एल्गोरिदम देखि क्यान्सर सम्म: बायोइन्फर्मेटिक्स मा स्कूल देखि व्याख्यान

2018 को गर्मीमा, सेन्ट पीटर्सबर्ग नजिकै बायोइन्फर्मेटिक्समा वार्षिक समर स्कूल आयोजित भयो, जहाँ १०० स्नातक र स्नातक विद्यार्थीहरू बायोइन्फर्मेटिक्स अध्ययन गर्न आएका थिए र जीवविज्ञान र चिकित्साका विभिन्न क्षेत्रहरूमा यसको प्रयोग बारे जान्न आएका थिए।

विद्यालयको मुख्य फोकस क्यान्सर अनुसन्धानमा थियो, तर त्यहाँ बायोइन्फर्मेटिक्सका अन्य क्षेत्रहरूमा व्याख्यानहरू थिए, विकासदेखि एकल-कोशिका अनुक्रम डेटाको विश्लेषणसम्म। हप्ताको दौडान, केटाहरूले पाइथन र आर मा प्रोग्राम गरिएको अर्को पुस्ताको अनुक्रमण डेटासँग काम गर्न सिके, मानक बायोइन्फर्मेटिक्स उपकरणहरू र फ्रेमवर्कहरू प्रयोग गरे, ट्युमरहरू अध्ययन गर्दा प्रणाली जीवविज्ञान, जनसंख्या आनुवंशिकी र औषधि मोडलिङका विधिहरूसँग परिचित भए, र धेरै धेरै।

तल तपाईंले स्कूलमा दिइएको 18 लेक्चरहरूको भिडियो, संक्षिप्त विवरण र स्लाइडहरू पाउनुहुनेछ। तारा चिन्ह "*" का साथ चिन्ह लगाइएकाहरू एकदम आधारभूत छन् र पूर्व तयारी बिना हेर्न सकिन्छ।



१*। ओन्कोजेनोमिक्स र व्यक्तिगत ओन्कोलोजी | मिखाइल Pyatnitsky, बायोमेडिकल रसायन अनुसन्धान संस्थान

भिडियो | स्लाइड

मिखाइलले ट्युमर जीनोमिक्सको बारेमा छोटकरीमा कुरा गरे र क्यान्सर कोशिकाहरूको विकासलाई कसरी बुझेर हामीलाई ओन्कोलोजीमा व्यावहारिक समस्याहरू समाधान गर्न अनुमति दिन्छ। लेक्चररले ओन्कोजीन र ट्युमर सप्रेसरहरू बीचको भिन्नता, "क्यान्सर जीन" खोज्ने विधिहरू र ट्युमरहरूको आणविक उपप्रकारहरू पहिचान गर्न विशेष ध्यान दिए। अन्तमा, मिखाइलले oncogenomics को भविष्य र उत्पन्न हुन सक्ने समस्याहरूमा ध्यान दिए।

२*। वंशाणुगत ट्यूमर सिन्ड्रोमको आनुवंशिक निदान | Andrey Afanasyev, yRisk

भिडियो | स्लाइड

Андрей рассказал о наследственных опухолевых синдромах и разобрал их биологию, эпидемиологию и клинические проявления. Часть лекции посвящена вопросу генетического тестирования — кому нужно его проходить, что для этого делается, какие сложности возникают в обработке данных и интерпретации результатов и, наконец, какую пользу это приносит пациентам и их родственникам.

