{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/de\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"Von Algorithmen bis Krebs: Vortr\u00e4ge von der Bioinformatikschule","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"

\"VonIm Sommer 2018 fand in der N\u00e4he von St. Petersburg die j\u00e4hrliche Sommerschule f\u00fcr Bioinformatik statt, an der 100 Studenten und Doktoranden teilnahmen, um Bioinformatik zu studieren und deren Einsatz in verschiedenen Bereichen der Biologie und Medizin kennenzulernen. <\/p>\n

Der Schwerpunkt dieser Schule lag auf der Krebsforschung, aber es gab auch Vorlesungen zu anderen Bereichen der Bioinformatik, angefangen von Evolution bis hin zur Analyse von Einzelzell-Sequenzierung. W\u00e4hrend der Woche lernten die Teilnehmer, mit Daten der next-generation Sequenzierung zu arbeiten, programmierten in Python und R, wendeten standardisierte bioinformatische Tools und Frameworks an, machten sich mit systembiologischen Methoden, Populationsgenetik und Medikamentenmodellierung bei der Tumorforschung vertraut und vieles mehr. <\/p>\n

Im Folgenden finden Sie Videos von 18 Vorlesungen, die w\u00e4hrend der Schule gehalten wurden, mit einer kurzen Beschreibung und Folien. Die mit einem Stern \u00ab*\u00bb gekennzeichneten sind eher grundlegend und k\u00f6nnen ohne vorherige Vorbereitung angesehen werden.
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\n\"Von
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\n 1*. Onkogenomik und personalisierte Onkologie | Michail Pjatnickij, NII f\u00fcr biomedizinische Chemie <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Michail gab einen kurzen \u00dcberblick \u00fcber die Genomik von Tumoren und dar\u00fcber, wie das Verst\u00e4ndnis der Evolution von Krebszellen praktische Probleme der Onkologie l\u00f6sen kann. Besonders betonte der Dozent den Unterschied zwischen Onkogenen und Tumorsuppressoren, die Methoden zur Identifizierung von \u201eKrebsgenen\u201c und die Abgrenzung molekularer Tumorsubtypen. Zum Abschluss widmete sich Michail der Zukunft der Onkogenomik und den Herausforderungen, die dabei entstehen k\u00f6nnen.<\/p>\n

\"Von
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\n 2*. Genetische Diagnostik erblicher Tumorsyndrome | Andrey Afanasyev, yRisk<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Andrey sprach \u00fcber erbliche Tumorsyndrome und analysierte deren Biologie, Epidemiologie und klinische Manifestationen. Ein Teil der Vorlesung war der Frage der genetischen Testung gewidmet \u2013 wer sie durchf\u00fchren lassen sollte, was daf\u00fcr getan wird, welche Schwierigkeiten bei der Datenverarbeitung und der Interpretation der Ergebnisse auftreten k\u00f6nnen und schlie\u00dflich, welchen Nutzen dies f\u00fcr Patienten und deren Angeh\u00f6rige bringt.<\/p>\n

\"Von
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\n 3*. Der Pan-Krebs-Atlas | German Demidow, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Trotz jahrzehntelanger Forschung im Bereich der Genomik und Epigenomik von Krebs ist die Antwort auf die Frage, \"wie, wo und warum Tumorsyndrome entstehen\", nach wie vor unvollst\u00e4ndig. Ein Grund daf\u00fcr ist die Notwendigkeit einer standardisierten Erhebung und Verarbeitung einer enormen Menge an Daten, um Effekte kleiner Gr\u00f6\u00dfenordnung zu entdecken, die in begrenzten Datens\u00e4tzen schwer zu identifizieren sind (und genau solch ein Volumen ist typisch f\u00fcr Forschung in einer oder mehreren Laboratorien), die jedoch insgesamt eine enorme Rolle in einer so komplexen und multifaktoriellen Erkrankung wie Krebs spielen.<\/p>\n

