2018 کے موسم گرما میں، سینٹ پیٹرزبرگ کے قریب بائیو انفارمیٹکس میں ایک سالانہ سمر اسکول کا انعقاد کیا گیا، جہاں 100 انڈرگریجویٹ اور گریجویٹ طلباء بائیو انفارمیٹکس پڑھنے اور حیاتیات اور طب کے مختلف شعبوں میں اس کے استعمال کے بارے میں جاننے کے لیے آئے۔
اسکول کی بنیادی توجہ کینسر کی تحقیق پر تھی، لیکن بائیو انفارمیٹکس کے دیگر شعبوں پر لیکچرز تھے، جن میں ارتقاء سے لے کر سنگل سیل کی ترتیب والے ڈیٹا کے تجزیہ تک شامل تھے۔ ہفتے کے دوران، لڑکوں نے اگلی نسل کے سیکوینسنگ ڈیٹا کے ساتھ کام کرنا سیکھا، جو Python اور R میں پروگرام کیا گیا، بایو انفارمیٹکس کے معیاری ٹولز اور فریم ورک کا استعمال کیا، ٹیومر کا مطالعہ کرتے وقت سسٹمز بائیولوجی، پاپولیشن جینیٹکس اور ڈرگ ماڈلنگ کے طریقوں سے واقف ہو گئے، اور بہت کچھ.
ذیل میں آپ کو اسکول میں دیے گئے 18 لیکچرز کی ویڈیو مل جائے گی، جس میں ایک مختصر تفصیل اور سلائیڈز ہیں۔ جن پر ستارے کے نشان "*" ہیں وہ کافی بنیادی ہیں اور بغیر پیشگی تیاری کے دیکھے جا سکتے ہیں۔
1*۔ آنکوجینومکس اور پرسنلائزڈ آنکولوجی | میخائل پیاٹنٹسکی، ریسرچ انسٹی ٹیوٹ آف بائیو میڈیکل کیمسٹری
|
میخائل نے ٹیومر جینومکس کے بارے میں مختصر طور پر بات کی اور کینسر کے خلیوں کے ارتقاء کو سمجھنے سے ہمیں آنکولوجی میں عملی مسائل کو حل کرنے کی اجازت ملتی ہے۔ لیکچرر نے آنکوجینز اور ٹیومر کو دبانے والے کے درمیان فرق، "کینسر کے جینز" کی تلاش کے طریقوں اور ٹیومر کی مالیکیولر ذیلی قسموں کی شناخت پر خصوصی توجہ دی۔ آخر میں، میخائل نے oncogenomics کے مستقبل اور پیدا ہونے والے مسائل پر توجہ دی۔
2* موروثی ٹیومر سنڈروم کی جینیاتی تشخیص | آندرے افاناسیف، yRisk
|
اینڈری نے موروثی ٹیومر سنڈروم کے بارے میں بات کی اور ان کی حیاتیات، وبائی امراض اور طبی توضیحات پر تبادلہ خیال کیا۔ لیکچر کا کچھ حصہ جینیاتی جانچ کے مسئلے کے لیے وقف ہے - کس کو اس سے گزرنا ہے، اس کے لیے کیا کیا جاتا ہے، ڈیٹا پر کارروائی کرنے اور نتائج کی تشریح کرنے میں کیا مشکلات پیش آتی ہیں، اور آخر میں، اس سے مریضوں اور ان کے لواحقین کو کیا فائدہ ہوتا ہے۔ .
