{"id":30567,"date":"2019-10-31T21:36:14","date_gmt":"2019-10-31T18:36:14","guid":{"rendered":"https:\/\/prohoster.info\/blog\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike\/"},"modified":"2019-10-31T21:36:14","modified_gmt":"2019-10-31T18:36:14","slug":"ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/prohoster.info\/pt\/blog\/news\/ot-algoritmov-do-raka-lektsii-so-shkoly-po-bioinformatike","title":{"rendered":"Dos Algoritmos ao C\u00e2ncer: Palestras da Escola de Bioinform\u00e1tica","gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"text"}]},"content":{"rendered":"

\"DosNo ver\u00e3o de 2018, nos arredores de S\u00e3o Petersburgo, ocorreu a escola de ver\u00e3o anual de bioinform\u00e1tica, que recebeu 100 estudantes e p\u00f3s-graduandos para estudar bioinform\u00e1tica e aprender sobre suas aplica\u00e7\u00f5es em v\u00e1rias \u00e1reas da biologia e medicina. <\/p>\n

O foco principal desta escola foi nas pesquisas sobre c\u00e2ncer, mas tamb\u00e9m houve palestras em outras \u00e1reas da bioinform\u00e1tica, desde evolu\u00e7\u00e3o at\u00e9 an\u00e1lise de dados de sequenciamento unicelular. Ao longo da semana, os alunos aprenderam a trabalhar com dados de sequenciamento de nova gera\u00e7\u00e3o, programaram em Python e R, aplicaram ferramentas e estruturas bioinform\u00e1ticas padr\u00e3o, se familiarizaram com m\u00e9todos de biologia sist\u00eamica, gen\u00e9tica populacional e modelagem de medicamentos no estudo de tumores, entre outras coisas. <\/p>\n

Abaixo, voc\u00ea encontrar\u00e1 v\u00eddeos de 18 palestras ministradas na escola, com uma breve descri\u00e7\u00e3o e os slides. As que est\u00e3o marcadas com um asterisco \u00ab*\u00bb s\u00e3o bastante b\u00e1sicas e podem ser assistidas sem prepara\u00e7\u00e3o pr\u00e9via.
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\n 1*. Oncogen\u00f4mica e Oncologia Personalizada | Mikhail Pyatnitskiy, Instituto de Qu\u00edmica Biom\u00e9dica <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Mikhail fez uma breve apresenta\u00e7\u00e3o sobre a gen\u00f4mica de tumores e como a compreens\u00e3o da evolu\u00e7\u00e3o das c\u00e9lulas cancer\u00edgenas pode ajudar a resolver quest\u00f5es pr\u00e1ticas em oncologia. O palestrante dedicou especial aten\u00e7\u00e3o \u00e0 explica\u00e7\u00e3o da diferen\u00e7a entre oncogenes e supressores tumorais, m\u00e9todos para identificar \"genes relacionados ao c\u00e2ncer\" e a classifica\u00e7\u00e3o de subtipos moleculares de tumores. Para concluir, Mikhail abordou o futuro da oncogen\u00f4mica e os problemas que podem surgir.<\/p>\n

\"Dos
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\n 2*. Diagn\u00f3stico Gen\u00e9tico de S\u00edndromes Tumorais Heredit\u00e1rias | Andrey Afanasyev, yRisk<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Andrey falou sobre s\u00edndromes tumorais heredit\u00e1rias, explorando sua biologia, epidemiologia e manifesta\u00e7\u00f5es cl\u00ednicas. Parte da palestra foi dedicada \u00e0 quest\u00e3o do teste gen\u00e9tico \u2014 quem precisa faz\u00ea-lo, o que \u00e9 realizado, quais s\u00e3o as dificuldades no processamento dos dados e na interpreta\u00e7\u00e3o dos resultados e, por fim, qual \u00e9 o benef\u00edcio disso para os pacientes e seus parentes.<\/p>\n

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\n 3*. O Atlas Pan-C\u00e2ncer | Herman Demidov, BIST\/UPF <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Apesar de d\u00e9cadas de pesquisa em gen\u00f4mica e epigen\u00f4mica do c\u00e2ncer, a resposta para a pergunta \"como, onde e por que ocorrem s\u00edndromes tumorais\" ainda n\u00e3o est\u00e1 completa. Uma das raz\u00f5es para isso \u00e9 a necessidade de obten\u00e7\u00e3o e processamento padronizados de uma enorme quantidade de dados com o objetivo de detectar efeitos de pequena magnitude, que s\u00e3o dif\u00edceis de identificar em um conjunto de dados limitado (que \u00e9 tipicamente o volume de dados em estudos realizados em um ou mais laborat\u00f3rios), mas que em conjunto desempenham um papel enorme em uma doen\u00e7a t\u00e3o complexa e multifatorial como o c\u00e2ncer.<\/p>\n

