2018. gada vasarÄ SanktpÄterburgas apkaimÄ notika ikgadÄjÄ bioinformÄtikas vasaras skola, kurÄ ieradÄs 100 pamatstudiju un maÄ£istrantÅ«ras studenti, lai studÄtu bioinformÄtiku un uzzinÄtu par tÄs izmantoÅ”anu dažÄdÄs bioloÄ£ijas un medicÄ«nas jomÄs.
Skolas galvenÄ uzmanÄ«ba tika pievÄrsta vÄža pÄtÄ«jumiem, taÄu notika lekcijas par citÄm bioinformÄtikas jomÄm, sÄkot no evolÅ«cijas lÄ«dz vienŔūnu sekvencÄÅ”anas datu analÄ«zei. NedÄļas laikÄ puiÅ”i iemÄcÄ«jÄs strÄdÄt ar nÄkamÄs paaudzes sekvencÄÅ”anas datiem, programmÄtiem Python un R valodÄs, izmantoja standarta bioinformÄtikas rÄ«kus un ietvarus, iepazinÄs ar sistÄmu bioloÄ£ijas, populÄcijas Ä£enÄtikas un zÄļu modelÄÅ”anas metodÄm, pÄtot audzÄjus, un daudz vairÄk.
ZemÄk atradÄ«siet video no 18 skolÄ nolasÄ«tajÄm lekcijÄm ar Ä«su aprakstu un slaidiem. Tie, kas atzÄ«mÄti ar zvaigznÄ«ti ā*ā, ir diezgan vienkÄrÅ”i, un tos var skatÄ«ties bez iepriekÅ”Äjas sagatavoÅ”anÄs.
1*. Onkogenomika un personalizÄta onkoloÄ£ija | Mihails PjatÅickis, BiomedicÄ«nas Ä·Ä«mijas pÄtniecÄ«bas institÅ«ts
|
Mihails Ä«si runÄja par audzÄju genomiku un to, kÄ vÄža Ŕūnu evolÅ«cijas izpratne ļauj risinÄt praktiskas problÄmas onkoloÄ£ijÄ. Lektore Ä«paÅ”u uzmanÄ«bu pievÄrsa onkogÄnu un audzÄju nomÄcÄju atŔķirÄ«bu skaidroÅ”anai, āvÄža gÄnuā meklÄÅ”anas metodÄm un audzÄju molekulÄro apakÅ”tipu identificÄÅ”anai. NoslÄgumÄ Mihails pievÄrsa uzmanÄ«bu onkogenomikas nÄkotnei un problÄmÄm, kas var rasties.
2*. Iedzimtu audzÄju sindromu Ä£enÄtiskÄ diagnostika | Andrejs Afanasjevs, yRisk
|
Andrejs stÄstÄ«ja par iedzimtiem audzÄju sindromiem un apsprieda to bioloÄ£iju, epidemioloÄ£iju un klÄ«niskÄs izpausmes. Daļa lekcijas ir veltÄ«ta Ä£enÄtiskÄs testÄÅ”anas jautÄjumam - kam tÄ jÄveic, kas tiek darÄ«ts, kÄdas grÅ«tÄ«bas rodas datu apstrÄdÄ un rezultÄtu interpretÄcijÄ un, visbeidzot, kÄdu labumu tÄ sniedz pacientiem un viÅu tuviniekiem. .
3*. Pan-vÄža atlants | Germans Demidovs, BIST/UPF
|
Neskatoties uz gadu desmitiem ilgajiem pÄtÄ«jumiem vÄža genomikas un epigenomikas jomÄ, atbilde uz jautÄjumu ākÄ, kur un kÄpÄc rodas audzÄju sindromiā joprojÄm ir nepilnÄ«ga. Viens no iemesliem ir nepiecieÅ”amÄ«ba standartizÄti iegÅ«t un apstrÄdÄt milzÄ«gus datu apjomus, lai atklÄtu neliela apjoma efektus, kurus ir grÅ«ti noteikt ierobežotÄ datu kopÄ (lielums, kas raksturÄ«gs pÄtÄ«jumam vienÄ vai vairÄkÄs laboratorijÄs). , bet kam kopumÄ ir liela nozÄ«me tik sarežģītÄ un daudzfaktoriÄlÄ slimÄ«bÄ kÄ vÄzis.
