{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/de\/blog\/novosti-interneta\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"Von Algorithmen zur Onkologie: Vortr\u00e4ge von der Schule f\u00fcr Bioinformatik","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"

\"VonIm Sommer 2018 fand unter St. Petersburg die j\u00e4hrliche Sommerakademie f\u00fcr Bioinformatik statt, an der 100 Studierende und Doktoranden teilnahmen, um Bioinformatik zu erlernen und deren Anwendung in verschiedenen Bereichen der Biologie und Medizin zu erfahren. <\/p>\n

Der Hauptfokus dieser Akademie lag auf Krebsforschung, jedoch wurden auch Vortr\u00e4ge zu anderen Themen der Bioinformatik gehalten, von Evolution bis zur Datenanalyse der Einzelzell-Sequenzierung. Im Laufe der Woche lernten die Teilnehmer, mit Nex-Generation-Sequenzierungsdaten zu arbeiten, programmierten in Python und R, nutzten g\u00e4ngige bioinformatische Tools und Frameworks, machten sich mit den Methoden der Systembiologie, Populationsgenetik und der Medikamentenentwicklung zur Erforschung von Tumoren vertraut und vieles mehr. <\/p>\n

Nachfolgend finden Sie Videos von 18 Vortr\u00e4gen, die an der Akademie gehalten wurden, mit einer kurzen Beschreibung und Folien. Die mit einem Sternchen \u201e*\u201c markierten sind recht grundlegend und k\u00f6nnen ohne vorherige Vorbereitung angesehen werden.
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\n 1*. Onkogenomik und personalisierte Onkologie | Michail Pjatnicki, Institut f\u00fcr biomedizinische Chemie <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Mikhail gab einen kurzen \u00dcberblick \u00fcber die Genomik von Tumoren und wie das Verst\u00e4ndnis der Evolution von Krebszellen praktische Probleme der Onkologie l\u00f6st. Besondere Aufmerksamkeit widmete der Dozent der Erkl\u00e4rung der Unterschiede zwischen Onkogenen und Tumorsuppressoren, den Methoden zur Identifizierung von \u00abKrebsgenen\u00bb und der Abgrenzung molekularer Subtypen von Tumoren. Zum Abschluss sprach Mikhail \u00fcber die Zukunft der Onkogenomik und die Herausforderungen, die auftreten k\u00f6nnten.<\/p>\n

\"Von
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\n 2*. Genetische Diagnostik erblicher Tumorsyndrome | Andrei Afanasyev, yRisk<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Andrei sprach \u00fcber erbliche Tumorsyndrome und behandelte deren Biologie, Epidemiologie und klinische Manifestationen. Ein Teil der Vorlesung widmete sich der Frage des genetischen Testings \u2013 wer es ben\u00f6tigen k\u00f6nnte, welche Ma\u00dfnahmen ergriffen werden, welche Schwierigkeiten bei der Datenverarbeitung und der Interpretation der Ergebnisse auftreten und schlie\u00dflich, welchen Nutzen dies f\u00fcr Patienten und ihre Angeh\u00f6rigen bringt.<\/p>\n

\"Von
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\n 3*. The Pan-Cancer Atlas | German Demidov, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Trotz jahrzehntelanger Forschung im Bereich der Genomik und Epigenomik von Krebs ist die Antwort auf die Frage, \"wie, wo und warum Tumorsyndrome entstehen\", nach wie vor unvollst\u00e4ndig. Ein Grund daf\u00fcr ist die Notwendigkeit einer standardisierten Erhebung und Verarbeitung der enormen Datenmengen, um Effekte von geringer Gr\u00f6\u00dfe zu identifizieren, die in einem begrenzten Datensatz schwer zu erkennen sind (wie er typischerweise in einer oder mehreren Labors verwendet wird), aber dennoch eine enorme Rolle in einer so komplexen und multifaktoriellen Erkrankung wie Krebs spielen.<\/p>\n

