2018 جي اونهاري ۾، سينٽ پيٽرسبرگ جي ويجهو بايو انفارميٽيڪس ۾ هڪ سالياني سمر اسڪول منعقد ڪيو ويو، جتي 100 انڊر گريجوئيٽ ۽ گريجوئيٽ شاگرد بائيو انفارميٽڪس پڙهڻ لاءِ آيا ۽ حياتيات ۽ طب جي مختلف شعبن ۾ ان جي استعمال بابت سکيا.
اسڪول جو بنيادي ڌيان ڪينسر جي تحقيق تي هو، پر اتي بائيو انفارميٽڪس جي ٻين شعبن تي ليڪچر هئا، جن ۾ ارتقا کان وٺي سنگل سيل جي ترتيب واري ڊيٽا جي تجزيي تائين. هفتي جي دوران، ماڻهن ايندڙ نسل جي ترتيب واري ڊيٽا سان ڪم ڪرڻ سکيو، پٿون ۽ آر ۾ پروگرام ڪيو ويو، معياري بايو انفارميٽڪس اوزار ۽ فريم ورڪ استعمال ڪيو، سسٽم جي حياتيات، آبادي جينياتيات ۽ دوا جي ماڊلنگ جي طريقن سان واقف ٿي ويا جڏهن ٽيمر جو مطالعو ڪيو، ۽ گهڻو ڪجهه.
هيٺ توهان کي اسڪول ۾ ڏنل 18 ليڪچرن جو هڪ وڊيو ملندو، جنهن ۾ مختصر وضاحت ۽ سلائيڊ شامل آهن. جيڪي نشان لڳل ستاري ”*“ سان لڳل آهن بلڪل بنيادي آهن ۽ اڳي تياري کان سواءِ ڏسي سگهجن ٿا.
1*. آنڪوجينومڪس ۽ ذاتي ٿيل آنڪولوجي | ميخائل Pyatnitsky، ريسرچ انسٽيٽيوٽ آف بايوڊيڪل ڪيمسٽري
|
ميخائل ٽيومر جينومڪس بابت مختصر طور تي ڳالهايو ۽ ڪينسر جي سيلز جي ارتقا کي ڪيئن سمجهڻ اسان کي آنڪولوجي ۾ عملي مسئلا حل ڪرڻ جي اجازت ڏئي ٿو. ليڪچرر خاص ڌيان ڏنو ته آنڪوجينز ۽ ٽيومر سپپريسر جي وچ ۾ فرق، ”ڪينسر جين“ جي ڳولا جا طريقا ۽ ٽيومر جي ماليڪيولر ذيلي قسم جي سڃاڻپ ڪرڻ. آخر ۾، ميخائل آنڪوگينومڪس جي مستقبل تي ڌيان ڏنو ۽ جيڪي مسئلا پيدا ٿي سگهن ٿا.
2*. موروثي تومور سنڊرومس جي جينياتي تشخيص | آندري افاناسيوف، yRisk
|
آندري موروثي ٽومر سنڊروم بابت ڳالهايو ۽ انهن جي حياتيات، ايپيڊميولوجيز ۽ ڪلينڪ جي ظاهري تي بحث ڪيو. ليڪچر جو حصو جينياتي جانچ جي مسئلي ڏانهن وقف آهي - جنهن کي ان مان گذرڻ جي ضرورت آهي، ان لاءِ ڇا ڪيو ويو آهي، ڊيٽا کي پروسيس ڪرڻ ۽ نتيجن جي تشريح ڪرڻ ۾ ڪهڙيون مشڪلاتون پيش اچن ٿيون، ۽ آخرڪار، اهو مريضن ۽ انهن جي مائٽن کي ڪهڙو فائدو ڏئي ٿو. .
