2018 оны зун Санкт-Петербург хотын ойролцоо жил бүр биоинформатикийн зуны сургууль зохион байгуулагдаж, 100 бакалавр, магистрын оюутнууд биоинформатикийн чиглэлээр суралцаж, биологи, анагаах ухааны янз бүрийн салбарт ашиглах талаар суралцахаар ирсэн.
Сургуулийн гол чиглэл нь хорт хавдрын судалгаанд байсан боловч хувьсалаас эхлээд нэг эсийн дарааллын өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийх хүртэл биоинформатикийн бусад чиглэлээр лекц уншдаг байв. Долоо хоногийн турш залуус Python болон R дээр програмчлагдсан дараагийн үеийн дарааллын өгөгдөлтэй ажиллаж сурч, биоинформатикийн стандарт хэрэгсэл, хүрээг ашиглаж, хавдрын судалгаа хийхдээ системийн биологи, популяцийн генетик, эмийн загварчлалын аргуудтай танилцсан. болон бусад олон.
Доор та тус сургуульд уншсан 18 лекцийн товч тайлбар, слайдын видеог үзэх болно. "*" гэсэн одоор тэмдэглэгдсэн нь нэлээд энгийн бөгөөд урьдчилан бэлтгэлгүйгээр үзэх боломжтой.
1*. Онкогеномик ба хувь хүний онкологи | Михаил Пятницкий, Био анагаахын химийн судалгааны хүрээлэн
|
Михаил хавдрын геномикийн талаар товчхон ярьж, хорт хавдрын эсийн хувьслыг ойлгох нь онкологийн практик асуудлыг шийдвэрлэх боломжийг бидэнд олгодог. Лектор онкоген ба хавдар дарагч хоёрын ялгаа, "хорт хавдрын ген"-ийг хайх аргууд, хавдрын молекулын дэд төрлийг тодорхойлоход онцгой анхаарал хандуулсан. Эцэст нь, Михаил онкогеномикийн ирээдүй, үүсч болзошгүй асуудлуудад анхаарлаа хандуулав.
2*. Удамшлын хавдрын хам шинжийн генетикийн оношлогоо | Андрей Афанасьев, эрсдэлтэй
|
Андрей удамшлын хавдрын хам шинжийн талаар ярьж, биологи, эпидемиологи, эмнэлзүйн илрэлийн талаар ярилцав. Лекцийн нэг хэсэг нь генетикийн шинжилгээний асуудалд зориулагдсан болно - үүнд хэн хамрагдах ёстой, үүний тулд юу хийдэг, өгөгдлийг боловсруулах, үр дүнг тайлбарлахад ямар бэрхшээл гардаг, эцэст нь өвчтөн болон тэдний хамаатан саданд ямар ашиг тустай вэ? .
3*. Хавдрын эсрэг атлас | Герман Демидов, BIST/UPF
|
Хорт хавдрын геномик ба эпигеномикийн чиглэлээр олон арван жилийн судалгаа хийсэн ч "хавдрын хам шинж хэрхэн, хаана, яагаад үүсдэг вэ" гэсэн асуултын хариулт одоог хүртэл бүрэн бус байна. Үүний нэг шалтгаан нь хязгаарлагдмал өгөгдлийн багцад (нэг эсвэл хэд хэдэн лабораторид судалгаа хийхэд ердийн хэмжээ) илрүүлэхэд хэцүү бага хэмжээний үр нөлөөг илрүүлэхийн тулд асар их хэмжээний өгөгдлийг стандартчилан олж авах, боловсруулах хэрэгцээ юм. , гэхдээ энэ нь хорт хавдар гэх мэт нарийн төвөгтэй, олон хүчин зүйлтэй өвчинд асар их үүрэг гүйцэтгэдэг.
Сүүлийн хэдэн жилд дэлхийн хамгийн хүчирхэг судалгааны бүлгүүд энэ асуудлыг мэдэж байгаа тул эдгээр бүх үр дагаврыг илрүүлэх, тайлбарлах оролдлого хийхээр хүчээ нэгтгэж эхэлсэн. Херман эдгээр санаачилгуудын нэг (The PanCancer Atlas) болон энэхүү лабораторийн консорциумын ажлын хүрээнд олж авсан үр дүнгийн талаар энэ лекц дээр Cell сэтгүүлийн тусгай дугаарт нийтэлсэн.
4. Эпигенетик механизмын судалгаанд ChIP-Seq | Олег Шпинов, JetBrains Research
|
Генийн илэрхийлэлийн зохицуулалтыг янз бүрийн аргаар явуулдаг. Лекц дээрээ Олег гистоны өөрчлөлтөөр дамжуулан эпигенетик зохицуулалт, эдгээр үйл явцыг ChIP-seq аргыг ашиглан судлах, олж авсан үр дүнд дүн шинжилгээ хийх аргуудын талаар ярьсан.
