અલ્ગોરિધમ્સથી કેન્સર સુધી: બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પર શાળામાંથી પ્રવચનો

2018 ના ઉનાળામાં, સેન્ટ પીટર્સબર્ગ નજીક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સમાં વાર્ષિક સમર સ્કૂલનું આયોજન કરવામાં આવ્યું હતું, જ્યાં 100 અંડરગ્રેજ્યુએટ અને સ્નાતક વિદ્યાર્થીઓ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સનો અભ્યાસ કરવા અને જીવવિજ્ઞાન અને દવાના વિવિધ ક્ષેત્રોમાં તેના ઉપયોગ વિશે જાણવા માટે આવ્યા હતા.

શાળાનું મુખ્ય ધ્યાન કેન્સર સંશોધન પર હતું, પરંતુ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સના અન્ય ક્ષેત્રો પર પ્રવચનો હતા, જેમાં ઉત્ક્રાંતિથી લઈને સિંગલ-સેલ સિક્વન્સિંગ ડેટાના પૃથ્થકરણ સુધીનો સમાવેશ થાય છે. અઠવાડિયા દરમિયાન, છોકરાઓ આગલી પેઢીના સિક્વન્સિંગ ડેટા સાથે કામ કરવાનું શીખ્યા, પાયથોન અને આરમાં પ્રોગ્રામ કરેલ, પ્રમાણભૂત બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ટૂલ્સ અને ફ્રેમવર્કનો ઉપયોગ કર્યો, ગાંઠોનો અભ્યાસ કરતી વખતે સિસ્ટમ્સ બાયોલોજી, વસ્તી આનુવંશિકતા અને ડ્રગ મોડેલિંગની પદ્ધતિઓથી પરિચિત થયા, અને ઘણું બધું.

નીચે તમને શાળામાં આપવામાં આવેલા 18 પ્રવચનોનો વિડિયો સંક્ષિપ્ત વર્ણન અને સ્લાઇડ્સ સાથે મળશે. ફૂદડી "*" વડે ચિહ્નિત થયેલ તે તદ્દન મૂળભૂત છે અને પૂર્વ તૈયારી વિના જોઈ શકાય છે.



1*. ઓન્કોજેનોમિક્સ અને વ્યક્તિગત ઓન્કોલોજી | મિખાઇલ પ્યાટનિત્સકી, બાયોમેડિકલ રસાયણશાસ્ત્ર સંશોધન સંસ્થા

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

મિખાઇલે ટ્યુમર જીનોમિક્સ વિશે ટૂંકમાં વાત કરી અને કેન્સર કોષોના ઉત્ક્રાંતિને કેવી રીતે સમજવાથી આપણે ઓન્કોલોજીમાં વ્યવહારિક સમસ્યાઓ હલ કરી શકીએ છીએ. લેક્ચરરે ઓન્કોજીન્સ અને ટ્યુમર સપ્રેસર્સ વચ્ચેના તફાવતને સમજાવવા, "કેન્સર જનીનો" શોધવા માટેની પદ્ધતિઓ અને ગાંઠોના પરમાણુ પેટા પ્રકારોને ઓળખવા પર વિશેષ ધ્યાન આપ્યું. નિષ્કર્ષમાં, મિખાઇલે ઓન્કોજેનોમિક્સના ભાવિ અને ઊભી થઈ શકે તેવી સમસ્યાઓ પર ધ્યાન આપ્યું.

2*. વારસાગત ટ્યુમર સિન્ડ્રોમનું આનુવંશિક નિદાન | આન્દ્રે અફનાસ્યેવ, yRisk

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

એન્ડ્રીએ વારસાગત ગાંઠના સિન્ડ્રોમ વિશે વાત કરી અને તેમના જીવવિજ્ઞાન, રોગશાસ્ત્ર અને ક્લિનિકલ અભિવ્યક્તિઓ વિશે ચર્ચા કરી. વ્યાખ્યાનનો એક ભાગ આનુવંશિક પરીક્ષણના મુદ્દાને સમર્પિત છે - કોને તેમાંથી પસાર થવાની જરૂર છે, આ માટે શું કરવામાં આવે છે, ડેટાની પ્રક્રિયા કરવામાં અને પરિણામોનું અર્થઘટન કરવામાં કઈ મુશ્કેલીઓ ઊભી થાય છે અને છેવટે, તેનાથી દર્દીઓ અને તેમના સંબંધીઓને શું ફાયદો થાય છે. .