3*. پين ڪينسر ائٽلس | جرمن Demidov، BIST / UPF
|
ڪينسر جينومڪس ۽ ايپيگينومڪس جي شعبي ۾ ڏهاڪن جي تحقيق جي باوجود، سوال جو جواب "ڪيئن، ڪٿي ۽ ڇو ٽمور سنڊوم پيدا ٿئي ٿو" اڃا تائين نامڪمل آهي. ان جو هڪ سبب اهو آهي ته ڊيٽا جي وڏي مقدار جي معياري حاصل ڪرڻ ۽ پروسيسنگ جي ضرورت آهي ته جيئن ننڍي پيماني جي اثرن کي معلوم ڪرڻ لاءِ جيڪي محدود ڊيٽا سيٽ ۾ ڳولڻ مشڪل آهن (اها سائيز جيڪا هڪ يا ڪيترن ئي ليبارٽرين اندر مطالعي لاءِ عام آهي) ، پر جيڪو مجموعي طور تي هڪ اهم ڪردار ادا ڪري ٿو اهڙي پيچيده ۽ گھڻائي واري بيماري ۾ ڪينسر وانگر.
گذريل ڪجھ سالن ۾، دنيا جي ڪيترن ئي طاقتور تحقيقاتي گروپن، هن مسئلي کان واقف ٿي، انهن سڀني اثرات کي ڳولڻ ۽ بيان ڪرڻ جي ڪوشش ۾ قوتن ۾ شامل ٿيڻ شروع ڪيو آهي. هرمن انهن شروعاتن مان هڪ (The PanCancer Atlas) جي باري ۾ ڳالهايو ۽ نتيجن کي هن ليبارٽريز جي ڪنسورشيم جي ڪم جي حصي طور حاصل ڪيو ۽ هن ليڪچر ۾ سيل جي هڪ خاص شماري ۾ شايع ڪيو.
4. Epigenetic ميڪانيزم جي مطالعي ۾ ChIP-Seq | Oleg Shpynov، JetBrains ريسرچ
|
جين جي اظهار جو ضابطو مختلف طريقن سان ڪيو ويندو آهي. هن جي ليڪچر ۾، اوليگ هسٽون ترميمي ذريعي ايپيگينيٽڪ ريگيوليشن بابت ڳالهايو، انهن عملن جو مطالعو ChIP-seq طريقو استعمال ڪندي ۽ حاصل ڪيل نتيجن جو تجزيو ڪرڻ جا طريقا.
5. ڪينسر ريسرچ ۾ Multiomics | Konstantin Okonechnikov، جرمن ڪينسر ريسرچ سينٽر
|
ماليڪيولر حياتيات ۾ تجرباتي ٽيڪنالاجي جي ترقي ان کي ممڪن بڻائي ڇڏيو آهي ته هڪ وسيع رينج جي فنڪشنل پروسيس جي مطالعي کي گڏ ڪرڻ لاء سيلز، عضون يا اڃا تائين سڄي جاندار. حياتياتي عملن جي اجزاء جي وچ ۾ ڪنيڪشن قائم ڪرڻ لاء، ضروري آهي ته ملائيومڪس استعمال ڪيو وڃي، جيڪو جينومڪس، ٽرانسڪرپٽومڪس، ايپيگينومڪس ۽ پروٽوميڪس کان وڏي تجرباتي ڊيٽا کي گڏ ڪري ٿو. Konstantin ٻارن جي آنڪولوجي تي ڌيان ڏيڻ سان ڪينسر جي تحقيق جي ميدان ۾ ملٽي اومڪس جي استعمال جا واضح مثال ڏنا.
6. سنگل سيل تجزيي جي استحڪام ۽ حدون | Konstantin Okonechnikov
|
سنگل سيل RNA-seq تي وڌيڪ تفصيلي ليڪچر ۽ هن ڊيٽا جي تجزيي لاءِ طريقن سان گڏوگڏ پڌرو ۽ پوشيده مسئلن کي دور ڪرڻ جا طريقا جڏهن انهن جو مطالعو ڪيو وڃي.
