol efelychiadau moleciwlaidd | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Darlith ddamcaniaethol ragarweiniol ar ddeinameg moleciwlaidd: pam mae ei angen, beth mae'n ei wneud a sut mae'n cael ei ddefnyddio mewn perthynas â datblygu cyffuriau. Talodd Pavel sylw i ddulliau deinameg moleciwlaidd, yr esboniad o rymoedd moleciwlaidd, y disgrifiad o gysylltiadau, y cysyniadau o “faes grym” ac “integreiddio”, cyfyngiadau mewn modelu, a llawer mwy.
12*. Bioleg Foleciwlaidd a Geneteg | Yuri Barbitov, Sefydliad Biowybodeg
, , |
Cyflwyniad tair rhan i fioleg foleciwlaidd a geneteg ar gyfer myfyrwyr a graddedigion peirianneg. Mae'r ddarlith gyntaf yn trafod cysyniadau bioleg fodern, materion yn ymwneud â strwythur genomau a threigladau yn digwydd. Mae'r ail yn ymdrin yn fanwl â materion gweithrediad genynnau, prosesau trawsgrifio a chyfieithu, mae'r trydydd yn ymdrin â rheoleiddio mynegiant genynnau a dulliau biolegol moleciwlaidd sylfaenol.
13*. Egwyddorion Dadansoddi Data NGS | Yuri Barbitov, Sefydliad Biowybodeg
|
Mae'r ddarlith yn disgrifio dulliau dilyniannu ail genhedlaeth (NGS), eu mathau a'u nodweddion. Mae’r darlithydd yn esbonio’n fanwl sut mae “allbwn” data’r dilyniannwr wedi’i strwythuro, sut mae’n cael ei drosi i’w ddadansoddi, a beth yw’r ffyrdd o weithio ag ef.
14*. Gan ddefnyddio'r llinell orchymyn, ymarfer | Gennady Zakharov, EPAM
Trosolwg ymarferol o orchmynion llinell orchymyn Linux defnyddiol, opsiynau a hanfodion eu defnyddio. Mae'r enghreifftiau'n canolbwyntio ar ddadansoddi dilyniannau DNA wedi'u dilyniannu. Yn ogystal â gweithrediadau Linux safonol (er enghraifft, cath, grep, sed, awk), ystyrir cyfleustodau ar gyfer gweithio gyda dilyniannau (samtools, bedtools).
15*. Delweddu data ar gyfer rhai bach | Nikita Alekseev, Prifysgol ITMO
|
Mae pawb wedi cael y profiad o ddarlunio canlyniadau eu prosiectau gwyddonol eu hunain neu ddeall diagramau, graffiau a lluniau pobl eraill. Dywedodd Nikita sut i ddehongli graffiau a diagramau yn gywir, gan amlygu'r prif beth ohonynt; sut i dynnu lluniau clir. Pwysleisiodd y darlithydd hefyd beth i chwilio amdano wrth ddarllen erthygl neu wylio hysbyseb.
16*. Gyrfaoedd mewn Biowybodeg | Victoria Korzhova, Sefydliad Biocemeg Max Planck
Fideo: , |
Siaradodd Victoria am strwythur gwyddoniaeth academaidd dramor a'r hyn y mae angen i chi roi sylw iddo er mwyn adeiladu gyrfa mewn gwyddoniaeth neu ddiwydiant fel myfyriwr israddedig, graddedig neu raddedig.
17*. Sut i ysgrifennu CV ar gyfer gwyddonydd | Victoria Korzhova, Sefydliad Biocemeg Max Planck
Beth i'w adael yn y CV a beth i'w ddileu? Pa ffeithiau fydd o ddiddordeb i ddarpar reolwr labordy, a pha rai sy'n well peidio â sôn amdanynt? Sut ddylech chi drefnu gwybodaeth i wneud i'ch ailddechrau sefyll allan? Bydd y ddarlith yn rhoi atebion i'r cwestiynau hyn a chwestiynau eraill.
18*. Sut mae'r farchnad biowybodeg yn gweithio | Andrey Afanasyev, y Risg
|
Sut mae'r farchnad yn gweithio a ble gall biowybodegydd weithio? Cyflwynir yr ateb i'r cwestiwn hwn yn fanwl, ynghyd ag enghreifftiau a chyngor, yn narlith Andrey.
Конец
Fel efallai y byddwch wedi sylwi, mae darlithoedd yn yr ysgol yn eithaf eang mewn pynciau - o fodelu moleciwlaidd a defnyddio graffiau ar gyfer cydosod genom, i ddadansoddi celloedd sengl ac adeiladu gyrfa wyddonol. Rydym ni yn y Sefydliad Biowybodeg yn ceisio cynnwys amrywiaeth o bynciau yn y rhaglen ysgol er mwyn ymdrin â chymaint o ddisgyblaethau biowybodeg â phosibl, ac fel bod pob cyfranogwr yn dysgu rhywbeth newydd a defnyddiol.
Bydd yr ysgol nesaf mewn biowybodeg yn cael ei chynnal rhwng Gorffennaf 29 ac Awst 3, 2019 ger Moscow. . Pwnc eleni fydd biowybodeg mewn bioleg ddatblygiadol ac ymchwil heneiddio.
I'r rhai sydd am astudio biowybodeg yn fanwl, rydym yn dal i dderbyn ceisiadau ar gyfer ein yn St. Neu dilynwch ein newyddion am agoriad y rhaglen ym Moscow y cwymp hwn.
I'r rhai nad ydynt yn St Petersburg neu Moscow, ond yn wirioneddol awyddus i ddod yn biowybodegydd, rydym wedi paratoi mewn algorithmau, rhaglennu, geneteg a bioleg.
Mae gennym ni ddwsinau hefyd , y gallwch chi ddechrau mynd drwyddo ar hyn o bryd.
Yn 2018, cynhaliwyd yr ysgol haf mewn biowybodeg gyda chefnogaeth ein partneriaid rheolaidd - y cwmnïau JetBrains, BIOCAD ac EPAM, ac rydym yn diolch yn fawr iawn iddynt am hynny.
Biowybodeg pawb!
ON Os nad oeddech chi'n meddwl ei fod yn ddigon, и .
Ffynhonnell: hab.com