Katika majira ya joto ya 2018, shule ya kila mwaka ya majira ya joto katika bioinformatics ilifanyika karibu na St. Petersburg, ambapo wanafunzi 100 wa shahada ya kwanza na wahitimu walikuja kujifunza bioinformatics na kujifunza kuhusu matumizi yake katika nyanja mbalimbali za biolojia na dawa.
Lengo kuu la shule hiyo lilikuwa katika utafiti wa saratani, lakini kulikuwa na mihadhara kuhusu maeneo mengine ya bioinformatics, kuanzia mageuzi hadi uchanganuzi wa data ya mpangilio wa seli moja. Kwa muda wa wiki, wavulana walijifunza kufanya kazi na data ya kizazi kijacho ya mpangilio, iliyopangwa katika Python na R, walitumia zana na mifumo ya bioinformatics, walifahamu mbinu za biolojia ya mifumo, genetics ya idadi ya watu na modeli ya madawa ya kulevya wakati wa kusoma tumors, na mengi zaidi.
Hapa chini utapata video ya mihadhara 18 iliyotolewa shuleni, yenye maelezo mafupi na slaidi. Zile zilizowekwa alama ya kinyota β*β ni za msingi kabisa na zinaweza kutazamwa bila maandalizi ya awali.
1*. Oncology na oncology ya kibinafsi | Mikhail Pyatnitsky, Taasisi ya Utafiti ya Kemia ya Biomedical
|
Mikhail alizungumza kwa ufupi kuhusu genomics ya tumor na jinsi kuelewa mageuzi ya seli za saratani hutuwezesha kutatua matatizo ya vitendo katika oncology. Mhadhiri alilipa kipaumbele maalum kuelezea tofauti kati ya onkojeni na vikandamizaji vya tumor, mbinu za kutafuta "jeni za saratani" na kutambua aina ndogo za molekuli za tumors. Kwa kumalizia, Mikhail alizingatia siku zijazo za oncogenomics na matatizo ambayo yanaweza kutokea.
2*. Utambuzi wa maumbile ya syndromes ya tumor ya urithi | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey alizungumza juu ya syndromes ya tumor ya urithi na kujadili baiolojia yao, magonjwa ya milipuko na udhihirisho wa kliniki. Sehemu ya hotuba imejitolea kwa suala la upimaji wa maumbile - ni nani anayehitaji kuipitia, ni nini kinafanywa kwa hili, ni shida gani zinazotokea katika usindikaji wa data na kutafsiri matokeo, na, mwishowe, inaleta faida gani kwa wagonjwa na jamaa zao. .
3*. Atlasi ya Saratani ya Pan | Demidov ya Ujerumani, BIST/UPF
|
Licha ya miongo kadhaa ya utafiti katika uwanja wa genomics ya saratani na epigenomics, jibu la swali "jinsi gani, wapi na kwa nini syndromes ya tumor hutokea" bado haijakamilika. Sababu moja ya hii ni hitaji la upataji sanifu na usindikaji wa idadi kubwa ya data ili kugundua athari za ukubwa mdogo ambazo ni ngumu kugundua katika seti ndogo ya data (ukubwa ambao ni kawaida kwa utafiti ndani ya maabara moja au kadhaa) , lakini ambayo kwa jumla inachukua jukumu kubwa katika ugonjwa tata na wa sababu nyingi kama saratani.
Katika miaka michache iliyopita, vikundi vingi vya utafiti vilivyo na nguvu zaidi ulimwenguni, vinavyofahamu shida hii, vimeanza kuunganisha nguvu katika majaribio ya kugundua na kuelezea athari hizi zote. Herman alizungumza kuhusu mojawapo ya mipango hii (The PanCancer Atlas) na matokeo yaliyopatikana kama sehemu ya kazi ya muungano huu wa maabara na kuchapishwa katika toleo maalum la Kiini katika mhadhara huu.
4. ChIP-Seq katika utafiti wa mifumo ya epigenetic | Oleg Shpynov, Utafiti wa JetBrains
|
Udhibiti wa usemi wa jeni unafanywa kwa njia tofauti. Katika hotuba yake, Oleg alizungumza juu ya udhibiti wa epigenetic kupitia urekebishaji wa histone, utafiti wa michakato hii kwa kutumia njia ya ChIP-seq na njia za kuchambua matokeo yaliyopatikana.
