2018 ஆம் ஆண்டு கோடையில், உயிரியல் தகவலியலில் வருடாந்திர கோடைகால பள்ளி செயின்ட் பீட்டர்ஸ்பர்க்கிற்கு அருகில் நடைபெற்றது, அங்கு 100 இளங்கலை மற்றும் பட்டதாரி மாணவர்கள் உயிரியல் மற்றும் மருத்துவத்தின் பல்வேறு துறைகளில் பயோ-இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸைப் படிக்கவும் அதன் பயன்பாட்டைப் பற்றி அறிந்து கொள்ளவும் வந்தனர்.
பள்ளியின் முக்கிய கவனம் புற்றுநோய் ஆராய்ச்சியில் இருந்தது, ஆனால் பயோ-இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸ் மற்ற பகுதிகளில் விரிவுரைகள் இருந்தன, பரிணாமம் முதல் ஒற்றை செல் வரிசைமுறை தரவு பகுப்பாய்வு வரை. ஒரு வாரத்தில், பைதான் மற்றும் R இல் திட்டமிடப்பட்ட அடுத்த தலைமுறை வரிசைமுறை தரவுகளுடன் பணிபுரிய தோழர்கள் கற்றுக்கொண்டனர், நிலையான உயிரியல் தகவல் கருவிகள் மற்றும் கட்டமைப்புகளைப் பயன்படுத்தி, கட்டிகளைப் படிக்கும் போது கணினி உயிரியல், மக்கள்தொகை மரபியல் மற்றும் மருந்து மாடலிங் முறைகளை நன்கு அறிந்தனர். இன்னும் பற்பல.
பள்ளியில் வழங்கப்பட்ட 18 விரிவுரைகளின் வீடியோவை, சுருக்கமான விளக்கம் மற்றும் ஸ்லைடுகளுடன் கீழே காணலாம். "*" என்ற நட்சத்திரக் குறியுடன் குறிக்கப்பட்டவை மிகவும் அடிப்படையானவை மற்றும் முன் தயாரிப்பு இல்லாமல் பார்க்கலாம்.
1*. ஆன்கோஜெனோமிக்ஸ் மற்றும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட புற்றுநோயியல் | மிகைல் பியாட்னிட்ஸ்கி, பயோமெடிக்கல் கெமிஸ்ட்ரி ஆராய்ச்சி நிறுவனம்
|
மைக்கேல் கட்டி மரபியல் பற்றி சுருக்கமாக பேசினார் மற்றும் புற்றுநோய் உயிரணுக்களின் பரிணாம வளர்ச்சியைப் புரிந்துகொள்வது புற்றுநோயியல் நடைமுறை சிக்கல்களைத் தீர்க்க உதவுகிறது. ஆன்கோஜீன்கள் மற்றும் கட்டி அடக்கிகளுக்கு இடையே உள்ள வித்தியாசம், "புற்றுநோய் மரபணுக்களை" தேடும் முறைகள் மற்றும் கட்டிகளின் மூலக்கூறு துணை வகைகளை அடையாளம் காண்பதில் விரிவுரையாளர் சிறப்பு கவனம் செலுத்தினார். முடிவில், மைக்கேல் புற்றுநோயியல் எதிர்காலம் மற்றும் ஏற்படக்கூடிய சிக்கல்கள் குறித்து கவனம் செலுத்தினார்.
2*. பரம்பரை கட்டி நோய்க்குறியின் மரபணு நோயறிதல் | Andrey Afanasyev, yRisk
|
ஆண்ட்ரே பரம்பரை கட்டி நோய்க்குறிகளைப் பற்றி பேசினார் மற்றும் அவற்றின் உயிரியல், தொற்றுநோயியல் மற்றும் மருத்துவ வெளிப்பாடுகள் பற்றி விவாதித்தார். விரிவுரையின் ஒரு பகுதி மரபணு சோதனையின் சிக்கலுக்கு அர்ப்பணிக்கப்பட்டுள்ளது - யார் அதைச் செய்ய வேண்டும், இதற்காக என்ன செய்யப்படுகிறது, தரவைச் செயலாக்குவதில் மற்றும் முடிவுகளை விளக்குவதில் என்ன சிரமங்கள் எழுகின்றன, இறுதியாக, இது நோயாளிகளுக்கும் அவர்களின் உறவினர்களுக்கும் என்ன நன்மைகளைத் தருகிறது .
