Nan ete 2018 la, yon lekòl ete anyèl nan byoenfòmatik te fèt toupre St. Petersburg, kote 100 etidyan bakaloreya ak gradye te vin etidye bioenfòmatik ak aprann sou itilizasyon li nan divès domèn byoloji ak medikaman.
Konsantre prensipal lekòl la te sou rechèch kansè, men te gen konferans sou lòt domèn nan byoenfòmatik, sòti nan evolisyon nan analiz la nan done sekans sèl-selil. Pandan semèn nan, mesye yo te aprann travay ak done sekans pwochen jenerasyon yo, pwograme nan Python ak R, yo te itilize zouti ak kad byoenfòmatik estanda, yo te vin abitye ak metòd byoloji sistèm, jenetik popilasyon ak modèl dwòg lè yo etidye timè, ak plis ankò.
Anba a ou pral jwenn yon videyo sou 18 konferans yo bay nan lekòl la, ak yon deskripsyon tou kout ak glisad. Moun ki make ak yon asterisk "*" se byen debaz epi yo ka gade san preparasyon davans.
1*. Onkogenomics ak nkoloji pèsonalize | Mikhail Pyatnitsky, Enstiti rechèch nan chimi byomedikal
|
Mikhail te pale yon ti tan sou jenomik timè ak kijan konprann evolisyon selil kansè yo pèmèt nou rezoud pwoblèm pratik nan nkoloji. Konferansye a te peye atansyon espesyal pou eksplike diferans ki genyen ant onkogen ak timè suppressor, metòd pou chèche "jèn kansè" ak idantifye subtip molekilè timè yo. An konklizyon, Mikhail te peye atansyon sou avni onkogenomics ak pwoblèm ki ka rive.
2*. Dyagnostik jenetik sendwòm timè éréditèr | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey te pale sou sendwòm timè éréditèr ak egzamine byoloji, epidemyoloji ak manifestasyon klinik yo. Yon pati nan konferans la konsakre nan pwoblèm nan nan tès jenetik - ki moun ki bezwen sibi li, ki sa yo fè pou sa a, ki difikilte ki rive nan pwosesis done ak entèprete rezilta yo, epi, finalman, ki benefis li pote bay pasyan yo ak fanmi yo. .
3*. Atlas pan-kansè a | Alman Demidov, BIST/UPF
|
Malgre plizyè deseni nan rechèch nan jaden an nan jenomik kansè ak epigenomics, repons lan nan kesyon an "ki jan, ki kote ak poukisa sendwòm timè leve" se toujou enkonplè. Youn nan rezon pou sa a se nesesite pou akizisyon ofisyèl ak pwosesis gwo kantite done yo nan lòd yo detekte efè nan ti grandè ki difisil pou detekte nan yon seri done limite (gwosè a ki tipik pou yon etid nan youn oswa plizyè laboratwa) , men ki nan total la jwe yon wòl enpòtan yon gwo wòl nan tankou yon maladi konplèks ak miltifaktoryèl tankou kansè.
Nan kèk ane ki sot pase yo, anpil nan gwoup rechèch ki pi pwisan nan mond lan, okouran de pwoblèm sa a, te kòmanse mete tèt yo ansanm pou eseye detekte ak dekri tout efè sa yo. Herman te pale sou youn nan inisyativ sa yo (The PanCancer Atlas) ak rezilta yo jwenn nan kad travay konsòsyòm sa a nan laboratwa epi pibliye nan yon nimewo espesyal nan Cell nan konferans sa a.
4. ChIP-Seq nan etid la nan mekanis epigenetic | Oleg Shpynov, JetBrains Research
|
Règleman ekspresyon jèn yo fèt nan diferan fason. Nan konferans li a, Oleg te pale sou règleman epigenetik atravè modifikasyon histon, etid la nan pwosesis sa yo lè l sèvi avèk metòd la ChIP-seq ak metòd pou analize rezilta yo jwenn.
