{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/3e87323f0025a754e352a973b0bf6f73.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/>Latem 2018 roku pod Petersburgiem odby\u0142a si\u0119 coroczna szko\u0142a letnia z zakresu bioinformatyki, na kt\u00f3r\u0105 przyby\u0142o 100 student\u00f3w i doktorant\u00f3w, aby zg\u0142\u0119bi\u0107 bioinformatyk\u0119 i dowiedzie\u0107 si\u0119 o jej zastosowaniach w r\u00f3\u017cnych dziedzinach biologii i medycyny. <\/p>\n<p>G\u0142\u00f3wny nacisk podczas tej szko\u0142y po\u0142o\u017cono na badania nad rakiem, ale odby\u0142y si\u0119 tak\u017ce wyk\u0142ady na inne tematy bioinformatyki, pocz\u0105wszy od ewolucji, a sko\u0144czywszy na analizie danych z sekwencjonowania pojedynczej kom\u00f3rki. Przez ca\u0142y tydzie\u0144 uczestnicy uczyli si\u0119 pracy z danymi sekwencjonowania nowej generacji, programowali w Pythonie i R, korzystali z standardowych narz\u0119dzi i framework\u00f3w bioinformatycznych, zapoznawali si\u0119 z metodami biologii systemowej, genetyki populacyjnej oraz modelowania lek\u00f3w w badaniach nad nowotworami, i nie tylko. <\/p>\n<p>Poni\u017cej znajdziesz wideo z 18 wyk\u0142ad\u00f3w, kt\u00f3re odby\u0142y si\u0119 podczas szko\u0142y, z kr\u00f3tkim opisem i slajdami. Wyk\u0142ady oznaczone gwiazdk\u0105 \u201e*\u201d s\u0105 do\u015b\u0107 podstawowe i mo\u017cna je ogl\u0105da\u0107 bez wcze\u015bniejszego przygotowania.<br \/>\n<noindex><a rel=\"nofollow\" name=\"habracut\"><\/a><\/noindex><br \/>\n<img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/143f6afb035a483661dfff6831541e44.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 1*. Onkogenomika i spersonalizowana onkologia | Micha\u0142 Pi\u0105tnicki, Naukowo-Badawczy Instytut Biochemii i Chemii Biomedycznej <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/youtu.be\/GHyhtIk7Wl8\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/pyatniczkiy_summer_school_2018_onkogenomics.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Micha\u0142 kr\u00f3tko om\u00f3wi\u0142 genomi\u0119 nowotwor\u00f3w oraz to, jak zrozumienie ewolucji kom\u00f3rek rakowych pozwala rozwi\u0105zywa\u0107 praktyczne problemy onkologii. Szczeg\u00f3ln\u0105 uwag\u0119 l\u0435\u043a\u0442\u043e\u0440 po\u015bwi\u0119ci\u0142 wyja\u015bnieniu r\u00f3\u017cnicy mi\u0119dzy onkogenami a onkogenami supresorowymi, metodom poszukiwania \u201egen\u00f3w rakowych\u201d oraz wyr\u00f3\u017cniania molekularnych podtyp\u00f3w nowotwor\u00f3w. Na koniec Micha\u0142 zwr\u00f3ci\u0142 uwag\u0119 na przysz\u0142o\u015b\u0107 onkogenomiki oraz problemy, kt\u00f3re mog\u0105 si\u0119 pojawi\u0107.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/308698634ff9878326e3d326bf4de01a.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 2*. Diagnostyka genetyczna dziedzicznych zespo\u0142\u00f3w nowotworowych | Andrij Afanasiew, yRisk<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/u8uf6bUrOUQ\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/afanasyev_summer_school_2018_nasledstvennye_opuholevye_sindromy_genetika_i_diagnostika.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Andrij opowiedzia\u0142 o dziedzicznych zespo\u0142ach nowotworowych, omawiaj\u0105c ich biologi\u0119, epidemiologi\u0119 i objawy kliniczne. Cz\u0119\u015b\u0107 wyk\u0142adu po\u015bwi\u0119cona jest kwestii testowania genetycznego \u2014 kto powinien je przeprowadza\u0107, jak to si\u0119 robi, jakie trudno\u015bci wyst\u0119puj\u0105 w przetwarzaniu danych i interpretacji wynik\u00f3w oraz, wreszcie, jakie korzy\u015bci przynosi to pacjentom i ich bliskim.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/18b4d1bbcc2e8a791831724191a71033.