2018 వేసవిలో, సెయింట్ పీటర్స్‌బర్గ్ సమీపంలో బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్లో వార్షిక వేసవి పాఠశాల జరిగింది, ఇక్కడ 100 మంది అండర్ గ్రాడ్యుయేట్ మరియు గ్రాడ్యుయేట్ విద్యార్థులు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్‌ను అధ్యయనం చేయడానికి మరియు జీవశాస్త్రం మరియు వైద్యం యొక్క వివిధ రంగాలలో దాని ఉపయోగం గురించి తెలుసుకోవడానికి వచ్చారు.
పాఠశాల యొక్క ప్రధాన దృష్టి క్యాన్సర్ పరిశోధనపై ఉంది, అయితే పరిణామం నుండి సింగిల్-సెల్ సీక్వెన్సింగ్ డేటా విశ్లేషణ వరకు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ యొక్క ఇతర రంగాలపై ఉపన్యాసాలు ఉన్నాయి. వారం వ్యవధిలో, అబ్బాయిలు పైథాన్ మరియు R లో ప్రోగ్రామ్ చేయబడిన తరువాతి తరం సీక్వెన్సింగ్ డేటాతో పని చేయడం నేర్చుకున్నారు, ప్రామాణిక బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ సాధనాలు మరియు ఫ్రేమ్‌వర్క్‌లను ఉపయోగించారు, కణితులను అధ్యయనం చేసేటప్పుడు సిస్టమ్స్ బయాలజీ, పాపులేషన్ జెనెటిక్స్ మరియు డ్రగ్ మోడలింగ్ పద్ధతులతో సుపరిచితులయ్యారు, ఇవే కాకండా ఇంకా.
క్రింద మీరు పాఠశాలలో ఇచ్చిన 18 ఉపన్యాసాల వీడియోను సంక్షిప్త వివరణ మరియు స్లయిడ్‌లతో చూడవచ్చు. "*" గుర్తుతో గుర్తించబడినవి చాలా ప్రాథమికమైనవి మరియు ముందస్తు తయారీ లేకుండా చూడవచ్చు.
1*. ఆంకోజెనోమిక్స్ మరియు వ్యక్తిగతీకరించిన ఆంకాలజీ | మిఖాయిల్ ప్యాట్నిట్స్కీ, రీసెర్చ్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోమెడికల్ కెమిస్ట్రీ
|
మిఖాయిల్ ట్యూమర్ జెనోమిక్స్ గురించి క్లుప్తంగా మాట్లాడాడు మరియు క్యాన్సర్ కణాల పరిణామాన్ని అర్థం చేసుకోవడం ఆంకాలజీలో ఆచరణాత్మక సమస్యలను ఎలా పరిష్కరించగలుగుతుంది. ఆంకోజీన్‌లు మరియు ట్యూమర్ సప్రెజర్‌ల మధ్య వ్యత్యాసాన్ని వివరించడానికి లెక్చరర్ ప్రత్యేక శ్రద్ధ కనబరిచారు, “క్యాన్సర్ జన్యువులు” కోసం శోధించే పద్ధతులు మరియు కణితుల యొక్క పరమాణు ఉప రకాలను గుర్తించడం. ముగింపులో, మిఖాయిల్ ఆంకోజెనోమిక్స్ యొక్క భవిష్యత్తు మరియు తలెత్తే సమస్యలపై దృష్టి పెట్టారు.
2*. వంశపారంపర్య కణితి సిండ్రోమ్‌ల జన్యు నిర్ధారణ | ఆండ్రీ అఫనాస్యేవ్, వై రిస్క్
|
ఆండ్రీ వంశపారంపర్య కణితి సిండ్రోమ్‌ల గురించి మాట్లాడాడు మరియు వాటి జీవశాస్త్రం, ఎపిడెమియాలజీ మరియు క్లినికల్ వ్యక్తీకరణలను చర్చించాడు. ఉపన్యాసంలో కొంత భాగం జన్యు పరీక్ష సమస్యకు అంకితం చేయబడింది - ఎవరు చేయించుకోవాలి, దీని కోసం ఏమి చేస్తారు, డేటాను ప్రాసెస్ చేయడంలో మరియు ఫలితాలను వివరించడంలో ఎలాంటి ఇబ్బందులు తలెత్తుతాయి మరియు చివరకు, ఇది రోగులకు మరియు వారి బంధువులకు ఎలాంటి ప్రయోజనాలను తెస్తుంది .
