Aplikacije u Qubesu podijeljene su u klase ovisno o važnosti podataka koji se obrađuju i zadataka koji se rješavaju, pojedine klase aplikacije, kao i usluga sustava (mrežni podsustav, rad s pohranom itd.). Kada korisnik pokrene aplikaciju iz izbornika, ta se aplikacija pokreće u određenom virtualnom stroju, koji pokreće zasebni X poslužitelj, pojednostavljeni upravitelj prozora i video upravljački program koji prevodi izlaz u kontrolno okruženje u kompozitnom načinu rada. U isto vrijeme, aplikacije su neprimjetno dostupne unutar jedne radne površine i istaknute su različitim bojama okvira prozora radi jasnoće. Svako okruženje ima pristup čitanju temeljnog korijenskog sustava datoteka i lokalne pohrane koja se ne preklapa s pohranom drugih okruženja. Korisnička ljuska izgrađena je na Xfce.
Izvor: opennet.ru