Тобистони соли 2018 дар наздикии шаҳри Санкт-Петербург як мактаби тобистонаи ҳамасола оид ба биоинформатика баргузор гардид, ки дар он 100 нафар донишҷӯён ва аспирантҳо барои омӯхтани биоинформатика омада, бо истифода аз он дар соҳаҳои гуногуни биология ва тиб маълумот гирифтанд.
Диққати асосии мактаб ба тадқиқоти саратон буд, аммо дар бораи дигар соҳаҳои биоинформатика, аз эволютсия то таҳлили маълумотҳои як ҳуҷайраи пайдарпай лексияҳо буданд. Дар давоми ҳафта, бачаҳо кор карданро бо маълумоти пайдарпайии насли оянда, ки дар Python ва R барномарезӣ шудаанд, омӯхтанд, асбобҳо ва чаҳорчӯбаҳои стандартии биоинформатикаро истифода бурданд, бо усулҳои биологияи системаҳо, генетикаи популятсия ва моделсозии маводи мухаддир ҳангоми омӯзиши варамҳо, ва бисёр чизҳои дигар.
Дар зер шумо видеои 18 лексияҳои дар мактаб додашударо бо тавсифи мухтасар ва слайдҳо хоҳед ёфт. Онҳое, ки бо ситорача "*" ишора шудаанд, хеле оддӣ ҳастанд ва онҳоро бидуни омодагии пешакӣ тамошо кардан мумкин аст.
1*. Онкогеномика ва онкологияи фардӣ | Михаил Пятницкий, Институти тадкикоти илмии химияи биотиббй
|
Михаил дар бораи геномикаи варамхо ва чй тавр фахмидани эволюцияи хучайрахои саратон ба мо имкон медихад, ки масъалахои амалии онкологияро хал кунем. Лектор ба фахмонда додани фарки байни онкогенхо ва супрессорхои варамхо, усулхои чустучуи «генхои саратон» ва муайян кардани подтипхои молекулавии варамхо диккати махсус дод. Дар хотима Михаил ба ояндаи онкогеномика ва проблемахое, ки ба миён меоянд, диккат дод.
2*. Ташхиси генетикии синдромҳои варамҳои ирсӣ | Андрей Афанасьев, y Risk
|
Андрей дар бораи синдромҳои варамҳои ирсӣ сухан ронда, дар бораи биология, эпидемиология ва зуҳуроти клиникии онҳо сӯҳбат кард. Як қисми лексия ба масъалаи санҷиши генетикӣ бахшида шудааст - кӣ бояд онро гузаронад, барои ин чӣ кор карда мешавад, дар коркарди маълумот ва шарҳи натиҷаҳо чӣ гуна мушкилот ба миён меояд ва ниҳоят, он ба беморон ва наздикони онҳо чӣ фоида меорад .
3*. Атласи саратон | Герман Демидов, BIST/UPF
|
Сарфи назар аз таҳқиқоти даҳсолаҳо дар соҳаи геномика ва эпигеномикаи саратон, ҷавоб ба саволи "синдроми варамҳо чӣ гуна, дар куҷо ва чаро ба вуҷуд меоянд" ҳанӯз нопурра аст. Яке аз сабабҳои ин зарурати ба даст овардани стандартикунонидашуда ва коркарди миқдори зиёди додаҳо барои ошкор кардани таъсири бузургии хурд, ки дар маҷмӯи маълумотҳои маҳдуд душвор аст (ҳаҷме, ки барои тадқиқот дар як ё якчанд лабораторияҳо хос аст) мебошад. , аммо ки дар маҷмӯъ дар чунин бемории мураккаб ва бисёрфакторӣ, ба монанди саратон нақши муҳим дорад.
Дар чанд соли охир, бисёре аз пуриқтидортарин гурӯҳҳои пажӯҳишӣ дар ҷаҳон бо эътирофи ин мушкилот, дар талош барои ошкор ва тавсифи ҳамаи ин таъсирот ба муттаҳид шудан шурӯъ карданд. Ҳерман дар бораи яке аз ин ташаббусҳо (The PanCancer Atlas) ва натиҷаҳое, ки дар доираи кори ин консорсиуми лабораторияҳо ба даст оварда шудаанд ва дар шумораи махсуси Cell дар ин лексия нашр шудаанд.
4. CHIP-Seq дар омӯзиши механизмҳои эпигенетикӣ | Олег Шпинов, тадқиқоти JetBrains
|
Танзими ифодаи генҳо бо роҳҳои гуногун сурат мегирад. Олег дар лексияи худ дар бораи танзими эпигенетикӣ тавассути модификацияи гистонӣ, омӯзиши ин равандҳо бо усули ChIP-seq ва усулҳои таҳлили натиҷаҳои бадастомада сухан ронд.
