As aplicacións en Qubes divídense en clases dependendo da importancia dos datos que se procesan e das tarefas que se resolvan, de cada clase de aplicación, así como dos servizos do sistema (subsistema de rede, traballo con almacenamento, etc.). Cando un usuario inicia unha aplicación desde o menú, esta aplicación iníciase nunha máquina virtual específica, que executa un servidor X separado, un xestor de ventás simplificado e un controlador de vídeo auxiliar que traduce a saída ao ambiente de control en modo composto. Ao mesmo tempo, as aplicacións están dispoñibles sen problemas nun mesmo escritorio e realízanse para obter claridade con diferentes cores de marco de ventá. Cada ambiente ten acceso de lectura ao sistema de ficheiros raíz subxacente e almacenamento local que non se solapa co almacenamento doutros ambientes. O shell do usuario está construído sobre Xfce.
Fonte: opennet.ru