Nos \u00faltimos anos, muitos dos principais grupos de pesquisa do mundo, cientes dessa problem\u00e1tica, come\u00e7aram a unir esfor\u00e7os em tentativas de descobrir e descrever todos esses efeitos. Uma dessas iniciativas (The PanCancer Atlas) e os resultados obtidos no trabalho deste cons\u00f3rcio de laborat\u00f3rios foram publicados em um n\u00famero especial da Cell, conforme abordado por Herman nesta palestra.<\/p>\n

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\n 4. ChIP-Seq no estudo de mecanismos epigen\u00e9ticos | Oleg Shpynov, JetBrains Research <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

A regula\u00e7\u00e3o da express\u00e3o g\u00eanica ocorre de v\u00e1rias maneiras. Em sua palestra, Oleg discutiu a regula\u00e7\u00e3o epigen\u00e9tica por meio da modifica\u00e7\u00e3o de histonas, o estudo desses processos utilizando o m\u00e9todo ChIP-seq e as formas de analisar os resultados obtidos.<\/p>\n

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\n 5. Multi\u00f4mica em pesquisas sobre c\u00e2ncer | Konstantin Okonechnikov, Centro Alem\u00e3o de Pesquisa do C\u00e2ncer<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

O desenvolvimento de tecnologias experimentais em biologia molecular permitiu a combina\u00e7\u00e3o do estudo de uma ampla gama de processos funcionais em c\u00e9lulas, \u00f3rg\u00e3os ou at\u00e9 mesmo em todo o organismo. Para estabelecer conex\u00f5es entre os componentes dos processos biol\u00f3gicos, \u00e9 necess\u00e1rio utilizar a multi\u00f4mica, que combina dados experimentais massivos de gen\u00f4mica, transcript\u00f4mica, epigen\u00f4mica e prote\u00f4mica. Konstantin apresentou exemplos ilustrativos da aplica\u00e7\u00e3o da multi\u00f4mica na pesquisa de doen\u00e7as cancer\u00edgenas com foco em oncologia pedi\u00e1trica.<\/p>\n

6. Multidimensionalidade e limita\u00e7\u00f5es da an\u00e1lise de c\u00e9lulas \u00fanicas | Konstantin Okonechnikov<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Uma palestra mais detalhada sobre sequenciamento de RNA em c\u00e9lulas \u00fanicas e m\u00e9todos de an\u00e1lise desses dados, al\u00e9m de estrat\u00e9gias para superar problemas evidentes e ocultos durante seu estudo.<\/p>\n

\"Dos
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\n7. An\u00e1lise de dados de RNA-seq de c\u00e9lula \u00fanica | Konstantin Zaitsev, Universidade de Washington em St. Louis<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Palestra introdut\u00f3ria sobre sequenciamento de c\u00e9lulas \u00fanicas. Konstantin discute m\u00e9todos de sequenciamento, dificuldades nas etapas de trabalho laboratorial e an\u00e1lise bioinform\u00e1tica, e formas de super\u00e1-las.<\/p>\n

\"Dos
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\n8. Diagn\u00f3stico de distrofia muscular por meio de sequenciamento de nanoporo | Pavel Avdeev, Universidade George Washington<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

O sequenciamento usando a tecnologia Oxford Nanopore tem vantagens que podem ser utilizadas para identificar causas gen\u00e9ticas de doen\u00e7as, como a distrofia muscular. Em sua palestra, Pavel falou sobre o desenvolvimento de um pipeline para o diagn\u00f3stico dessa doen\u00e7a.<\/p>\n

\"Dos
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\n 9*. Representa\u00e7\u00e3o gr\u00e1fica do genoma | Ilya Minkin, Universidade do Estado da Pensilv\u00e2nia<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Modelos gr\u00e1ficos permitem representar compactamente um grande n\u00famero de sequ\u00eancias semelhantes e s\u00e3o frequentemente utilizados em gen\u00f4mica. Ilya detalhou como os gr\u00e1ficos s\u00e3o usados para reconstruir sequ\u00eancias gen\u00f4micas, como e por que o gr\u00e1fico de de Bruijn \u00e9 utilizado, qu\u00e3o muito essa abordagem 'gr\u00e1fica' aumenta a precis\u00e3o na busca por muta\u00e7\u00f5es, e quais problemas ainda n\u00e3o resolvidos no uso de gr\u00e1ficos permanecem.<\/p>\n