5. Мултиомика дар тадқиқоти саратон | Константин Оконечников, Маркази тадқиқоти саратони Олмон
|
Тараккиёти технологияи тачрибавй дар биологияи молекулй имконият дод, ки омУзиши доираи васеи процессхои функсионалии хучайрахо, узвхо ва хатто тамоми организм якчоя карда шавад. Барои муќаррар намудани алоќаи байни љузъњои љараёнњои биологї мултиомикаро истифода бурдан лозим аст, ки маълумотњои азими таҷрибавии геномика, транскриптомика, эпигеномика ва протеомикаро муттањид мекунанд. Константин мисолхои равшани истифодаи мульти-омикаро дар сохаи тадкикоти саратон бо диккати асосй ба онкологияи бачагона овард.
6. Васеъият ва маҳдудиятҳои таҳлили як ҳуҷайра | Константин Оконечников
|
Лексияи муфассалтар дар бораи як ҳуҷайраи RNA-seq ва усулҳои таҳлили ин маълумот, инчунин роҳҳои бартараф кардани мушкилоти ошкор ва пинҳон ҳангоми омӯзиши онҳо.
7. Таҳлили як ҳуҷайраи маълумот RNA-seq | Константин Зайцев, Донишгоҳи Вашингтон дар Сент-Луис
|
Лексияи муқаддимавӣ дар бораи пайдарпайии як ҳуҷайра. Константин дар бораи усулхои пай дар пай, душворихои кори лабораторй ва тахлили биоинформатика ва роххои бартараф намудани онхо сухан меронад.
8. Ташхиси дистрофияи мушакҳо бо истифода аз пайдарпайии нанопора | Павел Авдеев, Донишгоҳи Ҷорҷ Вашингтон
|
Пайдарпайвандӣ бо истифода аз технологияи Oxford Nanopore дорои бартариҳое мебошад, ки онҳоро барои муайян кардани сабабҳои генетикии бемориҳо, аз қабили дистрофияи мушакҳо истифода бурдан мумкин аст. Павел дар лекцияи худ дар бораи кор карда баромадани трубопровод барои ташхиси ин беморӣ сухан ронд.
9*. Намоиши графикии геном | Илья Минкин, Донишгоҳи давлатии Пенсилвания
|
Моделҳои графикӣ имкон медиҳанд, ки миқдори зиёди пайдарпаии шабеҳро ифода кунанд ва аксар вақт дар геномика истифода шаванд. Илья дар бораи бо ёрии графикхо чи тавр пай дар пай геномй реконструкция карда мешавад, чй тавр ва барои чй графики де Брюин истифода мешавад, чунин усули «график» дурустии чустучуи мутатсияро то чй андоза зиёд мекунад ва чй гуна проблемахои халнашудаи истифодаи графикхо хануз бокй мемонанд, муфассал накл кард.
10*. Протеомикаи фароғатӣ | Павел Синицын, Институти биохимияи Макс Планк (2 қисм)
, |,
Протеинҳо барои аксари равандҳои биохимиявӣ дар организми зинда масъуланд ва то ҳол протеомика ягона усули таҳлили глобалии ҳолати ҳазорон сафедаҳо дар як вақт мебошад. Доираи мушкилоти ҳалшуда таъсирбахш аст - аз муайян кардани антитело ва антигенҳо то муайян кардани маҳалли ҷойгиршавии якчанд ҳазор сафеда. Дар лексияҳои худ Павел дар бораи ин ва дигар татбиқи протеомика, рушди имрӯзаи он ва хатогиҳо дар таҳлили додаҳо нақл кард.
ёздах*. Принсипҳои асосии моделсозии молекулавӣ | Павел Яковлев, BIOCAD
|
Лексияи муқаддимавии назариявӣ оид ба динамикаи молекулавӣ: чаро он лозим аст, он чӣ кор мекунад ва чӣ гуна он дар робита бо рушди дору истифода мешавад. Павел ба усулҳои динамикаи молекулавӣ, шарҳи қувваҳои молекулавӣ, тавсифи робитаҳо, мафҳумҳои «майдони қувва» ва «интегратсия», маҳдудиятҳо дар моделсозӣ ва ғайра диққат дод.
12*. Биологияи молекулавӣ ва генетика | Юрий Барбитов, Институти биоинформатика
, , |
Муқаддимаи се қисм аз биологияи молекулавӣ ва генетика барои донишҷӯён ва хатмкунандагони муҳандисӣ. Дар лекцияи якум мафхумхои биологияи хозира, масъалахои сохти геномхо ва пайдоиши мутацияхо мухокима карда мешаванд. Дар дуюм масъалахои фаъолияти генхо, процессхои транскрипция ва трансляция, сеюм танзими ифодаи генхо ва усулхои асосии биологии молекулавиро дарбар мегирад.