5. Multiomics katika Utafiti wa Saratani | Konstantin Okonechnikov, Kituo cha Utafiti wa Saratani cha Ujerumani
|
Maendeleo ya teknolojia ya majaribio katika biolojia ya molekuli imefanya iwezekanavyo kuchanganya utafiti wa aina mbalimbali za michakato ya kazi katika seli, viungo au hata viumbe vyote. Ili kuanzisha uhusiano kati ya vipengele vya michakato ya kibiolojia, ni muhimu kutumia multiomics, ambayo inachanganya data kubwa ya majaribio kutoka kwa genomics, transcriptomics, epigenomics na proteomics. Konstantin alitoa mifano ya wazi ya matumizi ya omics nyingi katika uwanja wa utafiti wa saratani kwa kuzingatia oncology ya watoto.
6. Utangamano na Mapungufu ya Uchambuzi wa Seli Moja | Konstantin Okonechnikov
|
Mhadhara wa kina zaidi juu ya seli moja ya RNA-seq na njia za kuchambua data hii, na pia njia za kushinda shida dhahiri na zilizofichwa wakati wa kuzisoma.
7. Uchambuzi wa data ya seli moja ya RNA-seq | Konstantin Zaitsev, Chuo Kikuu cha Washington huko St
|
Muhadhara wa utangulizi juu ya mpangilio wa seli moja. Konstantin anajadili njia za mpangilio, ugumu katika kazi ya maabara na uchambuzi wa habari za kibayolojia, na njia za kuzishinda.
8. Utambuzi wa dystrophy ya misuli kwa kutumia mpangilio wa nanopore | Pavel Avdeev, Chuo Kikuu cha George Washington
|
Kufuatana kwa kutumia teknolojia ya Oxford Nanopore kuna faida zinazoweza kutumika kutambua visababishi vya kijeni vya magonjwa kama vile dystrophy ya misuli. Katika hotuba yake, Pavel alizungumza juu ya maendeleo ya bomba la kugundua ugonjwa huu.
9*. Uwakilishi wa grafu ya jenomu | Ilya Minkin, Chuo Kikuu cha Jimbo la Pennsylvania
|
Mifano ya grafu huruhusu uwakilishi wa kompakt wa idadi kubwa ya mlolongo sawa na mara nyingi hutumiwa katika genomics. Ilya alizungumza kwa undani juu ya jinsi mlolongo wa genomic hujengwa upya kwa kutumia grafu, jinsi na kwa nini grafu ya de Bruin inatumiwa, ni kiasi gani mbinu ya "graph" huongeza usahihi wa utafutaji wa mabadiliko, na ni matatizo gani ambayo hayajatatuliwa na matumizi ya grafu bado yanabaki.
10*. Burudani ya protini | Pavel Sinitsyn, Taasisi ya Max Planck ya Biokemia (sehemu 2)
, |,
Protini huwajibika kwa michakato mingi ya kibayolojia katika kiumbe hai, na hadi sasa proteomics ndiyo njia pekee ya uchambuzi wa kimataifa wa hali ya maelfu ya protini kwa wakati mmoja. Aina mbalimbali za matatizo yaliyotatuliwa ni ya kuvutia - kutoka kwa kutambua kingamwili na antijeni hadi kuamua ujanibishaji wa protini elfu kadhaa. Katika mihadhara yake, Pavel alizungumza juu ya haya na matumizi mengine ya proteomics, maendeleo yake ya sasa na mitego katika uchambuzi wa data.
kumi na moja*. Kanuni za msingi za uigaji wa molekuli | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Hotuba ya kinadharia ya utangulizi juu ya mienendo ya Masi: kwa nini inahitajika, inafanya nini na inatumiwaje kuhusiana na maendeleo ya dawa. Pavel alizingatia njia za mienendo ya Masi, maelezo ya nguvu za Masi, maelezo ya viunganisho, dhana za "uwanja wa nguvu" na "ujumuishaji", mapungufu katika modeli, na mengi zaidi.
12*. Biolojia ya Molekuli na Jenetiki | Yuri Barbitov, Taasisi ya Bioinformatics
, , |
Utangulizi wa sehemu tatu wa baiolojia ya molekuli na jenetiki kwa wanafunzi wa uhandisi na wahitimu. Muhadhara wa kwanza unajadili dhana za biolojia ya kisasa, maswala ya muundo wa jenomu na kutokea kwa mabadiliko. Ya pili inashughulikia kwa undani maswala ya utendakazi wa jeni, michakato ya unakili na tafsiri, ya tatu inashughulikia udhibiti wa usemi wa jeni na njia za kimsingi za kibaolojia za molekuli.