3*. பான்-புற்றுநோய் அட்லஸ் | ஜெர்மன் டெமிடோவ், BIST/UPF
|
புற்றுநோய் மரபியல் மற்றும் எபிஜெனோமிக்ஸ் துறையில் பல தசாப்தங்களாக ஆராய்ச்சி செய்த போதிலும், "எப்படி, எங்கே, ஏன் கட்டி நோய்க்குறிகள் எழுகின்றன" என்ற கேள்விக்கான பதில் இன்னும் முழுமையடையவில்லை. இதற்கு ஒரு காரணம், வரையறுக்கப்பட்ட தரவுத் தொகுப்பில் (ஒன்று அல்லது பல ஆய்வகங்களுக்குள் ஒரு ஆய்வுக்கு பொதுவான அளவு) சிறிய அளவிலான விளைவுகளைக் கண்டறிவதற்காக தரப்படுத்தப்பட்ட கையகப்படுத்தல் மற்றும் செயலாக்கத்தின் தேவை. , ஆனால் மொத்தத்தில் இது புற்றுநோய் போன்ற சிக்கலான மற்றும் பன்முகத்தன்மை கொண்ட நோயில் ஒரு பெரிய பாத்திரத்தை வகிக்கிறது.
கடந்த சில ஆண்டுகளில், இந்த சிக்கலை அறிந்த உலகின் பல சக்திவாய்ந்த ஆராய்ச்சி குழுக்கள், இந்த விளைவுகள் அனைத்தையும் கண்டறிந்து விவரிக்கும் முயற்சிகளில் படைகளில் சேரத் தொடங்கியுள்ளன. ஹெர்மன் இந்த முன்முயற்சிகளில் ஒன்றைப் பற்றி பேசினார் (The PanCancer Atlas) மற்றும் இந்த ஆய்வகங்களின் கூட்டமைப்பின் வேலையின் ஒரு பகுதியாக பெறப்பட்ட முடிவுகள் மற்றும் இந்த விரிவுரையில் Cell இன் சிறப்பு இதழில் வெளியிடப்பட்டது.
4. எபிஜெனெடிக் வழிமுறைகள் பற்றிய ஆய்வில் ChIP-Seq | Oleg Shpynov, JetBrains ஆராய்ச்சி
|
மரபணு வெளிப்பாட்டின் கட்டுப்பாடு வெவ்வேறு வழிகளில் மேற்கொள்ளப்படுகிறது. அவரது விரிவுரையில், ஓலெக் ஹிஸ்டோன் மாற்றத்தின் மூலம் எபிஜெனெடிக் ஒழுங்குமுறை பற்றி பேசினார், சிஐபி-சீக் முறையைப் பயன்படுத்தி இந்த செயல்முறைகளின் ஆய்வு மற்றும் பெறப்பட்ட முடிவுகளை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான முறைகள்.
5. புற்றுநோய் ஆராய்ச்சியில் மல்டியோமிக்ஸ் | கான்ஸ்டான்டின் ஒகோனெக்னிகோவ், ஜெர்மன் புற்றுநோய் ஆராய்ச்சி மையம்
|
மூலக்கூறு உயிரியலில் சோதனைத் தொழில்நுட்பங்களின் வளர்ச்சியானது, செல்கள், உறுப்புகள் அல்லது முழு உயிரினத்திலும் கூட பரந்த அளவிலான செயல்பாட்டு செயல்முறைகளின் ஆய்வை ஒருங்கிணைக்க முடிந்தது. உயிரியல் செயல்முறைகளின் கூறுகளுக்கு இடையே இணைப்புகளை நிறுவ, மல்டியோமிக்ஸ் பயன்படுத்த வேண்டியது அவசியம், இது மரபியல், டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ், எபிஜெனோமிக்ஸ் மற்றும் புரோட்டியோமிக்ஸ் ஆகியவற்றிலிருந்து பாரிய சோதனை தரவுகளை ஒருங்கிணைக்கிறது. கான்ஸ்டான்டின், குழந்தை புற்றுநோயை மையமாகக் கொண்டு புற்றுநோய் ஆராய்ச்சித் துறையில் மல்டி-ஓமிக்ஸைப் பயன்படுத்துவதற்கான தெளிவான எடுத்துக்காட்டுகளைக் கொடுத்தார்.
6. ஒற்றை செல் பகுப்பாய்வின் பல்துறை மற்றும் வரம்புகள் | கான்ஸ்டான்டின் ஒகோனெக்னிகோவ்
|
ஒற்றை செல் RNA-seq பற்றிய விரிவான விரிவுரை மற்றும் இந்தத் தரவை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான முறைகள், அத்துடன் அவற்றைப் படிக்கும் போது வெளிப்படையான மற்றும் மறைக்கப்பட்ட சிக்கல்களை சமாளிப்பதற்கான வழிகள்.