3*. ది పాన్-క్యాన్సర్ అట్లాస్ | జర్మన్ డెమిడోవ్, BIST/UPF
|
క్యాన్సర్ జెనోమిక్స్ మరియు ఎపిజెనోమిక్స్ రంగంలో దశాబ్దాల పరిశోధన ఉన్నప్పటికీ, "ఎలా, ఎక్కడ మరియు ఎందుకు కణితి సిండ్రోమ్‌లు ఉత్పన్నమవుతాయి" అనే ప్రశ్నకు సమాధానం ఇప్పటికీ అసంపూర్తిగా ఉంది. పరిమిత డేటా సెట్‌లో (ఒకటి లేదా అనేక ప్రయోగశాలలలోని అధ్యయనానికి విలక్షణమైన పరిమాణం) గుర్తించడం కష్టంగా ఉండే చిన్న పరిమాణం యొక్క ప్రభావాలను గుర్తించడానికి భారీ మొత్తంలో డేటా యొక్క ప్రామాణిక సేకరణ మరియు ప్రాసెసింగ్ అవసరం దీనికి ఒక కారణం. , కానీ క్యాన్సర్ వంటి సంక్లిష్టమైన మరియు మల్టిఫ్యాక్టోరియల్ వ్యాధిలో ఇది గణనీయమైన పాత్రను పోషిస్తుంది.
గత కొన్ని సంవత్సరాలలో, ఈ సమస్య గురించి తెలుసుకున్న ప్రపంచంలోని అత్యంత శక్తివంతమైన పరిశోధనా సమూహాలు అనేకం, ఈ ప్రభావాలన్నింటినీ గుర్తించి వివరించే ప్రయత్నాలలో బలగాలు చేరడం ప్రారంభించాయి. హెర్మన్ ఈ కార్యక్రమాలలో ఒకదాని గురించి (ది పాన్‌కాన్సర్ అట్లాస్) మరియు ఈ కన్సార్టియం ఆఫ్ లాబొరేటరీల పనిలో భాగంగా పొందిన ఫలితాల గురించి మాట్లాడాడు మరియు ఈ ఉపన్యాసంలో సెల్ యొక్క ప్రత్యేక సంచికలో ప్రచురించబడింది.
4. బాహ్యజన్యు విధానాల అధ్యయనంలో ChIP-Seq | ఒలేగ్ ష్పినోవ్, జెట్‌బ్రెయిన్స్ రీసెర్చ్
|
జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క నియంత్రణ వివిధ మార్గాల్లో నిర్వహించబడుతుంది. తన ఉపన్యాసంలో, ఒలేగ్ హిస్టోన్ సవరణ ద్వారా బాహ్యజన్యు నియంత్రణ గురించి మాట్లాడాడు, ChIP-seq పద్ధతిని ఉపయోగించి ఈ ప్రక్రియల అధ్యయనం మరియు పొందిన ఫలితాలను విశ్లేషించే పద్ధతులు.
5. క్యాన్సర్ పరిశోధనలో మల్టీయోమిక్స్ | కాన్స్టాంటిన్ ఒకోనెచ్నికోవ్, జర్మన్ క్యాన్సర్ రీసెర్చ్ సెంటర్
|
పరమాణు జీవశాస్త్రంలో ప్రయోగాత్మక సాంకేతిక పరిజ్ఞానాల అభివృద్ధి కణాలు, అవయవాలు లేదా మొత్తం జీవిలో విస్తృత శ్రేణి క్రియాత్మక ప్రక్రియల అధ్యయనాన్ని మిళితం చేయడం సాధ్యపడింది. జీవ ప్రక్రియల భాగాల మధ్య కనెక్షన్‌లను స్థాపించడానికి, మల్టీయోమిక్స్‌ను ఉపయోగించడం అవసరం, ఇది జెనోమిక్స్, ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమిక్స్, ఎపిజెనోమిక్స్ మరియు ప్రోటీమిక్స్ నుండి భారీ ప్రయోగాత్మక డేటాను మిళితం చేస్తుంది. పీడియాట్రిక్ ఆంకాలజీపై దృష్టి సారించి క్యాన్సర్ పరిశోధన రంగంలో మల్టీ-ఓమిక్స్ వాడకానికి కాన్స్టాంటిన్ స్పష్టమైన ఉదాహరణలను ఇచ్చారు.