3*. પાન-કેન્સર એટલાસ | જર્મન ડેમિડોવ, BIST/UPF

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

કેન્સર જીનોમિક્સ અને એપિજેનોમિક્સના ક્ષેત્રમાં દાયકાઓ સુધી સંશોધનો હોવા છતાં, "કેવી રીતે, ક્યાં અને શા માટે ટ્યુમર સિન્ડ્રોમ ઉદ્ભવે છે" પ્રશ્નનો જવાબ હજુ પણ અધૂરો છે. આનું એક કારણ એ છે કે મર્યાદિત ડેટા સેટમાં શોધવી મુશ્કેલ હોય તેવા નાના કદની અસરોને શોધવા માટે મોટી માત્રામાં ડેટાના પ્રમાણિત સંપાદન અને પ્રક્રિયાની જરૂરિયાત છે (એક અથવા અનેક પ્રયોગશાળાઓમાં અભ્યાસ માટે વિશિષ્ટ કદ) , પરંતુ જે એકંદરે કેન્સર જેવા જટિલ અને મલ્ટિફેક્ટોરિયલ રોગમાં નોંધપાત્ર ભૂમિકા ભજવે છે.

છેલ્લા કેટલાક વર્ષોમાં, વિશ્વના ઘણા શક્તિશાળી સંશોધન જૂથો, આ સમસ્યાથી વાકેફ છે, આ તમામ અસરોને શોધવા અને તેનું વર્ણન કરવાના પ્રયાસોમાં દળોમાં જોડાવા લાગ્યા છે. હર્મને આમાંની એક પહેલ (ધ પેનકેન્સર એટલાસ) અને પ્રયોગશાળાઓના આ કન્સોર્ટિયમના કાર્યના ભાગ રૂપે મેળવેલા પરિણામો વિશે વાત કરી અને આ વ્યાખ્યાનમાં સેલના વિશેષ અંકમાં પ્રકાશિત કર્યું.

4. એપિજેનેટિક મિકેનિઝમ્સના અભ્યાસમાં ચિપ-સેક | ઓલેગ શ્પિનોવ, જેટબ્રેન્સ સંશોધન

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

જનીન અભિવ્યક્તિનું નિયમન વિવિધ રીતે હાથ ધરવામાં આવે છે. તેમના પ્રવચનમાં, ઓલેગે હિસ્ટોન ફેરફાર દ્વારા એપિજેનેટિક નિયમન વિશે વાત કરી, આ પ્રક્રિયાઓનો અભ્યાસ ChIP-seq પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરીને અને પ્રાપ્ત પરિણામોનું વિશ્લેષણ કરવાની પદ્ધતિઓ.

5. કેન્સર સંશોધનમાં મલ્ટિઓમિક્સ | કોન્સ્ટેન્ટિન ઓકોનેક્નિકોવ, જર્મન કેન્સર સંશોધન કેન્દ્ર

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં પ્રાયોગિક તકનીકોના વિકાસથી કોષો, અવયવો અથવા સમગ્ર જીવતંત્રમાં કાર્યાત્મક પ્રક્રિયાઓની વિશાળ શ્રેણીના અભ્યાસને જોડવાનું શક્ય બન્યું છે. જૈવિક પ્રક્રિયાઓના ઘટકો વચ્ચે જોડાણ સ્થાપિત કરવા માટે, મલ્ટિઓમિક્સનો ઉપયોગ કરવો જરૂરી છે, જે જીનોમિક્સ, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ, એપિજેનોમિક્સ અને પ્રોટીઓમિક્સમાંથી વિશાળ પ્રાયોગિક ડેટાને જોડે છે. કોન્સ્ટેન્ટિને પીડિયાટ્રિક ઓન્કોલોજી પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરીને કેન્સર સંશોધનના ક્ષેત્રમાં મલ્ટી-ઓમિક્સના ઉપયોગના સ્પષ્ટ ઉદાહરણો આપ્યા.

6. સિંગલ સેલ વિશ્લેષણની વર્સેટિલિટી અને મર્યાદાઓ | કોન્સ્ટેન્ટિન ઓકોનેચનિકોવ

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

સિંગલ-સેલ RNA-seq અને આ ડેટાનું વિશ્લેષણ કરવાની પદ્ધતિઓ, તેમજ તેનો અભ્યાસ કરતી વખતે સ્પષ્ટ અને છુપાયેલી સમસ્યાઓને દૂર કરવાની રીતો પર વધુ વિગતવાર વ્યાખ્યાન.

