Applikationer i Qubes er opdelt i klasser afhængigt af vigtigheden af de data, der behandles og opgaverne, der løses, hver applikationsklasse samt systemtjenester (netværksundersystem, arbejde med lagring osv.). Når en bruger starter en applikation fra menuen, starter denne applikation i en specifik virtuel maskine, som kører en separat X-server, en forenklet vindueshåndtering og en stub-videodriver, der oversætter output til kontrolmiljøet i sammensat tilstand. Samtidig er applikationer problemfrit tilgængelige på ét skrivebord og fremhæves for klarhed med forskellige vinduesrammefarver. Hvert miljø har læseadgang til det underliggende rodfilsystem og lokal lagring, der ikke overlapper med lagringen i andre miljøer. Brugerskallen er bygget oven på Xfce.
Kilde: opennet.ru