7. سنگل سيل RNA-seq ڊيٽا جو تجزيو | Konstantin Zaitsev، سينٽ لوئس ۾ واشنگٽن يونيورسٽي
|
سنگل سيل جي ترتيب تي تعارفي ليڪچر. Konstantin sequencing طريقن، ليبارٽري جي ڪم ۾ مشڪلاتون ۽ bioinformatics تجزيي، ۽ انھن تي غالب ڪرڻ جي طريقن تي بحث.
8. نانوپور جي ترتيب کي استعمال ڪندي عضلاتي ڊسٽروفي جي تشخيص | Pavel Avdeev، جارج واشنگٽن يونيورسٽي
|
آڪسفورڊ نانوپور ٽيڪنالاجي کي استعمال ڪندي ترتيب ڏيڻ جا فائدا آهن جيڪي بيمارين جي جينياتي سببن کي سڃاڻڻ لاءِ استعمال ڪري سگهجن ٿا جهڙوڪ عضلاتي ڊسٽروفي. هن جي ليڪچر ۾، Pavel هن بيماري جي تشخيص لاء هڪ پائپ لائن جي ترقي بابت ڳالهايو.
9*. جينوم جي گراف جي نمائندگي | اليا منکن، پنسلوانيا اسٽيٽ يونيورسٽي
|
گراف ماڊل وڏي تعداد ۾ هڪجهڙائي واري ترتيب جي جامع نمائندگي جي اجازت ڏين ٿا ۽ اڪثر جينومڪس ۾ استعمال ٿيندا آهن. Ilya تفصيل سان ٻڌايو ته ڪيئن جينومڪ ترتيبن کي گراف استعمال ڪندي ٻيهر تعمير ڪيو ويندو آهي، ڪيئن ۽ ڇو ڊي برون گراف استعمال ڪيو ويندو آهي، ڪيترو "گراف" طريقو ميوٽيشن جي ڳولا جي درستگي کي وڌائي ٿو، ۽ گراف جي استعمال سان حل ٿيل مسئلا اڃا به باقي آهن.
10*. تفريحي پروٽوميڪس | Pavel Sinitsyn، ميڪس پلانڪ انسٽيٽيوٽ آف بايو ڪيمسٽري (2 حصا)
, |,
پروٽين هڪ جاندار ۾ سڀ کان وڌيڪ بايو ڪيميڪل پروسيس لاء ذميوار آهن، ۽ هن وقت تائين پروٽومڪڪس هڪ ئي وقت هزارين پروٽين جي حالت جي عالمي تجزيي لاء واحد طريقو آهي. حل ٿيل مسئلن جي حد متاثر ڪندڙ آهي - اينٽي باڊيز ۽ اينٽيجنز جي سڃاڻپ کان وٺي ڪيترن ئي هزار پروٽينن جي لوڪلائيزيشن کي طئي ڪرڻ تائين. هن جي ليڪچرن ۾، پاول انهن ۽ پروٽومڪس جي ٻين ايپليڪيشنن، ان جي موجوده ترقي ۽ ڊيٽا جي تجزيو ۾ نقصانن بابت ڳالهايو.
يارنهن*. ماليڪيولر سموليشن جا بنيادي اصول | Pavel Yakovlev، BIOCAD
|
تعارفي نظرياتي ليڪچر ماليڪيولر ڊائنامڪس تي: ڇو ان جي ضرورت آهي، اهو ڇا ڪندو آهي ۽ ڪيئن استعمال ٿيندو آهي دوا جي ترقيءَ جي سلسلي ۾. پاول ماليڪيولر ڊينامڪس جي طريقن تي ڌيان ڏنو، ماليڪيولر قوتن جي تشريح، ڪنيڪشن جي وضاحت، ”فورس فيلڊ“ ۽ ”انضمام“ جا تصور، ماڊلنگ جون حدون ۽ گهڻو ڪجهه.