5. Хавдар судлалын мультиомик | Константин Оконечников, Германы хорт хавдар судлалын төв
|
Молекул биологийн туршилтын технологийн хөгжил нь эс, эрхтэн, тэр ч байтугай бүхэл бүтэн организмын үйл ажиллагааны өргөн хүрээний үйл явцыг судлах боломжийг олгосон. Биологийн үйл явцын бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн хоорондын холбоог тогтоохын тулд геномик, транскриптомик, эпигеномик, протеомикийн асар их туршилтын өгөгдлийг нэгтгэсэн мультиомикийг ашиглах шаардлагатай. Константин хүүхдийн хорт хавдар судлалын чиглэлээр хорт хавдрын судалгааны чиглэлээр мульти-омикс ашиглах тодорхой жишээг дурдлаа.
6. Нэг эсийн шинжилгээний олон талт байдал ба хязгаарлалтууд | Константин Оконечников
|
Нэг эсийн РНХ-ийн дараалал, эдгээр өгөгдлийг шинжлэх аргууд, тэдгээрийг судлахдаа ил, далд бэрхшээлийг даван туулах арга замуудын талаар илүү дэлгэрэнгүй лекц.
7. Нэг эсийн РНХ-ийн өгөгдлийн шинжилгээ | Константин Зайцев, Сент-Луис дахь Вашингтоны их сургууль
|
Нэг эсийн дарааллын талаархи танилцуулга лекц. Константин дараалал тогтоох арга, лабораторийн ажил, биоинформатикийн шинжилгээнд тулгарч буй бэрхшээл, тэдгээрийг даван туулах арга замын талаар ярилцав.
8. Нанопора дараалал ашиглан булчингийн дистрофи оношилгоо | Павел Авдеев, Жорж Вашингтоны их сургууль
|
Oxford Nanopore технологийг ашиглан дараалал тогтоох нь булчингийн дистрофи зэрэг өвчний удамшлын шалтгааныг тогтоох давуу талтай. Павел лекцэндээ энэ өвчнийг оношлох хоолой боловсруулах талаар ярьсан.
9*. Геномын график дүрслэл | Илья Минкин, Пенсильванийн мужийн их сургууль
|
График загварууд нь олон тооны ижил төстэй дарааллыг авсаархан дүрслэх боломжийг олгодог бөгөөд ихэвчлэн геномикт ашиглагддаг. Илья геномын дарааллыг график ашиглан хэрхэн сэргээдэг, де Брюин графикийг хэрхэн, яагаад ашигладаг, ийм "график" арга нь мутацийн хайлтын нарийвчлалыг хэр их нэмэгдүүлдэг, график ашиглахтай холбоотой шийдэгдээгүй асуудлууд байсаар байгаа талаар дэлгэрэнгүй ярьсан.
10*. Хөгжилтэй протеомик | Павел Синицын, Макс Планкийн биохимийн хүрээлэн (2 хэсэг)
, |,
Уургууд нь амьд организмын ихэнх биохимийн процессыг хариуцдаг бөгөөд өнөөг хүртэл протеомик нь олон мянган уургийн төлөв байдлыг дэлхийн хэмжээнд шинжлэх цорын ганц арга юм. Шийдвэрлэсэн асуудлын хүрээ нь гайхалтай юм - эсрэгбие ба эсрэгтөрөгчийг тодорхойлохоос эхлээд хэдэн мянган уургийн байршлыг тодорхойлох хүртэл. Павел лекцүүддээ протеомикийн эдгээр болон бусад хэрэглээ, түүний өнөөгийн хөгжил, өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийхэд тулгарч буй бэрхшээлүүдийн талаар ярьсан.
арван нэгэн*. Молекулын симуляцийн үндсэн зарчим | Павел Яковлев, BIOCAD
|
Молекулын динамикийн тухай онолын танилцуулга лекц: энэ нь яагаад хэрэгтэй, юу хийдэг, эмийн хөгжилд хэрхэн ашигладаг. Павел молекулын динамикийн аргууд, молекулын хүчийг тайлбарлах, холболтын тодорхойлолт, "хүчний талбар" ба "интеграцчлал" гэсэн ойлголтууд, загварчлалын хязгаарлалт болон бусад олон зүйлд анхаарлаа хандуулав.
12*. Молекул биологи ба генетик | Юрий Барбитов, биоинформатикийн хүрээлэн
, , |
Инженерийн чиглэлээр суралцаж буй оюутан, төгсөгчдөд зориулсан молекул биологи, генетикийн гурван хэсэгтэй танилцуулга. Эхний лекц нь орчин үеийн биологийн үзэл баримтлал, геномын бүтцийн асуудал, мутацийн тохиолдлын талаар авч үздэг. Хоёр дахь нь генийн үйл ажиллагаа, транскрипц, орчуулгын үйл явц, гурав дахь нь генийн илэрхийлэл, молекул биологийн үндсэн аргуудын зохицуулалтыг нарийвчлан тусгасан болно.
