2018 ගිම්හානයේදී, ශාන්ත පීටර්ස්බර්ග් අසල ජෛව තොරතුරු පිළිබඳ වාර්ෂික ගිම්හාන පාසලක් පැවැත්විණි, එහිදී උපාධි අපේක්ෂකයින් සහ උපාධිධාරී සිසුන් 100 ක් ජෛව තොරතුරු විද්යාව හැදෑරීමට සහ ජීව විද්යාවේ සහ වෛද්ය විද්යාවේ විවිධ ක්ෂේත්රවල එහි භාවිතය ගැන ඉගෙන ගැනීමට පැමිණියහ.
පාසලේ ප්රධාන අවධානය යොමු වූයේ පිළිකා පර්යේෂණ කෙරෙහි වන නමුත් පරිණාමයේ සිට තනි සෛල අනුක්රමික දත්ත විශ්ලේෂණය දක්වා ජෛව තොරතුරු විද්යාවේ අනෙකුත් අංශ පිළිබඳ දේශන පැවැත්විණි. සතිය තුළදී, පිරිමි ළමයින් ඊළඟ පරම්පරාවේ අනුක්රමික දත්ත සමඟ වැඩ කිරීමට ඉගෙන ගත් අතර, Python සහ R හි වැඩසටහන්ගත කර, සම්මත ජෛව තොරතුරු මෙවලම් සහ රාමු භාවිතා කළහ, පිළිකා අධ්යයනය කිරීමේදී පද්ධති ජීව විද්යාව, ජනගහන ජාන විද්යාව සහ drug ෂධ ආකෘති නිර්මාණය පිළිබඳ ක්රම පිළිබඳව හුරුපුරුදු වූහ. සහ තවත් බොහෝ දේ.
කෙටි විස්තරයක් සහ විනිවිදක සහිත පාසලේ පවත්වන ලද දේශන 18 ක වීඩියෝවක් පහතින් ඔබට හමුවනු ඇත. තරු ලකුණින් සලකුණු කර ඇති ඒවා "*" ඉතා මූලික වන අතර පූර්ව සූදානමකින් තොරව නැරඹිය හැකිය.
1*. ඔන්කොජෙනොමික්ස් සහ පුද්ගලාරෝපිත ඔන්කොලොජි | Mikhail Pyatnitsky, ජෛව වෛද්ය රසායන විද්යා පර්යේෂණ ආයතනය
|
මිහායිල් පිළිකා ප්රවේණි විද්යාව ගැන කෙටියෙන් කතා කළ අතර පිළිකා සෛලවල පරිණාමය තේරුම් ගැනීමෙන් ඔන්කොලොජි වල ප්රායෝගික ගැටළු විසඳීමට අපට ඉඩ සලසයි. කථිකාචාර්යවරයා ඔන්කෝජීන සහ පිළිකා මර්දනය කරන්නන් අතර වෙනස පැහැදිලි කිරීම, "පිළිකා ජාන" සෙවීමේ ක්රම සහ පිළිකා වල අණුක උප වර්ග හඳුනා ගැනීම කෙරෙහි විශේෂ අවධානයක් යොමු කළේය. අවසාන වශයෙන්, මිහායිල් ඔන්කොජෙනොමික්ස් හි අනාගතය සහ ඇතිවිය හැකි ගැටළු කෙරෙහි අවධානය යොමු කළේය.
2*. පාරම්පරික පිළිකා සින්ඩ්රෝම් වල ජානමය රෝග විනිශ්චය | Andrey Afanasyev, yRisk
|
ඇන්ඩ්රි පාරම්පරික පිළිකා සින්ඩ්රෝම් ගැන කතා කළ අතර ඒවායේ ජීව විද්යාව, වසංගත රෝග සහ සායනික ප්රකාශනයන් ගැන සාකච්ඡා කළේය. දේශනයේ කොටසක් වෙන් කර ඇත්තේ ජාන පරීක්ෂාව පිළිබඳ ගැටළුව සඳහා ය - එයට භාජනය විය යුත්තේ කාටද, මේ සඳහා කරන්නේ කුමක්ද, දත්ත සැකසීමේදී සහ ප්රති results ල අර්ථ නිරූපණය කිරීමේදී ඇති වන දුෂ්කරතා මොනවාද, සහ අවසාන වශයෙන්, රෝගීන්ට සහ ඔවුන්ගේ ඥාතීන්ට එයින් ලැබෙන ප්රතිලාභ මොනවාද? .