3* پین کینسر اٹلس | جرمن ڈیمیدوف، BIST/UPF
|
کینسر جینومکس اور ایپی جینومکس کے میدان میں کئی دہائیوں کی تحقیق کے باوجود، اس سوال کا جواب "کیسے، کہاں اور کیوں پیدا ہوتا ہے" کا جواب ابھی تک نامکمل ہے۔ اس کی ایک وجہ اعداد و شمار کے معیاری حصول اور پروسیسنگ کی ضرورت ہے تاکہ چھوٹے سائز کے اثرات کا پتہ لگایا جا سکے جس کا ایک محدود ڈیٹا سیٹ میں پتہ لگانا مشکل ہے (وہ سائز جو ایک یا کئی لیبارٹریوں میں مطالعہ کے لیے عام ہے) ، لیکن جو مجموعی طور پر کینسر جیسی پیچیدہ اور کثیر الجہتی بیماری میں ایک بہت بڑا کردار ادا کرتا ہے۔
گزشتہ چند سالوں میں، دنیا کے بہت سے طاقتور ریسرچ گروپس، جو اس مسئلے سے آگاہ ہیں، ان تمام اثرات کا پتہ لگانے اور بیان کرنے کی کوششوں میں افواج میں شامل ہونا شروع ہو گئے ہیں۔ ہرمن نے ان اقدامات میں سے ایک (The PanCancer Atlas) اور لیبارٹریوں کے اس کنسورشیم کے کام کے حصے کے طور پر حاصل کیے گئے نتائج اور اس لیکچر میں سیل کے ایک خصوصی شمارے میں شائع ہونے کے بارے میں بات کی۔
4. ایپی جینیٹک میکانزم کے مطالعہ میں ChIP-Seq | اولیگ شپینوف، جیٹ برینز ریسرچ
|
جین کے اظہار کا ضابطہ مختلف طریقوں سے کیا جاتا ہے۔ اپنے لیکچر میں، اولیگ نے ہسٹون میں ترمیم کے ذریعے ایپی جینیٹک ریگولیشن کے بارے میں بات کی، ChIP-seq کے طریقہ کار کا استعمال کرتے ہوئے ان عملوں کا مطالعہ اور حاصل کردہ نتائج کا تجزیہ کرنے کے طریقے۔
5. کینسر ریسرچ میں ملٹیومکس | Konstantin Okonechnikov، جرمن کینسر ریسرچ سینٹر
|
سالماتی حیاتیات میں تجرباتی ٹیکنالوجیز کی ترقی نے خلیات، اعضاء یا حتیٰ کہ پورے جاندار میں کام کرنے والے عمل کی ایک وسیع رینج کے مطالعہ کو یکجا کرنا ممکن بنایا ہے۔ حیاتیاتی عمل کے اجزاء کے درمیان روابط قائم کرنے کے لیے ملٹیومکس کا استعمال کرنا ضروری ہے، جو جینومکس، ٹرانسکرپٹومکس، ایپی جینومکس اور پروٹومکس سے بڑے پیمانے پر تجرباتی ڈیٹا کو یکجا کرتا ہے۔ کونسٹنٹن نے پیڈیاٹرک آنکولوجی پر توجہ مرکوز کرتے ہوئے کینسر کی تحقیق کے میدان میں ملٹی اومکس کے استعمال کی واضح مثالیں دیں۔
6. سنگل سیل تجزیہ کی استعداد اور حدود | Konstantin Okonechnikov
|
سنگل سیل RNA-seq پر مزید تفصیلی لیکچر اور اس ڈیٹا کا تجزیہ کرنے کے طریقوں کے ساتھ ساتھ ان کا مطالعہ کرتے وقت واضح اور پوشیدہ مسائل پر قابو پانے کے طریقے۔
7. سنگل سیل RNA-seq ڈیٹا کا تجزیہ | Konstantin Zaitsev، سینٹ لوئس میں واشنگٹن یونیورسٹی
|
سنگل سیل کی ترتیب پر تعارفی لیکچر۔ کونسٹنٹن ترتیب کے طریقوں، لیبارٹری کے کام میں مشکلات اور بایو انفارمیٹکس تجزیہ، اور ان پر قابو پانے کے طریقوں پر تبادلہ خیال کرتا ہے۔
8. نینو پور کی ترتیب کا استعمال کرتے ہوئے عضلاتی ڈسٹروفی کی تشخیص | پاول ایودیف، جارج واشنگٹن یونیورسٹی
|
آکسفورڈ نینو پور ٹیکنالوجی کا استعمال کرتے ہوئے ترتیب دینے کے فوائد ہیں جو کہ پٹھوں کی ڈسٹروفی جیسی بیماریوں کی جینیاتی وجوہات کی شناخت کے لیے استعمال کیے جا سکتے ہیں۔ اپنے لیکچر میں، پاول نے اس بیماری کی تشخیص کے لیے ایک پائپ لائن کی ترقی کے بارے میں بات کی۔