13*. NGS мэдээллийн шинжилгээний зарчмууд | Юрий Барбитов, биоинформатикийн хүрээлэн
|
Лекцэнд хоёр дахь үеийн дарааллын (NGS) аргууд, тэдгээрийн төрөл, шинж чанаруудыг тайлбарласан болно. Лекц нь дараалал үүсгэгчийн "гаралтын" өгөгдөл хэрхэн бүтэцлэгдсэн, дүн шинжилгээ хийхэд хэрхэн хувирдаг, түүнтэй ажиллах ямар арга замуудыг нарийвчлан тайлбарладаг.
14*. Тушаалын мөрийг ашиглан дадлага хийх | Геннадий Захаров, EPAM
Линуксийн тушаалын мөрийн ашигтай командууд, сонголтууд болон тэдгээрийг ашиглах үндсэн зарчмуудын практик тойм. Жишээ нь дараалсан ДНХ-ийн дарааллын шинжилгээнд анхаарлаа хандуулдаг. Линуксийн стандарт үйлдлүүдээс гадна (жишээлбэл, cat, grep, sed, awk) дараалалтай ажиллах хэрэгслүүдийг (samtools, bedtools) авч үздэг.
15*. Бяцхан хүүхдүүдэд зориулсан мэдээллийн дүрслэл | Никита Алексеев, ITMO их сургууль
|
Хүн бүр өөрийн шинжлэх ухааны төслийн үр дүнг дүрслэн харуулах эсвэл бусдын диаграмм, график, зургийг ойлгох туршлагатай байсан. Никита график, диаграммыг хэрхэн зөв тайлбарлахыг хэлж, тэдгээрийн гол зүйлийг тодруулав; хэрхэн тод зураг зурах. Мөн нийтлэл уншиж, сурталчилгаа үзэхдээ юуг анхаарах ёстойг лектор онцолсон.
16*. Биоинформатик дахь карьер | Виктория Коржова, Макс Планкийн биохимийн хүрээлэн
Видео: , |
Виктория гадаадад академийн шинжлэх ухааны бүтэц, бакалавр, магистр, аспирантаар шинжлэх ухаан, үйлдвэрлэлд карьераа бий болгохын тулд юуг анхаарах ёстой талаар ярьсан.
17*. Эрдэмтэд зориулсан CV хэрхэн бичих вэ | Виктория Коржова, Макс Планкийн биохимийн хүрээлэн
CV-д юу үлдээх, юуг арилгах вэ? Боломжит лабораторийн менежерт ямар баримт сонирхолтой байх вэ, аль нь дурдахгүй байх нь дээр вэ? Өөрийн анкетыг онцлохын тулд мэдээллийг хэрхэн цэгцлэх ёстой вэ? Лекц нь эдгээр болон бусад асуултын хариултыг өгөх болно.
18*. Био мэдээлэл зүйн зах зээл хэрхэн ажилладаг вэ | Андрей Афанасьев, эрсдэлтэй
|
Зах зээл хэрхэн ажилладаг вэ, биоинформатикч хаана ажиллах вэ? Энэ асуултын хариултыг Андрейгийн лекцэнд жишээ, зөвлөгөөний хамт дэлгэрэнгүй харуулав.
Төгсгөл
Сургуулийн лекцүүд нь молекул загварчлал, геномын угсралтад график ашиглахаас эхлээд нэг эсийн шинжилгээ, шинжлэх ухааны карьерыг бий болгох хүртэл өргөн хүрээтэй сэдвүүдтэй болохыг та анзаарсан байх. Био-информатикийн хүрээлэнгийнхэн бид аль болох биоинформатикийн олон салбарыг хамрахын тулд сургуулийн хөтөлбөрт олон төрлийн сэдвүүдийг оруулахыг хичээдэг бөгөөд ингэснээр оролцогч бүр шинэ, хэрэгцээтэй зүйлийг сурч мэдэх болно.
Дараагийн биоинформатик сургууль 29 оны 3-р сарын 2019-өөс XNUMX-р сарын XNUMX-ны хооронд Москвагийн ойролцоо явагдана. . Энэ жилийн сэдэв нь хөгжлийн биологи, хөгшрөлтийн судалгааны биоинформатик юм.
Биоинформатикийн чиглэлээр гүнзгийрүүлэн суралцах хүсэлтэй хүмүүст зориулан манай ангид элсэлт авч байна Санкт-Петербург хотод. Эсвэл энэ намар Москвад хөтөлбөрийн нээлтийн талаарх манай мэдээг дагаарай.
Санкт-Петербург, Москвад байдаггүй ч үнэхээр биоинформатикч болохыг хүсч буй хүмүүст зориулж бид бэлтгэлээ хангасан. алгоритм, програмчлал, генетик, биологийн чиглэлээр.
Манайд бас хэдэн арван бий , та үүнийг яг одоо эхлүүлж болно.
2018 онд биоинформатикийн зуны сургуулийг манай байнгын түншүүд болох JetBrains, BIOCAD, EPAM компаниудын дэмжлэгтэйгээр зохион байгуулсан бөгөөд үүнд бид маш их баярлалаа.
Хүн бүр биоинформатик!
Жич Хэрэв та үүнийг хангалттай гэж бодоогүй бол, и .
Эх сурвалж: www.habr.com