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 3*. Pan-Cancer Atlas | Herman Demidow, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/Ij8QYPu2gqg\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/demidov_summer_school_2018_pan_cancer.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Mimo dziesi\u0119cioleci bada\u0144 nad genomik\u0105 i epigenomik\u0105 raka, odpowied\u017a na pytanie \"jak, gdzie i dlaczego powstaj\u0105 syndromy nowotworowe\" wci\u0105\u017c nie jest pe\u0142na. Jednym z powod\u00f3w jest potrzeba standardyzacji pozyskiwania i przetwarzania ogromnych ilo\u015bci danych w celu wykrywania efekt\u00f3w niewielkiej wielko\u015bci, kt\u00f3re trudno zauwa\u017cy\u0107 w ograniczonym zbiorze danych (a taki rozmiar jest typowy dla bada\u0144 w ramach jednej lub kilku laboratori\u00f3w), ale kt\u00f3re w sumie odgrywaj\u0105 ogromn\u0105 rol\u0119 w tak z\u0142o\u017conej i wieloczynnikowej chorobie, jak rak.<\/p>\n<p>W ostatnich kilku latach wiele wiod\u0105cych grup badawczych na \u015bwiecie, zdaj\u0105c sobie spraw\u0119 z tego problemu, zacz\u0119\u0142o \u0142\u0105czy\u0107 swoje si\u0142y w pr\u00f3bach odkrycia i opisania wszystkich tych efekt\u00f3w. O jednej z takich inicjatyw (The PanCancer Atlas) oraz wynikach uzyskanych w ramach pracy tego konsorcjum laboratori\u00f3w i opublikowanych w specjalnym wydaniu czasopisma Cell, opowiada\u0142 w tej wyk\u0142adzie German.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/d03c4fcd59267b0d84db295337adf000.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 4. ChIP-Seq w badaniu mechanizm\u00f3w epigenetycznych | Oleg Szpynow, JetBrains Research <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/OljP7Vx7FhI\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/shpynov_summer_school_2018_chip-seq_-_method.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Regulacja ekspresji gen\u00f3w odbywa si\u0119 na r\u00f3\u017cne sposoby. W swoim wyk\u0142adzie Oleg opowiedzia\u0142 o epigenetycznej regulacji poprzez modyfikacj\u0119 histon\u00f3w, badaniu tych proces\u00f3w metod\u0105 ChIP-seq oraz sposobach analizy uzyskanych wynik\u00f3w.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/548f503e59235155bf9466081b9c5eb7.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 5. Multiomika w badaniach nad rakiem | Konstantin Okonechnikov, Niemieckie Centrum Bada\u0144 nad Rakiem<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/jrRrmv_3nDE\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/okonechnikov_summer_school_2018_multiomics.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Rozw\u00f3j technologii eksperymentalnych w biologii molekularnej pozwoli\u0142 na po\u0142\u0105czenie badania szerokiego zakresu proces\u00f3w funkcjonalnych w kom\u00f3rkach, organach, a nawet ca\u0142ym organizmie. Aby ustali\u0107 powi\u0105zania mi\u0119dzy komponentami proces\u00f3w biologicznych, nale\u017cy zastosowa\u0107 multiomik\u0119, kt\u00f3ra \u0142\u0105czy masywne dane eksperymentalne genomiki, transkryptomiki, epigenomiki i proteomiki. Konstantin przedstawi\u0142 obrazowe przyk\u0142ady zastosowania multiomiki w badaniach nad nowotworami z szczeg\u00f3lnym uwzgl\u0119dnieniem onkologii dzieci\u0119cej.<\/p>\n<p><b>6. Wielowarstwowo\u015b\u0107 i ograniczenia analizy pojedynczych kom\u00f3rek | Konstantin Okonechnikov<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/kndZkueUCSY\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/okonechnikiv_summer_school2018_single_seq_area.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Bardziej szczeg\u00f3\u0142owy wyk\u0142ad na temat sekwencjonowania RNA pojedynczych kom\u00f3rek oraz metod analizy tych danych, a tak\u017ce sposob\u00f3w pokonywania oczywistych i ukrytych problem\u00f3w podczas ich badania.