In den letzten Jahren haben zahlreiche f\u00fchrende Forschungsteams weltweit, sich dieser Herausforderung bewusst, begonnen, ihre Kr\u00e4fte zu b\u00fcndeln, um all diese Effekte zu entdecken und zu beschreiben. \u00dcber eine solche Initiative (The PanCancer Atlas) und die Ergebnisse, die im Rahmen dieser Konsortialarbeit ver\u00f6ffentlicht wurden, sprach Hermann in diesem Vortrag.<\/p>\n

\"Von
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\n 4. ChIP-Seq zur Untersuchung epigenetischer Mechanismen | Oleg Shpyvnov, JetBrains Research <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Regulation der Genexpression erfolgt auf verschiedene Weise. In seiner Vorlesung sprach Oleg \u00fcber die epigenetische Regulation durch Modifikation von Histonen, die Untersuchung dieser Prozesse mittels ChIP-seq und die Analysemethoden f\u00fcr die gewonnenen Ergebnisse.<\/p>\n

\"Von
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\n 5. Multiome in der Krebsforschung | Konstantin Okonchnikov, Deutsches Krebsforschungszentrum<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Entwicklung experimenteller Technologien in der molekularen Biologie hat es erm\u00f6glicht, eine Vielzahl funktioneller Prozesse in Zellen, Organen oder sogar im gesamten Organismus zu untersuchen. Um Verbindungen zwischen den Komponenten biologischer Prozesse herzustellen, ist der Einsatz von Multiome erforderlich, die massive experimentelle Daten aus Genomik, Transkriptomik, Epigenomik und Proteomik kombinieren. Konstantin brachte anschauliche Beispiele f\u00fcr die Anwendung von Multiome im Bereich der Krebsforschung, mit einem Fokus auf p\u00e4diatrische Onkologie.<\/p>\n

6. Vielseitigkeit und Einschr\u00e4nkungen der Einzelzellanalyse | Konstantin Okonchnikov<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Eine detaillierte Vorlesung \u00fcber RNA-Sequenzierung einzelner Zellen und Methoden zur Analyse dieser Daten sowie Wege, offensichtliche und versteckte Probleme bei deren Untersuchung zu \u00fcberwinden.<\/p>\n

\"Von
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\n7. Analyse von Single-Cell RNA-seq-Daten | Konstantin Zaitsev, Washington University in St. Louis<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Einf\u00fchrungsvorlesung zur Sequenzierung einzelner Zellen. Konstantin diskutiert Sequenzierungsmethoden, Herausforderungen in den Laborphasen und bei der bioinformatischen Analyse sowie M\u00f6glichkeiten, diese zu bew\u00e4ltigen.<\/p>\n

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\n8. Diagnose von Muskeldystrophie mit Nanopore-Sequenzierung | Pavel Avdeev, George Washington University<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Die Sequenzierung mit der Oxford-Nanopore-Technologie bietet Vorteile, die zur Identifizierung der genetischen Ursachen von Erkrankungen, wie zum Beispiel Muskeldystrophie, genutzt werden k\u00f6nnen. In seiner Vorlesung erl\u00e4uterte Pavel die Entwicklung eines Pipelines zur Diagnose dieser Krankheit.<\/p>\n

\"Von
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\n 9*. Graphische Darstellung des Genoms | Ilya Minkin, Penn State University<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Graphmodelle erm\u00f6glichen eine kompakte Darstellung einer gro\u00dfen Anzahl \u00e4hnlicher Sequenzen und werden h\u00e4ufig in der Genomik eingesetzt. Ilya erl\u00e4uterte ausf\u00fchrlich, wie mit Hilfe von Graphen genomische Sequenzen rekonstruiert werden, wie und warum der De Bruijn-Graph verwendet wird, inwieweit dieser \"graphenbasierte\" Ansatz die Genauigkeit bei der Mutationserkennung erh\u00f6ht und welche ungel\u00f6sten Probleme bei der Nutzung von Graphen weiterhin bestehen.<\/p>\n

\"Von
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\n 10*. Spannende Proteomik | Pavel Sinitsin, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie (2 Teile) <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex> |Folien 1<\/a><\/noindex>, Folien 2<\/a><\/noindex><\/p>\n