३*। प्यान-क्यान्सर एटलस | जर्मन डेमिडोभ, BIST/UPF

भिडियो | स्लाइड

क्यान्सर जीनोमिक्स र एपिजेनोमिक्सको क्षेत्रमा दशकौंको अनुसन्धानको बावजुद, "कसरी, कहाँ र किन ट्युमर सिन्ड्रोम उत्पन्न हुन्छ" भन्ने प्रश्नको जवाफ अझै अपूर्ण छ। यसको एउटा कारण सीमित डाटा सेटमा पत्ता लगाउन गाह्रो हुने सानो परिमाणका प्रभावहरू पत्ता लगाउनको लागि ठूलो मात्रामा डाटाको मानकीकृत अधिग्रहण र प्रशोधनको आवश्यकता हो (एक वा धेरै प्रयोगशालाहरूमा अध्ययनको लागि सामान्य आकार)। , तर यसले समग्रमा क्यान्सर जस्ता जटिल र बहुपक्षीय रोगमा ठूलो भूमिका खेल्छ।

पछिल्ला केही वर्षहरूमा, विश्वका धेरै शक्तिशाली अनुसन्धान समूहहरूले, यो समस्यालाई पहिचान गर्दै, यी सबै प्रभावहरू पत्ता लगाउन र वर्णन गर्ने प्रयासमा सेनामा सामेल हुन थालेका छन्। हर्मनले यी मध्ये एउटा पहल (द प्यानक्यान्सर एटलस) र प्रयोगशालाहरूको यो कन्सोर्टियमको कामको एक भागको रूपमा प्राप्त नतिजाहरू र यस व्याख्यानमा सेलको विशेष अंकमा प्रकाशित गरेको बारेमा कुरा गरे।

4. एपिजेनेटिक मेकानिजमको अध्ययनमा ChIP-Seq | ओलेग Shpynov, JetBrains अनुसन्धान

भिडियो | स्लाइड

जीन अभिव्यक्तिको नियमन विभिन्न तरिकामा गरिन्छ। आफ्नो व्याख्यानमा, ओलेगले हिस्टोन परिमार्जन मार्फत एपिजेनेटिक नियमनको बारेमा कुरा गरे, यी प्रक्रियाहरूको अध्ययन ChIP-seq विधि र प्राप्त परिणामहरूको विश्लेषणको लागि विधिहरू प्रयोग गरेर।

5. क्यान्सर अनुसन्धानमा मल्टिओमिक्स | Konstantin Okonechnikov, जर्मन क्यान्सर अनुसन्धान केन्द्र

भिडियो | स्लाइड

आणविक जीवविज्ञानमा प्रयोगात्मक प्रविधिहरूको विकासले कोशिकाहरू, अंगहरू वा सम्पूर्ण जीवहरूमा कार्यात्मक प्रक्रियाहरूको विस्तृत दायराको अध्ययनलाई संयोजन गर्न सम्भव बनाएको छ। जैविक प्रक्रियाहरु को घटकहरु बीच जडान स्थापित गर्न को लागी, यो multiomics को उपयोग गर्न को लागी आवश्यक छ, जो जीनोमिक्स, ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स, एपिजेनोमिक्स र प्रोटोमिक्स को विशाल प्रयोगात्मक डेटा को संयोजन गर्दछ। कोन्स्टान्टिनले बाल चिकित्सा ओन्कोलोजीमा फोकसको साथ क्यान्सर अनुसन्धानको क्षेत्रमा बहु-ओमिक्सको प्रयोगको स्पष्ट उदाहरण दिए।

6. बहुमुखी प्रतिभा र एकल सेल विश्लेषणको सीमाहरू | Konstantin Okonechnikov

भिडियो | स्लाइड

एकल-सेल RNA-seq र यस डेटाको विश्लेषणका लागि विधिहरू, साथै तिनीहरूलाई अध्ययन गर्दा स्पष्ट र लुकेका समस्याहरू पार गर्ने तरिकाहरूमा थप विस्तृत व्याख्यान।

7. एकल सेल RNA-seq डेटाको विश्लेषण | Konstantin Zaitsev, सेन्ट लुइस मा वाशिंगटन विश्वविद्यालय

भिडियो | स्लाइड

एकल कक्ष अनुक्रम मा परिचयात्मक व्याख्यान। कोन्स्टान्टिनले क्रमबद्ध विधिहरू, प्रयोगशाला कार्यमा कठिनाइहरू र बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण, र तिनीहरूलाई पार गर्ने तरिकाहरूबारे छलफल गर्दछ।