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/4efcd12baf8ac2b191878c171627e5f0.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b>7. Analiza danych single-cell RNA-seq | Konstantin Zaytsev, Uniwersytet Waszyngto\u0144ski w St.Louis<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/IUT6qwtmGzY\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/zaitsev_summer_school_2018_introduction_to_single-cell_rna-seq.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Wprowadzenie do sekwencjonowania kom\u00f3rek pojedynczych. Konstantin omawia metody sekwencjonowania, trudno\u015bci w laboratoriach i analizie bioinformatycznej oraz sposoby ich przezwyci\u0119\u017cania.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/df870d61c614ea8a40b74c9c918e2626.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b>8. Diagnostyka dystrofii mi\u0119\u015bniowej za pomoc\u0105 sekwencjonowania nanoporowego | Pawel Avdeev, Uniwersytet George'a Waszyngtona<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/w6SMlVH5jsI\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/avdeyev_summer_school_2018_nanopore_diagnostic.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Sekwencjonowanie z wykorzystaniem technologii Oxford Nanopore ma zalety, kt\u00f3re mog\u0105 by\u0107 wykorzystane do identyfikacji genetycznych przyczyn chor\u00f3b, takich jak dystrofia mi\u0119\u015bniowa. W swoim wyk\u0142adzie Pawel opowiedzia\u0142 o opracowaniu pipeline'u do diagnostyki tej choroby.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/de851b57d294a685335a8845ea760018.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 9*. Graficzne przedstawienie genomu | Ilia Minkin, Uniwersytet Stanowy Pensylwanii<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/djoeK2OwA3I\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/minkin_summer_school_2018_graphs.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Modele grafowe pozwalaj\u0105 kompaktowo przedstawi\u0107 du\u017c\u0105 liczb\u0119 podobnych sekwencji i s\u0105 cz\u0119sto u\u017cywane w genomice. Ilia szczeg\u00f3\u0142owo om\u00f3wi\u0142, jak za pomoc\u0105 graf\u00f3w rekonstruuje si\u0119 sekwencje genomowe, jak i dlaczego wykorzystuje si\u0119 graf de Bruina, w jakim stopniu takie podej\u015bcie \"grafowe\" zwi\u0119ksza dok\u0142adno\u015b\u0107 wykrywania mutacji oraz kt\u00f3re nierozwi\u0105zane problemy zwi\u0105zane z wykorzystaniem graf\u00f3w wci\u0105\u017c pozostaj\u0105.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/7c7f98b932c0993f72500b96f46bfefe.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 10*. Zajmuj\u0105ca proteomika | Pawel Sinitsin, Instytut Biochemii Maxa Plancka (2 cz\u0119\u015bci) <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/dcWOB9Qq8eM\">Wideo 1<\/a><\/noindex>, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/BaRKeQjywto\">Wideo 2<\/a><\/noindex> |<noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/sinitcyn_summer_school_2018_proteomics_l1.pdf\">Slajdy 1<\/a><\/noindex>, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/sinitcyn_summer_school_2018_proteomics_l2.pdf\">Slajdy 2<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Bia\u0142ka s\u0105 odpowiedzialne za wi\u0119kszo\u015b\u0107 proces\u00f3w biochemicznych w \u017cywym organizmie, a proteomika jest obecnie jedyn\u0105 metod\u0105 globalnej analizy stanu tysi\u0105ca bia\u0142ek jednocze\u015bnie. Zakres rozwi\u0105zywanych problem\u00f3w jest imponuj\u0105cy \u2014 od identyfikacji przeciwcia\u0142 i antygen\u00f3w po okre\u015blenie lokalizacji tysi\u0119cy bia\u0142ek. W swoich wyk\u0142adach Pawel opowiedzia\u0142 o tych i innych zastosowaniach proteomiki, jej aktualnym rozwoju oraz pu\u0142apkach przy analizie danych.