9* جینوم کے گراف کی نمائندگی | الیا منکن، پنسلوانیا اسٹیٹ یونیورسٹی
|
گراف ماڈلز ایک جیسی ترتیب کی ایک بڑی تعداد کی کمپیکٹ نمائندگی کی اجازت دیتے ہیں اور اکثر جینومکس میں استعمال ہوتے ہیں۔ الیا نے تفصیل سے بتایا کہ گراف کا استعمال کرتے ہوئے جینومک ترتیب کو کس طرح دوبارہ بنایا جاتا ہے، ڈی بروئن گراف کیسے اور کیوں استعمال کیا جاتا ہے، اس طرح کا "گراف" نقطہ نظر میوٹیشن کی تلاش کی درستگی کو کتنا بڑھاتا ہے، اور گراف کے استعمال کے ساتھ کون سے حل طلب مسائل ابھی باقی ہیں۔
10* دل لگی پروٹومکس | پاول سینیتسن، میکس پلانک انسٹی ٹیوٹ آف بائیو کیمسٹری (2 حصے)
, |,
ایک جاندار میں زیادہ تر حیاتیاتی کیمیائی عمل کے لیے پروٹین ذمہ دار ہوتے ہیں، اور اب تک پروٹومکس ہی بیک وقت ہزاروں پروٹینوں کی حالت کا عالمی تجزیہ کرنے کا واحد طریقہ ہے۔ حل کیے گئے مسائل کی حد متاثر کن ہے - اینٹی باڈیز اور اینٹی جینز کی شناخت سے لے کر کئی ہزار پروٹینوں کی لوکلائزیشن کا تعین کرنے تک۔ اپنے لیکچرز میں، پاول نے پروٹومکس کی ان اور دیگر ایپلی کیشنز، اس کی موجودہ ترقی اور ڈیٹا کے تجزیہ میں ہونے والے نقصانات کے بارے میں بات کی۔
گیارہ*. مالیکیولر سمیلیشنز کے بنیادی اصول | Pavel Yakovlev، BIOCAD
|
مالیکیولر ڈائنامکس پر تعارفی نظریاتی لیکچر: اس کی ضرورت کیوں ہے، یہ کیا کرتا ہے اور منشیات کی نشوونما کے سلسلے میں اسے کیسے استعمال کیا جاتا ہے۔ پاول نے مالیکیولر ڈائنامکس کے طریقوں، سالماتی قوتوں کی وضاحت، کنکشن کی تفصیل، "فورس فیلڈ" اور "انضمام" کے تصورات، ماڈلنگ میں حدود اور بہت کچھ پر توجہ دی۔
12*۔ سالماتی حیاتیات اور جینیات | یوری باربیٹو، انسٹی ٹیوٹ آف بایو انفارمیٹکس
, , |
انجینئرنگ کے طلباء اور گریجویٹس کے لیے مالیکیولر بائیولوجی اور جینیٹکس کا تین حصوں کا تعارف۔ پہلا لیکچر جدید حیاتیات کے تصورات، جینوم کی ساخت کے مسائل اور تغیرات کی موجودگی پر بحث کرتا ہے۔ دوسرے میں جین کے کام کرنے کے مسائل، نقل اور ترجمے کے عمل کا تفصیل سے احاطہ کیا گیا ہے، تیسرا جین کے اظہار کے ضابطے اور بنیادی سالماتی حیاتیاتی طریقوں کا احاطہ کرتا ہے۔
13*۔ NGS ڈیٹا تجزیہ کے اصول | یوری باربیٹو، انسٹی ٹیوٹ آف بایو انفارمیٹکس
|
لیکچر سیکنڈ جنریشن سیکوینسنگ (NGS) کے طریقوں، ان کی اقسام اور خصوصیات کو بیان کرتا ہے۔ لیکچرر تفصیل سے بتاتا ہے کہ سیکوینسر سے ڈیٹا "آؤٹ پٹ" کی ساخت کیسے بنتی ہے، اسے تجزیہ کے لیے کیسے تبدیل کیا جاتا ہے، اور اس کے ساتھ کام کرنے کے طریقے کیا ہیں۔
14* کمانڈ لائن کا استعمال کرتے ہوئے، مشق | گیناڈی زخاروف، ای پی اے ایم
مفید لینکس کمانڈ لائن کمانڈز، اختیارات اور ان کے استعمال کی بنیادی باتوں کا ایک عملی جائزہ۔ مثالیں ترتیب وار ڈی این اے کی ترتیب کے تجزیہ پر مرکوز ہیں۔ معیاری لینکس آپریشنز (مثال کے طور پر، cat، grep، sed، awk) کے علاوہ، ترتیب کے ساتھ کام کرنے کی افادیت (سمٹول، بیڈ ٹولز) پر غور کیا جاتا ہے۔