7. સિંગલ-સેલ RNA-seq ડેટાનું વિશ્લેષણ | કોન્સ્ટેન્ટિન ઝૈત્સેવ, સેન્ટ લૂઇસમાં વોશિંગ્ટન યુનિવર્સિટી

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

સિંગલ સેલ સિક્વન્સિંગ પર પ્રારંભિક વ્યાખ્યાન. કોન્સ્ટેન્ટિન સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિઓ, પ્રયોગશાળાના કાર્યમાં મુશ્કેલીઓ અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ અને તેને દૂર કરવાની રીતોની ચર્ચા કરે છે.

8. નેનોપોર સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરીને સ્નાયુબદ્ધ ડિસ્ટ્રોફીનું નિદાન | પાવેલ અવદેવ, જ્યોર્જ વોશિંગ્ટન યુનિવર્સિટી

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

ઑક્સફર્ડ નેનોપોર ટેક્નોલોજીનો ઉપયોગ કરીને સિક્વન્સિંગના ફાયદા છે જેનો ઉપયોગ મસ્ક્યુલર ડિસ્ટ્રોફી જેવા રોગોના આનુવંશિક કારણોને ઓળખવા માટે થઈ શકે છે. તેમના વ્યાખ્યાનમાં, પાવેલે આ રોગના નિદાન માટે પાઇપલાઇનના વિકાસ વિશે વાત કરી.

9*. જીનોમનું ગ્રાફ પ્રતિનિધિત્વ | ઇલ્યા મિંકિન, પેન્સિલવેનિયા સ્ટેટ યુનિવર્સિટી

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

ગ્રાફ મૉડલ્સ મોટી સંખ્યામાં સમાન સિક્વન્સની સઘન રજૂઆતને મંજૂરી આપે છે અને તેનો ઉપયોગ ઘણીવાર જીનોમિક્સમાં થાય છે. ઇલ્યાએ ગ્રાફનો ઉપયોગ કરીને જીનોમિક સિક્વન્સનું પુનઃનિર્માણ કેવી રીતે કરવામાં આવે છે, ડી બ્રુઇન ગ્રાફનો ઉપયોગ કેવી રીતે અને શા માટે કરવામાં આવે છે, આવા "ગ્રાફ" અભિગમ પરિવર્તનની શોધની ચોકસાઈમાં કેટલો વધારો કરે છે અને ગ્રાફના ઉપયોગ સાથે કઈ વણઉકેલાયેલી સમસ્યાઓ હજુ પણ રહે છે તે વિશે વિગતવાર વાત કરી હતી.

10*. મનોરંજક પ્રોટીઓમિક્સ | પાવેલ સિનિટસિન, મેક્સ પ્લાન્ક ઇન્સ્ટિટ્યુટ ઓફ બાયોકેમિસ્ટ્રી (2 ભાગો)

વિડિઓ 1, વિડિઓ 2 |સ્લાઇડ્સ 1, સ્લાઇડ્સ 2

સજીવમાં મોટાભાગની બાયોકેમિકલ પ્રક્રિયાઓ માટે પ્રોટીન જવાબદાર છે, અને અત્યાર સુધી પ્રોટીઓમિક્સ એ એકસાથે હજારો પ્રોટીનની સ્થિતિના વૈશ્વિક વિશ્લેષણ માટેની એકમાત્ર પદ્ધતિ છે. ઉકેલવામાં આવેલી સમસ્યાઓની શ્રેણી પ્રભાવશાળી છે - એન્ટિબોડીઝ અને એન્ટિજેન્સને ઓળખવાથી લઈને હજારો પ્રોટીનનું સ્થાનિકીકરણ નક્કી કરવા સુધી. તેમના પ્રવચનોમાં, પાવેલ પ્રોટીઓમિક્સના આ અને અન્ય એપ્લિકેશનો, તેના વર્તમાન વિકાસ અને ડેટા વિશ્લેષણમાં મુશ્કેલીઓ વિશે વાત કરે છે.

અગિયાર*. મોલેક્યુલર સિમ્યુલેશનના મૂળભૂત સિદ્ધાંતો | પાવેલ યાકોવલેવ, BIOCAD

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ પર પ્રારંભિક સૈદ્ધાંતિક વ્યાખ્યાન: તે શા માટે જરૂરી છે, તે શું કરે છે અને દવાના વિકાસના સંબંધમાં તેનો ઉપયોગ કેવી રીતે થાય છે. પાવેલે પરમાણુ ગતિશીલતાની પદ્ધતિઓ, પરમાણુ દળોની સમજૂતી, જોડાણોનું વર્ણન, "બળ ક્ષેત્ર" અને "એકીકરણ" ની વિભાવનાઓ, મોડેલિંગમાં મર્યાદાઓ અને ઘણું બધું પર ધ્યાન આપ્યું.