7. ஒற்றை செல் RNA-seq தரவுகளின் பகுப்பாய்வு | கான்ஸ்டான்டின் ஜைட்சேவ், செயின்ட் லூயிஸில் உள்ள வாஷிங்டன் பல்கலைக்கழகம்
|
ஒற்றை செல் வரிசைமுறை பற்றிய அறிமுக விரிவுரை. கான்ஸ்டான்டின் வரிசைமுறை முறைகள், ஆய்வக வேலைகளில் உள்ள சிரமங்கள் மற்றும் உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு மற்றும் அவற்றை சமாளிப்பதற்கான வழிகளைப் பற்றி விவாதிக்கிறார்.
8. நானோபோர் வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி தசைநார் சிதைவைக் கண்டறிதல் | பாவெல் அவ்தேவ், ஜார்ஜ் வாஷிங்டன் பல்கலைக்கழகம்
|
ஆக்ஸ்போர்டு நானோபோர் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி வரிசைப்படுத்துதல் தசைநார் சிதைவு போன்ற நோய்களின் மரபணு காரணங்களைக் கண்டறியப் பயன்படும் நன்மைகளைக் கொண்டுள்ளது. பாவெல் தனது விரிவுரையில், இந்த நோயைக் கண்டறிவதற்கான குழாய் உருவாக்கம் பற்றி பேசினார்.
9*. மரபணுவின் வரைபட பிரதிநிதித்துவம் | இல்யா மின்கின், பென்சில்வேனியா மாநில பல்கலைக்கழகம்
|
வரைபட மாதிரிகள் அதிக எண்ணிக்கையிலான ஒத்த வரிசைகளின் சுருக்கமான பிரதிநிதித்துவத்தை அனுமதிக்கின்றன மற்றும் அவை பெரும்பாலும் மரபணுவியலில் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. வரைபடங்களைப் பயன்படுத்தி மரபணு வரிசைகள் எவ்வாறு புனரமைக்கப்படுகின்றன, டி ப்ரூயின் வரைபடம் எவ்வாறு, ஏன் பயன்படுத்தப்படுகிறது, அத்தகைய “வரைபடம்” அணுகுமுறை பிறழ்வுத் தேடல்களின் துல்லியத்தை எவ்வளவு அதிகரிக்கிறது மற்றும் வரைபடங்களைப் பயன்படுத்துவதில் இன்னும் தீர்க்கப்படாத சிக்கல்கள் என்ன என்பதைப் பற்றி இலியா விரிவாகப் பேசினார்.
10*. பொழுதுபோக்கு புரோட்டியோமிக்ஸ் | பாவெல் சினிட்சின், மேக்ஸ் பிளாங்க் இன்ஸ்டிடியூட் ஆஃப் பயோ கெமிஸ்ட்ரி (2 பாகங்கள்)
, |,
ஒரு உயிரினத்தின் பெரும்பாலான உயிர்வேதியியல் செயல்முறைகளுக்கு புரதங்கள் பொறுப்பாகும், மேலும் ஒரே நேரத்தில் ஆயிரக்கணக்கான புரதங்களின் நிலையை உலகளாவிய பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான ஒரே முறை புரோட்டியோமிக்ஸ் ஆகும். தீர்க்கப்பட்ட சிக்கல்களின் வரம்பு ஈர்க்கக்கூடியது - ஆன்டிபாடிகள் மற்றும் ஆன்டிஜென்களை அடையாளம் காண்பது முதல் பல ஆயிரம் புரதங்களின் உள்ளூர்மயமாக்கலை தீர்மானிப்பது வரை. பாவெல் தனது விரிவுரைகளில், புரோட்டியோமிக்ஸின் இந்த மற்றும் பிற பயன்பாடுகள், அதன் தற்போதைய வளர்ச்சி மற்றும் தரவு பகுப்பாய்வில் உள்ள ஆபத்துகள் பற்றி பேசினார்.
பதினொரு*. மூலக்கூறு உருவகப்படுத்துதல்களின் அடிப்படைக் கொள்கைகள் | பாவெல் யாகோவ்லேவ், பயோகாட்
|
மூலக்கூறு இயக்கவியல் பற்றிய அறிமுகக் கோட்பாட்டு விரிவுரை: அது ஏன் தேவைப்படுகிறது, அது என்ன செய்கிறது மற்றும் மருந்து வளர்ச்சி தொடர்பாக அது எவ்வாறு பயன்படுத்தப்படுகிறது. மூலக்கூறு இயக்கவியலின் முறைகள், மூலக்கூறு சக்திகளின் விளக்கம், இணைப்புகளின் விளக்கம், "விசை புலம்" மற்றும் "ஒருங்கிணைவு", மாடலிங் வரம்புகள் மற்றும் பலவற்றில் பாவெல் கவனம் செலுத்தினார்.
