Aestate anni MMXVIII, annua schola aestiva in bioinformaticis prope St. Petersburg habita est, ubi 2018 adipiscing alumni et alumni ad studia bioinformatica venerunt et de eius usu in variis campis biologiae et medicinae discunt.
Focus principalis scholae in investigationibus canceris erat, sed praelectiones in aliis locis bioinformaticis erant, ab evolutione usque ad analysim notitiarum unius cellae sequelae. Per hebdomadam decursum, latinae notae per posteritatem sequentis generationis laborare didicerunt, in Pythone et R programmatis, instrumenta bioinformaticae normae adhibitae et compages, notae factae sunt methodis biologiae systematis, populationis geneticae et medicamentorum cum exemplaribus tumoribus studentibus; et multo magis.
Infra invenies conspectum 18 lectionum in schola datarum cum brevi descriptione et labitur. Illae asterisco notatae "*" sunt admodum fundamentales et sine praeparatione praevia observari possunt.
1*. Oncogenomics and personalized oncology | Mikhail Pyatnitsky, Research Institute of Chemistry Biomedical
|
Mikhail breviter locutus est de genomic tumore et quomodo intelligendum evolutionem cellularum cancri nobis permittat problemata practica in oncologia solvere. Lector sedulo operam dedit ad explicandam differentiam inter oncogenes et suppressores tumorem, methodos quaerendi "cancer genes" et subtypa tumorum hypotheticarum cognoscendi. Demum, Mikhail operam dedit in futuris oncogenomicis et quaestionibus orientibus.
2*. Diagnosis geneticae tumoris hereditarii syndromes | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey de tumore haereditario syndromae locutus est et de eorum biologia, epidemiologia et manifestationibus clinicis disseruit. Pars lectionis versatur in eventum probationis geneticae - quae subire debet, quid ad hoc fiat, quae difficultates oriuntur in notitia processus et eventus interpretandi, et denique quid prodest aegris et propinquis. .
3*. The Pan-Cancer Atlas | German Demidov, BIST/UPF
|
Quamvis decennia investigationis in agro cancri genomico et epigenomica, quaestioni respondetur "quomodo, ubi et cur syndromae tumor oriantur", adhuc incompletum est. Una ratio haec est necessaria ad acquisitionem normatum et processus ingentium copiarum notitiarum ad deprehendendas effectus parvae magnitudinis, qui difficiles sunt in limitata notitia statutorum detegere (magnitudo quae typica est ad studium intra unum vel plures laboratorium) sed quae in complexu obtinent munus ingens in tam multiplici morbo ac multifactori quam cancri.
Paucis his annis, multi potentissimi investigationis mundi coetus, huius quaestionis conscii, copias coniungere conati sunt omnes hos effectus deprehendere et describere. Hermannus de uno ex his inceptis locutus est (The PanCancer Atlas) et eventus ut partem operis huius consortii labora- riorum consecuti sunt et in speciali casu Cellulae in hac lectione ediderunt.
4. ChiP-Seq in studio mechanismi epigeneticae | Oleg Shpynov, JetBrains Research
|
Dissignatio generum elocutionis diversimode exercetur. In auditorio suo, Oleg de ordinatione epigenetica per modificationem histonicam locutus est, studium horum processuum utens modum et methodum ChiP-seq ad analysin eventus consecutus.
5. Multiomics in Cancer Research | Konstantin Okonechnikov, Research Cancer German Centre
|
Explicatio technologiae experimentalis in biologia hypothetica effecit ut studium amplis processuum functionum in cellis, organis vel etiam in toto organismo coniungat. Ad nexus inter componentes processus biologicos constituendos, multiomic uti necesse est, quae experimentalem notitias genomics, transcriptomicos, epigenomicos et proteomicos componunt. Constantinus exempla manifesta dedit usuum multi-omicorum in campo investigationis cancri cum umbilico oncologia pediatrica.
6. Versatility and Limitations of Single Cell Analysis | Constantinus Okonechnikov
|
Disquisitionem accuratiorem de singulis cellis RNA-seq et methodis ad hanc datam resolvendam, necnon vias ad difficultates apertas et occultas pervestigandas superandas.
7. Analysis of-cell RNA-seq data | Constantinus Zaitsev, Universitas Vindobonae in St
|
Lectura prooemialis super unicam cellam sequenciam. Constantinus de methodis sequendis, de difficultatibus laboratorium et de analysi bioinformaticis, et de modis ad eas superandas.
8. Diagnosis dystrophy muscularium utens nanopore sequencing | Pavel Avdeev, George Washington University
|
Sequens usus technologiae Oxoniensis Nanopore commoda habet quae ad recognoscendas causas geneticae morborum sicut dystrophy musculares possunt. In diatriba Pavel locutus est de processu pipelini ad diagnostionem huius morbi.
9*. Graph representation of the genome | Ilya Minkin, Universitas publica Pennsylvania
|
Graph exempla compacta repraesentatio plurium similium sequentium admittunt et saepe in genomicis adhibita sunt. Ilya singillatim locutus est quomodo sequentia genomica graphis adhibitis restituuntur, quomodo et cur graphus de Bruin adhibetur, quantum accessus talis "graphiae" subtiliter mutationis inquisitionum auget et quae problemata insoluta cum graphorum usu adhuc manent.
