2018ko udan, San Petersburgotik gertu bioinformatikaren urteko udako eskola egin zen, non graduko eta graduondoko 100 ikasle etorri ziren bioinformatika ikastera eta biologia eta medikuntzako hainbat alorretako erabilera ezagutzera.
Ikastetxearen ardatz nagusia minbiziaren ikerketa zen, baina bioinformatikaren beste arlo batzuei buruzko hitzaldiak izan ziren, eboluziotik zelula bakarreko sekuentziazio datuen analisiraino. Astean zehar, mutilek hurrengo belaunaldiko sekuentziazio datuekin lan egiten ikasi zuten, Python-en eta R-n programatuta, bioinformatika-tresna eta esparru estandarrak erabili zituzten, sistemen biologia, populazio-genetika eta sendagaien modelizazioaren metodoak ezagutu zituzten tumoreak aztertzerakoan, eta askoz gehiago.
Jarraian, ikastetxean emandako 18 hitzaldiren bideoa aurkituko duzu, deskribapen labur batekin eta diapositibak. β*β izartxo batekin markatutakoak nahiko oinarrizkoak dira eta aldez aurretik prestatu gabe ikusi daitezke.
1*. Onkogenomika eta onkologia pertsonalizatua | Mikhail Pyatnitsky, Kimika Biomedikoko Ikerketa Institutua
|
Mikhailek laburki hitz egin zuen tumoreen genomikaz eta minbizi-zelulen eboluzioa ulertzeak onkologiako arazo praktikoak konpontzeko aukera ematen digun. Irakasleak arreta berezia jarri zuen onkogenoen eta tumore-suprestatzaileen arteko ezberdintasuna azaltzeari, βminbiziaren geneakβ bilatzeko metodoak eta tumoreen azpimota molekularrak identifikatzeari. Amaitzeko, Mikhailek arreta jarri zion onkogenomikaren etorkizunari eta sor daitezkeen arazoei.
2*. Tumore sindrome hereditarioen diagnostiko genetikoa | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andreyk tumore-sindrome hereditarioei buruz hitz egin zuen eta haien biologia, epidemiologia eta adierazpen klinikoak eztabaidatu zituen. Hitzaldiaren zati bat azterketa genetikoari buruzkoa da: nork egin behar dituen, zer egiten den horretarako, zer zailtasun sortzen diren datuak prozesatzeko eta emaitzak interpretatzeko eta, azkenik, zer onura ekartzen dizkien pazienteei eta haien senideei. .
3*. Pan-Minbiziaren Atlasa | German Demidov, BIST/UPF
|
Minbiziaren genomikaren eta epigenomikaren alorrean hainbat hamarkadatan ikertu arren, "nola, non eta zergatik sortzen diren tumore sindromeak" galderari erantzuna oraindik osatu gabe dago. Horren arrazoi bat datu kopuru handien eskuratze eta prozesamendu estandarizatuaren beharra da, datu multzo mugatu batean antzematen zailak diren magnitude txikiko efektuak detektatzeko (laborategi bateko edo hainbatetako azterketa baterako ohikoa den tamaina). , baina, oro har, minbizia bezalako gaixotasun konplexu eta multifaktorial batean zeregin handia betetzen dutenak.
Azken urteotan, munduko ikerketa talde boteretsuenetako asko, arazo horretaz jabetuta, indarrak batzen hasi dira ondorio horiek guztiak detektatu eta deskribatu nahian. Hermanek ekimen horietako bati buruz (The PanCancer Atlas) eta laborategien partzuergo honen lanaren baitan lortutako emaitzei buruz hitz egin zuen eta Cell aldizkariaren ale berezi batean argitaratutako hitzaldi honetan.
4. ChIP-Seq mekanismo epigenetikoen azterketan | Oleg Shpynov, JetBrains Research
|
Geneen adierazpenaren erregulazioa modu ezberdinetan egiten da. Bere hitzaldian, Oleg-ek histonen aldaketaren bidezko erregulazio epigenetikoaz, prozesu horien azterketa ChIP-seq metodoaz eta lortutako emaitzak aztertzeko metodoez hitz egin zuen.
