{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/fr\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"Des algorithmes au cancer : des conf\u00e9rences de l'\u00e9cole de bio-informatique","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"

\"DesEn \u00e9t\u00e9 2018, une \u00e9cole d'\u00e9t\u00e9 annuelle de bioinformatique s'est tenue pr\u00e8s de Saint-P\u00e9tersbourg, r\u00e9unissant 100 \u00e9tudiants et doctorants pour explorer la bioinformatique et son application dans divers domaines de la biologie et de la m\u00e9decine. <\/p>\n

Le principal objectif de cette \u00e9cole \u00e9tait la recherche sur le cancer, mais des conf\u00e9rences sur d'autres domaines de la bioinformatique ont \u00e9galement eu lieu, allant de l'\u00e9volution \u00e0 l'analyse des donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age unicellulaire. Au cours de la semaine, les participants ont appris \u00e0 travailler avec des donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration, ont programm\u00e9 en Python et en R, ont utilis\u00e9 des outils et des cadres bioinformatiques standard, se sont familiaris\u00e9s avec les m\u00e9thodes de biologie syst\u00e9mique, de g\u00e9n\u00e9tique des populations, et de mod\u00e9lisation des m\u00e9dicaments dans l'\u00e9tude des tumeurs, et bien plus encore. <\/p>\n

Vous trouverez ci-dessous les vid\u00e9os de 18 conf\u00e9rences donn\u00e9es lors de l'\u00e9cole, accompagn\u00e9es de descriptions et de diapositives. Celles marqu\u00e9es d'un ast\u00e9risque \u00ab * \u00bb sont assez basiques et peuvent \u00eatre regard\u00e9es sans pr\u00e9paration pr\u00e9alable.
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\n 1*. Oncog\u00e9nomique et oncologie personnalis\u00e9e | Mikha\u00efl Pyatnitski, Institut de chimie biom\u00e9dicale <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Mikha\u00efl a bri\u00e8vement parl\u00e9 de la g\u00e9nomique des tumeurs et de la mani\u00e8re dont la compr\u00e9hension de l'\u00e9volution des cellules canc\u00e9reuses permet de r\u00e9soudre des probl\u00e8mes pratiques en oncologie. Il a particuli\u00e8rement soulign\u00e9 la diff\u00e9rence entre oncog\u00e8nes et oncog\u00e9n\u00e9rateurs, les m\u00e9thodes de recherche des \u00ab g\u00e8nes du cancer \u00bb et l'identification des sous-types mol\u00e9culaires des tumeurs. En conclusion, Mikha\u00efl s'est attard\u00e9 sur l'avenir de l'oncog\u00e9nomique et sur les probl\u00e8mes qui pourraient survenir.<\/p>\n

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\n 2*. Diagnostic g\u00e9n\u00e9tique des syndromes tumoraux h\u00e9r\u00e9ditaires | Andre\u00ef Afanassiev, yRisk<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Andre\u00ef a pr\u00e9sent\u00e9 les syndromes tumoraux h\u00e9r\u00e9ditaires, en expliquant leur biologie, \u00e9pid\u00e9miologie et manifestations cliniques. Une partie de la conf\u00e9rence \u00e9tait d\u00e9di\u00e9e \u00e0 la question du test g\u00e9n\u00e9tique : qui doit le faire, comment cela se d\u00e9roule, quelles sont les difficult\u00e9s rencontr\u00e9es lors de traitement des donn\u00e9es et de l'interpr\u00e9tation des r\u00e9sultats, et enfin, quel b\u00e9n\u00e9fice cela peut apporter aux patients et \u00e0 leurs proches.<\/p>\n

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\n 3*. Le Pan-Cancer Atlas | Hermann Demidov, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Malgr\u00e9 des d\u00e9cennies de recherches en g\u00e9nomique et en \u00e9pig\u00e9nomique du cancer, la r\u00e9ponse \u00e0 la question \u00ab comment, o\u00f9 et pourquoi surviennent les syndromes tumoraux \u00bb n\u2019est toujours pas compl\u00e8te. L\u2019une des raisons \u00e0 cela est la n\u00e9cessit\u00e9 d\u2019une acquisition et d\u2019un traitement standardis\u00e9s d\u2019un grand nombre de donn\u00e9es pour d\u00e9tecter des effets de faible ampleur, difficiles \u00e0 identifier dans un ensemble de donn\u00e9es limit\u00e9 (qui est typiquement le cas dans une ou plusieurs laboratoires), mais qui, dans l\u2019ensemble, jouent un r\u00f4le \u00e9norme dans une maladie aussi complexe et multifactorielle que le cancer.<\/p>\n