Dažu pÄdÄjo gadu laikÄ daudzas no pasaules ietekmÄ«gÄkajÄm pÄtniecÄ«bas grupÄm, apzinoties Å”o problÄmu, ir sÄkuÅ”as apvienot spÄkus, lai atklÄtu un aprakstÄ«tu visas Ŕīs sekas. Hermanis runÄja par vienu no Ŕīm iniciatÄ«vÄm (The PanCancer Atlas) un rezultÄtiem, kas iegÅ«ti Ŕī laboratoriju konsorcija darba ietvaros un publicÄti Ä«paÅ”Ä Cell izdevumÄ Å”ajÄ lekcijÄ.
4. ChIP-Seq epiÄ£enÄtisko mehÄnismu izpÄtÄ | Oļegs Å pinovs, JetBrains Research
|
GÄnu ekspresijas regulÄÅ”ana tiek veikta dažÄdos veidos. SavÄ lekcijÄ Oļegs stÄstÄ«ja par epiÄ£enÄtisko regulÄjumu caur histonu modifikÄciju, Å”o procesu izpÄti, izmantojot ChIP-seq metodi un iegÅ«to rezultÄtu analÄ«zes metodes.
5. Multiomika vÄža pÄtÄ«jumos | KonstantÄ«ns OkoneÄÅikovs, VÄcijas VÄža pÄtniecÄ«bas centrs
|
EksperimentÄlo tehnoloÄ£iju attÄ«stÄ«ba molekulÄrajÄ bioloÄ£ijÄ ir devusi iespÄju apvienot plaÅ”u funkcionÄlo procesu izpÄti ŔūnÄs, orgÄnos vai pat visÄ organismÄ. Lai izveidotu savienojumus starp bioloÄ£isko procesu komponentiem, ir jÄizmanto multiomika, kas apvieno milzÄ«gus eksperimentÄlos datus no genomikas, transkriptomikas, epigenomikas un proteomikas. KonstantÄ«ns sniedza skaidrus piemÄrus par multiomikas izmantoÅ”anu vÄža pÄtÄ«jumos, koncentrÄjoties uz bÄrnu onkoloÄ£iju.
6. Vienas Ŕūnas analÄ«zes daudzpusÄ«ba un ierobežojumi | KonstantÄ«ns OkoÅeÄÅikovs
|
DetalizÄtÄka lekcija par vienŔūnu RNS-seq un Å”o datu analÄ«zes metodÄm, kÄ arÄ« veidiem, kÄ pÄrvarÄt acÄ«mredzamÄs un slÄptÄs problÄmas, tos pÄtot.
7. VienŔūnas RNS-seq datu analÄ«ze | KonstantÄ«ns Zaicevs, VaÅ”ingtonas UniversitÄte SentluisÄ
|
Ievadlekcija par vienas Ŕūnas sekvencÄÅ”anu. KonstantÄ«ns apspriež sekvencÄÅ”anas metodes, grÅ«tÄ«bas laboratorijas darbÄ un bioinformÄtikas analÄ«zÄ un veidus, kÄ tÄs pÄrvarÄt.
8. Muskuļu distrofijas diagnostika, izmantojot nanoporu sekvencÄÅ”anu | PÄvels Avdejevs, Džordža VaÅ”ingtona universitÄte
|
SekvencÄÅ”anai, izmantojot Oxford Nanopore tehnoloÄ£iju, ir priekÅ”rocÄ«bas, ko var izmantot, lai identificÄtu tÄdu slimÄ«bu Ä£enÄtiskos cÄloÅus kÄ muskuļu distrofija. SavÄ lekcijÄ PÄvels stÄstÄ«ja par cauruļvada izveidi Ŕīs slimÄ«bas diagnosticÄÅ”anai.
9*. Genoma attÄlojums diagrammÄ | Iļja Minkins, PensilvÄnijas Å”tata universitÄte
|
Grafiku modeļi ļauj kompakti attÄlot lielu skaitu lÄ«dzÄ«gu secÄ«bu, un tos bieži izmanto genomikÄ. Iļja detalizÄti stÄstÄ«ja par to, kÄ genoma sekvences tiek rekonstruÄtas, izmantojot grafikus, kÄ un kÄpÄc tiek izmantots de Bruin grafiks, cik ļoti Å”Äda āgrafaā pieeja palielina mutÄciju meklÄÅ”anas precizitÄti un kÄdas neatrisinÄtas problÄmas ar grafiku izmantoÅ”anu joprojÄm ir palikuÅ”as.