12*. سالمي حياتيات ۽ جينياتي | Yuri Barbitov، بايو انفارميٽڪس انسٽيٽيوٽ
, , |
انجنيئرنگ جي شاگردن ۽ گريجوئيشن لاءِ ماليڪيولر حياتيات ۽ جينياتيات جو هڪ ٽي حصو تعارف. پهريون ليڪچر جديد حياتيات جي تصورات، جينوم جي جوڙجڪ جي مسئلن ۽ ميوٽيشنز جي واقعن تي بحث ڪري ٿو. ٻيو تفصيل ۾ جين ڪم ڪرڻ جي مسئلن، ٽرانسپشن ۽ ترجمي جي عملن جي تفصيل سان، ٽيون جين اظهار جي ضابطي ۽ بنيادي سالماتي حياتياتي طريقن کي ڍڪي ٿو.
13*. NGS ڊيٽا تجزيي جا اصول | Yuri Barbitov، بايو انفارميٽڪس انسٽيٽيوٽ
|
ليڪچر بيان ڪري ٿو سيڪنڊ نسل جي ترتيب (NGS) طريقن، انهن جا قسم ۽ خاصيتون. ليڪچرر تفصيل سان بيان ڪري ٿو ته ڪيئن ڊيٽا "آئوٽ پُٽ" ترتيب ڏيڻ واري کان ترتيب ڏنل آهي، ڪيئن ان کي تجزيو لاءِ تبديل ڪيو وڃي ٿو، ۽ ان سان ڪم ڪرڻ جا ڪهڙا طريقا آهن.
14*. ڪمانڊ لائن استعمال ڪندي، مشق | گينادي زخاروف، اي پي ايم
مفيد لينڪس ڪمانڊ لائن ڪمانڊ، اختيارن ۽ انھن کي استعمال ڪرڻ جي بنياديات جو ھڪڙو عملي جائزو. مثال ترتيب ڏنل ڊي اين اي جي ترتيبن جي تجزيو تي ڌيان ڏئي ٿو. معياري لينڪس آپريشنز کان علاوه (مثال طور، cat، grep، sed، awk)، ترتيب سان ڪم ڪرڻ لاءِ افاديت (samtools، bedtools) سمجهيا وڃن ٿا.
15*. ننڍڙن لاءِ ڊيٽا جو تصور | Nikita Alekseev، ITMO يونيورسٽي
|
هر ڪنهن کي پنهنجي پنهنجي سائنسي منصوبن جي نتيجن کي واضع ڪرڻ يا ٻين ماڻهن جي ڊائريگرام، گراف ۽ تصويرن کي سمجهڻ جو تجربو آهي. نکيتا ٻڌايو ته گراف ۽ ڊاگرامس کي ڪيئن صحيح طرح سان تشريح ڪجي، انهن مان بنيادي شيءِ کي اجاگر ڪندي؛ صاف تصويرون ڪيئن ٺاھيو. ليڪچرر پڻ زور ڏنو ته ڇا ڏسڻ گهرجي جڏهن هڪ مضمون پڙهڻ يا ڪمرشل ڏسي رهيو آهي.
16*. بايو انفارميٽڪس ۾ ڪيريئر | وڪٽوريا ڪورزووا، ميڪس پلانڪ انسٽيٽيوٽ آف بايو ڪيمسٽري
وڊيو: , |
وڪٽوريا ٻاهرين ملڪ ۾ تعليمي سائنس جي جوڙجڪ جي باري ۾ ڳالهايو ۽ توهان کي سائنس يا صنعت ۾ هڪ گريجوئيٽ، گريجوئيٽ يا گريجوئيٽ شاگرد جي حيثيت سان ڪيريئر ٺاهڻ لاءِ ڌيان ڏيڻ جي ڪهڙي ضرورت آهي.
