Applikationer i Qubes är indelade i klasser beroende på vikten av den data som bearbetas och de uppgifter som löses, varje applikationsklass samt systemtjänster (nätverksundersystem, arbete med lagring etc.). När en användare startar en applikation från menyn, startar denna applikation i en specifik virtuell maskin, som kör en separat X-server, en förenklad fönsterhanterare och en stubbvideodrivrutin som översätter utdata till kontrollmiljön i kompositläge. Samtidigt är applikationer sömlöst tillgängliga på ett skrivbord och markeras för tydlighetens skull med olika färger på fönsterramarna. Varje miljö har läsbehörighet till det underliggande rotfilsystemet och lokal lagring som inte överlappar lagringen i andra miljöer. Användarskalet är byggt ovanpå Xfce.
Källa: opennet.ru