13*. Kanuni za Uchambuzi wa Data wa NGS | Yuri Barbitov, Taasisi ya Bioinformatics
|
Muhadhara unaelezea njia za mpangilio wa kizazi cha pili (NGS), aina na sifa zao. Mhadhiri anaelezea kwa undani jinsi data "pato" kutoka kwa sequencer imeundwa, jinsi inavyobadilishwa kwa uchambuzi, na ni njia gani za kufanya kazi nayo.
14*. Kutumia mstari wa amri, fanya mazoezi | Gennady Zakharov, EPAM
Muhtasari wa vitendo wa amri muhimu za mstari wa amri za Linux, chaguo na misingi ya kuzitumia. Mifano inazingatia uchanganuzi wa mfuatano wa DNA. Mbali na shughuli za kawaida za Linux (kwa mfano, paka, grep, sed, awk), huduma za kufanya kazi na mlolongo (samtools, bedtools) zinazingatiwa.
15*. Taswira ya data kwa watoto wadogo | Nikita Alekseev, Chuo Kikuu cha ITMO
|
Kila mtu amekuwa na uzoefu wa kuonyesha matokeo ya miradi yao ya kisayansi au kuelewa michoro, grafu na picha za watu wengine. Nikita aliiambia jinsi ya kutafsiri kwa usahihi grafu na michoro, akionyesha jambo kuu kutoka kwao; jinsi ya kuchora picha wazi. Mhadhiri huyo pia alisisitiza nini cha kuangalia unaposoma makala au kutazama tangazo la biashara.
16*. Ajira katika Bioinformatics | Victoria Korzhova, Taasisi ya Max Planck ya Biokemia
Video: , |
Victoria alizungumza juu ya muundo wa sayansi ya kitaaluma nje ya nchi na kile unachohitaji kuzingatia ili kujenga kazi katika sayansi au tasnia kama mwanafunzi wa shahada ya kwanza, mhitimu au mhitimu.
17*. Jinsi ya kuandika CV kwa mwanasayansi | Victoria Korzhova, Taasisi ya Max Planck ya Biokemia
Nini cha kuacha kwenye CV na nini cha kuondoa? Je, ni mambo gani yatakayomvutia msimamizi wa maabara ambaye ni bora tusiyataje? Je, unapaswa kupangaje maelezo ili kufanya wasifu wako uonekane wazi? Mhadhara utatoa majibu kwa maswali haya na mengine.
18*. Jinsi soko la bioinformatics linavyofanya kazi | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Je, soko linafanya kazi vipi na mtaalamu wa kibayolojia anaweza kufanya kazi wapi? Jibu la swali hili linawasilishwa kwa undani, na mifano na ushauri, katika hotuba ya Andrey.
Mwisho
Kama unavyoweza kuwa umeona, mihadhara shuleni ni pana sana katika mada - kutoka kwa uundaji wa molekuli na utumiaji wa grafu kwa mkusanyiko wa jenomu, hadi uchanganuzi wa seli moja na kujenga taaluma ya kisayansi. Sisi katika Taasisi ya Bioinformatics tunajaribu kujumuisha mada mbalimbali katika programu ya shule ili kushughulikia taaluma nyingi za bioinformatics iwezekanavyo, na ili kila mshiriki ajifunze kitu kipya na muhimu.
Shule inayofuata katika bioinformatics itafanyika kutoka Julai 29 hadi Agosti 3, 2019 karibu na Moscow. . Mada ya mwaka huu itakuwa bioinformatics katika biolojia ya maendeleo na utafiti wa uzee.
Kwa wale wanaotaka kusoma bioinformatics kwa kina, bado tunakubali maombi yetu huko St. Au fuata habari zetu kuhusu ufunguzi wa programu huko Moscow msimu huu.
Kwa wale ambao hawako St. Petersburg au Moscow, lakini wanataka kweli kuwa mwanahabari wa kibaolojia, tumeandaa katika algorithms, programu, genetics na biolojia.
Pia tuna kadhaa , ambayo unaweza kuanza kupitia sasa hivi.
Mnamo 2018, shule ya majira ya joto katika bioinformatics ilifanyika kwa msaada wa washirika wetu wa kawaida - makampuni JetBrains, BIOCAD na EPAM, ambayo tunawashukuru sana.
Bioinformatics kila mtu!
PS Ikiwa haukufikiria inatosha, ΠΈ .
Chanzo: mapenzi.com