3*. පෑන්-පිළිකා ඇට්ලස් | ජර්මානු ඩෙමිඩොව්, BIST/UPF
|
පිළිකා ප්රවේණි විද්යාව සහ එපිජෙනොමික්ස් ක්ෂේත්රයේ දශක ගණනාවක පර්යේෂණ තිබියදීත්, “ගැටිති සින්ඩ්රෝම් ඇතිවන්නේ කෙසේද, කොතැනද සහ ඇයි” යන ප්රශ්නයට පිළිතුර තවමත් අසම්පූර්ණයි. මෙයට එක් හේතුවක් වන්නේ සීමිත දත්ත කට්ටලයක් තුළ හඳුනා ගැනීමට අපහසු කුඩා විශාලත්වයේ බලපෑම් හඳුනා ගැනීම සඳහා විශාල දත්ත ප්රමාණයක් ප්රමිතිගත අත්පත් කර ගැනීමේ සහ සැකසීමේ අවශ්යතාවයයි (රසායනාගාර එකක් හෝ කිහිපයක් තුළ අධ්යයනයක් සඳහා සාමාන්ය ප්රමාණය) , නමුත් සමස්තයක් වශයෙන් පිළිකා වැනි සංකීර්ණ හා බහුකාර්ය රෝගයක විශාල කාර්යභාරයක් ඉටු කරයි.
පසුගිය වසර කිහිපය තුළ, ලෝකයේ බලවත්ම පර්යේෂණ කණ්ඩායම් බොහොමයක්, මෙම ගැටලුව පිළිබඳව දැනුවත්ව, මෙම සියලු බලපෑම් හඳුනා ගැනීමට සහ විස්තර කිරීමට උත්සාහයන් සඳහා එක්වීමට පටන් ගෙන තිබේ. හර්මන් මෙම මුල පිරීම්වලින් එකක් (The PanCancer Atlas) සහ මෙම රසායනාගාර සංගමයේ කාර්යයේ කොටසක් ලෙස ලබාගත් ප්රතිඵල ගැන කතා කළ අතර මෙම දේශනයේදී Cell හි විශේෂ කලාපයක ප්රකාශයට පත් කරන ලදී.
4. අපිජෙනටික් යාන්ත්රණ අධ්යයනයේ දී චිප්-සෙක් | Oleg Shpynov, JetBrains පර්යේෂණ
|
ජාන ප්රකාශනය නියාමනය කිරීම විවිධ ආකාරවලින් සිදු කෙරේ. ඔහුගේ දේශනයේදී, ඔලෙග් හිස්ටෝන් වෙනස් කිරීම හරහා එපිජෙනටික් නියාමනය ගැන කතා කළේය, චිප්-සෙක් ක්රමය භාවිතා කරමින් මෙම ක්රියාවලීන් අධ්යයනය කිරීම සහ ලබාගත් ප්රති results ල විශ්ලේෂණය කිරීමේ ක්රම.
5. පිළිකා පර්යේෂණයේ බහුවිද්යාව | කොන්ස්ටන්ටින් ඔකොනෙක්නිකොව්, ජර්මානු පිළිකා පර්යේෂණ මධ්යස්ථානය
|
අණුක ජීව විද්යාවේ පර්යේෂණාත්මක තාක්ෂණයන් දියුණු කිරීම සෛල, අවයව හෝ සමස්ත ජීවියාගේ පවා පුළුල් පරාසයක ක්රියාකාරී ක්රියාවලීන් පිළිබඳ අධ්යයනය ඒකාබද්ධ කිරීමට හැකි වී තිබේ. ජීව විද්යාත්මක ක්රියාවලීන්ගේ සංරචක අතර සම්බන්ධතා ඇති කර ගැනීම සඳහා, ජෙනොමික්ස්, ට්රාන්ස්ක්රිප්ටොමික්ස්, එපිජෙනොමික්ස් සහ ප්රෝටෝමික්ස් වෙතින් දැවැන්ත පර්යේෂණාත්මක දත්ත ඒකාබද්ධ කරන බහුවිද්යාව භාවිතා කිරීම අවශ්ය වේ. කොන්ස්ටන්ටින් ළමා ඔන්කොලොජි කෙරෙහි අවධානය යොමු කරමින් පිළිකා පර්යේෂණ ක්ෂේත්රයේ බහු-ඕමික්ස් භාවිතය පිළිබඳ පැහැදිලි උදාහරණ ලබා දුන්නේය.
6. තනි සෛල විශ්ලේෂණයේ බහුකාර්යතාව සහ සීමාවන් | කොන්ස්ටන්ටින් ඔකොනෙක්නිකොව්
|
තනි සෛල RNA-seq පිළිබඳ වඩාත් සවිස්තරාත්මක දේශනයක් සහ මෙම දත්ත විශ්ලේෂණය කිරීමේ ක්රම මෙන්ම ඒවා අධ්යයනය කිරීමේදී පැහැදිලි සහ සැඟවුණු ගැටළු මඟහරවා ගැනීමේ ක්රම.
