As t-samhradh 2018, chaidh sgoil shamhraidh bhliadhnail ann am bioinformatics a chumail faisg air St.
Bha prìomh fhòcas na sgoile air rannsachadh aillse, ach bha òraidean ann air raointean eile de bhith-fhiosrachadh, bho mean-fhàs gu mion-sgrùdadh air dàta sreath aon-chealla. Thairis air an t-seachdain, dh’ ionnsaich na balaich a bhith ag obair le dàta seicheamh ginealach an ath ghinealach, air a phrògramadh ann am Python agus R, a’ cleachdadh innealan agus frèaman bioinformatics àbhaisteach, air eòlas fhaighinn air dòighean bith-eòlas siostaman, gintinneachd sluaigh agus modaladh dhrogaichean nuair a bha iad a’ sgrùdadh tumors, agus mòran a bharrachd.
Gu h-ìosal lorgaidh tu bhidio de 18 òraidean air an toirt seachad san sgoil, le tuairisgeul goirid agus sleamhnagan. Tha an fheadhainn a tha air an comharrachadh le rionnag “*” gu math bunaiteach agus faodar coimhead orra gun ullachadh ro-làimh.
1*. Oncogenomics agus oncology pearsanaichte | Mikhail Pyatnitsky, Institiud Rannsachaidh Ceimigeachd Bith-mheidigeach
|
Bhruidhinn Mikhail goirid mu genomics tumhair agus mar a tha tuigse air mean-fhàs cheallan aillse a’ leigeil leinn fuasgladh fhaighinn air duilgheadasan practaigeach ann an oncology. Thug an òraidiche aire shònraichte do bhith a’ mìneachadh an eadar-dhealachaidh eadar oncogenes agus suppressors tumhair, dòighean airson “ginean aillse” a lorg agus a bhith a’ comharrachadh subtypes moileciuil de thumhair. Ann an co-dhùnadh, thug Mikhail aire don àm ri teachd oncogenomics agus na duilgheadasan a dh'fhaodadh èirigh.
2*. Diagnosis ginteil air sionndroman tumhair oighreachail | Andrey Afanasyev, an cunnart
|
Bhruidhinn Andrey mu dheidhinn sionndroman tumhair oighreachail agus bheachdaich iad air am bith-eòlas, epidemio-eòlas agus taisbeanaidhean clionaigeach. Tha pàirt den òraid air a thoirt seachad air cùis deuchainn ginteil - cò a dh'fheumas a dhol tro, dè a thèid a dhèanamh airson seo, dè na duilgheadasan a tha ag èirigh ann a bhith a 'giullachd dàta agus a' mìneachadh nan toraidhean, agus, mu dheireadh, dè na buannachdan a bheir e dha euslaintich agus an càirdean .
3*. An Atlas Pan-Aillse | Gearmailteach Demidov, BIST/UPF
|
A dh 'aindeoin deicheadan de rannsachadh ann an raon genomics aillse agus epigenomics, tha am freagairt don cheist "ciamar, càite agus carson a tha sionndroman tumhair ag èirigh" fhathast neo-chrìochnach. Is e aon adhbhar airson seo an fheum air togail agus giullachd àbhaisteach de mhòran dàta gus buaidhean meud beag a lorg a tha duilich a lorg ann an seata dàta cuibhrichte (am meud a tha àbhaisteach airson sgrùdadh taobh a-staigh aon deuchainn-lann no grunn). , ach aig a bheil pàirt chudromach gu h-iomlan a’ cluich pàirt mhòr ann an galair cho iom-fhillte agus ioma-ghnìomhach ri aillse.
Anns na beagan bhliadhnaichean a dh ’fhalbh, tha mòran de na buidhnean rannsachaidh as cumhachdaiche san t-saoghal, mothachail air an duilgheadas seo, air tòiseachadh a’ tighinn còmhla ann an oidhirpean gus na buaidhean sin uile a lorg agus a mhìneachadh. Bhruidhinn Herman mu aon de na h-iomairtean sin (The PanCancer Atlas) agus na toraidhean a fhuaireadh mar phàirt de dh'obair a 'cho-bhanntachd seo de dh' obair-lann agus a chaidh fhoillseachadh ann an iris shònraichte de Cell anns an òraid seo.
4. ChIP-Seq ann an sgrùdadh uidheamachdan epigenetic | Oleg Shpynov, JetBrains Rannsachadh
|
Tha riaghladh abairt gine air a dhèanamh ann an diofar dhòighean. Aig an òraid aige, bhruidhinn Oleg mu riaghladh epigenetic tro atharrachadh histone, sgrùdadh air na pròiseasan sin a 'cleachdadh modh ChIP-seq agus dòighean airson mion-sgrùdadh a dhèanamh air na toraidhean a gheibhear.