Proteine sind f\u00fcr die meisten biochemischen Prozesse im lebenden Organismus verantwortlich, und derzeit ist die Proteomik die einzige Methode, um den Zustand Tausender Proteine gleichzeitig global zu analysieren. Das Spektrum der bearbeiteten Aufgaben ist beeindruckend \u2013 von der Identifizierung von Antik\u00f6rpern und Antigenen bis zur Bestimmung der Lokalisation von mehreren Tausend Proteinen. In seinen Vorlesungen sprach Pavel \u00fcber diese und andere Anwendungen der Proteomik, deren aktuellen Entwicklungen und die Herausforderungen bei der Datenanalyse.<\/p>\n

\"Von
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\n 11*. Grunds\u00e4tze molekularer Simulationen | Pavel Yakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex>\u00a0| Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Ein einf\u00fchrender theoretischer Vortrag \u00fcber die molekulare Dynamik: warum sie notwendig ist, was sie bewirkt und wie sie in der Arzneimittelentwicklung eingesetzt wird. Pavel widmete sich den Methoden der molekularen Dynamik, der Erkl\u00e4rung molekularer Kr\u00e4fte, der Beschreibung von Bindungen, den Begriffen \u201eKraftfeld\u201c und \u201eIntegration\u201c, den Einschr\u00e4nkungen bei der Modellierung und vielem mehr. <\/p>\n

\"Von
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\n 12*. Molekularbiologie und Genetik | Jurij Barbitow, Institut f\u00fcr Bioinformatik <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex>, Video 3<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Einf\u00fchrung in die Molekularbiologie und Genetik in drei Teilen f\u00fcr Studierende und Absolventen technischer Fachrichtungen. In der ersten Vorlesung werden Konzepte der modernen Biologie, Fragen zur Struktur des Genoms und das Auftreten von Mutationen diskutiert. Der zweite Teil behandelt ausf\u00fchrlich die Funktionsweise von Genen, die Prozesse der Transkription und Translation, und der dritte Teil widmet sich der Regulation der Genexpression sowie den grundlegenden molekularbiologischen Methoden.<\/p>\n

13*. Prinzipien der NGS-Datenanalyse | Jurij Barbitow, Institut f\u00fcr Bioinformatik<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

In der Vorlesung werden Methoden der Next-Generation-Sequenzierung (NGS), ihre Typen und Eigenschaften besprochen. Der Dozent erkl\u00e4rt ausf\u00fchrlich, wie die Daten, die \"aus dem Sequenzierer herauskommen\", strukturiert sind, wie sie f\u00fcr die Analyse umgewandelt werden und welche Ans\u00e4tze es gibt, um mit ihnen zu arbeiten.<\/p>\n

\"Von
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\n 14*. Nutzung der Kommandozeile, Praxis | Gennadij Zakharov, EPAM<\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex><\/p>\n

Praktische \u00dcbersicht \u00fcber n\u00fctzliche Befehle in der Linux-Kommandozeile, Optionen und deren grundlegende Verwendung. Die Beispiele konzentrieren sich auf die Analyse von sequenzierten DNA-Sequenzen. Neben den Standardoperationen in Linux (wie cat, grep, sed, awk) werden auch Werkzeuge zur Arbeit mit Sequenzen (samtools, bedtools) behandelt.<\/p>\n

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\n 15*. Datenvisualisierung f\u00fcr die Kleinsten | Nikita Alexeyev, Universit\u00e4t ITMO <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Jeder hatte schon einmal die Aufgabe, Ergebnisse seiner Forschungsprojekte zu veranschaulichen oder sich mit Diagrammen, Grafiken und Bildern anderer auseinanderzusetzen. Nikita erkl\u00e4rte, wie man Grafiken und Diagramme richtig interpretiert und das Wesentliche herausfiltert; wie man verst\u00e4ndliche Bilder erstellt. Der Dozent betonte auch, worauf man beim Lesen eines Artikels oder beim Ansehen eines Werbeclips achten sollte.<\/p>\n

\"Von
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\n 16*. Karriere in der Bioinformatik | Viktoria Korzhova, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie<\/b><\/p>\n