5. Multiomika Minbiziaren Ikerketan | Konstantin Okonechnikov, Alemaniako Minbiziaren Ikerketa Zentroa
|
Biologia molekularreko teknologia esperimentalen garapenari esker, zeluletan, organoetan edota organismo osoan prozesu funtzional ugariren azterketa uztartzea ahalbidetu da. Prozesu biologikoen osagaien arteko loturak ezartzeko, beharrezkoa da multiomikoa erabiltzea, zeinak genomika, transkriptomika, epigenomika eta proteomikako datu esperimental masiboak uztartzen dituena. Konstantinek multiomikaren erabileraren adibide argiak eman zituen minbiziaren ikerketaren arloan, onkologia pediatrikoan arreta jarrita.
6. Zelula bakarreko analisiaren aldakortasuna eta mugak | Konstantin Okonechnikov
|
Zelula bakarreko RNA-seq eta datu horiek aztertzeko metodoei buruzko hitzaldi zehatzagoa, baita horiek aztertzerakoan ageriko eta ezkutuko arazoak gainditzeko moduak ere.
7. Zelula bakarreko RNA-seq datuen analisia | Konstantin Zaitsev, St. Louis-eko Washington Unibertsitatea
|
Zelula bakarreko sekuentziazioari buruzko sarrera hitzaldia. Konstantin-ek sekuentziazio metodoak, laborategiko lanaren zailtasunak eta bioinformatika analisiak eta horiek gainditzeko moduak eztabaidatzen ditu.
8. Muskulu-distrofiaren diagnostikoa nanoporoen sekuentziazioa erabiliz | Pavel Avdeev, George Washington Unibertsitatea
|
Oxford Nanopore teknologia erabiliz sekuentziatzeak distrofia muskularra bezalako gaixotasunen kausa genetikoak identifikatzeko erabil daitezkeen abantailak ditu. Bere hitzaldian, gaixotasun hau diagnostikatzeko kanalizazio baten garapenari buruz hitz egin zuen Pavelek.
9*. Genomaren irudikapen grafikoa | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
Grafiko-ereduek antzeko sekuentzia kopuru handi baten irudikapen trinkoa ahalbidetzen dute eta genomikan askotan erabiltzen dira. Ilyak zehatz-mehatz hitz egin zuen nola berreraikitzen diren sekuentziak genomikoak grafikoen bidez, nola eta zergatik erabiltzen den de Bruin grafikoa, halako "grafiko" ikuspegi batek zenbateraino areagotzen duen mutazio-bilaketen zehaztasuna, eta oraindik grafikoen erabilerarekin konpondu gabeko arazoei buruz.
10*. Proteomika entretenigarria | Pavel Sinitsyn, Max Planck Biokimika Institutua (2 atal)
, |,
Proteinak dira organismo bizidun baten prozesu biokimiko gehienen arduradunak, eta orain arte proteomika da milaka proteinen egoera aldi berean aztertzeko metodo bakarra. Ebatzitako arazoen sorta ikusgarria da - antigorputzak eta antigenoak identifikatzea, milaka proteina lokalizazioa zehaztea arte. Bere hitzaldietan, Pavelek proteomikaren aplikazio hauetaz eta besteez, bere gaur egungo garapenaz eta datuen analisian dauden hutsez hitz egin zuen.
hamaika*. Simulazio molekularren oinarrizko printzipioak | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Dinamika molekularrari buruzko sarrera-hitzaldi teorikoa: zergatik behar den, zer egiten duen eta nola erabiltzen den sendagaien garapenari dagokionez. Pavelek arreta jarri zien dinamika molekularraren metodoei, indar molekularren azalpenari, konexioen deskribapenari, "indar-eremua" eta "integrazioa" kontzeptuei, modelizazioari buruzko mugak eta askoz gehiago.
12*. Biologia Molekularra eta Genetika | Yuri Barbitov, Bioinformatika Institutua
, , |
Biologia molekularra eta genetikarako hiru ataletako sarrera ingeniaritza ikasleentzat eta lizentziadunentzat. Lehenengo hitzaldian biologia modernoaren kontzeptuak, genomaren egituraren gaiak eta mutazioen agerraldia aztertzen dira. Bigarrenak geneen funtzionamenduaren, transkripzio eta itzulpen prozesuak zehatz-mehatz lantzen ditu, hirugarrenak geneen adierazpenaren erregulazioa eta oinarrizko metodo biologiko molekularra.