5. Multiomics ann an Rannsachadh aillse | Konstantin Okonechnikov, Ionad Sgrùdaidh Aillse na Gearmailt
|
Tha leasachadh theicneòlasan deuchainneach ann am bith-eòlas moileciuil air a dhèanamh comasach sgrùdadh a dhèanamh air raon farsaing de phròiseasan gnìomh ann an ceallan, organan no eadhon an organsa gu lèir. Gus ceanglaichean a stèidheachadh eadar co-phàirtean de phròiseasan bith-eòlasach, feumar multiomics a chleachdadh, a bhios a ’cothlamadh dàta deuchainneach mòr bho genomics, transcriptomics, epigenomics agus proteomics. Thug Konstantin eisimpleirean soilleir seachad air cleachdadh ioma-omics ann an raon rannsachadh aillse le fòcas air oncology péidiatraiceach.
6. Iom-fhillteachd agus crìochan mion-sgrùdadh cealla singilte | Konstantin Okonechnikov
|
Òraid nas mionaidiche air RNA-seq aon-chealla agus dòighean airson an dàta seo a mhion-sgrùdadh, a bharrachd air dòighean gus faighinn thairis air duilgheadasan follaiseach agus falaichte nuair a bhios iad gan sgrùdadh.
7. Mion-sgrùdadh air dàta RNA-seq aon-chealla | Konstantin Zaitsev, Oilthigh Washington ann an St. Louis
|
Òraid tòiseachaidh air sreath aon-chealla. Tha Konstantin a’ bruidhinn air dòighean sreathachaidh, duilgheadasan ann an obair obair-lann agus mion-sgrùdadh bioinformatics, agus dòighean air faighinn seachad orra.
8. Diagnosis air dystrophy fèitheach a 'cleachdadh sreath nanopore | Pavel Avdeev, Oilthigh George Washington
|
Tha buannachdan ann a bhith a’ cleachdadh teicneòlas Oxford Nanopore gus adhbharan ginteil ghalaran leithid dystrophy fèitheach aithneachadh. Anns an òraid aige, bhruidhinn Pavel mu leasachadh loidhne-phìoban airson a bhith a 'breithneachadh an galair seo.
9*. Riochdachadh graf den genoma | Ilya Minkin, Oilthigh Stàite Pennsylvania
|
Tha modalan grafa a 'ceadachadh riochdachadh teann de àireamh mhòr de shreathan coltach ris agus gu tric bidh iad air an cleachdadh ann an genomics. Bhruidhinn Ilya gu mionaideach air mar a thathas ag ath-chruthachadh sreathan genomic le bhith a’ cleachdadh ghrafaichean, ciamar agus carson a thathas a’ cleachdadh graf de Bruin, dè an ìre gu bheil dòigh-obrach “graf” mar seo a’ meudachadh neo-mhearachdachd rannsachaidhean mùthaidh, agus dè na duilgheadasan gun fhuasgladh a thaobh cleachdadh ghrafaichean fhathast.
10*. Proteomics aoigheachd | Pavel Sinitsyn, Institiud Bith-cheimigeachd Max Planck (2 phàirt)
, |,
Tha pròtainean an urra ris a’ mhòr-chuid de phròiseasan bith-cheimiceach ann am fàs-bheairt beò, agus gu ruige seo is e proteomics an aon dòigh air mion-sgrùdadh cruinneil a dhèanamh air staid mhìltean de phròtain aig an aon àm. Tha an raon de dhuilgheadasan a chaidh fhuasgladh drùidhteach - bho bhith a’ comharrachadh antibodies agus antigens gu bhith a’ dearbhadh sgìreachadh grunn mhìltean de phròtainean. Anns na h-òraidean aige, bhruidhinn Pavel mu na cleachdaidhean sin agus eile de proteomics, an leasachadh làithreach agus na duilgheadasan ann am mion-sgrùdadh dàta.
aon-deug*. Prionnsabalan bunaiteach samhlaidhean moileciuil | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Òraid ro-ràdhach teòiridheach air daineamaigs moileciuil: carson a tha feum air, dè a bhios e a’ dèanamh agus mar a thathar ga chleachdadh an co-cheangal ri leasachadh dhrogaichean. Thug Pavel aire do na dòighean air daineamaigs moileciuil, mìneachadh air feachdan moileciuil, tuairisgeul air ceanglaichean, bun-bheachdan “raon feachd” agus “amalachadh”, crìochan ann am modaladh, agus mòran a bharrachd.
12*. Bith-eòlas Molecular agus Gintinneachd | Yuri Barbitov, Institiud Bioinformatics
, , |
Ro-ràdh trì-phàirteach air bith-eòlas moileciuil agus gintinneachd airson oileanaich innleadaireachd agus ceumnaichean. Tha a’ chiad òraid a’ beachdachadh air bun-bheachdan bith-eòlas an latha an-diugh, cùisean structar genome agus mùthaidhean a’ tachairt. Tha an dàrna fear a’ dèiligeadh gu mionaideach ri cùisean gnìomhachd gine, pròiseasan tar-sgrìobhaidh agus eadar-theangachaidh, tha an treas fear a’ còmhdach riaghladh faireachdainn gine agus modhan bith-eòlasach moileciuil bunaiteach.
