Ing mangsa panas 2018, sekolah musim panas taunan ing bioinformatika dianakakΓ© ing cedhak St.
Fokus utama sekolah kasebut yaiku riset kanker, nanging ana ceramah babagan bidang bioinformatika liyane, wiwit saka evolusi nganti analisis data urutan sel tunggal. Sajrone minggu, wong lanang sinau nggarap data urutan generasi sabanjure, sing diprogram ing Python lan R, nggunakake alat lan kerangka kerja bioinformatika standar, dadi akrab karo metode biologi sistem, genetika populasi lan model obat nalika sinau tumor. lan akeh liyane.
Ing ngisor iki sampeyan bakal nemokake video 18 ceramah sing diwenehake ing sekolah kasebut, kanthi katrangan ringkes lan slide. Sing ditandhani karo tanda bintang "*" cukup dhasar lan bisa ditonton tanpa persiapan sadurunge.
1*. Onkogenomik lan onkologi pribadi | Mikhail Pyatnitsky, Institut Riset Kimia Biomedis
|
Mikhail ngomong kanthi ringkes babagan genomik tumor lan kepiye ngerti evolusi sel kanker ngidini kita ngatasi masalah praktis ing onkologi. Dosen kasebut menehi perhatian khusus kanggo njlentrehake bedane antarane onkogen lan penekan tumor, cara kanggo nggoleki "gen kanker" lan ngenali subtipe molekuler tumor. Kesimpulane, Mikhail menehi perhatian marang masa depan onkogenomik lan masalah sing bisa kedadeyan.
2*. Diagnosis genetik sindrom tumor herediter | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey ngomong babagan sindrom tumor turun temurun lan ngrembug babagan biologi, epidemiologi lan manifestasi klinis. BagΓ©an saka kuliah kasebut dikhususake kanggo masalah tes genetik - sapa sing kudu ngalami, apa sing ditindakake, apa kesulitan sing ana ing proses data lan interpretasi asil, lan, pungkasane, apa keuntungan sing digawa kanggo pasien lan sanak keluarga. .
3*. Atlas Pan-kanker | German Demidov, BIST/UPF
|
Senadyan puluhan taun riset ing bidang genomik lan epigenomik kanker, jawaban kanggo pitakonan "kepiye, ing ngendi lan ngapa sindrom tumor muncul" isih durung lengkap. Salah sawijining alesan kanggo iki yaiku perlu kanggo akuisisi standar lan pangolahan data sing akeh banget kanggo ndeteksi efek saka ukuran cilik sing angel dideteksi ing set data sing winates (ukuran sing khas kanggo sinau ing siji utawa sawetara laboratorium) , nanging kang ing ongko muter peran pinunjul peran ageng ing penyakit Komplek lan multifaktorial kayata kanker.
Ing sawetara taun pungkasan, akeh klompok riset paling kuat ing donya, ngerti masalah iki, wis wiwit gabung pasukan ing upaya kanggo ndeteksi lan njlèntrèhaké kabeh efek iki. Herman ngomong babagan salah sawijining inisiatif kasebut (The PanCancer Atlas) lan asil sing dipikolehi minangka bagean saka karya konsorsium laboratorium iki lan diterbitake ing edisi khusus Cell ing kuliah iki.
4. ChIP-Seq ing sinau mekanisme epigenetik | Oleg Shpynov, Riset JetBrains
|
Regulasi ekspresi gen ditindakake kanthi cara sing beda-beda. Ing kuliahe, Oleg ngomong babagan regulasi epigenetik liwat modifikasi histone, sinau babagan proses kasebut nggunakake metode ChIP-seq lan metode kanggo nganalisa asil sing dipikolehi.
5. Multiomics ing Riset Kanker | Konstantin Okonechnikov, Pusat Riset Kanker Jerman
|
Pangembangan teknologi eksperimen ing biologi molekuler ndadekake bisa nggabungake sinau babagan macem-macem proses fungsional ing sel, organ utawa malah kabeh organisme. Kanggo nggawe sambungan antarane komponen proses biologi, perlu nggunakake multiomik, sing nggabungake data eksperimen massive saka genomik, transkriptomi, epigenomik lan proteomik. Konstantin menehi conto sing jelas babagan panggunaan multi-omics ing bidang riset kanker kanthi fokus ing onkologi pediatrik.
6. Versatility lan Watesan Analisis Sel Tunggal | Konstantin Okonechnikov
|
Kuliah sing luwih rinci babagan RNA-seq sel siji lan cara kanggo nganalisa data iki, uga cara kanggo ngatasi masalah sing jelas lan didhelikake nalika sinau.
7. Analisis data RNA-seq sel tunggal | Konstantin Zaitsev, Universitas Washington ing St
|
Kuliah pengantar sekuensing sel tunggal. Konstantin mbahas cara urutan, kesulitan ing karya laboratorium lan analisis bioinformatika, lan cara kanggo ngatasi.
8. Diagnosis distrofi otot nggunakake urutan nanopore | Pavel Avdeev, Universitas George Washington
|
Sequencing nggunakake teknologi Oxford Nanopore nduweni kaluwihan sing bisa digunakake kanggo ngenali panyebab genetik penyakit kayata distrofi otot. Ing kuliahe, Pavel ngomong babagan pangembangan pipa kanggo diagnosa penyakit iki.
9*. Perwakilan grafik saka gΓ©nom | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
Model grafik ngidini perwakilan kompak saka akeh urutan sing padha lan asring digunakake ing genomik. Ilya ngandika kanthi rinci babagan carane urutan genomik direkonstruksi nggunakake grafik, carane lan ngapa graph de Bruin digunakake, carane pendekatan "grafik" kuwi nambah akurasi telusuran mutasi, lan apa masalah unsolved karo nggunakake grafik isih tetep.