17*. هڪ سائنسدان لاءِ سي وي ڪيئن لکجي | وڪٽوريا ڪورزووا، ميڪس پلانڪ انسٽيٽيوٽ آف بايو ڪيمسٽري
سي وي ۾ ڇا ڇڏڻو آهي ۽ ڇا ڪڍڻو آهي؟ هڪ امڪاني ليب مئنيجر لاءِ ڪهڙيون حقيقتون دلچسپيءَ جو باعث هونديون، ۽ ڪهڙن جو ذڪر نه ڪرڻ بهتر آهي؟ توهان کي معلومات ڪيئن ترتيب ڏيڻ گهرجي ته جيئن توهان جي ريزومي کي ڌار ڌار بڻائي سگهجي؟ ليڪچر انهن ۽ ٻين سوالن جا جواب ڏيندو.
18*. بائيو انفارميٽڪس مارڪيٽ ڪيئن ڪم ڪري ٿي | آندري افاناسيوف، yRisk
|
مارڪيٽ ڪيئن ڪم ڪندو آهي ۽ هڪ بايو انفارميشنسٽ ڪٿي ڪم ڪري سگهي ٿو؟ هن سوال جو جواب تفصيل سان پيش ڪيو ويو آهي، مثالن ۽ مشوري سان، اينڊريو جي ليڪچر ۾.
پڄاڻي
جيئن توهان محسوس ڪيو هوندو، اسڪول ۾ ليڪچر ڪافي وسيع آهن موضوعن ۾ - ماليڪيولر ماڊلنگ ۽ جينوم اسمبلي لاءِ گرافس جي استعمال کان وٺي، سنگل سيلز جي تجزيو ۽ هڪ سائنسي ڪيريئر جي تعمير تائين. اسان انسٽيٽيوٽ آف بايو انفارميٽيڪس ۾ ڪوشش ڪريون ٿا ته اسڪول جي پروگرام ۾ مختلف عنوانن کي شامل ڪيو وڃي ته جيئن ممڪن حد کان وڌيڪ بايو انفارميٽيڪس مضمونن کي ڍڪي سگهجي، ۽ انهي ڪري ته هر شرڪت ڪندڙ ڪجهه نئون ۽ مفيد سکي.
بايو انفارميٽڪس ۾ ايندڙ اسڪول ماسڪو جي ويجهو 29 جولاءِ کان 3 آگسٽ 2019 تائين منعقد ڪيو ويندو. . هن سال جو موضوع ترقياتي حياتيات ۽ عمر جي تحقيق ۾ بايو انفارميٽڪس هوندو.
انهن لاءِ جيڪي بائيو انفارميٽڪس کي کوٽائي ۾ پڙهڻ چاهيندا آهن، اسان اڃا تائين اسان جي لاءِ درخواستون قبول ڪري رهيا آهيون سينٽ پيٽرسبرگ ۾. يا هن موسم خزاں ۾ ماسڪو ۾ پروگرام جي افتتاح بابت اسان جي خبرن جي پيروي ڪريو.
انهن لاءِ جيڪي سينٽ پيٽرسبرگ يا ماسڪو ۾ نه آهن، پر حقيقت ۾ هڪ بايو انفارميشنسٽ ٿيڻ چاهين ٿا، اسان تيار ڪيو آهي الگورتھم، پروگرامنگ، جينياتي ۽ حياتيات ۾.
اسان وٽ پڻ درجن آهن ، جنهن کي توهان هن وقت وڃڻ شروع ڪري سگهو ٿا.
2018 ۾، بايو انفارميٽڪس ۾ سمر اسڪول اسان جي باقاعده ڀائيوارن جي سهڪار سان منعقد ڪيو ويو - ڪمپنيون JetBrains، BIOCAD ۽ EPAM، جنهن لاء اسين انهن جا تمام گهڻو شڪرگذار آهيون.
بايو انفارميٽڪس هرڪو!
پي ايس جيڪڏهن توهان نه سوچيو ته اهو ڪافي هو، и .
جو ذريعو: www.habr.com