I januar 1999 udgav Simon Tatham den første offentlige version af SSH-klienten PuTTY og lagde projektets hjemmeside på sin egen side www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/. I oktober 1999 blev domænet putty.org registreret af en ukendt domæneopkøber, hvorefter det i 2008 blev købt af Denis Bider, medstifter af firmaet Bitvise. Efter købet blev der på putty.org lagt information om SSH-klienten PuTTY med et screenshot og et link til downloadsiden, som fører til projektets hovedwebsted. Samtidig blev der på siden lagt links til Bitvises proprietære SSH-server og SSH-klient.
I 2016, efter bemærkninger om, at siden gav indtryk af, at Bitvise var involveret i udviklingen af PuTTY, blev der tilføjet en bemærkning på siden om, at de nævnte produkter fra Bitvise ikke har nogen forbindelse til PuTTY og ikke bør opfattes som anbefalet af projektet PuTTY. I 2018 dukkede der en 'FAQ'-side op på webstedet, hvor det blev sagt, at Bitvise ikke har nogen relation til PuTTY, men udvikler sin egen SSH-server, der er kompatibel med PuTTY. I FAQ'en blev der også nævnt, at mange af Bitvises kunder bruger PuTTY og er tvunget til at lede efter projektets downloadsiden, derfor købte firmaet domæne og oprettede et separat websted.
Over tid blev putty.org set af nogle brugere som den primære indgang til at downloade PuTTY, og ved søgninger på Google, Yandex, Duckduckgo og Bing med søgeordet "putty" vises domænet putty.org højere end projektets officielle side www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty. Siden putty.org nævnes også ofte i diskussioner og anbefalinger relateret til PuTTY.

Den 13. juli offentliggjorde en af bloggere en note, der kritiserede brugen af domænet putty.org til at reklamere for Bitvises produkter og opfordrede til at returnere domænet til udvikleren af PuTTY. Det blev hævdet, at Bitvise misleder brugerne, drager fordel af den opståede forvirring og misbruger tilliden til open source-software til at reklamere for deres egen SSH-klient, der konkurrerer med PuTTY.
Denis Bier fra Bitvise, som ejer domænet putty.org og ikke er involveret i udviklingen af PuTTY, svarede, at projektet PuTTY oprindeligt ikke ejede domænet, og samtalerne om at få domænet tilbage, som PuTTY aldrig har haft, er grundløse og vildledende. Ifølge Denis handlede han uden egeninteresse ved at købe domænet og bruge det til at omdirigere til den officielle download-side, og han har offentliggjort links til sin egen software for at dække sine omkostninger.
Efter korrespondance med forfatteren af noten blev Denis Bier fornærmet, kaldte opfordringerne til at frigive domænet for kommunistiske intriger og ændrede indholdet på sitet, da han begyndte at bruge det til at sprede konspirationsteorier og antivaccineoplysninger, der ikke er i overensstemmelse med evidensbaseret medicin. Et link til download af PuTTY blev efterladt, men flyttet til bunden af siden. Som motivation for ændringen angives det, at da siden er populær, blev det besluttet at bruge den til et formål, som ejeren af domænet mener vil være til gavn for almenheden.
Kilde: opennet.ru