12*. મોલેક્યુલર બાયોલોજી અને જિનેટિક્સ | યુરી બાર્બિટોવ, બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સંસ્થા

વિડિઓ 1, વિડિઓ 2, વિડિઓ 3 | સ્લાઇડ્સ

એન્જિનિયરિંગના વિદ્યાર્થીઓ અને સ્નાતકો માટે મોલેક્યુલર બાયોલોજી અને જીનેટિક્સનો ત્રણ-ભાગનો પરિચય. પ્રથમ વ્યાખ્યાનમાં આધુનિક જીવવિજ્ઞાનની વિભાવનાઓ, જીનોમ સ્ટ્રક્ચરના મુદ્દાઓ અને પરિવર્તનની ઘટનાની ચર્ચા કરવામાં આવી છે. બીજામાં જનીનની કામગીરીના મુદ્દાઓ, ટ્રાન્સક્રિપ્શન અને અનુવાદની પ્રક્રિયાઓ, ત્રીજું જનીન અભિવ્યક્તિના નિયમન અને મૂળભૂત મોલેક્યુલર જૈવિક પદ્ધતિઓને આવરી લે છે.

13*. NGS ડેટા વિશ્લેષણના સિદ્ધાંતો | યુરી બાર્બિટોવ, બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સંસ્થા

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

વ્યાખ્યાન સેકન્ડ જનરેશન સિક્વન્સિંગ (NGS) પદ્ધતિઓ, તેમના પ્રકારો અને લાક્ષણિકતાઓનું વર્ણન કરે છે. લેક્ચરર વિગતવાર સમજાવે છે કે સિક્વન્સરમાંથી ડેટા "આઉટપુટ" કેવી રીતે રચાયેલ છે, તેને વિશ્લેષણ માટે કેવી રીતે રૂપાંતરિત કરવામાં આવે છે અને તેની સાથે કામ કરવાની રીતો શું છે.

14*. આદેશ વાક્યનો ઉપયોગ કરીને, પ્રેક્ટિસ કરો | ગેન્નાડી ઝખારોવ, EPAM

વિડિઓ

ઉપયોગી Linux કમાન્ડ લાઇન આદેશો, વિકલ્પો અને તેનો ઉપયોગ કરવાની મૂળભૂત બાબતોની વ્યવહારિક ઝાંખી. ઉદાહરણો અનુક્રમિત ડીએનએ સિક્વન્સના વિશ્લેષણ પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે. પ્રમાણભૂત Linux ઓપરેશન્સ (ઉદાહરણ તરીકે, cat, grep, sed, awk) ઉપરાંત, સિક્વન્સ (સેમટૂલ્સ, બેડટૂલ્સ) સાથે કામ કરવા માટેની ઉપયોગિતાઓ ધ્યાનમાં લેવામાં આવે છે.

15*. નાના બાળકો માટે ડેટા વિઝ્યુલાઇઝેશન | નિકિતા અલેકસેવ, ITMO યુનિવર્સિટી

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

દરેક વ્યક્તિને તેમના પોતાના વૈજ્ઞાનિક પ્રોજેક્ટ્સના પરિણામો દર્શાવવાનો અથવા અન્ય લોકોના આકૃતિઓ, આલેખ અને ચિત્રોને સમજવાનો અનુભવ થયો છે. નિકિતાએ કહ્યું કે કેવી રીતે આલેખ અને આકૃતિઓનું યોગ્ય રીતે અર્થઘટન કરવું, તેમાંથી મુખ્ય વસ્તુને પ્રકાશિત કરવી; સ્પષ્ટ ચિત્રો કેવી રીતે દોરવા. લેક્ચરરે આર્ટિકલ વાંચતી વખતે કે કોમર્શિયલ જોતી વખતે શું ધ્યાન રાખવું તેના પર પણ ભાર મૂક્યો હતો.

16*. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સમાં કારકિર્દી | વિક્ટોરિયા કોર્ઝોવા, મેક્સ પ્લાન્ક ઇન્સ્ટિટ્યુટ ઓફ બાયોકેમિસ્ટ્રી

વિડિઓ: 1, 2 | સ્લાઇડ્સ

વિક્ટોરિયાએ વિદેશમાં શૈક્ષણિક વિજ્ઞાનની રચના અને અંડરગ્રેજ્યુએટ, સ્નાતક અથવા સ્નાતક વિદ્યાર્થી તરીકે વિજ્ઞાન અથવા ઉદ્યોગમાં કારકિર્દી બનાવવા માટે તમારે શું ધ્યાન આપવાની જરૂર છે તે વિશે વાત કરી.