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/ddb4a09fe8025202636fd95d09e4fd98.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 11*. Podstawowe zasady symulacji molekularnych | Pawel Yakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/UaNe4d2nm7g\">Wideo<\/a><\/noindex>\u00a0| <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/yakovlev_summer_school_2018_folding.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Wprowadzenie teoretyczne na temat dynamiki molekularnej: po co jest potrzebna, co robi i jak s\u0105 stosowane w kontek\u015bcie opracowywania lek\u00f3w. Pawel zwr\u00f3ci\u0142 uwag\u0119 na metody dynamiki molekularnej, wyja\u015bnienie si\u0142 molekularnych, opis wi\u0119z\u00f3w, poj\u0119cia \"pole si\u0142owe\" i \"integracja\", ograniczenia w modelowaniu i wiele innych. <\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/4ff34682dbdc985987fe6f57095b7fbf.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 12*. Biologia Molekularna i Genetyka | Jurij Barbitow, Instytut Bioinformatyki <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/fsuZDG0ACAA\">Wideo 1<\/a><\/noindex>, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/nP_VCsL-cIM\">Wideo 2<\/a><\/noindex>, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/9OES6MKEW5U\">Wideo 3<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/barbitoff_summer_school_2018_molbiol.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Wprowadzenie do biologii molekularnej i genetyki sk\u0142adaj\u0105ce si\u0119 z trzech cz\u0119\u015bci dla student\u00f3w oraz absolwent\u00f3w kierunk\u00f3w technicznych. W pierwszym wyk\u0142adzie omawiane s\u0105 poj\u0119cia nowoczesnej biologii, zagadnienia dotycz\u0105ce struktury genomu oraz powstawania mutacji. Druga cz\u0119\u015b\u0107 szczeg\u00f3\u0142owo omawia funkcjonowanie gen\u00f3w, procesy transkrypcji i translacji, a trzecia \u2014 regulacj\u0119 ekspresji gen\u00f3w oraz podstawowe metody biologii molekularnej.<\/p>\n<p><b> 13*. Zasady analizy danych NGS | Jurij Barbitow, Instytut Bioinformatyki<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/8iVH_ZQKZ1M\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/barbitoff_summer_school_2018_principles_of_ngs_data_analysis.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>W wyk\u0142adzie przedstawione s\u0105 metody sekwencjonowania nowej generacji (NGS), ich rodzaje oraz charakterystyka. Wyk\u0142adowca szczeg\u00f3\u0142owo wyja\u015bnia, jak wygl\u0105daj\u0105 dane \"na wyj\u015bciu\" z sekwenatora, jak s\u0105 przetwarzane do analizy oraz jakie s\u0105 dost\u0119pne metody ich przetwarzania.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/d63f6541e23e558ae2e8e82338091f59.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 14*. U\u017cycie wiersza polece\u0144, praktyka | Giennadij Zacharow, EPAM<\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/rk0crOttP8c\">Wideo<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Praktyczny przegl\u0105d przydatnych polece\u0144 w wierszu polece\u0144 systemu Linux, opcji oraz podstaw ich u\u017cycia. Przyk\u0142ady s\u0105 skierowane na analiz\u0119 sekwencjonowanych sekwencji DNA. Opr\u00f3cz standardowych operacji w systemie Linux (takich jak cat, grep, sed, awk) omawiane s\u0105 narz\u0119dzia do pracy z sekwencjami (samtools, bedtools).<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/e89d2794a97b9978f347f54c03a457bd.