Yn 'e simmer fan 2018 waard in jierlikse simmerskoalle yn bioinformatika hâlden yn 'e buert fan Sint-Petersburch, dêr't 100 undergraduate en graduate studinten kamen om bioinformatika te studearjen en te learen oer it gebrûk yn ferskate fjilden fan biology en medisinen.
De haadfokus fan 'e skoalle wie op kankerûndersyk, mar d'r wiene lêzingen oer oare gebieten fan bioinformatika, fariearjend fan evolúsje oant de analyze fan gegevens foar iensellige sequences. Yn 'e rin fan' e wike learden de jonges te wurkjen mei folgjende-generaasje sequencing-gegevens, programmearre yn Python en R, brûkten standert bioinformatika-ark en kaders, waarden fertroud mei de metoaden fan systeembiology, populaasjegenetika en drugsmodellering by it studearjen fan tumors, en safolle mear.
Hjirûnder in filmke fan 18 lêzingen dy't op de skoalle jûn wurde, mei in koarte beskriuwing en dia's. Dy markearre mei in asterisk "*" binne frij basic en kinne wurde besjoen sûnder foarôfgeande tarieding.
1*. Oncogenomics en personaliseare onkology | Mikhail Pyatnitsky, Research Institute of Biomedical Chemistry
|
Mikhail spruts koart oer tumorgenomika en hoe't it begripen fan 'e evolúsje fan kankersellen ús praktyske problemen yn onkology kinne oplosse. De dosint joech spesjaal omtinken foar it ferklearjen fan it ferskil tusken onkogenen en tumor-suppressors, metoaden foar it sykjen nei "kankergenen" en it identifisearjen fan molekulêre subtypen fan tumors. Ta beslút, Mikhail joech omtinken oan 'e takomst fan oncogenomics en de problemen dy't mooglik ûntstean.
2*. Genetyske diagnoaze fan hereditêre tumorsyndromen | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey spruts oer erflike tumorsyndromen en besprutsen har biology, epidemyology en klinyske manifestaasjes. In diel fan 'e lêzing is wijd oan it probleem fan genetyske testen - wa moat it ûndergean, wat wurdt dêrfoar dien, hokker swierrichheden ûntsteane by it ferwurkjen fan gegevens en it ynterpretearjen fan de resultaten, en as lêste, hokker foardielen bringt it foar pasjinten en har sibben .
3*. The Pan-Cancer Atlas | German Demidov, BIST/UPF
|
Nettsjinsteande tsientallen jierren fan ûndersyk op it mêd fan kankergenomika en epigenomika, is it antwurd op 'e fraach "hoe, wêr en wêrom tumorsyndromen ûntsteane" noch ûnfolslein. Ien reden hjirfoar is de needsaak foar standerdisearre akwisysje en ferwurking fan enoarme hoemannichten gegevens om effekten fan lytse omfang te ûntdekken dy't lestich binne te detektearjen yn in beheinde dataset (de grutte dy't typysk is foar in stúdzje binnen ien of meardere laboratoaria) , mar dy't yn it aggregaat in wichtige rol spylje in grutte rol yn sa'n komplekse en multyfaktoriële sykte as kanker.
Yn 'e lêste jierren binne in protte fan' e machtichste ûndersyksgroepen fan 'e wrâld, bewust fan dit probleem, begon krêften te gearwurkjen yn besykjen om al dizze effekten te ûntdekken en te beskriuwen. Herman spruts oer ien fan dizze inisjativen (The PanCancer Atlas) en de resultaten krigen as ûnderdiel fan it wurk fan dit konsortium fan laboratoaren en publisearre yn in spesjale útjefte fan Cell yn dizze lêzing.
4. ChIP-Seq yn 'e stúdzje fan epigenetyske meganismen | Oleg Shpynov, JetBrains Research
|
Regulearring fan gene ekspresje wurdt útfierd op ferskate manieren. Op syn lêzing spruts Oleg oer epigenetyske regeling troch histonmodifikaasje, de stúdzje fan dizze prosessen mei de ChIP-seq-metoade en metoaden foar it analysearjen fan de resultaten.