6. ఏకకణ విశ్లేషణ యొక్క బహుముఖ ప్రజ్ఞ మరియు పరిమితులు | కాన్స్టాంటిన్ ఒకోనెచ్నికోవ్
|
సింగిల్-సెల్ RNA-seq మరియు ఈ డేటాను విశ్లేషించే పద్ధతులపై మరింత వివరణాత్మక ఉపన్యాసం, అలాగే వాటిని అధ్యయనం చేసేటప్పుడు స్పష్టమైన మరియు దాచిన సమస్యలను అధిగమించే మార్గాలు.
7. సింగిల్-సెల్ RNA-seq డేటా యొక్క విశ్లేషణ | కాన్స్టాంటిన్ జైట్సేవ్, సెయింట్ లూయిస్‌లోని వాషింగ్టన్ విశ్వవిద్యాలయం
|
సింగిల్ సెల్ సీక్వెన్సింగ్‌పై పరిచయ ఉపన్యాసం. కాన్స్టాంటిన్ సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతులు, ప్రయోగశాల పనిలో ఇబ్బందులు మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విశ్లేషణ మరియు వాటిని అధిగమించే మార్గాలను చర్చిస్తుంది.
8. నానోపోర్ సీక్వెన్సింగ్ ఉపయోగించి కండరాల బలహీనత నిర్ధారణ | పావెల్ అవదీవ్, జార్జ్ వాషింగ్టన్ విశ్వవిద్యాలయం
|
ఆక్స్‌ఫర్డ్ నానోపోర్ టెక్నాలజీని ఉపయోగించి సీక్వెన్సింగ్ చేయడం వల్ల కండరాల బలహీనత వంటి వ్యాధుల జన్యుపరమైన కారణాలను గుర్తించడానికి ఉపయోగపడే ప్రయోజనాలు ఉన్నాయి. తన ఉపన్యాసంలో, పావెల్ ఈ వ్యాధిని నిర్ధారించడానికి పైప్‌లైన్ అభివృద్ధి గురించి మాట్లాడాడు.
9*. జీనోమ్ యొక్క గ్రాఫ్ ప్రాతినిధ్యం | ఇలియా మింకిన్, పెన్సిల్వేనియా స్టేట్ యూనివర్శిటీ
|
గ్రాఫ్ నమూనాలు పెద్ద సంఖ్యలో సారూప్య శ్రేణుల యొక్క కాంపాక్ట్ ప్రాతినిధ్యాన్ని అనుమతిస్తాయి మరియు తరచుగా జన్యుశాస్త్రంలో ఉపయోగించబడతాయి. గ్రాఫ్‌లను ఉపయోగించి జెనోమిక్ సీక్వెన్సులు ఎలా పునర్నిర్మించబడ్డాయి, డి బ్రూయిన్ గ్రాఫ్ ఎలా మరియు ఎందుకు ఉపయోగించబడింది, అటువంటి “గ్రాఫ్” విధానం మ్యుటేషన్ శోధనల యొక్క ఖచ్చితత్వాన్ని ఎంతవరకు పెంచుతుంది మరియు గ్రాఫ్‌ల వాడకంలో ఇంకా పరిష్కరించని సమస్యల గురించి ఇలియా వివరంగా మాట్లాడింది.
10*. వినోదాత్మక ప్రోటీమిక్స్ | పావెల్ సినిట్సిన్, మాక్స్ ప్లాంక్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోకెమిస్ట్రీ (2 భాగాలు)
, |,
జీవిలో చాలా జీవరసాయన ప్రక్రియలకు ప్రొటీన్లు బాధ్యత వహిస్తాయి మరియు ఇప్పటి వరకు ప్రోటీమిక్స్ అనేది ఏకకాలంలో వేలాది ప్రొటీన్ల స్థితిని ప్రపంచ విశ్లేషణ చేయడానికి ఏకైక పద్ధతి. పరిష్కరించబడిన సమస్యల శ్రేణి ఆకట్టుకుంటుంది - ప్రతిరోధకాలు మరియు యాంటిజెన్‌లను గుర్తించడం నుండి అనేక వేల ప్రోటీన్ల స్థానికీకరణను నిర్ణయించడం వరకు. తన ఉపన్యాసాలలో, పావెల్ ప్రోటీమిక్స్ యొక్క ఈ మరియు ఇతర అనువర్తనాల గురించి, దాని ప్రస్తుత అభివృద్ధి మరియు డేటా విశ్లేషణలో ఆపదలను గురించి మాట్లాడాడు.
