{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/es\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"De algoritmos al c\u00e1ncer: conferencias de la escuela de bioinform\u00e1tica","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"

\"DeEn el verano de 2018, se llev\u00f3 a cabo la escuela de verano anual de bioinform\u00e1tica cerca de San Petersburgo, a la que asistieron 100 estudiantes y graduados para estudiar bioinform\u00e1tica y conocer su aplicaci\u00f3n en diversas \u00e1reas de la biolog\u00eda y la medicina. <\/p>\n

El enfoque principal de esta escuela estuvo en la investigaci\u00f3n del c\u00e1ncer, pero tambi\u00e9n hubo conferencias sobre otras \u00e1reas de bioinform\u00e1tica, desde la evoluci\u00f3n hasta el an\u00e1lisis de datos de secuenciaci\u00f3n de una sola c\u00e9lula. Durante la semana, los participantes aprendieron a trabajar con datos de secuenciaci\u00f3n de nueva generaci\u00f3n, programaron en Python y R, utilizaron herramientas y marcos bioinform\u00e1ticos est\u00e1ndar, se familiarizaron con m\u00e9todos de biolog\u00eda sist\u00e9mica, gen\u00e9tica poblacional y modelado de f\u00e1rmacos en el estudio de tumores, entre otros temas. <\/p>\n

A continuaci\u00f3n, encontrar\u00e1 videos de 18 conferencias impartidas en la escuela, con una breve descripci\u00f3n y diapositivas. Las marcadas con un asterisco \u00ab*\u00bb son bastante b\u00e1sicas y se pueden ver sin preparaci\u00f3n previa.
\n<\/a><\/noindex>
\n\"De
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\n 1*. Oncogen\u00f3mica y oncolog\u00eda personalizada | Mikhail Pyatnitsky, Instituto de Qu\u00edmica Biom\u00e9dica <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Mikhail habl\u00f3 brevemente sobre la gen\u00f3mica de los tumores y c\u00f3mo la comprensi\u00f3n de la evoluci\u00f3n de las c\u00e9lulas cancerosas permite abordar problemas pr\u00e1cticos de la oncolog\u00eda. El conferenciante prest\u00f3 especial atenci\u00f3n a la explicaci\u00f3n de la diferencia entre oncogenes y supresores tumorales, as\u00ed como a los m\u00e9todos de b\u00fasqueda de \"genes del c\u00e1ncer\" y la caracterizaci\u00f3n de subtipos moleculares de tumores. Para concluir, Mikhail se centr\u00f3 en el futuro de la oncogen\u00f3mica y los problemas que podr\u00edan surgir.<\/p>\n

\"De
\n
\n 2*. Diagn\u00f3stico gen\u00e9tico de s\u00edndromes tumorales hereditarios | Andrey Afanasyev, yRisk<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Andrey habl\u00f3 sobre los s\u00edndromes tumorales hereditarios y analiz\u00f3 su biolog\u00eda, epidemiolog\u00eda y manifestaciones cl\u00ednicas. Parte de la conferencia se dedic\u00f3 a la cuesti\u00f3n de las pruebas gen\u00e9ticas: qui\u00e9n necesita realizarlas, qu\u00e9 se hace para ello, qu\u00e9 dificultades surgen en el procesamiento de datos e interpretaci\u00f3n de resultados y, finalmente, qu\u00e9 beneficios aporta esto a los pacientes y sus familiares.<\/p>\n

\"De
\n
\n 3*. El Atlas Pan-C\u00e1ncer | German Demidov, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

A pesar de d\u00e9cadas de investigaci\u00f3n en gen\u00f3mica y epigen\u00f3mica del c\u00e1ncer, la respuesta a la pregunta \"c\u00f3mo, d\u00f3nde y por qu\u00e9 surgen los s\u00edndromes tumorales\" a\u00fan no est\u00e1 completa. Una de las razones para esto es la necesidad de obtener y procesar de manera estandarizada una gran cantidad de datos para detectar efectos de peque\u00f1a magnitud, que son dif\u00edciles de identificar en un conjunto de datos limitado (que es t\u00edpico en estudios realizados en uno o varios laboratorios), pero que, en conjunto, desempe\u00f1an un papel enorme en una enfermedad tan compleja y multifactorial como es el c\u00e1ncer.<\/p>\n