10*. proteomics nglipur | Pavel Sinitsyn, Institut Biokimia Max Planck (2 bagean)
, |,
Protein tanggung jawab kanggo akeh proses biokimia ing organisme urip, lan nganti saiki proteomik minangka cara mung kanggo analisis global babagan ewonan protein ing wektu sing padha. Jangkoan masalah sing ditanggulangi nyengsemaken - saka ngenali antibodi lan antigen kanggo nemtokake lokalisasi sawetara ewu protein. Ing kuliahe, Pavel ngomong babagan iki lan aplikasi proteomik liyane, pangembangan saiki lan pitfalls ing analisis data.
sewelas*. Prinsip dhasar simulasi molekul | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Kuliah teoretis pambuka babagan dinamika molekuler: kenapa perlu, apa sing ditindakake lan cara digunakake ing hubungane karo pangembangan obat. Pavel mbayar manungsa waΓ© kanggo cara saka dinamika molekul, panjelasan saka pasukan molekul, gambaran saka sambungan, konsep "lapangan pasukan" lan "integrasi", watesan ing modeling, lan akeh liyane.
12*. Biologi Molekuler lan Genetika | Yuri Barbitov, Institut Bioinformatika
, , |
Pambuka telung bagean kanggo biologi molekular lan genetika kanggo mahasiswa lan lulusan teknik. Kuliah pisanan mbahas konsep biologi modern, masalah struktur genom lan kedadeyan mutasi. Kapindho nyakup kanthi rinci babagan masalah fungsi gen, proses transkripsi lan terjemahan, sing katelu nyakup regulasi ekspresi gen lan metode biologi molekuler dhasar.
13*. Prinsip Analisis Data NGS | Yuri Barbitov, Institut Bioinformatika
|
Kuliah njlentrehake metode second generation sequencing (NGS), jinis lan karakteristike. Dosen njlentrehake kanthi rinci kepriye strukture data βoutputβ saka sequencer, cara diowahi kanggo dianalisis, lan kepriye cara nggarape.
14*. Nggunakake baris printah, laku | Gennady Zakharov, EPAM
Ringkesan praktis saka printah baris printah Linux migunani, opsi lan dhasar saka nggunakake. Conto fokus ing analisis urutan DNA sequenced. Saliyane operasi Linux standar (contone, cat, grep, sed, awk), utilitas kanggo nggarap urutan (samtools, bedtools) dianggep.
15*. Visualisasi data kanggo bocah cilik | Nikita Alekseev, Universitas ITMO
|
Saben uwong wis duwe pengalaman nggambarake asil proyek ilmiah dhewe utawa ngerteni diagram, grafik lan gambar wong liya. Nikita ngandhani carane nerjemahake grafik lan diagram kanthi bener, nyorot bab utama saka wong-wong mau; carane nggambar gambar sing cetha. Dosen uga negesake apa sing kudu digoleki nalika maca artikel utawa nonton iklan.
16*. Karir ing Bioinformatika | Victoria Korzhova, Institut Biokimia Max Planck
Video: , |
Victoria ngomong babagan struktur ilmu akademik ing luar negeri lan apa sing kudu digatekake kanggo mbangun karir ing ilmu pengetahuan utawa industri minangka mahasiswa sarjana, lulusan utawa lulusan.
17*. Kepiye carane nulis CV kanggo ilmuwan | Victoria Korzhova, Institut Biokimia Max Planck
Apa sing kudu ditinggalake ing CV lan apa sing kudu dicopot? Kasunyatan apa sing bakal dadi kapentingan kanggo manajer laboratorium potensial, lan sing luwih apik ora dicritakake? Kepiye carane sampeyan ngatur informasi supaya resume sampeyan katon? Kuliah bakal menehi jawaban kanggo pitakonan iki lan liyane.
18*. Kepiye cara kerja pasar bioinformatika | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Kepiye cara kerja pasar lan ing ngendi ahli bioinformatika bisa kerja? Jawaban kanggo pitakonan iki presented ing rinci, karo conto lan saran, ing kuliah Andrey.
Wekasane
Kaya sing sampeyan ngerteni, ceramah ing sekolah kasebut cukup wiyar babagan topik - saka pemodelan molekuler lan panggunaan grafik kanggo perakitan genom, nganti analisis sel tunggal lan mbangun karir ilmiah. Kita ing Institut Bioinformatika nyoba nyakup macem-macem topik ing program sekolah supaya bisa nutupi akeh disiplin bioinformatika, lan supaya saben peserta sinau sing anyar lan migunani.
Sekolah sabanjure ing bioinformatika bakal dianakake wiwit 29 Juli nganti 3 Agustus 2019 ing cedhak Moskow. . Topik taun iki yaiku bioinformatika ing biologi perkembangan lan riset tuwa.
Kanggo sing pengin sinau bioinformatika kanthi jero, kita isih nampa aplikasi kanggo kita ing St. Utawa tindakake kabar babagan pambukaan program ing Moskow musim gugur iki.
Kanggo sing ora ana ing St. Petersburg utawa Moskow, nanging pancene pengin dadi ahli bioinformatika, kita wis nyiapake ing algoritma, pemrograman, genetika lan biologi.
Kita uga duwe puluhan , sing bisa sampeyan lakoni saiki.
Ing 2018, sekolah musim panas ing bioinformatika dianakake kanthi dhukungan saka mitra reguler - perusahaan JetBrains, BIOCAD lan EPAM, sing kita matur nuwun kanthi sanget.
Bioinformatika kabeh!
PS Yen sampeyan ora mikir cukup, ΠΈ .
Source: www.habr.com