12*. மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் மரபியல் | யூரி பார்பிடோவ், பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் நிறுவனம்
, , |
பொறியியல் மாணவர்கள் மற்றும் பட்டதாரிகளுக்கு மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் மரபியல் பற்றிய மூன்று பகுதி அறிமுகம். முதல் விரிவுரை நவீன உயிரியலின் கருத்துக்கள், மரபணு கட்டமைப்பின் சிக்கல்கள் மற்றும் பிறழ்வுகளின் நிகழ்வு பற்றி விவாதிக்கிறது. இரண்டாவது மரபணு செயல்பாட்டின் சிக்கல்கள், படியெடுத்தல் மற்றும் மொழிபெயர்ப்பின் செயல்முறைகள் ஆகியவற்றை விரிவாக உள்ளடக்கியது, மூன்றாவது மரபணு வெளிப்பாடு மற்றும் அடிப்படை மூலக்கூறு உயிரியல் முறைகளை ஒழுங்குபடுத்துகிறது.
13*. NGS தரவு பகுப்பாய்வின் கோட்பாடுகள் | யூரி பார்பிடோவ், பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் நிறுவனம்
|
விரிவுரை இரண்டாம் தலைமுறை வரிசைமுறை (NGS) முறைகள், அவற்றின் வகைகள் மற்றும் பண்புகளை விவரிக்கிறது. சீக்வென்சரில் இருந்து தரவு "வெளியீடு" எவ்வாறு கட்டமைக்கப்பட்டுள்ளது, அது எவ்வாறு பகுப்பாய்வுக்காக மாற்றப்படுகிறது மற்றும் அதனுடன் வேலை செய்வதற்கான வழிகள் என்ன என்பதை விரிவுரையாளர் விரிவாக விளக்குகிறார்.
14*. கட்டளை வரியைப் பயன்படுத்தி, பயிற்சி | ஜெனடி ஜாகரோவ், EPAM
பயனுள்ள Linux கட்டளை வரி கட்டளைகள், விருப்பங்கள் மற்றும் அவற்றைப் பயன்படுத்துவதற்கான அடிப்படைகள் பற்றிய நடைமுறைக் கண்ணோட்டம். எடுத்துக்காட்டுகள் வரிசைப்படுத்தப்பட்ட டிஎன்ஏ வரிசைகளின் பகுப்பாய்வில் கவனம் செலுத்துகின்றன. நிலையான லினக்ஸ் செயல்பாடுகளுக்கு கூடுதலாக (எடுத்துக்காட்டாக, cat, grep, sed, awk), தொடர்களுடன் (samtools, bedtools) வேலை செய்வதற்கான பயன்பாடுகள் கருதப்படுகின்றன.
15*. சிறியவர்களுக்கான தரவு காட்சிப்படுத்தல் | நிகிதா அலெக்ஸீவ், ITMO பல்கலைக்கழகம்
|
ஒவ்வொருவரும் தங்கள் சொந்த அறிவியல் திட்டங்களின் முடிவுகளை விளக்குவது அல்லது மற்றவர்களின் வரைபடங்கள், வரைபடங்கள் மற்றும் படங்களைப் புரிந்துகொள்வதில் அனுபவம் பெற்றவர்கள். வரைபடங்கள் மற்றும் வரைபடங்களை எவ்வாறு சரியாக விளக்குவது என்று நிகிதா கூறினார், அவற்றிலிருந்து முக்கிய விஷயத்தை முன்னிலைப்படுத்தினார்; தெளிவான படங்களை எப்படி வரைய வேண்டும். ஒரு கட்டுரையைப் படிக்கும்போது அல்லது விளம்பரத்தைப் பார்க்கும்போது எதைப் பார்க்க வேண்டும் என்பதையும் விரிவுரையாளர் வலியுறுத்தினார்.
16*. உயிர் தகவலியல் தொழில் | விக்டோரியா கோர்ஜோவா, மேக்ஸ் பிளாங்க் இன்ஸ்டிடியூட் ஆஃப் பயோ கெமிஸ்ட்ரி
வீடியோக்கள்: , |
விக்டோரியா வெளிநாட்டில் கல்வி அறிவியலின் கட்டமைப்பைப் பற்றி பேசினார் மற்றும் இளங்கலை, பட்டதாரி அல்லது பட்டதாரி மாணவராக அறிவியல் அல்லது தொழில்துறையில் ஒரு தொழிலை உருவாக்க நீங்கள் கவனம் செலுத்த வேண்டும்.