En los \u00faltimos a\u00f1os, numerosos grupos de investigaci\u00f3n destacados en el mundo, reconociendo este problema, han comenzado a unir sus esfuerzos en un intento por detectar y describir todos estos efectos. Sobre una de estas iniciativas (The PanCancer Atlas) y los resultados obtenidos en el trabajo de este consorcio de laboratorios, y publicados en un n\u00famero especial de Cell, habl\u00f3 German en esta conferencia.<\/p>\n

\"De
\n
\n 4. ChIP-Seq en el estudio de mecanismos epigen\u00e9ticos | Oleg Shpinov, JetBrains Research <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

La regulaci\u00f3n de la expresi\u00f3n g\u00e9nica se lleva a cabo de diferentes maneras. En su conferencia, Oleg habl\u00f3 sobre la regulaci\u00f3n epigen\u00e9tica mediante la modificaci\u00f3n de histonas, el estudio de estos procesos a trav\u00e9s del m\u00e9todo ChIP-seq y las formas de analizar los resultados obtenidos.<\/p>\n

\"De
\n
\n 5. Multi\u00f3mica en la investigaci\u00f3n del c\u00e1ncer | Konstantin Okonchnikov, Centro Alem\u00e1n de Investigaci\u00f3n del C\u00e1ncer<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

El desarrollo de tecnolog\u00edas experimentales en biolog\u00eda molecular ha permitido combinar el estudio de un amplio espectro de procesos funcionales en c\u00e9lulas, \u00f3rganos o incluso en todo un organismo. Para establecer relaciones entre los componentes de los procesos biol\u00f3gicos, es necesario utilizar la multi\u00f3mica, en la que se combinan grandes cantidades de datos experimentales de gen\u00f3mica, transcript\u00f3mica, epigen\u00f3mica y prote\u00f3mica. Konstantin proporcion\u00f3 ejemplos ilustrativos del uso de la multi\u00f3mica en la investigaci\u00f3n de enfermedades oncol\u00f3gicas enfoc\u00e1ndose en la oncolog\u00eda pedi\u00e1trica.<\/p>\n

6. Complejidad y limitaciones del an\u00e1lisis de c\u00e9lulas individuales | Konstantin Okonchnikov<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Una conferencia m\u00e1s detallada sobre la secuenciaci\u00f3n de ARN de c\u00e9lulas individuales y los m\u00e9todos para analizar estos datos, as\u00ed como las formas de abordar problemas evidentes y ocultos en su estudio.<\/p>\n

\"De
\n
\n7. An\u00e1lisis de datos de RNA-seq de una sola c\u00e9lula | Konstantin Zaitsev, Universidad de Washington en St. Louis<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Conferencia introductoria sobre secuenciaci\u00f3n de c\u00e9lulas individuales. Konstantin discute m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n, dificultades en las etapas de trabajo de laboratorio y an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico, y c\u00f3mo superarlas.<\/p>\n

\"De
\n
\n8. Diagn\u00f3stico de distrofia muscular mediante secuenciaci\u00f3n por nanoporo | Pavel Avdeev, Universidad George Washington<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

La secuenciaci\u00f3n utilizando la tecnolog\u00eda Oxford Nanopore tiene ventajas que pueden ser utilizadas para identificar las causas gen\u00e9ticas de enfermedades como la distrofia muscular. En su conferencia, Pavel habl\u00f3 sobre el desarrollo de un pipeline para diagnosticar esta enfermedad.<\/p>\n

\"De
\n
\n 9*. Representaci\u00f3n gr\u00e1fica del genoma | Ilya Minkin, Universidad Estatal de Pensilvania<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Los modelos gr\u00e1ficos permiten representar de manera compacta una gran cantidad de secuencias similares y se utilizan frecuentemente en gen\u00f3mica. Ilya explic\u00f3 en detalle c\u00f3mo, mediante gr\u00e1ficos, se reconstruyen secuencias gen\u00f3micas, c\u00f3mo y por qu\u00e9 se utiliza el gr\u00e1fico de de Bruijn, en qu\u00e9 medida este enfoque \u2018gr\u00e1fico\u2019 aumenta la precisi\u00f3n en la b\u00fasqueda de mutaciones y cu\u00e1les son los problemas no resueltos que a\u00fan persisten en el uso de gr\u00e1ficos.<\/p>\n