5. Multiomics yn kankerûndersyk | Konstantin Okonechnikov, German Cancer Research Center
|
De ûntwikkeling fan eksperimintele technologyen yn molekulêre biology hat it mooglik makke om de stúdzje fan in breed oanbod fan funksjonele prosessen yn sellen, organen of sels it hiele organisme te kombinearjen. Om ferbiningen te meitsjen tusken komponinten fan biologyske prosessen, is it nedich om multi-omics te brûken, dy't massive eksperimintele gegevens kombinearje fan genomics, transcriptomics, epigenomics en proteomics. Konstantin joech dúdlike foarbylden fan it brûken fan multi-omics op it mêd fan kankerûndersyk mei in fokus op pediatryske onkology.
6. Veelzijdigheid en beheinings fan Single Cell Analysis | Konstantin Okonechnikov
|
In mear detaillearre lêzing oer single-cell RNA-seq en metoaden foar it analysearjen fan dizze gegevens, lykas manieren om dúdlike en ferburgen problemen te oerwinnen by it studearjen fan har.
7. Analyse fan single-cell RNA-seq data | Konstantin Zaitsev, Washington University yn St
|
Ynliedende lêzing oer single cell sequencing. Konstantin besprekt metoaden foar sekwinsje, swierrichheden yn laboratoariumwurk en bioinformatika-analyse, en manieren om se te oerwinnen.
8. Diagnoaze fan muskulêre dystrophy mei help fan nanopore sequencing | Pavel Avdeev, George Washington University
|
Sequencing mei Oxford Nanopore technology hat foardielen dy't kinne wurde brûkt om de genetyske oarsaken fan sykten lykas spierdystrophy te identifisearjen. Yn syn lêzing spruts Pavel oer de ûntwikkeling fan in pipeline foar diagnoaze fan dizze sykte.
9*. Grafyske werjefte fan it genoom | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
Grafykmodellen tastean kompakte fertsjintwurdiging fan in grut oantal ferlykbere sekwinsjes en wurde faak brûkt yn genomics. Ilya spruts yn detail oer hoe't genomyske sekwinsjes wurde rekonstruearre mei grafiken, hoe en wêrom't de de Bruin-grafyk wurdt brûkt, hoefolle sa'n "grafyk" oanpak de krektens fan mutaasjesykjen fergruttet, en hokker ûnoploste problemen mei it brûken fan grafiken noch bliuwe.
10*. Entertaining proteomics | Pavel Sinitsyn, Max Planck Institute of Biochemistry (2 dielen)
, |,
Proteins binne ferantwurdlik foar de measte biogemyske prosessen yn in libben organisme, en oant no ta is proteomics de ienige metoade foar globale analyze fan 'e steat fan tûzenen aaiwiten tagelyk. It oanbod fan problemen oplost is yndrukwekkend - fan it identifisearjen fan antykladen en antigenen oant it bepalen fan de lokalisaasje fan ferskate tûzen aaiwiten. Yn syn lêzingen spruts Pavel oer dizze en oare tapassingen fan proteomics, har hjoeddeistige ûntwikkeling en falkûlen yn gegevensanalyse.
alve*. Basisprinsipes fan molekulêre simulaasjes | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Ynliedende teoretyske lêzing oer molekulêre dynamyk: wêrom it nedich is, wat it docht en hoe't it wurdt brûkt yn relaasje ta medisynûntwikkeling. Pavel joech omtinken oan 'e metoaden fan molekulêre dynamyk, de útlis fan molekulêre krêften, de beskriuwing fan ferbiningen, de begripen "krêftfjild" en "yntegraasje", beheiningen yn modellering, en folle mear.
12*. Molekulêre biology en genetika | Yuri Barbitov, Ynstitút foar Bioinformatika
, , |
In trijedielige ynlieding ta molekulêre biology en genetika foar yngenieurstudinten en ôfstudearden. De earste lêzing besprekt de begripen fan moderne biology, problemen fan genomestruktuer en it foarkommen fan mutaasjes. De twadde beslacht yn detail de problemen fan genfunksje, de prosessen fan transkripsje en oersetting, de tredde beslacht de regeling fan geneekspresje en basismolekulêre biologyske metoaden.