7. තනි සෛල RNA-seq දත්ත විශ්ලේෂණය | කොන්ස්ටන්ටින් සයිට්සෙව්, ශාන්ත ලුවී හි වොෂින්ටන් විශ්ව විද්යාලය
|
තනි සෛල අනුපිළිවෙල පිළිබඳ හඳුන්වාදීමේ දේශනය. කොන්ස්ටන්ටින් අනුක්රමික ක්රම, රසායනාගාර කටයුතුවල දුෂ්කරතා සහ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය සහ ඒවා ජය ගැනීමට ක්රම සාකච්ඡා කරයි.
8. නැනෝපෝර අනුපිළිවෙල භාවිතා කරමින් මාංශ පේශි ඩිස්ට්රොෆි රෝග විනිශ්චය | Pavel Avdeev, ජෝර්ජ් වොෂිංටන් විශ්ව විද්යාලය
|
Oxford Nanopore තාක්ෂණය භාවිතයෙන් අනුක්රමණය කිරීම මාංශ පේශි ඩිස්ට්රොෆි වැනි රෝග සඳහා ජානමය හේතු හඳුනා ගැනීමට භාවිතා කළ හැකි වාසි ඇත. ඔහුගේ දේශනයේදී පාවෙල් මෙම රෝගය හඳුනා ගැනීම සඳහා නල මාර්ගයක් සංවර්ධනය කිරීම ගැන කතා කළේය.
9*. ජෙනෝමයේ ප්රස්තාර නිරූපණය | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
ප්රස්ථාර ආකෘති සමාන අනුපිළිවෙලවල් විශාල සංඛ්යාවක් සංයුක්ත නිරූපණය කිරීමට ඉඩ ලබා දෙන අතර ඒවා බොහෝ විට ප්රවේණි විද්යාවේදී භාවිතා වේ. ප්රස්ථාර භාවිතයෙන් ප්රවේණි අනුපිළිවෙල ප්රතිනිර්මාණය කරන්නේ කෙසේද, ඩි බෲයින් ප්රස්ථාරය භාවිතා කරන්නේ කෙසේද සහ ඇයි, එවැනි “ප්රස්ථාර” ප්රවේශයක් විකෘති සෙවීම්වල නිරවද්යතාවය වැඩි කරන්නේ කෙසේද සහ ප්රස්ථාර භාවිතයේ තවමත් නොවිසඳුණු ගැටළු මොනවාද යන්න පිළිබඳව ඉල්යා විස්තරාත්මකව කතා කළේය.
10*. විනෝදාත්මක ප්රෝටෝමික්ස් | Pavel Sinitsyn, Max Planck ජෛව රසායන විද්යා ආයතනය (කොටස් 2)
, |,
ජීවියෙකුගේ බොහෝ ජෛව රසායනික ක්රියාවලීන් සඳහා ප්රෝටීන් වගකිව යුතු අතර, මේ දක්වා ප්රෝටීන් දහස් ගණනක ප්රෝටීන සමගාමීව ගෝලීය විශ්ලේෂණය සඳහා ඇති එකම ක්රමය ප්රෝටෝමික්ස් වේ. විසඳා ඇති ගැටළු පරාසය සිත් ඇදගන්නා සුළු ය - ප්රතිදේහ සහ ප්රතිදේහජනක හඳුනාගැනීමේ සිට ප්රෝටීන දහස් ගණනක ප්රාදේශීයකරණය තීරණය කිරීම දක්වා. ඔහුගේ දේශන වලදී, Pavel මෙම ප්රෝටෝමික්ස් වල මෙම සහ වෙනත් යෙදුම්, එහි වර්තමාන සංවර්ධනය සහ දත්ත විශ්ලේෂණයේ අන්තරායන් ගැන කතා කළේය.
එකොළොස්*. අණුක සමාකරණවල මූලික මූලධර්ම | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
අණුක ගතිකත්වය පිළිබඳ හඳුන්වාදීමේ න්යායාත්මක දේශනය: එය අවශ්ය වන්නේ ඇයි, එය කරන්නේ කුමක්ද සහ මත්ද්රව්ය සංවර්ධනය සම්බන්ධයෙන් එය භාවිතා කරන්නේ කෙසේද. පාවෙල් අණුක ගතිකත්වයේ ක්රම, අණුක බල පැහැදිලි කිරීම, සම්බන්ධතා විස්තරය, “බල ක්ෂේත්රය” සහ “ඒකාබද්ධ කිරීම”, ආකෘති නිර්මාණයේ සීමාවන් සහ තවත් බොහෝ දේ කෙරෙහි අවධානය යොමු කළේය.