10*. IzklaidÄjoÅ”a proteomika | PÄvels SiÅicins, Maksa Planka BioÄ·Ä«mijas institÅ«ts (2 daļas)
, |,
Olbaltumvielas ir atbildÄ«gi par lielÄko daļu bioÄ·Ä«misko procesu dzÄ«vÄ organismÄ, un lÄ«dz Å”im proteomika ir vienÄ«gÄ metode globÄlai tÅ«kstoÅ”iem olbaltumvielu stÄvokļa vienlaicÄ«gai analÄ«zei. AtrisinÄto problÄmu loks ir iespaidÄ«gs ā no antivielu un antigÄnu noteikÅ”anas lÄ«dz pat vairÄku tÅ«kstoÅ”u proteÄ«nu lokalizÄcijas noteikÅ”anai. SavÄs lekcijÄs PÄvels stÄstÄ«ja par Å”iem un citiem proteomikas pielietojumiem, tÄs paÅ”reizÄjo attÄ«stÄ«bu un kļūmÄm datu analÄ«zÄ.
vienpadsmit*. MolekulÄro simulÄciju pamatprincipi | PÄvels Jakovļevs, BIOCAD
|
IevadteorÄtiskÄ lekcija par molekulÄro dinamiku: kÄpÄc tÄ vajadzÄ«ga, ko tÄ dara un kÄ to izmanto saistÄ«bÄ ar zÄļu izstrÄdi. PÄvels pievÄrsa uzmanÄ«bu molekulÄrÄs dinamikas metodÄm, molekulÄro spÄku skaidrojumam, savienojumu aprakstam, jÄdzieniem āspÄka lauksā un āintegrÄcijaā, ierobežojumiem modelÄÅ”anÄ un daudz kam citam.
12*. MolekulÄrÄ bioloÄ£ija un Ä£enÄtika | Jurijs Barbitovs, BioinformÄtikas institÅ«ts
, , |
TrÄ«sdaļīgs ievads molekulÄrajÄ bioloÄ£ijÄ un Ä£enÄtikÄ inženierzinÄtÅu studentiem un absolventiem. PirmajÄ lekcijÄ tiek apspriesti mÅ«sdienu bioloÄ£ijas jÄdzieni, genoma uzbÅ«ves jautÄjumi un mutÄciju raÅ”anÄs. OtrajÄ detalizÄti apskatÄ«ti gÄnu funkcionÄÅ”anas jautÄjumi, transkripcijas un translÄcijas procesi, treÅ”ajÄ ā gÄnu ekspresijas regulÄÅ”ana un molekulÄri bioloÄ£iskÄs pamatmetodes.
13*. NGS datu analÄ«zes principi | Jurijs Barbitovs, BioinformÄtikas institÅ«ts
|
LekcijÄ ir aprakstÄ«tas otrÄs paaudzes sekvencÄÅ”anas (NGS) metodes, to veidi un raksturojums. PasniedzÄjs detalizÄti izskaidro, kÄ tiek strukturÄti sekvencÄra datu āizvadeā, kÄ tie tiek pÄrveidoti analÄ«zei un kÄdi ir veidi, kÄ ar tiem strÄdÄt.
14*. Izmantojot komandrindu, praktizÄjiet | GenÄdijs Zaharovs, EPAM
Praktisks pÄrskats par noderÄ«gÄm Linux komandrindas komandÄm, opcijÄm un to lietoÅ”anas pamatiem. PiemÄri ir vÄrsti uz sekvencÄtu DNS sekvenÄu analÄ«zi. Papildus standarta Linux operÄcijÄm (piemÄram, cat, grep, sed, awk) tiek apskatÄ«tas utilÄ«tas darbam ar sekvencÄm (samtools, bedtools).