5. Multiomics nan rechèch kansè | Konstantin Okonechnikov, Sant Rechèch Kansè Alman
|
Devlopman nan teknoloji eksperimantal nan byoloji molekilè te fè li posib konbine etid la nan yon pakèt pwosesis fonksyonèl nan selil, ògàn oswa menm òganis antye. Pou etabli koneksyon ant eleman nan pwosesis byolojik, li nesesè yo sèvi ak multiomics, ki konbine done eksperimantal masiv soti nan genomics, transcriptomics, epigenomics ak proteomics. Konstantin te bay egzanp klè sou itilizasyon milti-omik nan domèn rechèch kansè ak yon konsantre sou nkoloji pedyatrik.
6. Versatility ak limit nan analiz sèl selil | Konstantin Okonechnikov
|
Yon konferans pi detaye sou yon sèl selil RNA-seq ak metòd pou analize done sa yo, osi byen ke fason yo simonte pwoblèm evidan ak kache lè etidye yo.
7. Analiz done sèl-selil RNA-seq | Konstantin Zaitsev, Washington University nan Saint Louis
|
Konferans entwodiksyon sou sekans sèl selil. Konstantin diskite sou metòd sekans, difikilte nan travay laboratwa ak analiz bioenfòmatik, ak fason pou simonte yo.
8. Dyagnostik distwofi miskilè lè l sèvi avèk sekans nanopore | Pavel Avdeev, George Washington University
|
Sekans lè l sèvi avèk teknoloji Oxford Nanopore gen avantaj ki ka itilize pou idantifye kòz jenetik maladi tankou distwofi miskilè. Nan konferans li a, Pavel te pale sou devlopman yon tiyo pou dyagnostike maladi sa a.
9*. Reprezantasyon graf nan genòm | Ilya Minkin, Inivèsite Eta Pennsylvania
|
Modèl graf pèmèt reprezantasyon kontra enfòmèl ant yon gwo kantite sekans ki sanble epi yo souvan itilize nan jenomik. Ilya te pale an detay sou ki jan sekans jenomik yo rekonstwi lè l sèvi avèk graf, ki jan ak poukisa yo itilize graf de Bruin, konbyen apwòch sa a "graf" ogmante presizyon nan rechèch mitasyon, ak ki pwoblèm ki pa rezoud ak itilizasyon graf yo toujou rete.
10*. Pwoteomik amizan | Pavel Sinitsyn, Max Planck Enstiti byochimik (2 pati)
, |,
Pwoteyin yo responsab pou pifò pwosesis byochimik nan yon òganis vivan, e jiskaprezan pwoteomik se sèl metòd pou analiz mondyal eta a nan plizyè milye pwoteyin ansanm. Ranje a nan pwoblèm rezoud se enpresyonan - soti nan idantifye antikò ak antijèn yo detèmine lokalizasyon an nan plizyè milye pwoteyin. Nan konferans li yo, Pavel te pale sou aplikasyon sa yo ak lòt nan pwoteomik, devlopman aktyèl li yo ak enkonvenyans nan analiz done.
onz*. Prensip debaz nan simulation molekilè | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Entwodiksyon teyorik konferans sou dinamik molekilè: poukisa li nesesè, ki sa li fè ak ki jan yo itilize li an relasyon ak devlopman dwòg. Pavel te peye atansyon sou metòd yo nan dinamik molekilè, eksplikasyon an nan fòs molekilè, deskripsyon an nan koneksyon, konsèp yo nan "jaden fòs" ak "entegrasyon", limit nan modèl, ak plis ankò.
12*. Biyoloji molekilè ak jenetik | Yuri Barbitov, Enstiti Bioinformatics
, , |
Yon entwodiksyon twa pati nan byoloji molekilè ak jenetik pou elèv jeni ak gradye. Premye konferans la diskite sou konsèp byoloji modèn yo, pwoblèm estrikti genòm ak ensidan mitasyon yo. Dezyèm lan kouvri an detay pwoblèm nan fonksyone jèn, pwosesis transkripsyon ak tradiksyon, twazyèm lan kouvri règleman ekspresyon jèn ak metòd debaz byolojik molekilè.