17*. વૈજ્ઞાનિક માટે સીવી કેવી રીતે લખવું | વિક્ટોરિયા કોર્ઝોવા, મેક્સ પ્લાન્ક ઇન્સ્ટિટ્યુટ ઓફ બાયોકેમિસ્ટ્રી

વિડિઓ

સીવીમાં શું છોડવું અને શું દૂર કરવું? સંભવિત લેબ મેનેજર માટે કયા તથ્યો રુચિના હશે અને કયાનો ઉલ્લેખ ન કરવો વધુ સારું છે? તમારા રેઝ્યૂમેને અલગ બનાવવા માટે તમારે માહિતી કેવી રીતે ગોઠવવી જોઈએ? વ્યાખ્યાન આ અને અન્ય પ્રશ્નોના જવાબો આપશે.

18*. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ માર્કેટ કેવી રીતે કામ કરે છે | આન્દ્રે અફનાસ્યેવ, yRisk

વિડિઓ | સ્લાઇડ્સ

બજાર કેવી રીતે કામ કરે છે અને બાયોઇન્ફોર્મેટીશિયન ક્યાં કામ કરી શકે છે? આ પ્રશ્નનો જવાબ વિગતવાર, ઉદાહરણો અને સલાહ સાથે, એન્ડ્રેના વ્યાખ્યાનમાં રજૂ કરવામાં આવ્યો છે.

અંત

જેમ તમે નોંધ્યું હશે, શાળામાં પ્રવચનો વિષયોમાં ખૂબ વ્યાપક છે - મોલેક્યુલર મોડેલિંગ અને જીનોમ એસેમ્બલી માટે આલેખનો ઉપયોગ, એક કોષોના વિશ્લેષણ અને વૈજ્ઞાનિક કારકિર્દી બનાવવા સુધી. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટમાં અમે શક્ય તેટલી વધુ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ શાખાઓને આવરી લેવા માટે શાળાના કાર્યક્રમમાં વિવિધ વિષયોનો સમાવેશ કરવાનો પ્રયાસ કરીએ છીએ, અને જેથી દરેક સહભાગી કંઈક નવું અને ઉપયોગી શીખે.

બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સની આગામી શાળા મોસ્કો નજીક 29 જુલાઈથી 3 ઓગસ્ટ, 2019 દરમિયાન યોજાશે. શાળા 2019 માટે નોંધણી હવે 1 મે સુધી ખુલ્લી છે. આ વર્ષનો વિષય વિકાસલક્ષી જીવવિજ્ઞાન અને વૃદ્ધત્વ સંશોધનમાં બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ હશે.

જેઓ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સનો ઊંડાણપૂર્વક અભ્યાસ કરવા માગે છે, અમે હજુ પણ અમારી અરજીઓ સ્વીકારી રહ્યા છીએ પૂર્ણ-સમયનો વાર્ષિક કાર્યક્રમ સેન્ટ પીટર્સબર્ગ માં. અથવા આ પાનખરમાં મોસ્કોમાં કાર્યક્રમના ઉદઘાટન વિશેના અમારા સમાચારને અનુસરો.

જેઓ સેન્ટ પીટર્સબર્ગ અથવા મોસ્કોમાં નથી, પરંતુ ખરેખર બાયોઇન્ફોર્મેટીશિયન બનવા માંગે છે, અમે તૈયાર કર્યા છે. પુસ્તકો અને પાઠ્યપુસ્તકોની યાદી અલ્ગોરિધમ્સ, પ્રોગ્રામિંગ, જિનેટિક્સ અને બાયોલોજીમાં.

અમારી પાસે ડઝનેક પણ છે Stepik પર ઓપન અને ફ્રી ઓનલાઈન અભ્યાસક્રમો, જે તમે હમણાં જ પસાર કરવાનું શરૂ કરી શકો છો.

2018 માં, બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સમાં સમર સ્કૂલ અમારા નિયમિત ભાગીદારો - જેટબ્રેઇન્સ, BIOCAD અને EPAM કંપનીઓના સમર્થનથી યોજાઇ હતી, જેના માટે અમે તેમનો ખૂબ ખૂબ આભાર માનીએ છીએ.

બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ દરેકને!

પીએસ જો તમને લાગતું ન હોય કે તે પૂરતું હતું, અહીં છેલ્લા પહેલા શાળાના પ્રવચનો સાથેની પોસ્ટ છે и ગયા વર્ષ પહેલા થોડી વધુ શાળાઓ.

સોર્સ: www.habr.com