In den letzten Jahren haben viele der st\u00e4rksten Forschungsgruppen weltweit, die sich dieses Problems bewusst sind, begonnen, ihre Anstrengungen zu b\u00fcndeln, um all diese Effekte zu entdecken und zu beschreiben. \u00dcber eine dieser Initiativen (The PanCancer Atlas) und die Ergebnisse, die im Rahmen dieses Konsortiums von Laboren erzielt wurden und in einer Sonderausgabe von Cell ver\u00f6ffentlicht wurden, sprach German in diesem Vortrag.<\/p>\n

\"Von
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\n 4. ChIP-Seq zur Untersuchung epigenetischer Mechanismen | Oleg ShpyNov, JetBrains Research <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Regulation der Genexpression erfolgt auf verschiedene Weise. In seinem Vortrag sprach Oleg \u00fcber die epigenetische Regulation durch Histonmodifikationen, die Untersuchung dieser Prozesse mittels ChIP-Seq und die Analyse der gewonnenen Ergebnisse.<\/p>\n

\"Von
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\n 5. Multiomik in der Krebsforschung | Konstantin Okonechnikov, Deutsches Krebsforschungszentrum<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Entwicklung experimenteller Technologien in der Molekularbiologie hat es erm\u00f6glicht, eine breite Palette funktioneller Prozesse in Zellen, Organen oder sogar im gesamten Organismus zu untersuchen. Um Verbindungen zwischen den Komponenten biologischer Prozesse herzustellen, ist der Einsatz von Multiomik erforderlich, bei der massive experimentelle Daten der Genomik, Transkriptomik, Epigenomik und Proteomik kombiniert werden. Konstantin pr\u00e4sentierte anschauliche Beispiele f\u00fcr den Einsatz von Multiomik in der Forschung zu Krebserkrankungen mit Fokus auf p\u00e4diatrische Onkologie.<\/p>\n

6. Vielseitigkeit und Einschr\u00e4nkungen der Analyse einzelner Zellen | Konstantin Okonechnikov<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Ein detaillierter Vortrag \u00fcber RNA-Sequenzierung einzelner Zellen und Methoden zur Analyse dieser Daten sowie M\u00f6glichkeiten zur \u00dcberwindung offensichtlicher und versteckter Probleme bei ihrer Untersuchung.<\/p>\n

\"Von
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\n7. Datenanalyse des Single-Cell RNA-seq | Konstantin Saitsev, Washington University in St.Louis<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Einf\u00fchrungsvorlesung \u00fcber die Sequenzierung einzelner Zellen. Konstantin diskutiert Sequenzierungsmethoden, Herausforderungen in den Phasen der Laborarbeit und bioinformatischen Analyse sowie Wege, diese zu \u00fcberwinden.<\/p>\n

\"Von
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\n8. Diagnose von Muskeldystrophie durch Nanoporen-Sequenzierung | Pawel Avdeev, George Washington University<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Sequenzierung mit der Oxford Nanopore-Technologie bietet Vorteile, die zur Identifizierung genetischer Ursachen von Krankheiten, wie z.B. Muskeldystrophie, genutzt werden k\u00f6nnen. In seinem Vortrag erkl\u00e4rte Pawel die Entwicklung eines Workflows zur Diagnose dieser Erkrankung.<\/p>\n

\"Von
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\n 9*. Grafische Darstellung des Genoms | Ilja Minkin, Pennsylvania State University<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Grafmodelle erm\u00f6glichen eine kompakte Darstellung einer gro\u00dfen Anzahl \u00e4hnlicher Sequenzen und werden h\u00e4ufig in der Genomik verwendet. Ilja erl\u00e4uterte ausf\u00fchrlich, wie genomische Sequenzen mithilfe von Graphen rekonstruiert werden, wie und warum der de Bruijn-Graph verwendet wird, inwieweit dieser 'grafische' Ansatz die Genauigkeit der Mutationssuche erh\u00f6ht und welche ungel\u00f6sten Probleme beim Einsatz von Graphen weiterhin bestehen.<\/p>\n

\"Von
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\n 10*. Fesselnde Proteomik | Pawel Sinitsyn, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie (2 Teile) <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex> |Folien 1<\/a><\/noindex>, Folien 2<\/a><\/noindex><\/p>\n