పదకొండు *. పరమాణు అనుకరణల ప్రాథమిక సూత్రాలు | పావెల్ యాకోవ్లెవ్, BIOCAD
|
మాలిక్యులర్ డైనమిక్స్‌పై పరిచయ సైద్ధాంతిక ఉపన్యాసం: ఇది ఎందుకు అవసరం, అది ఏమి చేస్తుంది మరియు ఔషధ అభివృద్ధికి సంబంధించి ఎలా ఉపయోగించబడుతుంది. పావెల్ మాలిక్యులర్ డైనమిక్స్ యొక్క పద్ధతులు, పరమాణు శక్తుల వివరణ, కనెక్షన్ల వివరణ, "ఫోర్స్ ఫీల్డ్" మరియు "ఇంటిగ్రేషన్" భావనలు, మోడలింగ్‌లో పరిమితులు మరియు మరెన్నో దృష్టి పెట్టారు.
12*. మాలిక్యులర్ బయాలజీ అండ్ జెనెటిక్స్ | యూరి బార్బిటోవ్, ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్
, , |
ఇంజనీరింగ్ విద్యార్థులు మరియు గ్రాడ్యుయేట్‌ల కోసం మాలిక్యులర్ బయాలజీ మరియు జెనెటిక్స్‌కు మూడు-భాగాల పరిచయం. మొదటి ఉపన్యాసం ఆధునిక జీవశాస్త్రం యొక్క భావనలు, జన్యు నిర్మాణం యొక్క సమస్యలు మరియు ఉత్పరివర్తనలు సంభవించడం గురించి చర్చిస్తుంది. రెండవది జన్యు పనితీరు, లిప్యంతరీకరణ మరియు అనువాద ప్రక్రియల గురించి వివరంగా వివరిస్తుంది, మూడవది జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు ప్రాథమిక పరమాణు జీవ పద్ధతుల నియంత్రణను కవర్ చేస్తుంది.
13*. NGS డేటా విశ్లేషణ సూత్రాలు | యూరి బార్బిటోవ్, ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్
|
ఉపన్యాసం రెండవ తరం సీక్వెన్సింగ్ (NGS) పద్ధతులు, వాటి రకాలు మరియు లక్షణాలను వివరిస్తుంది. సీక్వెన్సర్ నుండి డేటా "అవుట్‌పుట్" ఎలా నిర్మాణాత్మకంగా ఉందో, అది విశ్లేషణ కోసం ఎలా మార్చబడుతుంది మరియు దానితో పని చేసే మార్గాలు ఏమిటో లెక్చరర్ వివరంగా వివరిస్తాడు.
14*. కమాండ్ లైన్ ఉపయోగించి, సాధన | గెన్నాడీ జఖారోవ్, EPAM
ఉపయోగకరమైన Linux కమాండ్ లైన్ కమాండ్‌లు, ఎంపికలు మరియు వాటిని ఉపయోగించే ప్రాథమిక విషయాల యొక్క ఆచరణాత్మక అవలోకనం. ఉదాహరణలు క్రమబద్ధమైన DNA శ్రేణుల విశ్లేషణపై దృష్టి పెడతాయి. ప్రామాణిక Linux కార్యకలాపాలతో పాటు (ఉదాహరణకు, cat, grep, sed, awk), సీక్వెన్స్‌లతో (samtools, bedtools) పని చేయడానికి యుటిలిటీలు పరిగణించబడతాయి.
15*. చిన్నారుల కోసం డేటా విజువలైజేషన్ | నికితా అలెక్సీవ్, ITMO విశ్వవిద్యాలయం
|
ప్రతి ఒక్కరూ వారి స్వంత శాస్త్రీయ ప్రాజెక్టుల ఫలితాలను వివరించడం లేదా ఇతరుల రేఖాచిత్రాలు, గ్రాఫ్‌లు మరియు చిత్రాలను అర్థం చేసుకోవడం వంటి అనుభవాన్ని కలిగి ఉంటారు. గ్రాఫ్‌లు మరియు రేఖాచిత్రాలను ఎలా సరిగ్గా అర్థం చేసుకోవాలో నికితా చెప్పింది, వాటి నుండి ప్రధాన విషయాన్ని హైలైట్ చేస్తుంది; స్పష్టమైన చిత్రాలను ఎలా గీయాలి. లెక్చరర్ ఒక కథనాన్ని చదివేటప్పుడు లేదా వాణిజ్య ప్రకటనను చూస్తున్నప్పుడు ఏమి చూడాలో కూడా నొక్కిచెప్పారు.