\"De
\n
\n 10*. Prote\u00f3mica entretenida | Pavel Sinitsin, Instituto Max Planck de Bioqu\u00edmica (2 partes) <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex> |Diapositivas 1<\/a><\/noindex>, Diapositivas 2<\/a><\/noindex><\/p>\n

Las prote\u00ednas son responsables de la mayor\u00eda de los procesos bioqu\u00edmicos en un organismo vivo, y hasta ahora la prote\u00f3mica es el \u00fanico m\u00e9todo para el an\u00e1lisis global del estado de miles de prote\u00ednas simult\u00e1neamente. El rango de problemas que se pueden resolver es impresionante, desde la identificaci\u00f3n de anticuerpos y ant\u00edgenos hasta la determinaci\u00f3n de la localizaci\u00f3n de miles de prote\u00ednas. En sus conferencias, Pavel habl\u00f3 sobre estas y otras aplicaciones de la prote\u00f3mica, su desarrollo actual y las trampas que surgen al analizar datos.<\/p>\n

\"De
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\n 11*. Principios b\u00e1sicos de simulaciones moleculares | Pavel Yakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex>\u00a0| Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Conferencia te\u00f3rica introductoria sobre din\u00e1mica molecular: por qu\u00e9 es necesaria, qu\u00e9 hace y c\u00f3mo se utiliza en el desarrollo de medicamentos. Pavel se centr\u00f3 en los m\u00e9todos de din\u00e1mica molecular, la explicaci\u00f3n de fuerzas moleculares, la descripci\u00f3n de enlaces, los conceptos de \u2018campo de fuerza\u2019 e \u2018integraci\u00f3n\u2019, las limitaciones en la modelizaci\u00f3n y mucho m\u00e1s. <\/p>\n

\"De
\n
\n 12*. Biolog\u00eda molecular y gen\u00e9tica | Yuri Barbitov, Instituto de Bioinform\u00e1tica <\/b><\/p>\n

Video 1<\/a><\/noindex>, Video 2<\/a><\/noindex>, V\u00eddeo 3<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Introducci\u00f3n a la biolog\u00eda molecular y gen\u00e9tica en tres partes para estudiantes y graduados en disciplinas t\u00e9cnicas. La primera lecci\u00f3n aborda los conceptos de biolog\u00eda moderna, cuestiones sobre la estructura del genoma y la aparici\u00f3n de mutaciones. La segunda explica en detalle el funcionamiento de los genes, los procesos de transcripci\u00f3n y traducci\u00f3n; y la tercera trata sobre la regulaci\u00f3n de la expresi\u00f3n g\u00e9nica y los principales m\u00e9todos de biolog\u00eda molecular.<\/p>\n

13*. Principios del an\u00e1lisis de datos NGS | Yuri Barbitov, Instituto de Bioinform\u00e1tica<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

La lecci\u00f3n se centra en los m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n de segunda generaci\u00f3n (NGS), sus tipos y caracter\u00edsticas. El conferencista explica detalladamente c\u00f3mo est\u00e1n organizados los datos generados por el secuenciador, c\u00f3mo se transforman para el an\u00e1lisis y qu\u00e9 m\u00e9todos existen para trabajar con ellos.<\/p>\n

\"De
\n
\n 14*. Uso de la l\u00ednea de comandos, pr\u00e1ctica | Gennady Zakharov, EPAM<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex><\/p>\n

Revisi\u00f3n pr\u00e1ctica de comandos \u00fatiles en la l\u00ednea de comandos de Linux, opciones y fundamentos de su uso. Los ejemplos est\u00e1n dirigidos al an\u00e1lisis de secuencias de ADN secuenciadas. Adem\u00e1s de las operaciones est\u00e1ndar de Linux (por ejemplo, cat, grep, sed, awk), se abordan utilidades para trabajar con secuencias (samtools, bedtools).<\/p>\n

\"De
\n
\n 15*. Visualizaci\u00f3n de datos para los m\u00e1s peque\u00f1os | Nikita Alekseev, Universidad ITMO <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

A todos les ha tocado ilustrar los resultados de sus proyectos cient\u00edficos o analizar diagramas, gr\u00e1ficos e im\u00e1genes de otros. Nikita explic\u00f3 c\u00f3mo interpretar correctamente gr\u00e1ficos y diagramas, destacando lo esencial; c\u00f3mo crear im\u00e1genes claras. Tambi\u00e9n enfatiz\u00f3 en qu\u00e9 aspectos fijarse al leer un art\u00edculo o ver un anuncio.<\/p>\n