8. नानोपोर अनुक्रम प्रयोग गरेर मांसपेशी डिस्ट्रोफी को निदान | Pavel Avdeev, जर्ज वाशिंगटन विश्वविद्यालय

भिडियो | स्लाइड

अक्सफोर्ड नानोपोर टेक्नोलोजी प्रयोग गरी क्रमबद्ध गर्ने फाइदाहरू छन् जुन मस्कुलर डिस्ट्रोफी जस्ता रोगहरूको आनुवंशिक कारणहरू पहिचान गर्न प्रयोग गर्न सकिन्छ। आफ्नो व्याख्यानमा, पावेलले यस रोगको निदानको लागि पाइपलाइनको विकासको बारेमा कुरा गरे।

९*। जीनोम को ग्राफ प्रतिनिधित्व | इल्या मिन्किन, पेन्सिलभेनिया राज्य विश्वविद्यालय

भिडियो | स्लाइड

ग्राफ मोडेलहरूले समान अनुक्रमहरूको ठूलो संख्याको कम्प्याक्ट प्रतिनिधित्वलाई अनुमति दिन्छ र प्रायः जीनोमिक्समा प्रयोग गरिन्छ। इल्याले ग्राफहरू प्रयोग गरेर जीनोमिक अनुक्रमहरू कसरी पुनर्निर्माण गरिन्छ, कसरी र किन डे ब्रुइन ग्राफ प्रयोग गरिन्छ, यस्तो "ग्राफ" दृष्टिकोणले उत्परिवर्तन खोजहरूको शुद्धतालाई कति बढाउँछ, र ग्राफहरूको प्रयोगमा के समाधान नभएका समस्याहरू अझै बाँकी छन् भन्ने बारे विस्तृत रूपमा कुरा गरे।

१०*। मनोरञ्जनात्मक प्रोटोमिक्स | पावेल सिनित्सिन, मैक्स प्लांक इन्स्टिच्युट अफ बायोकेमिस्ट्री (२ भाग)

भिडियो 1, भिडियो 2 |स्लाइडहरू 1, स्लाइडहरू 2

प्रोटिनहरू जीवित जीवहरूमा धेरैजसो जैव रासायनिक प्रक्रियाहरूका लागि जिम्मेवार हुन्छन्, र अहिलेसम्म हजारौं प्रोटिनहरू एकैसाथ हुने अवस्थाको विश्वव्यापी विश्लेषणको लागि प्रोटियोमिक्स एक मात्र विधि हो। समाधान गरिएका समस्याहरूको दायरा प्रभावशाली छ - एन्टिबडीहरू र एन्टिजेनहरू पहिचान गर्नदेखि लिएर धेरै हजार प्रोटीनहरूको स्थानीयकरण निर्धारण गर्न। आफ्नो व्याख्यानमा, पावेलले यी र प्रोटोमिक्सका अन्य अनुप्रयोगहरू, यसको हालको विकास र डेटा विश्लेषणमा हुने समस्याहरूको बारेमा कुरा गरे।

एघार*। आणविक सिमुलेशनको आधारभूत सिद्धान्तहरू | Pavel Yakovlev, BIOCAD

भिडियो | स्लाइड

आणविक गतिशीलता मा परिचयात्मक सैद्धांतिक व्याख्यान: यो किन आवश्यक छ, यसले के गर्छ र यो औषधि विकासको सम्बन्धमा कसरी प्रयोग गरिन्छ। पावेलले आणविक गतिशीलताको विधिहरू, आणविक बलहरूको व्याख्या, जडानहरूको विवरण, "बल क्षेत्र" र "एकीकरण" को अवधारणाहरू, मोडेलिङमा सीमितताहरू, र धेरै धेरैमा ध्यान दिए।