Video: 1<\/a><\/noindex>, 2<\/a><\/noindex> | Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Viktoria erkl\u00e4rte die Struktur der akademischen Wissenschaft im Ausland und worauf Studierende im Bachelor-, Master- oder Doktoratsstudium achten sollten, um eine Karriere in Wissenschaft oder Industrie aufzubauen.<\/p>\n

17*. Wie Wissenschaftler einen Lebenslauf erstellen | Viktoria Korzhova, Max-Planck-Institut f\u00fcr Biochemie <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex><\/p>\n

Was sollte im Lebenslauf bleiben und was entfernt werden? Welche Fakten sind f\u00fcr einen potenziellen Arbeitgeber interessant und welche besser nicht erw\u00e4hnt werden? Wie sollten Informationen angeordnet werden, damit Ihr Lebenslauf Aufmerksamkeit erregt? Die Vorlesung beantwortet diese und weitere Fragen.<\/p>\n

18*. Wie der Markt f\u00fcr Bioinformatik funktioniert | Andrei Afanasev, yRisk <\/b><\/p>\n

Video<\/a><\/noindex>\u00a0| Folien<\/a><\/noindex><\/p>\n

Wie funktioniert der Markt und wo kann ein Bioinformatiker arbeiten? Diese Frage wird ausf\u00fchrlich mit Beispielen und Empfehlungen in Andreas Vorlesung behandelt.<\/p>\n

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Ende<\/h4>\n

\nWie Sie vielleicht bemerkt haben, sind die Themen der Vortr\u00e4ge an der Schule sehr vielf\u00e4ltig \u2014 von molekularer Modellierung und dem Einsatz von Graphen zur Erstellung des Genoms bis hin zur Analyse einzelner Zellen und dem Aufbau einer wissenschaftlichen Karriere. Wir am Institut f\u00fcr Bioinformatik bem\u00fchen uns, im Programm der Schule zahlreiche Themen zu behandeln, um m\u00f6glichst viele Bereiche der Bioinformatik abzudecken und damit jeder Teilnehmer etwas Neues und N\u00fctzliches lernt.<\/p>\n

Die n\u00e4chste Schule f\u00fcr Bioinformatik findet vom 29. Juli bis zum 3. August 2019 bei Moskau statt. Die Anmeldung zur Schule 2019 ist bereits ge\u00f6ffnet, bis zum 1. Mai.<\/a><\/noindex>Das Thema in diesem Jahr wird die Bioinformatik in der Entwicklungsbiologie und im Altern sein.<\/p>\n

F\u00fcr diejenigen, die sich intensiv mit Bioinformatik besch\u00e4ftigen m\u00f6chten, l\u00e4uft die Bewerbung f\u00fcr unser pr\u00e4senzbasiertes Jahresprogramm<\/a><\/noindex> in St. Petersburg weiter. Oder folgen Sie unseren Nachrichten \u00fcber die Er\u00f6ffnung des Programms in Moskau bereits diesen Herbst.<\/p>\n

F\u00fcr alle, die nicht in Petersburg oder Moskau sind, aber sehr gerne Bioinformatiker werden m\u00f6chten \u2014 wir haben eine Liste von B\u00fcchern und Lehrb\u00fcchern<\/a><\/noindex> zu Algorithmen, Programmierung, Genetik und Biologie vorbereitet.<\/p>\n

Au\u00dferdem haben wir Dutzende von offenen und kostenlosen Online-Kursen auf Stepik.<\/a><\/noindex>, die Sie jetzt sofort beginnen k\u00f6nnen.<\/p>\n

Im Jahr 2018 fand die Sommerschule f\u00fcr Bioinformatik mit Unterst\u00fctzung unserer st\u00e4ndigen Partner \u2013 den Unternehmen JetBrains, BIOCAD und EPAM statt. Ein gro\u00dfes Dankesch\u00f6n daf\u00fcr. <\/p>\n

An alle Bioinformatiker!<\/b><\/p>\n

P.S. Wenn Ihnen das nicht genug erschien, hier ist ein Beitrag mit Vorlesungen von der Schule vor zwei Jahren<\/a><\/noindex> und und noch einigen Schulen aus vorherigen Jahren<\/a><\/noindex>.<\/p>\n

\"Von
\n
Quelle: habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"

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