13*. Prionnsabalan Mion-sgrùdadh Dàta NGS | Yuri Barbitov, Institiud Bioinformatics
|
Tha an òraid a’ toirt cunntas air dòighean sreath dara ginealach (NGS), na seòrsaichean agus na feartan aca. Tha an òraidiche a’ mìneachadh gu mionaideach mar a tha structar an dàta “toradh” bhon t-sreathaiche, mar a tha e air a thionndadh airson mion-sgrùdadh, agus dè na dòighean air obrachadh leis.
14*. A’ cleachdadh na loidhne-àithne, cleachd | Gennady Zakharov, EPAM
Sealladh farsaing air òrdughan loidhne-àithne feumail Linux, roghainnean agus na bunaitean airson an cleachdadh. Tha na h-eisimpleirean a’ cuimseachadh air mion-sgrùdadh air sreathan DNA ann an òrdugh. A bharrachd air gnìomhachd àbhaisteach Linux (mar eisimpleir, cat, grep, sed, awk), thathas a’ beachdachadh air goireasan airson obrachadh le sreathan (samtools, bedtools).
15*. Sealladh dàta don fheadhainn bheaga | Nikita Alekseev, Oilthigh ITMO
|
Tha eòlas air a bhith aig a h-uile duine air a bhith a’ dealbh toraidhean nam pròiseactan saidheansail aca fhèin no a’ tuigsinn diagraman, grafaichean agus dealbhan dhaoine eile. Dh'innis Nikita mar a mhìnicheadh e grafaichean agus diagraman gu ceart, a 'soilleireachadh am prìomh rud bhuapa; mar a tharraingeas tu dealbhan soilleir. Dhaingnich an t-òraidiche cuideachd na bu chòir a choimhead nuair a leughas tu artaigil no a’ coimhead sanas.
16*. Dreuchdan ann am Bioinformatics | Victoria Korzhova, Institiud Bith-cheimigeachd Max Planck
Bhidio: , |
Bhruidhinn Victoria mu structar saidheans acadaimigeach thall thairis agus na dh'fheumas tu aire a thoirt dha gus dreuchd a thogail ann an saidheans no gnìomhachas mar oileanach fo-cheum, ceumnaiche no ceumnaiche.
17*. Mar a sgrìobhas tu CV airson neach-saidheans | Victoria Korzhova, Institiud Bith-cheimigeachd Max Planck
Dè a dh’ fhàgas anns an CV agus dè a bu chòir a thoirt air falbh? Dè na fìrinnean a bhios inntinneach do mhanaidsear obair-lann a dh’ fhaodadh a bhith ann, agus a tha nas fheàrr gun a bhith ag ainmeachadh? Ciamar a bu chòir dhut fiosrachadh a chuir air dòigh gus toirt air do ath-thòiseachadh seasamh a-mach? Bheir an òraid seachad freagairtean dha na ceistean sin agus ceistean eile.
18*. Mar a tha a’ mhargaidh bioinformatics ag obair | Andrey Afanasyev, an cunnart
|
Ciamar a tha a’ mhargaidh ag obair agus càite an obraich bith-fhiosrachadh? Tha am freagairt don cheist seo air a thoirt seachad gu mionaideach, le eisimpleirean agus comhairle, ann an òraid Andrey.
An deireadh
Mar is dòcha gu bheil thu air mothachadh, tha òraidean san sgoil gu math farsaing ann an cuspairean - bho mhodaladh moileciuil agus cleachdadh ghrafaichean airson co-chruinneachadh genome, gu mion-sgrùdadh cheallan singilte agus togail dreuchd saidheansail. Bidh sinne aig an Institiud Bith-fiosrachaidh a’ feuchainn ri measgachadh de chuspairean a thoirt a-steach do phrògram na sgoile gus a bhith a’ còmhdach nas urrainn dhuinn de chuspairean bith-fiosrachaidh, agus gus an ionnsaich gach com-pàirtiche rudeigin ùr agus feumail.
Thèid an ath sgoil ann am bioinformatics a chumail eadar 29 Iuchar agus 3 Lùnastal, 2019 faisg air Moscow. . Is e cuspair na bliadhna-sa bith-fhiosrachadh ann am bith-eòlas leasachaidh agus rannsachadh aois.
Dhaibhsan a tha airson sgrùdadh domhainn a dhèanamh air bioinformatics, tha sinn fhathast a’ gabhail ri tagraidhean airson ar cuid ann an St Petersburg. No lean na naidheachdan againn mu fhosgladh a’ phrògram ann am Moscow an tuiteam seo.
Dhaibhsan nach eil ann an St Petersburg no Moscow, ach a tha dha-rìribh ag iarraidh a bhith nam bith-fhiosrachadh, tha sinn air ullachadh ann an algorithms, prògramadh, gintinneachd agus bith-eòlas.
Tha dusanan againn cuideachd , as urrainn dhut tòiseachadh a’ dol troimhe an-dràsta.
Ann an 2018, chaidh an sgoil shamhraidh ann am bioinformatics a chumail le taic bho ar com-pàirtichean cunbhalach - na companaidhean JetBrains, BIOCAD agus EPAM, airson a bheil sinn a’ toirt taing mhòr dhaibh.
Bioinformatics a h-uile duine!
PS Mura robh thu a’ smaoineachadh gu robh e gu leòr, и .
Source: www.habr.com