13*. Принсипҳои таҳлили маълумотҳои NGS | Юрий Барбитов, Институти биоинформатика
|
Дар лексия усулҳои пайдарпайии насли дуюм (NGS), намудҳо ва хусусиятҳои онҳо тавсиф карда мешаванд. Лектор ба таври муфассал мефаҳмонад, ки маълумот аз секвенсер чӣ гуна сохтор шудааст, барои таҳлил чӣ гуна табдил дода мешавад ва роҳҳои кор бо он чӣ гуна аст.
14*. Бо истифода аз сатри фармон, машқ | Геннадий Захаров, EPAM
Шарҳи амалии фармонҳои муфиди сатри фармони Linux, имконот ва асосҳои истифодаи онҳо. Мисолҳо ба таҳлили пайдарпаии пайдарпайи ДНК тамаркуз мекунанд. Илова ба амалиёти стандартии Linux (масалан, cat, grep, sed, awk), утилитаҳо барои кор бо пайдарпайҳо (samtools, bedtools) баррасӣ мешаванд.
15*. Визуализатсияи маълумот барои хурдсолон | Никита Алексеев, Донишгоҳи ITMO
|
Ҳар як шахс таҷрибаи тасвир кардани натиҷаҳои лоиҳаҳои илмии худ ё фаҳмидани диаграммаҳо, графикҳо ва расмҳои одамони дигарро дошт. Никита накл кард, ки чи тавр графику диаграммахоро дуруст шарх дода, чизи асосиро аз онхо нишон дод; чи тавр кашидани расмхои равшан. Лектор инчунин таъкид кард, ки хангоми мутолиаи макола ва тамошои реклама ба чи чизхо диккат додан лозим аст.
16*. Карера дар биоинформатика | Виктория Коржова, Институти биохимияи Макс Планк
Видео: , |
Виктория дар бораи сохтори илми академӣ дар хориҷа ва барои сохтани касб дар илм ё саноат ҳамчун донишҷӯ, аспирантура ё аспирантура ба он чизе, ки бояд диққат диҳед, сухан гуфт.
17*. Тарзи навиштани CV барои олим | Виктория Коржова, Институти биохимияи Макс Планк
Дар CV чиро гузоштан лозим аст ва чиро бояд хориҷ кард? Кадом далелҳо барои мудири эҳтимолии лаборатория ҷолиб хоҳанд буд ва кадоме аз онҳоро зикр накардан беҳтар аст? Чӣ тавр шумо бояд маълумотро тартиб диҳед, то резюмеи шумо барҷаста шавад? Дар лекция ба ин ва дигар саволхо чавоб дода мешавад.
18*. Бозори биоинформатика чӣ гуна кор мекунад | Андрей Афанасьев, y Risk
|
Бозор чӣ гуна кор мекунад ва биоинформатик дар куҷо кор карда метавонад? Ҷавоби ин савол дар лексияи Андрей муфассал, бо мисолҳо ва маслиҳатҳо оварда шудааст.
Дар охири
Тавре ки шумо мушоҳида кардаед, лексияҳо дар мактаб аз рӯи мавзӯъҳо хеле васеъ мебошанд - аз моделсозии молекулавӣ ва истифодаи графикҳо барои ҷамъбасти геномҳо то таҳлили ҳуҷайраҳои ягона ва сохтани мансаби илмӣ. Мо дар Институти биоинформатика кушиш менамоем, ки ба барномаи мактаб мавзуъхои гуногунро дохил кунем, то ки фанхои биоинформатика харчи бештар фаро гирифта шаванд ва хар як иштироккунанда чизи наву муфидро аз худ кунад.
Мактаби навбатии биоинформатика аз 29 июл то 3 августи соли 2019 дар наздикии Маскав баргузор мешавад. . Мавзӯи имсола биоинформатика дар биологияи рушд ва тадқиқоти пиршавӣ хоҳад буд.
Барои онҳое, ки мехоҳанд биоинформатикаро амиқ омӯзанд, мо то ҳол барои худ дархост қабул мекунем дар Петербург. Ё хабарҳои моро дар бораи ифтитоҳи барнома дар Маскав дар тирамоҳи соли ҷорӣ пайгирӣ кунед.
Барои онҳое, ки дар Санкт-Петербург ё Маскав нестанд, вале воқеан мехоҳанд биоинформатик шаванд, мо омода кардем. дар алгоритмҳо, барномасозӣ, генетика ва биология.
Мо даххо нафарро хам дорем , ки шумо метавонед онро худи ҳозир оғоз кунед.
Дар соли 2018 мактаби тобистонаи биоинформатика бо дастгирии шарикони доимии мо - ширкатҳои JetBrains, BIOCAD ва EPAM баргузор гардид, ки барои ин мо ба онҳо ташаккури зиёд баён мекунем.
Ҳама биоинформатика!
PS Агар шумо фикр намекардед, ки ин кофӣ нест, и .
Манбаъ: will.com