Proteine sind f\u00fcr die meisten biochemischen Prozesse in lebenden Organismen verantwortlich, und bislang ist die Proteomik die einzige Methode zur globalen Analyse des Zustands von Tausenden von Proteinen gleichzeitig. Das Spektrum der gel\u00f6sten Aufgaben ist beeindruckend \u2013 von der Identifizierung von Antik\u00f6rpern und Antigenen bis zur Bestimmung der Lokalisation mehrerer Tausend Proteine. In seinen Vorlesungen sprach Pawel \u00fcber diese und andere Anwendungen der Proteomik, ihre aktuelle Entwicklung und die Herausforderungen bei der Datenanalyse.<\/p>\n

\"Von
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\n 11*. Grundprinzipien molekularer Simulationen | Pawel Jakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex>\u00a0| Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Einf\u00fchrungsvorlesung \u00fcber Molekulardynamik: warum sie ben\u00f6tigt wird, was sie bewirkt und wie sie bei der Arzneimittelentwicklung eingesetzt wird. Pawel widmete sich den Methoden der Molekulardynamik, der Erkl\u00e4rung molekularer Kr\u00e4fte, der Beschreibung von Bindungen, den Begriffen \u201eKraftfeld\u201c und \u201eIntegration\u201c, den Einschr\u00e4nkungen beim Modellieren und vielem mehr. <\/p>\n

\"Von
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\n 12*. Molekularbiologie und Genetik | Jurij Barbitov, Institut f\u00fcr Bioinformatik <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex>, Video 3<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Einf\u00fchrung in die Molekularbiologie und Genetik in drei Teilen f\u00fcr Studenten und Absolventen technischer Studieng\u00e4nge. In der ersten Vorlesung werden die Begriffe der modernen Biologie, Fragen zur Struktur des Genoms und das Entstehen von Mutationen behandelt. Der zweite Teil beleuchtet die Funktionsweise von Genen, die Prozesse der Transkription und Translation, der dritte die Regulierung der Genexpression und die grundlegenden molekularbiologischen Methoden.<\/p>\n

13*. Prinzipien der Datenanalyse NGS | Jurij Barbitov, Institut f\u00fcr Bioinformatik<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

In dieser Vorlesung werden die Methoden der Next-Generation-Sequenzierung (NGS), ihre Typen und Eigenschaften erl\u00e4utert. Der Dozent erkl\u00e4rt detailliert, wie die Daten \u201eaus dem Sequenzierer\u201c aussehen, wie sie f\u00fcr die Analyse aufbereitet werden und welche M\u00f6glichkeiten es gibt, mit ihnen zu arbeiten.<\/p>\n

\"Von
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\n 14*. Verwendung der Kommandozeile, Praxis | Gennadij Sacharov, EPAM<\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex><\/p>\n

Praktische \u00dcbersicht n\u00fctzlicher Befehle in der Linux-Kommandozeile, Optionen und Grundlagen ihrer Nutzung. Die Beispiele richten sich an die Analyse sequenzierter DNA-Streifen. Neben den Standardoperationen in Linux (z. B. cat, grep, sed, awk) werden auch Dienstprogramme zur Arbeit mit Sequenzen (samtools, bedtools) betrachtet.<\/p>\n

\"Von
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\n 15*. Datenvisualisierung f\u00fcr die Kleinsten | Nikita Alexejew, Universit\u00e4t ITMO <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Jeder hat schon einmal versucht, die Ergebnisse seiner wissenschaftlichen Projekte zu illustrieren oder sich in Diagramme, Grafiken und Bilder anderer hineinzuversetzen. Nikita erkl\u00e4rte, wie man Grafiken und Diagramme richtig interpretiert und das Wesentliche herausfiltert; wie man verst\u00e4ndliche Bilder zeichnet. Der Dozent hob auch hervor, worauf man beim Lesen von Artikeln oder beim Ansehen von Werbevideos achten sollte.<\/p>\n

\"Von
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\n 16*. Karriere in der Bioinformatik | Viktoria Korzhova, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie<\/b><\/p>\n