13*. NGS Datuen Analisiaren Printzipioak | Yuri Barbitov, Bioinformatika Institutua
|
Hitzaldiak bigarren belaunaldiko sekuentziazio metodoak (NGS) deskribatzen ditu, horien motak eta ezaugarriak. Irakasleak zehatz-mehatz azaltzen du nola egituratzen diren sekuentziadorearen "irteera" datuak, nola bihurtzen diren analisirako eta zein diren lan egiteko moduak.
14*. Komando-lerroa erabiliz, praktikatu | Gennady Zakharov, EPAM
Linux komando-lerroko komando erabilgarrien, aukeren eta horiek erabiltzeko oinarrien ikuspegi praktikoa. Adibideak sekuentziatutako DNA sekuentzien analisian oinarritzen dira. Linux eragiketa estandarrez gain (adibidez, cat, grep, sed, awk), sekuentziak lantzeko utilitateak (samtools, bedtools) kontuan hartzen dira.
15*. Datuen bistaratzea txikientzako | Nikita Alekseev, ITMO Unibertsitatea
|
Bakoitzak bere proiektu zientifikoen emaitzak ilustratzeko edo besteen eskemak, grafikoak eta irudiak ulertzeko esperientzia izan du. Nikitak grafikoak eta diagramak nola interpretatu behar diren kontatu zuen, haietatik gauza nagusia nabarmenduz; irudi argiak nola marraztu. Artikulu bat irakurtzean edo iragarki bat ikustean zer begiratu behar den ere azpimarratu du irakasleak.
16*. Bioinformatikako karrerak | Victoria Korzhova, Max Planck Biokimika Institutua
Video: , |
Victoriak atzerrian zientzia akademikoaren egiturari buruz hitz egin zuen eta zeri arreta jarri behar dion graduko, graduondoko edo graduondoko ikasle gisa zientzian edo industrian karrera bat eraikitzeko.
17*. Nola idatzi CV bat zientzialari bati | Victoria Korzhova, Max Planck Biokimika Institutua
Zer utzi CVan eta zer kendu? Zein gertaera izango dira interesgarriak laborategiko zuzendari batentzat, eta zein dira hobe ez aipatzea? Nola antolatu behar duzu informazioa zure curriculuma nabarmentzeko? Galdera horiei eta beste batzuei erantzuna emango die hitzaldiak.
18*. Bioinformatika merkatuak nola funtzionatzen duen | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Nola funtzionatzen du merkatuak eta non lan egin dezake bioinformatika batek? Galdera honen erantzuna zehatz-mehatz aurkezten da, adibide eta aholkuekin, Andreyren hitzaldian.
end
Konturatuko zinen bezala, eskolan hitzaldiak nahiko zabalak dira gaietan: modelizazio molekularra eta genomaren muntaketarako grafikoak erabiltzea, zelula bakarren azterketa eta karrera zientifiko bat eraikitzeraino. Bioinformatika Institutuan saiatzen gara hainbat gai sartzen eskola programan, ahalik eta bioinformatika diziplina gehien jorratzeko, eta parte-hartzaile bakoitzak zerbait berri eta erabilgarria ikas dezan.
Bioinformatikako hurrengo eskola 29ko uztailaren 3tik abuztuaren 2019ra egingo da Moskutik gertu. . Aurtengo gaia garapenaren biologian eta zahartzearen ikerketan bioinformatika izango da.
Bioinformatika sakonki ikasi nahi dutenentzat, oraindik gure eskaerak onartzen ari gara San Petersburgon. Edo jarraitu udazken honetan Moskun programaren irekierari buruzko gure berriak.
San Petersburgon edo Moskun ez daudenentzat, baina benetan bioinformatika bihurtu nahi dutenentzat, prestatu dugu algoritmoetan, programazioan, genetikan eta biologian.
Dozenaka ere baditugu , oraintxe bertan pasatzen has zaitezke.
2018an, bioinformatikako udako eskola egin zen gure ohiko bazkideen laguntzarekin: JetBrains, BIOCAD eta EPAM enpresen laguntzarekin, eta horiengatik asko eskertzen diegu.
Bioinformatika guztioi!
PS nahikoa ez bazenuen uste, ΠΈ .
Iturria: www.habr.com