16*. బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్లో కెరీర్లు | విక్టోరియా కోర్జోవా, మాక్స్ ప్లాంక్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోకెమిస్ట్రీ
వీడియోలు: , |
విక్టోరియా విదేశాలలో అకడమిక్ సైన్స్ నిర్మాణం గురించి మరియు అండర్ గ్రాడ్యుయేట్, గ్రాడ్యుయేట్ లేదా గ్రాడ్యుయేట్ విద్యార్థిగా సైన్స్ లేదా పరిశ్రమలో వృత్తిని నిర్మించడానికి మీరు శ్రద్ధ వహించాల్సిన అవసరం గురించి మాట్లాడారు.
17*. శాస్త్రవేత్త కోసం CV ఎలా వ్రాయాలి | విక్టోరియా కోర్జోవా, మాక్స్ ప్లాంక్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోకెమిస్ట్రీ
CVలో ఏమి ఉంచాలి మరియు ఏమి తీసివేయాలి? సంభావ్య ల్యాబ్ మేనేజర్‌కు ఏ వాస్తవాలు ఆసక్తిని కలిగిస్తాయి మరియు పేర్కొనకపోవడమే మంచిది? మీ రెజ్యూమ్ ప్రత్యేకంగా కనిపించేలా మీరు సమాచారాన్ని ఎలా ఏర్పాటు చేసుకోవాలి? ఉపన్యాసం ఈ మరియు ఇతర ప్రశ్నలకు సమాధానాలు ఇస్తుంది.
18*. బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మార్కెట్ ఎలా పనిచేస్తుంది | ఆండ్రీ అఫనాస్యేవ్, వై రిస్క్
|
మార్కెట్ ఎలా పని చేస్తుంది మరియు బయోఇన్ఫర్మేటిషియన్ ఎక్కడ పని చేయవచ్చు? ఈ ప్రశ్నకు సమాధానం ఆండ్రీ యొక్క ఉపన్యాసంలో ఉదాహరణలు మరియు సలహాలతో వివరంగా అందించబడింది.
ముగింపు
మీరు గమనించినట్లుగా, పాఠశాలలో ఉపన్యాసాలు అంశాలలో చాలా విస్తృతంగా ఉంటాయి - పరమాణు మోడలింగ్ మరియు జీనోమ్ అసెంబ్లీ కోసం గ్రాఫ్‌ల ఉపయోగం, ఒకే కణాల విశ్లేషణ మరియు శాస్త్రీయ వృత్తిని నిర్మించడం వరకు. మేము ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్లో వీలైనన్ని ఎక్కువ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ విభాగాలను కవర్ చేయడానికి మరియు ప్రతి పార్టిసిపెంట్ కొత్త మరియు ఉపయోగకరమైన వాటిని నేర్చుకునేలా పాఠశాల ప్రోగ్రామ్‌లో విభిన్న అంశాలను చేర్చడానికి ప్రయత్నిస్తాము.
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్లో తదుపరి పాఠశాల జూలై 29 నుండి ఆగస్టు 3, 2019 వరకు మాస్కో సమీపంలో నిర్వహించబడుతుంది. . ఈ సంవత్సరం టాపిక్ డెవలప్‌మెంటల్ బయాలజీ మరియు ఏజింగ్ రీసెర్చ్‌లో బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్.
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్‌ను లోతుగా అధ్యయనం చేయాలనుకునే వారి కోసం, మేము ఇప్పటికీ మా కోసం దరఖాస్తులను స్వీకరిస్తున్నాము సెయింట్ పీటర్స్‌బర్గ్‌లో. లేదా ఈ పతనం మాస్కోలో కార్యక్రమం ప్రారంభం గురించి మా వార్తలను అనుసరించండి.
సెయింట్ పీటర్స్‌బర్గ్ లేదా మాస్కోలో లేని, కానీ నిజంగా బయోఇన్ఫర్మేటిషియన్ కావాలనుకునే వారి కోసం, మేము సిద్ధం చేసాము. అల్గారిథమ్స్, ప్రోగ్రామింగ్, జెనెటిక్స్ మరియు బయాలజీలో.
మాకు కూడా డజన్ల కొద్దీ ఉన్నాయి , ఇది మీరు ఇప్పుడే ప్రారంభించవచ్చు.
2018లో, బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్లో వేసవి పాఠశాల మా రెగ్యులర్ భాగస్వాములు - JetBrains, BIOCAD మరియు EPAM సంస్థల మద్దతుతో నిర్వహించబడింది, దీనికి మేము వారికి చాలా ధన్యవాదాలు తెలియజేస్తున్నాము.
ప్రతి ఒక్కరూ బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్!
PS ఇది సరిపోదని మీరు అనుకోకపోతే, и .
మూలం: www.habr.com