\"De
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\n 16*. Carrera en bioinform\u00e1tica | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry<\/b><\/p>\n

Video: 1<\/a><\/noindex>, 2<\/a><\/noindex> | Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

Victoria habl\u00f3 sobre la estructura de la ciencia acad\u00e9mica en el extranjero y qu\u00e9 aspectos son importantes considerar para construir una carrera en la ciencia o en la industria, siendo estudiante de grado, m\u00e1ster o doctorado.<\/p>\n

17*. C\u00f3mo redactar un CV cient\u00edfico | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex><\/p>\n

\u00bfQu\u00e9 incluir en el CV y qu\u00e9 omitir? \u00bfQu\u00e9 datos interesar\u00e1n a un posible reclutador y cu\u00e1les es mejor no mencionar? \u00bfC\u00f3mo organizar la informaci\u00f3n para que su curr\u00edculum llame la atenci\u00f3n? La lecci\u00f3n responder\u00e1 a estas y otras preguntas.<\/p>\n

18*. C\u00f3mo est\u00e1 organizado el mercado de la bioinform\u00e1tica | Andrei Afanasiev, yRisk <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex>\u00a0| Diapositivas<\/a><\/noindex><\/p>\n

\u00bfC\u00f3mo est\u00e1 organizado el mercado y d\u00f3nde puede trabajar un bioinform\u00e1tico? La respuesta a esta pregunta se expone en detalle, con ejemplos y consejos, en la lecci\u00f3n de Andrei.<\/p>\n

<\/p>\n

Fin<\/h4>\n

\nComo habr\u00e1n notado, las lecciones en la escuela son bastante amplias en cuanto a temas \u2014 desde la modelaci\u00f3n molecular y el uso de grafos para la ensamblaje del genoma, hasta el an\u00e1lisis de c\u00e9lulas individuales y la construcci\u00f3n de una carrera cient\u00edfica. En el Instituto de Bioinform\u00e1tica nos esforzamos por incluir en el programa de la escuela diversos temas, para abarcar la mayor cantidad posible de disciplinas bioinform\u00e1ticas, y para que cada participante aprenda algo nuevo y \u00fatil.<\/p>\n

La pr\u00f3xima escuela de bioinform\u00e1tica se llevar\u00e1 a cabo del 29 de julio al 3 de agosto de 2019 cerca de Mosc\u00fa. La inscripci\u00f3n para la escuela 2019 ya est\u00e1 abierta, hasta el 1 de mayo<\/a><\/noindex>. El tema de este a\u00f1o ser\u00e1 la bioinform\u00e1tica en la investigaci\u00f3n del desarrollo (biolog\u00eda del desarrollo) y el envejecimiento.<\/p>\n

Para quienes desean estudiar bioinform\u00e1tica en profundidad, contin\u00faa la recepci\u00f3n de solicitudes para nuestro programa presencial anual<\/a><\/noindex> en San Petersburgo. O mant\u00e9nganse al tanto de nuestras noticias sobre la apertura del programa en Mosc\u00fa ya este oto\u00f1o.<\/p>\n

Para quienes no est\u00e9n en San Petersburgo o Mosc\u00fa, pero que realmente quieran ser bioinform\u00e1ticos, hemos preparado una lista de libros y manuales<\/a><\/noindex> sobre algoritmos, programaci\u00f3n, gen\u00e9tica y biolog\u00eda.<\/p>\n

Adem\u00e1s, tenemos decenas de cursos en l\u00ednea abiertos y gratuitos en Stepik<\/a><\/noindex>, que pueden comenzar a realizar ahora mismo.<\/p>\n

En 2018, la escuela de verano de bioinform\u00e1tica se llev\u00f3 a cabo con el apoyo de nuestros socios habituales: las empresas JetBrains, BIOCAD y EPAM, a quienes agradecemos enormemente. <\/p>\n

\u00a1A todos los bioinform\u00e1ticos!<\/b><\/p>\n

P.D. Si te pareci\u00f3 poco, aqu\u00ed hay una publicaci\u00f3n con las lecciones de la escuela antepasada<\/a><\/noindex> y y de algunas escuelas de hace varias a\u00f1os<\/a><\/noindex>.<\/p>\n

\"De
\n
Fuente: habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"

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