१२*। आणविक जीवविज्ञान र आनुवंशिकी | युरी बार्बिटोभ, जैव सूचना विज्ञान संस्थान

भिडियो 1, भिडियो 2, भिडियो 3 | स्लाइड

ईन्जिनियरिङ् विद्यार्थीहरू र स्नातकहरूका लागि आणविक जीवविज्ञान र आनुवंशिकीमा तीन-भाग परिचय। पहिलो लेक्चरले आधुनिक जीवविज्ञानका अवधारणाहरू, जीनोम संरचनाका मुद्दाहरू र उत्परिवर्तनहरूको घटनाबारे छलफल गर्दछ। दोस्रोले जीन कार्य, ट्रान्सक्रिप्शन र अनुवादका प्रक्रियाहरू, तेस्रोले जीन अभिव्यक्ति र आधारभूत आणविक जैविक विधिहरूको नियमनलाई समेट्छ।

१३*। NGS डाटा विश्लेषणका सिद्धान्तहरू | युरी बार्बिटोभ, जैव सूचना विज्ञान संस्थान

भिडियो | स्लाइड

व्याख्यानले दोस्रो पुस्ताको अनुक्रमण (NGS) विधिहरू, तिनीहरूका प्रकारहरू र विशेषताहरू वर्णन गर्दछ। लेक्चररले सिक्वेन्सरबाट डेटा "आउटपुट" कसरी संरचित हुन्छ, यसलाई विश्लेषणको लागि कसरी रूपान्तरण गरिन्छ, र यससँग काम गर्ने तरिकाहरू कसरी छन् भनेर विस्तृत रूपमा बताउँछन्।

14*। कमांड लाइन प्रयोग गर्दै, अभ्यास | Gennady Zakharov, EPAM

भिडियो

उपयोगी लिनक्स कमाण्ड लाइन आदेशहरू, विकल्पहरू र तिनीहरूलाई प्रयोग गर्ने आधारभूतहरूको व्यावहारिक सिंहावलोकन। उदाहरणहरू क्रमबद्ध DNA अनुक्रमहरूको विश्लेषणमा केन्द्रित छन्। मानक लिनक्स अपरेशनहरू (उदाहरणका लागि, cat, grep, sed, awk) को अतिरिक्त, अनुक्रमहरूसँग काम गर्ने उपयोगिताहरू (samtools, bedtools) लाई विचार गरिन्छ।

१५*। साना बच्चाहरु को लागी डाटा दृश्य | निकिता Alekseev, ITMO विश्वविद्यालय

भिडियो | स्लाइड

सबैले आफ्नै वैज्ञानिक परियोजनाहरूको नतिजा चित्रण गर्ने वा अन्य व्यक्तिको रेखाचित्र, ग्राफ र चित्रहरू बुझ्ने अनुभव गरेका छन्। निकिताले ग्राफ र रेखाचित्रहरू कसरी सही रूपमा व्याख्या गर्ने भनेर बताइन्, तिनीहरूबाट मुख्य कुरा हाइलाइट गर्दै; कसरी स्पष्ट चित्रहरु कोर्न। लेक्चररले लेख पढ्दा वा विज्ञापन हेर्दा के के हेर्ने कुरामा जोड दिए।

१६*। बायोइन्फर्मेटिक्समा क्यारियर | भिक्टोरिया कोर्जोभा, मैक्स प्लांक इन्स्टिच्युट अफ बायोकेमिस्ट्री

भिडियो: 1, 2 | स्लाइड

भिक्टोरियाले विदेशमा अकादमिक विज्ञानको संरचना र स्नातक, स्नातक वा स्नातक विद्यार्थीको रूपमा विज्ञान वा उद्योगमा क्यारियर निर्माण गर्न तपाईंले ध्यान दिनु पर्ने कुराहरूको बारेमा कुरा गर्नुभयो।

१७*। कसरी वैज्ञानिकको लागि CV लेख्ने | भिक्टोरिया कोर्जोभा, मैक्स प्लांक इन्स्टिच्युट अफ बायोकेमिस्ट्री