17*. விஞ்ஞானிக்கு CV எழுதுவது எப்படி | விக்டோரியா கோர்ஜோவா, மேக்ஸ் பிளாங்க் இன்ஸ்டிடியூட் ஆஃப் பயோ கெமிஸ்ட்ரி
சிவியில் எதை விட வேண்டும், எதை அகற்ற வேண்டும்? சாத்தியமான ஆய்வக மேலாளருக்கு என்ன உண்மைகள் ஆர்வமாக இருக்கும், மேலும் குறிப்பிடாமல் இருப்பது நல்லது? உங்கள் பயோடேட்டாவைத் தனித்துத் தெரியப்படுத்த நீங்கள் எவ்வாறு தகவலை ஏற்பாடு செய்ய வேண்டும்? விரிவுரை இந்த மற்றும் பிற கேள்விகளுக்கான பதில்களை வழங்கும்.
18*. உயிர் தகவல் சந்தை எவ்வாறு செயல்படுகிறது | Andrey Afanasyev, yRisk
|
சந்தை எவ்வாறு இயங்குகிறது மற்றும் ஒரு உயிர் தகவலியல் நிபுணர் எங்கு வேலை செய்ய முடியும்? இந்த கேள்விக்கான பதில் ஆண்ட்ரேயின் விரிவுரையில், எடுத்துக்காட்டுகள் மற்றும் ஆலோசனைகளுடன் விரிவாக வழங்கப்படுகிறது.
முடிவு
நீங்கள் கவனித்தபடி, பள்ளியில் விரிவுரைகள் தலைப்புகளில் மிகவும் விரிவானவை - மூலக்கூறு மாடலிங் மற்றும் மரபணு அசெம்பிளிக்கான வரைபடங்களைப் பயன்படுத்துதல், ஒற்றை செல்களின் பகுப்பாய்வு மற்றும் அறிவியல் வாழ்க்கையை உருவாக்குதல் வரை. பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் நிறுவனத்தில் உள்ள நாங்கள் பள்ளித் திட்டத்தில் பல்வேறு தலைப்புகளைச் சேர்க்க முயற்சிப்போம், முடிந்தவரை பல உயிர் தகவலியல் துறைகளை உள்ளடக்கி, ஒவ்வொரு பங்கேற்பாளரும் புதிய மற்றும் பயனுள்ள ஒன்றைக் கற்றுக்கொள்வார்கள்.
பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் அடுத்த பள்ளி ஜூலை 29 முதல் ஆகஸ்ட் 3, 2019 வரை மாஸ்கோவிற்கு அருகில் நடைபெறும். . இந்த ஆண்டு தலைப்பு வளர்ச்சி உயிரியல் மற்றும் வயதான ஆராய்ச்சியில் உயிர் தகவலியல் ஆகும்.
பயோ-இன்ஃபர்மேட்டிக்ஸை ஆழமாகப் படிக்க விரும்புவோருக்கு, எங்களுக்கான விண்ணப்பங்களை நாங்கள் இன்னும் ஏற்றுக்கொள்கிறோம் செயின்ட் பீட்டர்ஸ்பர்க்கில். அல்லது இந்த இலையுதிர்காலத்தில் மாஸ்கோவில் நிகழ்ச்சியின் திறப்பு பற்றிய எங்கள் செய்திகளைப் பின்பற்றவும்.
செயின்ட் பீட்டர்ஸ்பர்க் அல்லது மாஸ்கோவில் இல்லாத, ஆனால் உண்மையில் ஒரு உயிர் தகவலியல் நிபுணராக விரும்புபவர்களுக்காக, நாங்கள் தயார் செய்துள்ளோம். அல்காரிதம், புரோகிராமிங், மரபியல் மற்றும் உயிரியல்.
எங்களிடம் டஜன் கணக்கானவர்கள் உள்ளனர் , நீங்கள் இப்போதே செல்ல ஆரம்பிக்கலாம்.
2018 ஆம் ஆண்டில், பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் கோடைகாலப் பள்ளி எங்கள் வழக்கமான கூட்டாளர்களின் ஆதரவுடன் நடைபெற்றது - ஜெட்பிரைன்ஸ், பயோகாட் மற்றும் ஈபிஏஎம், இதற்காக நாங்கள் அவர்களுக்கு மிகவும் நன்றி கூறுகிறோம்.
பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் அனைவருக்கும்!
பி.எஸ். இது போதுமானது என்று நீங்கள் நினைக்கவில்லை என்றால், и .
ஆதாரம்: www.habr.com