13*. Prensip analiz done NGS | Yuri Barbitov, Enstiti Bioinformatics
|
Konferans la dekri metòd sekans dezyèm jenerasyon (NGS), kalite yo ak karakteristik yo. Konferansye a eksplike an detay ki jan "pwodiksyon" done ki soti nan sekansè a estriktire, ki jan li konvèti pou analiz, ak ki fason yo travay avèk li.
14*. Sèvi ak liy lòd la, pratike | Gennady Zakharov, EPAM
Yon apèsi pratik sou kòmandman liy kòmand Linux itil, opsyon ak Basics yo nan sèvi ak yo. Egzanp yo konsantre sou analiz sekans ADN sekans yo. Anplis de operasyon estanda Linux (pa egzanp, chat, grep, sed, awk), yo konsidere sèvis piblik pou travay ak sekans (samtools, bedtools).
15*. Vizyalizasyon done pou timoun piti | Nikita Alekseev, ITMO University
|
Tout moun te gen eksperyans nan ilistre rezilta yo nan pwòp pwojè syantifik yo oswa konprann dyagram, graf ak foto lòt moun. Nikita te di ki jan yo kòrèkteman entèprete graf ak dyagram, mete aksan sou bagay prensipal la nan yo; ki jan yo desine foto klè. Konferansye a tou mete aksan sou sa yo dwe chèche pou lè li yon atik oswa gade yon reklam.
16*. Karyè nan Bioinformatics | Victoria Korzhova, Max Planck Enstiti byochimik
Videyo: , |
Victoria te pale sou estrikti syans akademik aletranje ak sa ou bezwen peye atansyon sou yo nan lòd yo bati yon karyè nan syans oswa endistri kòm yon etidyan bakaloreya, gradye oswa gradye.
17*. Ki jan yo ekri yon CV pou yon syantifik | Victoria Korzhova, Max Planck Enstiti byochimik
Ki sa yo dwe kite nan CV a ak ki sa yo retire? Ki reyalite ki pral enterese yon manadjè laboratwa potansyèl, e ki pi bon pou nou pa mansyone? Ki jan ou ta dwe fè aranjman enfòmasyon pou fè rezime w la kanpe deyò? Konferans lan pral bay repons pou kesyon sa yo ak lòt kesyon.
18*. Ki jan mache bioinformatics travay | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Ki jan mache a travay ak ki kote yon bioinformatician ka travay? Repons kesyon sa a prezante an detay, ak egzanp ak konsèy, nan konferans Andrey a.
Fen an
Kòm ou te remake, konferans nan lekòl la yo byen laj nan sijè - soti nan modèl molekilè ak itilizasyon graf pou asanble genòm, nan analiz la nan selil sèl ak bati yon karyè syantifik. Nou menm, nan Institute of Bioinformatics, nou eseye mete yon varyete sijè nan pwogram lekòl la pou nou ka kouvri plis disiplin bioenfòmatik ke posib, epi pou chak patisipan aprann yon bagay nouvo ak itil.
Pwochen lekòl la nan bioinformatics ap fèt soti nan Jiyè 29 a Out 3, 2019 toupre Moskou. . Sijè ane sa a pral bioenfòmatik nan byoloji devlopman ak rechèch aje.
Pou moun ki vle etidye bioinformatics an pwofondè, nou toujou ap aksepte aplikasyon pou nou nan Saint Petersburg. Oswa swiv nouvèl nou yo sou ouvèti pwogram nan nan Moskou otòn sa a.
Pou moun ki pa nan Saint Petersburg oswa Moskou, men reyèlman vle vin yon bioinformatician, nou te prepare nan algoritm, pwogramasyon, jenetik ak byoloji.
Nou gen plizyè douzèn tou , ki ou ka kòmanse ale nan kounye a.
Nan 2018, lekòl ete a nan bioenfòmatik te fèt ak sipò nan patnè regilye nou yo - konpayi yo JetBrains, BIOCAD ak EPAM, pou ki nou remèsye yo anpil.
Bioinformatik tout moun!
PS Si ou pa t panse li te ase, и .
Sous: www.habr.com