Au cours des derni\u00e8res ann\u00e9es, de nombreuses \u00e9quipes de recherche de premier plan dans le monde ont, conscientes de ce probl\u00e8me, commenc\u00e9 \u00e0 unir leurs efforts pour tenter de d\u00e9tecter et de d\u00e9crire tous ces effets. Une de ces initiatives (The PanCancer Atlas) et les r\u00e9sultats obtenus dans le cadre de ce consortium de laboratoires, publi\u00e9s dans un num\u00e9ro sp\u00e9cial de Cell, ont \u00e9t\u00e9 abord\u00e9s par German lors de cette conf\u00e9rence.<\/p>\n

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\n 4. ChIP-Seq dans l\u2019\u00e9tude des m\u00e9canismes \u00e9pig\u00e9n\u00e9tiques | Oleg Shpynov, JetBrains Research <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

La r\u00e9gulation de l'expression des g\u00e8nes se fait de plusieurs mani\u00e8res. Lors de sa conf\u00e9rence, Oleg a parl\u00e9 de la r\u00e9gulation \u00e9pig\u00e9n\u00e9tique par la modification des histones, de l\u2019\u00e9tude de ces processus par la m\u00e9thode ChIP-seq et des moyens d'analyser les r\u00e9sultats obtenus.<\/p>\n

\"Des
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\n 5. Multiomique dans les recherches sur le cancer | Konstantin Okonchnikov, Centre allemand de recherche sur le cancer<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Le d\u00e9veloppement des technologies exp\u00e9rimentales en biologie mol\u00e9culaire a permis de combiner l\u2019\u00e9tude d\u2019un large \u00e9ventail de processus fonctionnels dans les cellules, les organes ou m\u00eame l\u2019organisme entier. Pour \u00e9tablir des liens entre les composants des processus biologiques, il est n\u00e9cessaire d'utiliser la multiomique, qui combine des donn\u00e9es exp\u00e9rimentales massives en g\u00e9nomique, transcriptomique, \u00e9pig\u00e9nomique et prot\u00e9omique. Konstantin a donn\u00e9 des exemples concrets d'application de la multiomique dans le domaine de la recherche sur les maladies canc\u00e9reuses, en se concentrant sur l'oncologie p\u00e9diatrique.<\/p>\n

6. La diversit\u00e9 et les limites de l'analyse des cellules uniques | Konstantin Okonchnikov<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Une conf\u00e9rence plus d\u00e9taill\u00e9e sur le s\u00e9quen\u00e7age RNA de cellules uniques et les m\u00e9thodes d'analyse de ces donn\u00e9es, ainsi que sur les moyens de surmonter des probl\u00e8mes \u00e9vidents et cach\u00e9s lors de leur \u00e9tude.<\/p>\n

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\n7. Analyse des donn\u00e9es single-cell RNA-seq | Konstantin Za\u00eftsev, Universit\u00e9 de Washington \u00e0 St.Louis<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Cours introductif sur le s\u00e9quen\u00e7age des cellules uniques. Konstantin aborde les m\u00e9thodes de s\u00e9quen\u00e7age, les difficult\u00e9s rencontr\u00e9es lors des \u00e9tapes de travail en laboratoire et d'analyse bioinformatique, ainsi que les moyens de les surmonter.<\/p>\n

\"Des
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\n8. Diagnostic de la dystrophie musculaire par s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 nanopores | Pavel Avdeev, Universit\u00e9 George Washington<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Le s\u00e9quen\u00e7age utilisant la technologie d'Oxford Nanopore offre des avantages qui peuvent \u00eatre exploit\u00e9s pour identifier les causes g\u00e9n\u00e9tiques des maladies, comme la dystrophie musculaire. Lors de sa conf\u00e9rence, Pavel a discut\u00e9 du d\u00e9veloppement d'un pipeline pour le diagnostic de cette maladie.<\/p>\n

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\n 9*. Repr\u00e9sentation graphique du g\u00e9nome | Ilia Minkin, Universit\u00e9 d'\u00c9tat de Pennsylvanie<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Les mod\u00e8les graphiques permettent de repr\u00e9senter de mani\u00e8re compacte un grand nombre de s\u00e9quences similaires et sont souvent utilis\u00e9s en g\u00e9nomique. Ilia a expliqu\u00e9 en d\u00e9tail comment les graphes sont utilis\u00e9s pour reconstruire les s\u00e9quences g\u00e9nomiques, pourquoi et comment le graphe de Bruijn est utilis\u00e9, dans quelle mesure cette approche 'graphique' augmente la pr\u00e9cision de la recherche de mutations, et quels probl\u00e8mes non r\u00e9solus avec l'utilisation de graphes subsistent encore.<\/p>\n