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\n 10*. Prote\u00f4mica fascinante | Pavel Sinitsin, Max Planck Institute of Biochemistry (2 partes) <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo 1<\/a><\/noindex>, V\u00eddeo 2<\/a><\/noindex> |Slides 1<\/a><\/noindex>, Slides 2<\/a><\/noindex><\/p>\n

As prote\u00ednas s\u00e3o respons\u00e1veis pela maioria dos processos bioqu\u00edmicos em organismos vivos, e a prote\u00f4mica \u00e9 o \u00fanico m\u00e9todo de an\u00e1lise global do estado de milhares de prote\u00ednas simultaneamente. O espectro de quest\u00f5es resolvidas \u00e9 impressionante \u2014 desde a identifica\u00e7\u00e3o de anticorpos e ant\u00edgenos at\u00e9 a determina\u00e7\u00e3o da localiza\u00e7\u00e3o de milhares de prote\u00ednas. Em suas palestras, Pavel falou sobre essas e outras aplica\u00e7\u00f5es da prote\u00f4mica, seu desenvolvimento atual e os obst\u00e1culos na an\u00e1lise de dados.<\/p>\n

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\n 11*. Princ\u00edpios b\u00e1sicos de simula\u00e7\u00f5es moleculares | Pavel Yakovlev, BIOCAD <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex>\u00a0| Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Palestra te\u00f3rica introdut\u00f3ria sobre din\u00e2mica molecular: por que \u00e9 necess\u00e1ria, o que faz e como \u00e9 utilizada no desenvolvimento de medicamentos. Pavel abordou os m\u00e9todos de din\u00e2mica molecular, a explica\u00e7\u00e3o das for\u00e7as moleculares, a descri\u00e7\u00e3o de liga\u00e7\u00f5es, os conceitos de 'campo de for\u00e7a' e 'integra\u00e7\u00e3o', limita\u00e7\u00f5es na modelagem, e muito mais. <\/p>\n

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\n 12*. Biologia Molecular e Gen\u00e9tica | Yuri Barbitov, Instituto de Bioinform\u00e1tica <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo 1<\/a><\/noindex>, V\u00eddeo 2<\/a><\/noindex>, V\u00eddeo 3<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Introdu\u00e7\u00e3o \u00e0 biologia molecular e gen\u00e9tica em tr\u00eas partes para estudantes e graduados de disciplinas t\u00e9cnicas. A primeira palestra discute os conceitos da biologia moderna, quest\u00f5es sobre a estrutura do genoma e o surgimento de muta\u00e7\u00f5es. A segunda abrange detalhadamente o funcionamento dos genes, os processos de transcri\u00e7\u00e3o e tradu\u00e7\u00e3o, e a terceira trata da regula\u00e7\u00e3o da express\u00e3o g\u00eanica e os principais m\u00e9todos de biologia molecular.<\/p>\n

13*. Princ\u00edpios da An\u00e1lise de Dados NGS | Yuri Barbitov, Instituto de Bioinform\u00e1tica<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

A palestra aborda os m\u00e9todos de sequenciamento de nova gera\u00e7\u00e3o (NGS), seus tipos e caracter\u00edsticas. O palestrante explica detalhadamente como os dados s\u00e3o gerados pelo sequenciador, como eles s\u00e3o transformados para an\u00e1lise e quais s\u00e3o as formas de trabalhar com eles.<\/p>\n

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\n 14*. Uso da Linha de Comando, Pr\u00e1tica | Gennady Zakharov, EPAM<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex><\/p>\n

Uma vis\u00e3o pr\u00e1tica dos comandos \u00fateis na linha de comando do Linux, op\u00e7\u00f5es e fundamentos de seu uso. Os exemplos s\u00e3o voltados para a an\u00e1lise de sequ\u00eancias de DNA sequenciadas. Al\u00e9m das opera\u00e7\u00f5es padr\u00e3o do Linux (como cat, grep, sed, awk), s\u00e3o apresentadas utilit\u00e1rios para trabalhar com sequ\u00eancias (samtools, bedtools).<\/p>\n

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\n 15*. Visualiza\u00e7\u00e3o de Dados para os Menores | Nikita Alekseev, Universidade ITMO <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Todos j\u00e1 tiveram que ilustrar os resultados de seus projetos cient\u00edficos ou entender gr\u00e1ficos, diagramas e imagens de outras pessoas. Nikita falou sobre como interpretar corretamente gr\u00e1ficos e diagramas, destacando o principal; como desenhar imagens compreens\u00edveis. O palestrante tamb\u00e9m enfatizou o que observar ao ler um artigo ou assistir a um comercial.<\/p>\n

