Aplikácie v Qubes sú rozdelené do tried v závislosti od dôležitosti spracovávaných dát a riešených úloh, jednotlivých tried aplikácií, ako aj systémových služieb (sieťový subsystém, práca s úložiskom atď.). Keď používateľ spustí aplikáciu z ponuky, táto aplikácia sa spustí v špecifickom virtuálnom stroji, na ktorom je spustený samostatný X server, zjednodušený správca okien a video ovládač, ktorý prekladá výstup do riadiaceho prostredia v zloženom režime. Aplikácie sú zároveň bezproblémovo dostupné v rámci jednej pracovnej plochy a pre prehľadnosť sú zvýraznené rôznymi farbami okenných rámov. Každé prostredie má prístup na čítanie k základnému koreňovému súborovému systému a lokálnemu úložnému priestoru, ktorý sa neprekrýva s úložným priestorom iných prostredí. Užívateľské prostredie je postavené na Xfce.
Zdroj: opennet.ru