भिडियो

CV मा के छोड्ने र के हटाउने? सम्भावित प्रयोगशाला प्रबन्धकको लागि कुन तथ्यहरू चासोको हुनेछन्, र कुन उल्लेख नगर्नु राम्रो हो? आफ्नो बायोडाटा अलग बनाउनको लागि तपाईंले कसरी जानकारी व्यवस्थित गर्नुपर्छ? व्याख्यानले यी र अन्य प्रश्नहरूको जवाफ दिनेछ।

18*। बायोइन्फर्मेटिक्स बजार कसरी काम गर्दछ | Andrey Afanasyev, yRisk

भिडियो | स्लाइड

बजारले कसरी काम गर्छ र जैव सूचनाविद्ले कहाँ काम गर्न सक्छ? यस प्रश्नको जवाफ विस्तृत रूपमा प्रस्तुत गरिएको छ, उदाहरण र सल्लाह सहित, एन्ड्रीको व्याख्यानमा।

Конец

तपाईंले याद गर्नुभएझैं, विद्यालयमा व्याख्यानहरू विषयहरूमा धेरै फराकिलो हुन्छन् - आणविक मोडेलिङ र जीनोम एसेम्बलीका लागि ग्राफहरूको प्रयोग, एकल कक्षहरूको विश्लेषण र एक वैज्ञानिक क्यारियर निर्माण गर्न। हामी जैव सूचना विज्ञान संस्थानमा सकेसम्म धेरै जैव सूचना विज्ञान विषयहरू कभर गर्न र प्रत्येक सहभागीले केही नयाँ र उपयोगी कुराहरू सिक्न स्कूलको कार्यक्रममा विभिन्न विषयहरू समावेश गर्ने प्रयास गर्छौं।

बायोइन्फर्मेटिक्समा अर्को स्कूल मस्को नजिकै जुलाई 29 देखि अगस्त 3, 2019 सम्म आयोजित हुनेछ। स्कूल 2019 को लागि नामांकन अब मे 1 सम्म खुला छ। यस वर्षको विषय विकासात्मक जीवविज्ञान र एजिङ रिसर्चमा बायोइन्फर्मेटिक्स हुनेछ।

जैव सूचना विज्ञानको गहिराइमा अध्ययन गर्न चाहनेहरूका लागि, हामी अझै पनि हाम्रो लागि आवेदनहरू स्वीकार गर्दैछौं पूर्ण-समय वार्षिक कार्यक्रम सेन्ट पीटर्सबर्ग मा। वा यो गिरावट मास्को मा कार्यक्रम को उद्घाटन को बारे मा हाम्रो समाचार पालना गर्नुहोस्।

जो सेन्ट पीटर्सबर्ग वा मस्कोमा छैनन्, तर वास्तवमै एक जैव सूचनाविद् बन्न चाहन्छन्, हामीले तयार गरेका छौं पुस्तक र पाठ्यपुस्तकहरूको सूची एल्गोरिदम, प्रोग्रामिङ, आनुवंशिकी र जीवविज्ञानमा।

हामीसँग पनि दर्जनौं छन् Stepik मा खुला र नि: शुल्क अनलाइन पाठ्यक्रमहरू, जुन तपाईं अहिले नै मार्फत जान सुरु गर्न सक्नुहुन्छ।

2018 मा, हाम्रो नियमित साझेदारहरू - JetBrains, BIOCAD र EPAM कम्पनीहरूको सहयोगमा बायोइन्फर्मेटिक्समा समर स्कूल आयोजित भएको थियो, जसको लागि हामी उहाँहरूलाई धेरै धन्यवाद दिन्छौं।

बायोइन्फर्मेटिक्स सबैलाई!

PS यदि तपाईंले सोच्नुभएन कि यो पर्याप्त थियो, यहाँ अन्तिम भन्दा पहिले विद्यालयबाट व्याख्यानको साथ एक पोस्ट छ и अघिल्लो वर्ष केही थप विद्यालयहरू.

स्रोत: www.habr.com