Aplikacije v Qubesu so razdeljene v razrede glede na pomembnost podatkov, ki se obdelujejo in nalog, ki se rešujejo, vsak razred aplikacije, pa tudi sistemske storitve (omrežni podsistem, delo s shranjevanjem itd.). Ko uporabnik zažene aplikacijo iz menija, se ta zažene v določenem virtualnem stroju, ki izvaja ločen strežnik X, poenostavljen upravljalnik oken in gonilnik za videoposnetek, ki prevede izhod v nadzorno okolje v sestavljenem načinu. Hkrati so aplikacije brezhibno na voljo na enem namizju in so zaradi jasnosti poudarjene z različnimi barvami okenskih okvirjev. Vsako okolje ima bralni dostop do osnovnega korenskega datotečnega sistema in lokalnega pomnilnika, ki se ne prekriva s pomnilnikom drugih okolij. Uporabniška lupina je zgrajena na vrhu Xfce.
Vir: opennet.ru