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 15*. Wizualizacja danych dla najm\u0142odszych | Nikita A\u0142eksiejew, Uniwersytet ITMO <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/LUgeGGpHD4k\">Wideo<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/alexeev_summer_school_2018_visualization.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Ka\u017cdemu zdarza si\u0119 ilustrowa\u0107 wyniki swoich projekt\u00f3w naukowych lub analizowa\u0107 czyje\u015b diagramy, wykresy i ilustracje. Nikita om\u00f3wi\u0142, jak prawid\u0142owo interpretowa\u0107 wykresy i diagramy, wyodr\u0119bniaj\u0105c ich kluczowe elementy; jak rysowa\u0107 zrozumia\u0142e obrazy. Wyk\u0142adowca podkre\u015bli\u0142 r\u00f3wnie\u017c, na co zwraca\u0107 uwag\u0119 podczas czytania artyku\u0142u lub ogl\u0105dania reklamy.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/90318bcb7ada042c3dfc640c506c817e.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\n<b> 16*. Kariera w bioinformatyce | Wiktoria Kor\u017cowa, Max Planck Institute of Biochemistry<\/b><\/p>\n<p>Wideo: <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/tosBbeImaS8\">1<\/a><\/noindex>, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/1pplzLKqnu4\">2<\/a><\/noindex> | <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/korzhova_summer_school_2018_karyera_v_bioinformatike.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Wiktoria opowiedzia\u0142a o strukturze nauki akademickiej za granic\u0105 oraz na co zwr\u00f3ci\u0107 uwag\u0119 przy budowaniu kariery w nauce lub w przemy\u015ble b\u0119d\u0105c studentem studi\u00f3w licencjackich, magisterskich czy doktoranckich.<\/p>\n<p><b> 17*. Jak naukowiec mo\u017ce stworzy\u0107 CV | Wiktoria Kor\u017cowa, Max Planck Institute of Biochemistry <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/bF9bLXhDLCU\">Wideo<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Co zostawi\u0107 w CV, a co usun\u0105\u0107? Jakie fakty b\u0119d\u0105 interesuj\u0105ce dla potencjalnego pracodawcy, a kt\u00f3re lepiej pomin\u0105\u0107? W jaki spos\u00f3b zorganizowa\u0107 informacje, aby twoje CV przyci\u0105gn\u0119\u0142o uwag\u0119? Wyk\u0142ad udzieli odpowiedzi na te i inne pytania.<\/p>\n<p><b> 18*. Jak wygl\u0105da rynek bioinformatyki | Andriej Afanasjew, yRisk <\/b><\/p>\n<p><noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/youtu.be\/KSqnm3oZbG8\">Wideo<\/a><\/noindex>\u00a0| <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"http:\/\/bioinformaticsinstitute.ru\/sites\/default\/files\/afanasyev_summer_school_2018_kak_ustroen_rynok_i_gde_rabotat_bioinformatiku_kompanii_v_mire_i_v_rossii.pdf\">Slajdy<\/a><\/noindex><\/p>\n<p>Jak wygl\u0105da rynek i gdzie pracowa\u0107 w bioinformatyce? Odpowied\u017a na to pytanie jest szczeg\u00f3\u0142owo przedstawiona w wyk\u0142adzie Andrieja.<\/p>\n<p><\/p>\n<h4>Koniec<\/h4>\n<p>\nJak pewnie zauwa\u017cyli\u015bcie, wyk\u0142ady w szkole s\u0105 do\u015b\u0107 r\u00f3\u017cnorodne tematycznie \u2014 od modelowania molekularnego i u\u017cycia graf\u00f3w do sk\u0142adania gen\u00f3w, po analiz\u0119 pojedynczych kom\u00f3rek i budowanie kariery naukowej. W Instytucie Bioinformatyki staramy si\u0119 w\u0142\u0105cza\u0107 do programu szko\u0142y r\u00f3\u017cnorodne tematy, aby obj\u0105\u0107 jak najwi\u0119cej dyscyplin bioinformatycznych i aby ka\u017cdy uczestnik m\u00f3g\u0142 odkry\u0107 co\u015b nowego i przydatnego.<\/p>\n<p>Nast\u0119pna szko\u0142a bioinformatyki odb\u0119dzie si\u0119 od 29 lipca do 3 sierpnia 2019 roku pod Moskw\u0105. <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/bioinf.me\/education\/summer\/2019\">Rekrutacja na szko\u0142\u0119 2019 ju\u017c otwarta, do 1 maja<\/a><\/noindex>. Tematem tegorocznej edycji b\u0119dzie bioinformatyka w badaniach rozwoju (biology rozwojowa) i starzenia (aging).