13*. Prinsipes fan NGS Data Analysis | Yuri Barbitov, Ynstitút foar Bioinformatika
|
De lêzing beskriuwt twadde generaasje sequencing (NGS) metoaden, harren typen en skaaimerken. De dosint ferklearret yn detail hoe't de gegevens "útfier" fan 'e sequencer is strukturearre, hoe't it wurdt omboud foar analyse, en wat binne de manieren om dêrmei te wurkjen.
14*. Mei de kommandorigel oefenje | Gennady Zakharov, EPAM
In praktysk oersjoch fan brûkbere Linux kommandorigel kommando's, opsjes en de basis fan it brûken dêrfan. De foarbylden rjochtsje har op 'e analyze fan sequearre DNA-sekwinsjes. Neist standert Linux-operaasjes (bygelyks cat, grep, sed, awk), wurde nutsfoarsjenningen foar it wurkjen mei sekwinsjes (samtools, bedtools) beskôge.
15*. Gegevensfisualisaasje foar lytse bern | Nikita Alekseev, ITMO University
|
Elkenien hat de ûnderfining hân om de resultaten fan har eigen wittenskiplike projekten te yllustrearjen of de diagrammen, grafiken en foto's fan oaren te begripen. Nikita fertelde hoe't jo grafiken en diagrammen korrekt ynterpretearje, en markearje it wichtichste fan har; hoe dúdlike foto's te tekenjen. De dosint joech ek de klam op wêr't op sykje by it lêzen fan in artikel of it besjen fan in reklamespot.
16*. Karriêres yn bioinformatika | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Video: , |
Victoria spruts oer de struktuer fan akademyske wittenskip yn it bûtenlân en wêr't jo op moatte betelje om in karriêre yn wittenskip as yndustry op te bouwen as undergraduate, graduate as graduate studint.
17*. Hoe skriuw ik in CV foar in wittenskipper | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Wat te litten yn 'e CV en wat te ferwiderjen? Hokker feiten sille fan belang wêze foar in potinsjele laboratoariummanager, en hokker binne better net te neamen? Hoe moatte jo ynformaasje regelje om jo CV te meitsjen? De lêzing sil antwurd jaan op dizze en oare fragen.
18*. Hoe wurket de bioinformatikamerk | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Hoe wurket de merk en wêr kin in bioinformatiker wurkje? It antwurd op dizze fraach wurdt presintearre yn detail, mei foarbylden en advys, yn 'e lêzing fan Andrey.
De ein
Lykas jo miskien hawwe opfallen, binne lêzingen op 'e skoalle frij breed yn ûnderwerpen - fan molekulêre modellering en it brûken fan grafiken foar genoom-assemblage, oant de analyze fan inkele sellen en it bouwen fan in wittenskiplike karriêre. Wy by it Ynstitút foar Bioinformatika besykje in ferskaat oan ûnderwerpen op te nimmen yn it skoalprogramma om safolle mooglik bioinformatika-dissiplines te dekken, en sadat elke dielnimmer wat nijs en nuttichs leart.
De folgjende skoalle yn bioinformatika wurdt hâlden fan 29 july oant 3 augustus 2019 by Moskou. . It ûnderwerp fan dit jier sil bioinformatika wêze yn ûntwikkelingsbiology en fergrizingûndersyk.
Foar dyjingen dy't bioinformatika yn 'e djipte wolle studearje, akseptearje wy noch oanfragen foar ús yn Sint Petersburg. Of folgje ús nijs oer de iepening fan it programma yn Moskou dizze hjerst.
Foar dyjingen dy't net yn Sint Petersburch of Moskou binne, mar echt in bioinformatiker wurde wolle, hawwe wy taret yn algoritmen, programmearring, genetika en biology.
Wy hawwe ek tsientallen , dêr't jo no direkt troch kinne begjinne.
Yn 2018 waard de simmerskoalle yn bioinformatika hâlden mei stipe fan ús fêste partners - de bedriuwen JetBrains, BIOCAD en EPAM, dêr't wy harren tige tank foar hawwe.
Bioinformatika elkenien!
PS As jo net tochten dat it genôch wie, и .
Boarne: www.habr.com