10*. Convivium proteomicum | Pavel Sinitsyn, Max Planck Institutum Biochemistry (2 parts)
, |,
Dapibus responsa sunt maxime processuum biochemicorum in organismo vivo, et tantum proteomica methodus unica est pro analysi globalis status millium servorum simul. Circumscriptio problematum solvenda est gravis - identificatio elementorum et antigenorum ad determinandum localizationem plurium milium servo. In praelectionibus suis, Pavel de his et aliis applicationibus proteomicorum locutus est, de eius evolutione et foveis in analysi notatis.
undecim*. Basic principia simulationum hypotheticarum | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Lectura theorica introductoria de dynamicis hypotheticis: quare opus est, quid agat, quomodo adhibeatur in relatione ad medicamentorum progressionem. Pavel attendit modos dynamicorum hypotheticorum, virium molecularium explicationem, nexuum descriptionem, notiones "vi agri" et "integrationis", limitationes in exemplaribus et multo magis.
12*. Molecular Biology and Genetics | Yuri Barbitov, Institutum Bioinformaticorum
, , |
Tria pars introductio ad biologiam hypotheticam et geneticam pro studentibus machinandis et graduatis. Prima diatriba de notionibus biologiae modernae, quaestiones de structura genomae et de occursu mutationum tractat. Secunda in speciali negotiorum generum actuum, translationis et translationis processus, tertia regulam expressionis gene et methodorum biologicarum hypotheticarum fundamentalium comprehendit.
13*. Principia NGS Data Analysis | Yuri Barbitov, Institutum Bioinformaticorum
|
In diatriba describit secundam generationem modos sequendo (NGS) eorum genera et qualitates. Lector singillatim explicat quomodo notitia "output" a sequentiore structa est, quomodo convertitur ad analysin, et quaenam sint viae ad operandum.
14*. Linea mandato utens, usu | Gennady Zakharov, EPAM
Practica perceptio utilissima Linux mandati rectae mandatorum, optionum et fundamentalum utendi illis. Exempla in analysi sequentiarum DNA sequentiarum intendunt. Praeter normas Linux operationes (exempli gratia cat, grep, sed, awk), utilitates operandi cum sequentiis (samtools, bedtools) considerantur.
15*. Data visualisation pro parvulis | Nikita Alekseev, ITMO University
|
Quisque experientiam habuit illustrandi eventus propriorum inceptorum scientificorum seu aliorum schemata, graphes et picturas cognoscendi. Nikita dixit quomodo recte graphas et schemata interpretari, quatenus res praecipua ab illis est; quam ut manifestis imaginibus hauriamus. Lector etiam inculcavit quid quaerere cum legeret articulum vel commercium spectans.
16*. Careers in Bioinformatics | Victoria Korzhova, Max Planck Institutum Biochemistry
videos: , |
Victoria de structura scientiarum academicarum foris locutus est et quid attendere debes ut curriculum in scientia vel industria aedificandum sit sicut adipiscing, graduatus vel discipulus.
17*. Quomodo scribere CV pro physicus | Victoria Korzhova, Max Planck Institutum Biochemistry
Quid deserere in CV et quid removere? Quae res erit de utilitate potentiae lab procuratoris, et quae meliora sunt non commemorare? Quomodo notitias disponere ad Proin exstare? His et aliis quaestionibus responsa dabit.
18*. Quomodo opera mercatus bioinformatics | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Quomodo opus mercatus et ubi opus bioinformatician? Responsio huius quaestionis singillatim proponitur, exemplis ac monitis, in auditorio Andrey.
finis
Ut notatum est, praelectiones in schola sunt admodum latae in argumentis, a exemplaribus hypotheticis et usu grapharum pro contione genome, ad analysim cellularum singularum et curriculum scientificum aedificandum. In Instituto Bioinformaticorum varia argumenta in schola programmatis comprehendere conamur, ut quam plurimas bioinformaticas disciplinas quam maxime protegat et ut quisque particeps aliquid novi et utile discat.
Proxima schola bioinformaticorum a die 29 iulii ad diem 3 Augusti 2019 prope Moscuam habebitur. . Argumenta huius anni erunt bioinformatica in biologia development et investigatione senescente.
Pro iis, qui in profunditate bioinformaticarum studere volunt, adhuc applicationes pro nostris accipimus apud St. Petersburg. Vel nuntios nostros sequi de aperitione programmatis Moscuae hoc lapsu.
Pro iis qui non sunt Petropoli vel Moscuae, sed revera bioinformaticus fieri volunt, paravimus. in algorithmis, programmatibus, geneticis et biologia.
Nos quoque have dozens quas iam pervadere possis.
Anno 2018, schola aestiva in bioinformaticis facta est cum auxilio nostrorum regularium sociorum - societatum JetBrains, BIOCAD et EPAM, quibus gratias illis valde agimus.
Bioinformatics omnibus!
PS Si satis esse non putares, ΠΈ .
Source: www.habr.com