<\/p>\n<p>Dla tych, kt\u00f3rzy chc\u0105 zg\u0142\u0119bi\u0107 bioinformatyk\u0119, trwaj\u0105 zapisy na nasz\u0105 <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/bioinf.me\/education\/program\">stacjonarn\u0105 roczn\u0105 program<\/a><\/noindex> w Petersburgu. Lub \u015bled\u017acie nasze wiadomo\u015bci o uruchomieniu programu w Moskwie ju\u017c tej jesieni.<\/p>\n<p>Dla tych, kt\u00f3rzy nie s\u0105 w Petersburgu ani Moskwie, ale bardzo chc\u0105 zosta\u0107 bioinformatykami \u2014 przygotowali\u015bmy <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/docs.google.com\/document\/d\/e\/2PACX-1vT1u4XIA4iDQ5GVwO6BBD6aHACVXh5ICgqxyDMg4iih7LmzKs5f4fXUlOotIbC7qQu7nU86LjO5tB_p\/pub\">list\u0119 ksi\u0105\u017cek i podr\u0119cznik\u00f3w<\/a><\/noindex> na temat algorytm\u00f3w, programowania, genetyki i biologii.<\/p>\n<p>Ponadto mamy dziesi\u0105tki <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/stepik.org\/org\/bioinf\">otwartych i bezp\u0142atnych kurs\u00f3w online na Stepik<\/a><\/noindex>, kt\u00f3re mo\u017cecie zacz\u0105\u0107 ju\u017c teraz.<\/p>\n<p>W 2018 roku letnia szko\u0142a bioinformatyki odby\u0142a si\u0119 dzi\u0119ki wsparciu naszych sta\u0142ych partner\u00f3w \u2013 firm JetBrains, BIOCAD i EPAM, za co im serdecznie dzi\u0119kujemy. <\/p>\n<p><b>Wszystkim bioinformatykom!<\/b><\/p>\n<p>P.S. Je\u015bli wydaje ci si\u0119 to za ma\u0142o, <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/412453\/\">oto post z wyk\u0142adami z ubieg\u0142ej szko\u0142y<\/a><\/noindex> i <noindex><a rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/geektimes.com\/post\/289173\/\">jeszcze kilku szk\u00f3\u0142 sprzed kilku lat<\/a><\/noindex>.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" alt=\"Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y z bioinformatyki\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2019\/03\/92a95459c7d0907d98437ac67ade87fe.jpeg\" style=\"display:block;margin: 0 auto;\" \/><br \/>\n<br \/>\u0179r\u00f3d\u0142o: <a content=\"nofollow\" rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/post\/443526\/\">habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"<p>\u041b\u0435\u0442\u043e\u043c 2018 \u0433\u043e\u0434\u0430 \u043f\u043e\u0434 \u041f\u0435\u0442\u0435\u0440\u0431\u0443\u0440\u0433\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u0430 \u0435\u0436\u0435\u0433\u043e\u0434\u043d\u0430\u044f \u043b\u0435\u0442\u043d\u044f\u044f \u0448\u043a\u043e\u043b\u0430 \u043f\u043e \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0435, \u043d\u0430 \u043a\u043e\u0442\u043e\u0440\u0443\u044e \u043f\u0440\u0438\u0435\u0445\u0430\u043b\u0438 100 \u0441\u0442\u0443\u0434\u0435\u043d\u0442\u043e\u0432 \u0438 \u0430\u0441\u043f\u0438\u0440\u0430\u043d\u0442\u043e\u0432, \u0447\u0442\u043e\u0431\u044b \u0438\u0437\u0443\u0447\u0438\u0442\u044c \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0443 \u0438 \u0443\u0437\u043d\u0430\u0442\u044c \u043e\u0431 \u0435\u0451 \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438 \u0432 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u043d\u044b\u0445 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u044f\u0445 \u0431\u0438\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438 \u0438 \u043c\u0435\u0434\u0438\u0446\u0438\u043d\u044b. \u0413\u043b\u0430\u0432\u043d\u044b\u0439 \u0444\u043e\u043a\u0443\u0441 \u044d\u0442\u043e\u0439 \u0448\u043a\u043e\u043b\u044b \u0431\u044b\u043b \u043d\u0430 \u0438\u0441\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f\u0445 \u0440\u0430\u043a\u0430, \u043d\u043e \u0431\u044b\u043b\u0438 \u043b\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u043f\u043e \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c \u043e\u0431\u043b\u0430\u0441\u0442\u044f\u043c \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0438, \u043d\u0430\u0447\u0438\u043d\u0430\u044f \u043e\u0442 \u044d\u0432\u043e\u043b\u044e\u0446\u0438\u0438 \u0438 \u0437\u0430\u043a\u0430\u043d\u0447\u0438\u0432\u0430\u044f \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u043e\u043c \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 [&hellip;]<\/p>\n","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"author":1,"featured_media":22563,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[702],"tags":[],"class_list":["post-30567","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-news"],"aioseo_notices":[],"aioseo_head":"\n\t\t<!-- All in One SEO 5.0.1.1 - aioseo.com -->\n\t<meta name=\"description\" content=\"\u041b\u0435\u0442\u043e\u043c 2018 \u0433\u043e\u0434\u0430 \u043f\u043e\u0434 \u041f\u0435\u0442\u0435\u0440\u0431\u0443\u0440\u0433\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u0430.\" \/>\n\t<meta name=\"robots\" content=\"max-image-preview:large\" \/>\n\t<meta name=\"author\" content=\"Yuri Gagarin\"\/>\n\t<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/prohoster.info\/pl\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\" \/>\n\t<meta name=\"generator\" content=\"All in One SEO (AIOSEO) 5.0.1.1\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:locale\" content=\"pl_PL\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:site_name\" content=\"ProHoster | \u041a\u0443\u043f\u0438\u0442\u044c \u043d\u0430\u0434\u0435\u0436\u043d\u044b\u0439 \u0445\u043e\u0441\u0442\u0438\u043d\u0433 \u0434\u043b\u044f \u0441\u0430\u0439\u0442\u043e\u0432 \u0441 \u0437\u0430\u0449\u0438\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0442 DDoS, VPS VDS \u0441\u0435\u0440\u0432\u0435\u0440\u044b\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:title\" content=\"\ud83e\udd47\u041e\u0442 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u043e\u0432 \u0434\u043e \u0440\u0430\u043a\u0430: \u043b\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0441\u043e \u0448\u043a\u043e\u043b\u044b \u043f\u043e \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0435 | ProHoster\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:description\" content=\"\u041b\u0435\u0442\u043e\u043c 2018 \u0433\u043e\u0434\u0430 \u043f\u043e\u0434 \u041f\u0435\u0442\u0435\u0440\u0431\u0443\u0440\u0433\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u0430.\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/prohoster.info\/pl\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:image\" content=\"https:\/\/prohoster.info\/wp-content\/uploads\/2021\/11\/logo-350.jpg\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:image:secure_url\" content=\"https:\/\/prohoster.info\/wp-content\/uploads\/2021\/11\/logo-350.jpg\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:image:width\" content=\"350\" \/>\n\t\t<meta property=\"og:image:height\" content=\"350\" \/>\n\t\t<meta property=\"article:published_time\" content=\"2019-10-31T18:36:14+00:00\" \/>\n\t\t<meta property=\"article:modified_time\" content=\"2019-10-31T18:36:14+00:00\" \/>\n\t\t<meta property=\"article:publisher\" content=\"https:\/\/www.facebook.com\/prohoster\" \/>\n\t\t<meta property=\"article:author\" content=\"https:\/\/www.facebook.com\/prohoster\" \/>\n\t\t<!