15*. Datu vizualizÄcija mazajiem | Å
ikita Aleksejevs, ITMO universitÄte
|
Ikvienam ir bijusi pieredze ilustrÄt savu zinÄtnisko projektu rezultÄtus vai saprast citu cilvÄku diagrammas, grafikus un attÄlus. Å ikita stÄstÄ«ja, kÄ pareizi interpretÄt grafikus un diagrammas, izceļot no tÄm galveno; kÄ uzzÄ«mÄt skaidrus attÄlus. Lektore arÄ« uzsvÄra, kam jÄpievÄrÅ” uzmanÄ«ba, lasot rakstu vai skatoties reklÄmu.
16*. Karjera bioinformÄtikÄ | Viktorija Koržova, Maksa Planka BioÄ·Ä«mijas institÅ«ts
Video: , |
Viktorija stÄstÄ«ja par akadÄmiskÄs zinÄtnes struktÅ«ru ÄrvalstÄ«s un tam, kam jÄpievÄrÅ” uzmanÄ«ba, lai veidotu karjeru zinÄtnÄ vai rÅ«pniecÄ«bÄ kÄ bakalaura, maÄ£istrantÅ«ras vai maÄ£istrantÅ«ras studentam.
17*. KÄ uzrakstÄ«t CV zinÄtniekam | Viktorija Koržova, Maksa Planka BioÄ·Ä«mijas institÅ«ts
Ko atstÄt CV un ko izÅemt? KÄdi fakti interesÄs potenciÄlo laboratorijas vadÄ«tÄju, un kurus labÄk nepieminÄt? KÄ jums vajadzÄtu sakÄrtot informÄciju, lai jÅ«su CV izceltos? LekcijÄ tiks sniegtas atbildes uz Å”iem un citiem jautÄjumiem.
18*. KÄ darbojas bioinformÄtikas tirgus | Andrejs Afanasjevs, yRisk
|
KÄ darbojas tirgus un kur var strÄdÄt bioinformÄtiÄ·is? Atbilde uz Å”o jautÄjumu ir sniegta detalizÄti ar piemÄriem un padomiem Andreja lekcijÄ.
beigas
KÄ jÅ«s, iespÄjams, pamanÄ«jÄt, lekcijas skolÄ ir diezgan plaÅ”as tÄmas ziÅÄ - no molekulÄrÄs modelÄÅ”anas un grafiku izmantoÅ”anas genoma montÄžÄ, lÄ«dz atseviŔķu Ŕūnu analÄ«zei un zinÄtniskÄs karjeras veidoÅ”anai. MÄs BioinformÄtikas institÅ«tÄ cenÅ”amies skolas programmÄ iekļaut visdažÄdÄkÄs tÄmas, lai aptvertu pÄc iespÄjas vairÄk bioinformÄtikas disciplÄ«nu, un lai katrs dalÄ«bnieks uzzinÄtu ko jaunu un noderÄ«gu.
NÄkamÄ bioinformÄtikas skola notiks no 29. gada 3. jÅ«lija lÄ«dz 2019. augustam Maskavas apkaimÄ. . Å Ä« gada tÄma bÅ«s bioinformÄtika attÄ«stÄ«bas bioloÄ£ijÄ un novecoÅ”anÄs pÄtÄ«jumos.
Tiem, kas vÄlas padziļinÄti apgÅ«t bioinformÄtiku, joprojÄm pieÅemam pieteikumus mÅ«su SanktpÄterburgÄ. Vai arÄ« sekojiet mÅ«su ziÅÄm par programmas atklÄÅ”anu MaskavÄ Å”oruden.
Tiem, kuri neatrodas SanktpÄterburgÄ vai MaskavÄ, bet ļoti vÄlas kļūt par bioinformÄtiÄ·i, esam sagatavojuÅ”i algoritmos, programmÄÅ”anÄ, Ä£enÄtikÄ un bioloÄ£ijÄ.
Mums arÄ« ir vairÄki desmiti , kuru varat sÄkt iziet jau tagad.
2018. gadÄ vasaras skola bioinformÄtikÄ notika ar mÅ«su pastÄvÄ«go sadarbÄ«bas partneru - uzÅÄmumu JetBrains, BIOCAD un EPAM atbalstu, par ko viÅiem liels paldies.
BioinformÄtika visiem!
PS Ja uzskatÄt, ka ar to nepietiek, Šø .
Avots: www.habr.com