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\n 10*. Prot\u00e9o-mique fascinante | Pavel Sinitsyn, Institut Max Planck de biochimie (2 parties) <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o 1<\/a><\/noindex>, Vid\u00e9o 2<\/a><\/noindex> |Diapositive 1<\/a><\/noindex>, Diapositive 2<\/a><\/noindex><\/p>\n

Les prot\u00e9ines sont responsables de la plupart des processus biochimiques dans un organisme vivant, et la prot\u00e9omique est pour l'instant la seule m\u00e9thode permettant l'analyse globale de l'\u00e9tat de milliers de prot\u00e9ines simultan\u00e9ment. Le spectre des probl\u00e8mes \u00e0 r\u00e9soudre est impressionnant, allant de l'identification des anticorps et des antig\u00e8nes \u00e0 la localisation de plusieurs milliers de prot\u00e9ines. Lors de ses conf\u00e9rences, Pavel a abord\u00e9 ces applications et d'autres de la prot\u00e9omique, son d\u00e9veloppement actuel et les \u00e9cueils de l'analyse des donn\u00e9es.<\/p>\n

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\n 11*. Principes fondamentaux des simulations mol\u00e9culaires | Pavel Iakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex>\u00a0| Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Cours th\u00e9orique introductif sur la dynamique mol\u00e9culaire : pourquoi elle est n\u00e9cessaire, ce qu'elle fait et comment elle est utilis\u00e9e dans le d\u00e9veloppement de m\u00e9dicaments. Pavel a abord\u00e9 les m\u00e9thodes de dynamique mol\u00e9culaire, expliqu\u00e9 les forces mol\u00e9culaires, d\u00e9crit les liaisons, les concepts de 'champ de forces' et 'int\u00e9gration', ainsi que les limites de la mod\u00e9lisation, et bien d'autres sujets. <\/p>\n

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\n 12*. Biologie mol\u00e9culaire et g\u00e9n\u00e9tique | Youri Barbitov, Institut de bioinformatique <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o 1<\/a><\/noindex>, Vid\u00e9o 2<\/a><\/noindex>, Vid\u00e9o 3<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Introduction \u00e0 la biologie mol\u00e9culaire et \u00e0 la g\u00e9n\u00e9tique en trois parties pour les \u00e9tudiants et dipl\u00f4m\u00e9s des sp\u00e9cialit\u00e9s techniques. La premi\u00e8re conf\u00e9rence aborde les concepts de la biologie moderne, les questions de la structure du g\u00e9nome et l'\u00e9mergence des mutations. La deuxi\u00e8me traite en d\u00e9tail des fonctions des g\u00e8nes, des processus de transcription et de traduction, la troisi\u00e8me \u2014 de la r\u00e9gulation de l'expression des g\u00e8nes et des principales m\u00e9thodes de biologie mol\u00e9culaire.<\/p>\n

13*. Principes d'analyse des donn\u00e9es NGS | Youri Barbitov, Institut de bioinformatique<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

La conf\u00e9rence traite des m\u00e9thodes de s\u00e9quen\u00e7age de deuxi\u00e8me g\u00e9n\u00e9ration (NGS), de leurs types et caract\u00e9ristiques. L'intervenant explique en d\u00e9tail comment les donn\u00e9es \u00ab \u00e0 la sortie \u00bb du s\u00e9quenceur sont structur\u00e9es, comment elles sont transform\u00e9es pour l'analyse et quelles sont les m\u00e9thodes de travail avec ces donn\u00e9es.<\/p>\n

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\n 14*. Utilisation de la ligne de commande, pratique | Guennadi Zakharov, EPAM<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex><\/p>\n

Aper\u00e7u pratique des commandes utiles dans la ligne de commande Linux, des options et des bases de leur utilisation. Les exemples concernent l'analyse des s\u00e9quences d'ADN s\u00e9quenc\u00e9es. En plus des op\u00e9rations standard de Linux (par exemple, cat, grep, sed, awk), des utilitaires pour travailler avec les s\u00e9quences (samtools, bedtools) sont \u00e9galement examin\u00e9s.<\/p>\n

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\n 15*. Visualisation des donn\u00e9es pour les plus petits | Nikita Alexe\u00efev, Universit\u00e9 ITMO <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Il est arriv\u00e9 \u00e0 chacun d'illustrer les r\u00e9sultats de ses projets scientifiques ou d'\u00e9tudier les diagrammes, graphiques et images des autres. Nikita a expliqu\u00e9 comment interpr\u00e9ter correctement les graphiques et les diagrammes, en mettant en avant l'essentiel; comment dessiner des images compr\u00e9hensibles. L'intervenant a \u00e9galement soulign\u00e9 sur quoi se concentrer lors de la lecture d'un article ou du visionnage d'une publicit\u00e9.<\/p>\n