Video: 1<\/a><\/noindex>, 2<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Viktoria sprach \u00fcber die Struktur der akademischen Wissenschaft im Ausland und darauf, worauf man achten muss, um als Bachelor-Student, Master-Student oder Doktorand eine Karriere in der Wissenschaft oder in der Industrie aufzubauen.<\/p>\n

17*. Wie Wissenschaftler ein CV erstellen | Viktoria Korzhova, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex><\/p>\n

Was sollte im CV bleiben, was sollte weggelassen werden? Welche Fakten k\u00f6nnten f\u00fcr einen potenziellen Abteilungsleiter von Interesse sein, welche besser nicht erw\u00e4hnt werden sollten? Wie sollte man die Informationen anordnen, damit Ihr Lebenslauf Aufmerksamkeit erregt? Die Vorlesung wird Antworten auf diese und weitere Fragen geben.<\/p>\n

18*. Wie der Markt f\u00fcr Bioinformatik strukturiert ist | Andrei Afanasjew, yRisk <\/b><\/p>\n

Videos<\/a><\/noindex>\u00a0| Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Wie ist der Markt strukturiert und wo kann man als Bioinformatiker arbeiten? Eine ausf\u00fchrliche Antwort auf diese Frage, mit Beispielen und Ratschl\u00e4gen, wird in der Vorlesung von Andrei gegeben.<\/p>\n

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Ende<\/h4>\n

\nWie Sie vielleicht bemerkt haben, sind die Themen der Vorlesungen an der Schule ziemlich vielf\u00e4ltig \u2014 von molekularer Modellierung und der Nutzung von Graphen zur Genomzerlegung bis hin zur Analyse einzelner Zellen und dem Aufbau einer wissenschaftlichen Karriere. Wir im Institut f\u00fcr Bioinformatik bem\u00fchen uns, im Programm der Schule verschiedene Themen zu integrieren, um so viele Bioinformatikdisziplinen wie m\u00f6glich abzudecken und damit jeder Teilnehmer etwas Neues und N\u00fctzliches f\u00fcr sich entdeckt.<\/p>\n

Die n\u00e4chste Schule f\u00fcr Bioinformatik findet vom 29. Juli bis 3. August 2019 in der N\u00e4he von Moskau statt. Die Anmeldung zur Schule 2019 ist bereits er\u00f6ffnet, bis zum 1. Mai.<\/a><\/noindex>Das Thema in diesem Jahr wird Bioinformatik in der Entwicklungsbiologie und der Altersforschung sein.<\/p>\n

F\u00fcr diejenigen, die Bioinformatik vertieft studieren m\u00f6chten, laufen die Bewerbungen f\u00fcr unser Pr\u00e4senz-Jahresprogramm<\/a><\/noindex> in St. Petersburg. Oder folgen Sie unseren Nachrichten zur Er\u00f6ffnung des Programms in Moskau bereits diesen Herbst.<\/p>\n

F\u00fcr diejenigen, die sich nicht in St. Petersburg oder Moskau befinden, aber unbedingt Bioinformatiker werden wollen \u2014 wir haben eine Liste von B\u00fcchern und Lehrb\u00fcchern<\/a><\/noindex> \u00fcber Algorithmen, Programmierung, Genetik und Biologie vorbereitet.<\/p>\n

Au\u00dferdem haben wir Dutzende von offenen und kostenlosen Online-Kursen auf Stepik<\/a><\/noindex>, die Sie jetzt sofort beginnen k\u00f6nnen.<\/p>\n

Im Jahr 2018 fand die Sommerschule f\u00fcr Bioinformatik mit Unterst\u00fctzung unserer st\u00e4ndigen Partner \u2013 den Unternehmen JetBrains, BIOCAD und EPAM \u2013 statt, wof\u00fcr wir ihnen gro\u00dfen Dank aussprechen. <\/p>\n

An alle Bioinformatiker!<\/b><\/p>\n

P.S. Wenn Ihnen das nicht genug erschien, hier ist ein Beitrag mit Vorlesungen der vorletzten Schule<\/a><\/noindex> und und noch mehrere Schulen aus den vergangenen Jahren.<\/a><\/noindex>.<\/p>\n

\"Von
\n
Quelle: habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"

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