-- All in One SEO -->\n\n","aioseo_head_json":{"title":"\ud83e\udd47Od algorytm\u00f3w do raka: wyk\u0142ady ze szko\u0142y bioinformatyki | ProHoster","description":"Latem 2018 roku pod Petersburgiem odby\u0142a si\u0119.","canonical_url":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","robots":"max-image-preview:large","keywords":"","webmasterTools":{"miscellaneous":""},"schema":null,"og:locale":"pl_PL","og:site_name":"ProHoster | \u041a\u0443\u043f\u0438\u0442\u044c \u043d\u0430\u0434\u0435\u0436\u043d\u044b\u0439 \u0445\u043e\u0441\u0442\u0438\u043d\u0433 \u0434\u043b\u044f \u0441\u0430\u0439\u0442\u043e\u0432 \u0441 \u0437\u0430\u0449\u0438\u0442\u043e\u0439 \u043e\u0442 DDoS, VPS VDS \u0441\u0435\u0440\u0432\u0435\u0440\u044b","og:type":"article","og:title":"\ud83e\udd47\u041e\u0442 \u0430\u043b\u0433\u043e\u0440\u0438\u0442\u043c\u043e\u0432 \u0434\u043e \u0440\u0430\u043a\u0430: \u043b\u0435\u043a\u0446\u0438\u0438 \u0441\u043e \u0448\u043a\u043e\u043b\u044b \u043f\u043e \u0431\u0438\u043e\u0438\u043d\u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u0438\u043a\u0435 | ProHoster","og:description":"\u041b\u0435\u0442\u043e\u043c 2018 \u0433\u043e\u0434\u0430 \u043f\u043e\u0434 \u041f\u0435\u0442\u0435\u0440\u0431\u0443\u0440\u0433\u043e\u043c \u043f\u0440\u043e\u0448\u043b\u0430.","og:url":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","og:image":"https:\/\/prohoster.info\/wp-content\/uploads\/2021\/11\/logo-350.jpg","og:image:secure_url":"https:\/\/prohoster.info\/wp-content\/uploads\/2021\/11\/logo-350.jpg","og:image:width":350,"og:image:height":350,"article:published_time":"2019-10-31T18:36:14+00:00","article:modified_time":"2019-10-31T18:36:14+00:00","article:publisher":"https:\/\/www.facebook.com\/prohoster","article:author":"https:\/\/www.facebook.com\/prohoster"},"aioseo_meta_data":{"post_id":"30567","title":null,"description":null,"keywords":null,"keyphrases":null,"primary_term":null,"canonical_url":null,"og_title":null,"og_description":null,"og_object_type":"default","og_image_type":"default","og_image_url":null,"og_image_width":null,"og_image_height":null,"og_image_custom_url":null,"og_image_custom_fields":null,"og_video":null,"og_custom_url":null,"og_article_section":null,"og_article_tags":null,"twitter_use_og":false,"twitter_card":"default","twitter_image_type":"default","twitter_image_url":null,"twitter_image_custom_url":null,"twitter_image_custom_fields":null,"twitter_title":null,"twitter_description":null,"schema":{"blockGraphs":[],"customGraphs":[],"default":{"data":{"Article":[],"Course":[],"Dataset":[],"FAQPage":[],"Movie":[],"Person":[],"Product":[],"ProductReview":[],"Car":[],"Recipe":[],"Service":[],"SoftwareApplication":[],"WebPage":[]},"graphName":"","isEnabled":true},"graphs":[]},"schema_type":null,"schema_type_options":null,"pillar_content":false,"robots_default":true,"robots_noindex":false,"robots_noarchive":false,"robots_nosnippet":false,"robots_nofollow":false,"robots_noimageindex":false,"robots_noodp":false,"robots_notranslate":false,"robots_max_snippet":null,"robots_max_videopreview":null,"robots_max_imagepreview":"large","priority":null,"frequency":null,"local_seo":null,"seo_analyzer_scan_date":"2026-01-21 01:51:33","breadcrumb_settings":null,"limit_modified_date":false,"reviewed_by":null,"ai":null,"created":"2021-03-01 03:32:37","updated":"2026-01-21 01:51:33","focus_keyword":null,"additional_keywords":null,"truseo_locale":null},"gt_translate_keys":[{"key":"link","format":"url"}],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30567","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=30567"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/30567\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/media\/22563"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=30567"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=30567"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/prohoster.info\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=30567"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}