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\n 16*. Carri\u00e8re en bioinformatique | Viktoria Korjova, Max Planck Institute of Biochemistry<\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o : 1<\/a><\/noindex>, 2<\/a><\/noindex> | Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Viktoria a parl\u00e9 de la structure de la science acad\u00e9mique \u00e0 l'\u00e9tranger et de ce sur quoi il faut porter attention pour construire une carri\u00e8re dans la science ou dans l'industrie en \u00e9tant \u00e9tudiant au niveau de la licence, du master ou du doctorat.<\/p>\n

17*. Comment un chercheur doit r\u00e9diger un CV | Viktoria Korjova, Max Planck Institute of Biochemistry <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex><\/p>\n

Que garder dans un CV et que supprimer ? Quels faits int\u00e9ressent le futur employeur, et quels \u00e9l\u00e9ments mieux vaut \u00e9viter ? Comment organiser l'information pour que votre CV attire l'attention ? La conf\u00e9rence r\u00e9pondra \u00e0 ces questions et d'autres.<\/p>\n

18*. Comment fonctionne le march\u00e9 de la bioinformatique | Andrei Afanasev, yRisk <\/b><\/p>\n

Vid\u00e9o<\/a><\/noindex>\u00a0| Diapositives<\/a><\/noindex><\/p>\n

Comment est structur\u00e9 le march\u00e9 et o\u00f9 travailler en bioinformatique ? La r\u00e9ponse \u00e0 cette question est d\u00e9taill\u00e9e, avec des exemples et des conseils, dans la conf\u00e9rence d'Andrei.<\/p>\n

<\/p>\n

Fin<\/h4>\n

\nComme vous l'avez peut-\u00eatre remarqu\u00e9, les conf\u00e9rences \u00e0 l'\u00e9cole sont assez vari\u00e9es en termes de th\u00e8mes \u2014 de la mod\u00e9lisation mol\u00e9culaire et de l'utilisation des graphes pour l'assemblage du g\u00e9nome, \u00e0 l'analyse des cellules uniques et \u00e0 la construction d'une carri\u00e8re scientifique. Au sein de l'Institut de bioinformatique, nous nous effor\u00e7ons d'inclure dans le programme de l'\u00e9cole divers sujets afin de couvrir autant de disciplines bioinformatiques que possible, et pour que chaque participant apprenne quelque chose de nouveau et d'utile.<\/p>\n

La prochaine \u00e9cole de bioinformatique se d\u00e9roulera du 29 juillet au 3 ao\u00fbt 2019 pr\u00e8s de Moscou. Les inscriptions pour l'\u00e9cole 2019 sont d\u00e9j\u00e0 ouvertes, jusqu'au 1er mai<\/a><\/noindex>. Le th\u00e8me de cette ann\u00e9e sera la bioinformatique dans les recherches sur le d\u00e9veloppement (biologie du d\u00e9veloppement) et le vieillissement (aging).<\/p>\n

Pour ceux qui souhaitent approfondir leurs connaissances en bioinformatique, nous continuons \u00e0 accepter les candidatures pour notre programme annuel en pr\u00e9sentiel<\/a><\/noindex> \u00e0 Saint-P\u00e9tersbourg. Ou suivez nos actualit\u00e9s concernant l'ouverture du programme \u00e0 Moscou d\u00e9j\u00e0 cet automne.<\/p>\n

Pour ceux qui ne sont pas \u00e0 Saint-P\u00e9tersbourg ou \u00e0 Moscou, mais qui souhaitent vivement devenir bioinformaticiens \u2014 nous avons pr\u00e9par\u00e9 une liste de livres et manuels<\/a><\/noindex> sur les algorithmes, la programmation, la g\u00e9n\u00e9tique et la biologie.<\/p>\n

Nous avons \u00e9galement des dizaines de cours en ligne ouverts et gratuits sur Stepik<\/a><\/noindex>, que vous pouvez commencer \u00e0 suivre d\u00e8s maintenant.<\/p>\n

En 2018, l'\u00e9cole d'\u00e9t\u00e9 de bioinformatique a \u00e9t\u00e9 organis\u00e9e avec le soutien de nos partenaires r\u00e9guliers \u2013 les entreprises JetBrains, BIOCAD et EPAM, pour lesquelles nous leur sommes tr\u00e8s reconnaissants. <\/p>\n

\u00c0 tous les bioinformaticiens !<\/b><\/p>\n

P.S. Si cela vous semble peu, voici un post avec les conf\u00e9rences de l'\u00e9cole pr\u00e9c\u00e9dente<\/a><\/noindex> et encore quelques \u00e9coles des ann\u00e9es pr\u00e9c\u00e9dentes<\/a><\/noindex>.<\/p>\n

\"Des
\n
Source : habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"

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