\"Dos
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\n 16*. Carreira em Bioinform\u00e1tica | Viktoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry<\/b><\/p>\n

V\u00eddeo: 1<\/a><\/noindex>, 2<\/a><\/noindex> | Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Viktoria falou sobre a estrutura da ci\u00eancia acad\u00eamica no exterior e sobre o que deve ser considerado para construir uma carreira na ci\u00eancia ou na ind\u00fastria enquanto estudante de gradua\u00e7\u00e3o, mestrado ou doutorado.<\/p>\n

17*. Como um Cientista Deve Elaborar um CV | Viktoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex><\/p>\n

O que incluir no CV e o que excluir? Quais fatos ser\u00e3o interessantes para um potencial supervisor e quais \u00e9 melhor n\u00e3o mencionar? Como organizar as informa\u00e7\u00f5es para que seu curr\u00edculo chame aten\u00e7\u00e3o? A palestra responder\u00e1 a essas e outras perguntas.<\/p>\n

18*. Como \u00e9 o mercado de bioinform\u00e1tica | Andrei Afanasyev, yRisk <\/b><\/p>\n

V\u00eddeo<\/a><\/noindex>\u00a0| Slides<\/a><\/noindex><\/p>\n

Como \u00e9 o mercado e onde trabalhar com bioinform\u00e1tica? A resposta a essa pergunta est\u00e1 detalhada, com exemplos e dicas, na palestra de Andrei.<\/p>\n

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Fim<\/h4>\n

\nComo voc\u00ea pode perceber, as palestras na escola s\u00e3o bastante amplas em temas \u2014 desde modelagem molecular e uso de grafos para montagem de genomas, at\u00e9 an\u00e1lise de c\u00e9lulas individuais e constru\u00e7\u00e3o de uma carreira cient\u00edfica. No Instituto de Bioinform\u00e1tica, nos esfor\u00e7amos para incluir no programa da escola uma variedade de temas para abranger o maior n\u00famero poss\u00edvel de disciplinas bioinform\u00e1ticas, para que cada participante aprenda algo novo e \u00fatil.<\/p>\n

A pr\u00f3xima escola de bioinform\u00e1tica ocorrer\u00e1 de 29 de julho a 3 de agosto de 2019, nos arredores de Moscou. As inscri\u00e7\u00f5es para a escola de 2019 j\u00e1 est\u00e3o abertas, at\u00e9 1\u00ba de maio<\/a><\/noindex>. O tema deste ano ser\u00e1 a bioinform\u00e1tica em pesquisas sobre desenvolvimento (biologia do desenvolvimento) e envelhecimento.<\/p>\n

Para aqueles que desejam estudar bioinform\u00e1tica de forma aprofundada, continua a aceita\u00e7\u00e3o de inscri\u00e7\u00f5es para o nosso programa anual presencial<\/a><\/noindex> em S\u00e3o Petersburgo. Ou fique de olho nas nossas not\u00edcias sobre a abertura do programa em Moscou ainda neste outono.<\/p>\n

Para quem n\u00e3o est\u00e1 em S\u00e3o Petersburgo ou Moscou, mas realmente deseja se tornar um bioinformatista \u2014 preparamos uma lista de livros e manuais<\/a><\/noindex> sobre algoritmos, programa\u00e7\u00e3o, gen\u00e9tica e biologia.<\/p>\n

Ainda temos dezenas de cursos online abertos e gratuitos no Stepik<\/a><\/noindex>, que voc\u00ea pode come\u00e7ar a fazer agora mesmo.<\/p>\n

Em 2018, a escola de ver\u00e3o de bioinform\u00e1tica foi realizada com o apoio de nossos parceiros permanentes \u2013 as empresas JetBrains, BIOCAD e EPAM, pelas quais agradecemos imensamente. <\/p>\n

A todos os bioinformatistas!<\/b><\/p>\n

P.S. Se voc\u00ea achou pouco, aqui est\u00e1 um post com as palestras da escola anterior<\/a><\/noindex> e de algumas escolas de anos passados<\/a><\/noindex>.<\/p>\n

\"Dos
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Fonte: habr.com<\/a><\/p>","protected":false,"gt_translate_keys":[{"key":"rendered","format":"html"}]},"excerpt":{"rendered":"

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