Företaget Google DeepMind har publicerat kÀllkoden för maskininlÀrningssystemet AlphaFold 3, som Àr avsett för att förutsÀga tredimensionell struktur av proteiner och modellera interaktionen mellan proteiner och andra typer av molekyler. För utvecklingen av maskininlÀrningsalgoritmerna, som implementerades i den andra versionen av AlphaFold, tilldelades i Är Nobelpriset i kemi. Verktygen kopplade till AlphaFold 3 Àr skrivna i Python och C++ och distribueras under licensen CC BY-NC-SA 4.0. De trÀnade modellerna görs tillgÀngliga baserat pÄ anvÀndarvillkoren. Separat har lanserats server, som möjliggör experimentering med AlphaFold 3 i online-lÀge.
Modellen, som har utbildats pÄ en samling av beskrivningar av strukturer för alla kÀnda proteiner och aminosyrasekvenser, löser problemet med proteinveckning och gör det möjligt att förutsÀga tredimensionell struktur av nya proteiner med en noggrannhet som minst inte undergrÀver laboratorieanalys, och vid bedömning av interaktionen mellan proteiner och andra typer av molekyler övertrÀffar den betydligt befintliga prognosmetoder. Den tredje versionen av AlphaFold-modellen kÀnnetecknas av anvÀndningen av en ny arkitektur, "Pairformer", som utvecklar idén bakom "transformer"-arkitekturen.
Till skillnad frÄn AlphaFold 2 Àr den nya versionen inte begrÀnsad till proteiner som bestÄr av en enda polypeptidkedja och kan tillÀmpas för att förutsÀga protein-komplex med DNA och RNA, samt modellera modifierade versioner av dessa molekyler. En lista över molekyler matas in i AlphaFold, och en gemensam 3D-struktur skapas som definierar den mest troliga interaktionen mellan de angivna molekylerna.
Praktiskt sett kan AlphaFold 3 anvÀndas för lÀkemedelsutveckling och behandlingsmetoder, samt för att skapa nya proteiner. Till exempel har AlphaFold designat ett protein som kan fÀsta sig vid specifika cancerceller, vilket kan anvÀndas i nÀsta generations cancerterapi. AlphaFold anvÀnds ocksÄ aktivt för att studera interaktionen mellan antikroppar och proteiner för att förstÄ den mÀnskliga immunresponsen och skapa nya antikroppar.
KĂ€lla: opennet.ru