15* چھوٹے بچوں کے لیے ڈیٹا ویژولائزیشن | نکیتا الیکسیف، ITMO یونیورسٹی
|
ہر ایک کو اپنے اپنے سائنسی منصوبوں کے نتائج کو بیان کرنے یا دوسرے لوگوں کے خاکوں، گرافوں اور تصویروں کو سمجھنے کا تجربہ ہوا ہے۔ نکیتا نے بتایا کہ گراف اور خاکوں کی صحیح تشریح کیسے کی جائے، ان سے اہم چیز کو اجاگر کیا جائے۔ واضح تصویریں کیسے بنائیں. لیکچرر نے اس بات پر بھی زور دیا کہ مضمون پڑھتے یا کمرشل دیکھتے وقت کن چیزوں کا خیال رکھنا چاہیے۔
16* بائیو انفارمیٹکس میں کیریئر | وکٹوریہ کورزوا، میکس پلانک انسٹی ٹیوٹ آف بائیو کیمسٹری
ویڈیو: , |
وکٹوریہ نے بیرون ملک اکیڈمک سائنس کے ڈھانچے کے بارے میں بات کی اور بتایا کہ آپ کو سائنس یا صنعت میں ایک انڈر گریجویٹ، گریجویٹ یا گریجویٹ طالب علم کے طور پر کیریئر بنانے کے لیے کس چیز پر توجہ دینے کی ضرورت ہے۔
17*۔ سائنسدان کے لیے سی وی کیسے لکھیں وکٹوریہ کورزوا، میکس پلانک انسٹی ٹیوٹ آف بائیو کیمسٹری
سی وی میں کیا چھوڑنا ہے اور کیا ہٹانا ہے؟ ممکنہ لیب مینیجر کے لیے کون سے حقائق دلچسپی کا باعث ہوں گے، اور کن کا ذکر نہ کرنا بہتر ہے؟ اپنے تجربے کی فہرست کو نمایاں کرنے کے لیے آپ کو معلومات کا بندوبست کیسے کرنا چاہیے؟ لیکچر ان اور دیگر سوالات کے جوابات دے گا۔
18*۔ بایو انفارمیٹکس مارکیٹ کیسے کام کرتی ہے | آندرے افاناسیف، yRisk
|
مارکیٹ کیسے کام کرتی ہے اور ایک بایو انفارمیشن کہاں کام کر سکتا ہے؟ اس سوال کا جواب تفصیل سے، مثالوں اور مشورے کے ساتھ، آندرے کے لیکچر میں پیش کیا گیا ہے۔
Конец
جیسا کہ آپ نے دیکھا ہوگا، اسکول میں لیکچرز موضوعات میں کافی وسیع ہوتے ہیں - مالیکیولر ماڈلنگ اور جینوم اسمبلی کے لیے گراف کے استعمال سے لے کر ایک خلیات کے تجزیہ اور سائنسی کیریئر کی تعمیر تک۔ انسٹی ٹیوٹ آف بایو انفارمیٹکس میں ہم کوشش کرتے ہیں کہ اسکول کے پروگرام میں مختلف موضوعات کو شامل کریں تاکہ زیادہ سے زیادہ بایو انفارمیٹکس کے مضامین کا احاطہ کیا جا سکے، اور تاکہ ہر شریک کچھ نیا اور مفید سیکھے۔
بائیو انفارمیٹکس کا اگلا اسکول 29 جولائی سے 3 اگست 2019 تک ماسکو کے قریب منعقد ہوگا۔ . اس سال کا موضوع ترقیاتی حیاتیات اور عمر بڑھنے کی تحقیق میں بایو انفارمیٹکس ہوگا۔
ان لوگوں کے لیے جو بایو انفارمیٹکس کا گہرائی سے مطالعہ کرنا چاہتے ہیں، ہم اب بھی اپنے لیے درخواستیں قبول کر رہے ہیں۔ سینٹ پیٹرزبرگ میں یا اس موسم خزاں میں ماسکو میں پروگرام کے آغاز کے بارے میں ہماری خبروں پر عمل کریں۔
ان لوگوں کے لئے جو سینٹ پیٹرزبرگ یا ماسکو میں نہیں ہیں، لیکن واقعی ایک بایو انفارمیشن بننا چاہتے ہیں، ہم نے تیار کیا ہے الگورتھم، پروگرامنگ، جینیات اور حیاتیات میں۔
ہمارے پاس بھی درجنوں ہیں۔ جس سے آپ ابھی گزرنا شروع کر سکتے ہیں۔
2018 میں، بایو انفارمیٹکس میں سمر اسکول کا انعقاد ہمارے باقاعدہ شراکت داروں - کمپنیوں JetBrains، BIOCAD اور EPAM کے تعاون سے ہوا، جس کے لیے ہم ان کا بہت شکریہ ادا کرتے ہیں۔
بایو انفارمیٹکس سب!
PS اگر آپ کو لگتا ہے کہ یہ کافی نہیں ہے، и .
ماخذ: www.habr.com