12*. අණුක ජීව විද්යාව සහ ජාන විද්යාව | යූරි බාර්බිටොව්, ජෛව තොරතුරු ආයතනය
, , |
ඉංජිනේරු සිසුන් සහ උපාධිධාරීන් සඳහා අණුක ජීව විද්යාව සහ ජාන විද්යාව පිළිබඳ කොටස් තුනකින් යුත් හැඳින්වීමක්. පළමු දේශනය නවීන ජීව විද්යාවේ සංකල්ප, ප්රවේණි ව්යුහයේ ගැටළු සහ විකෘති ඇතිවීම ගැන සාකච්ඡා කරයි. දෙවැන්න ජාන ක්රියාකාරිත්වය, පිටපත් කිරීමේ ක්රියාවලීන් සහ පරිවර්තන ක්රියාවලීන් විස්තරාත්මකව ආවරණය කරයි, තෙවනුව ජාන ප්රකාශනය නියාමනය කිරීම සහ මූලික අණුක ජීව විද්යාත්මක ක්රම ආවරණය කරයි.
13*. NGS දත්ත විශ්ලේෂණයේ මූලධර්ම | යූරි බාර්බිටොව්, ජෛව තොරතුරු ආයතනය
|
දේශනය දෙවන පරම්පරාවේ අනුපිළිවෙල (NGS) ක්රම, ඒවායේ වර්ග සහ ලක්ෂණ විස්තර කරයි. අනුපිළිවෙලින් දත්ත "ප්රතිදානය" ව්යුහගත කර ඇති ආකාරය, එය විශ්ලේෂණය සඳහා පරිවර්තනය කරන ආකාරය සහ එය සමඟ වැඩ කිරීමට ක්රම මොනවාද යන්න කථිකාචාර්යවරයා විස්තරාත්මකව විස්තර කරයි.
14*. විධාන රේඛාව භාවිතා කරමින්, පුහුණු වන්න | Gennady Zakharov, EPAM
විධාන රේඛාවේ ප්රයෝජනවත් විධාන පිළිබඳ ප්රායෝගික දළ විශ්ලේෂණයක් Linux, විකල්ප සහ ඒවායේ භාවිතයේ මූලික කරුණු. උදාහරණ අනුක්රමික DNA අනුපිළිවෙල විශ්ලේෂණය කෙරෙහි අවධානය යොමු කර ඇත. සම්මත මෙහෙයුම් වලට අමතරව Linux (උදාහරණයක් ලෙස, cat, grep, sed, awk) අනුපිළිවෙලවල් සමඟ වැඩ කිරීම සඳහා උපයෝගිතා (samtools, bedtools) සලකා බලනු ලැබේ.
15*. කුඩා දරුවන් සඳහා දත්ත දෘශ්යකරණය | නිකිටා ඇලෙක්සෙව්, ITMO විශ්ව විද්යාලය
|
සෑම කෙනෙකුම තමන්ගේම විද්යාත්මක ව්යාපෘතිවල ප්රතිඵල නිදර්ශනය කිරීම හෝ අන් අයගේ රූප සටහන්, ප්රස්තාර සහ පින්තූර තේරුම් ගැනීමේ අත්දැකීම් ලබා ඇත. නිකිටා ප්රස්ථාර සහ රූප සටහන් නිවැරදිව අර්ථ නිරූපණය කරන්නේ කෙසේදැයි කීවාය, ඒවායින් ප්රධාන දේ ඉස්මතු කරයි; පැහැදිලි පින්තූර අඳින්නේ කෙසේද. කථිකාචාර්යවරයා ලිපියක් කියවීමේදී හෝ වෙළඳ දැන්වීම් නැරඹීමේදී සොයා බැලිය යුතු දේද අවධාරණය කළේය.
16*. Bioinformatics වෘත්තීන් | Victoria Korzhova, Max Planck ජෛව රසායන විද්යා ආයතනය
වීඩියෝ: , |
වික්ටෝරියා විදේශයන්හි අධ්යයන විද්යාවේ ව්යුහය ගැන සහ උපාධි අපේක්ෂකයෙකු, උපාධිධාරියෙකු හෝ උපාධි අපේක්ෂකයෙකු ලෙස විද්යාව හෝ කර්මාන්තයේ වෘත්තියක් ගොඩනැගීමට ඔබ අවධානය යොමු කළ යුතු දේ ගැන කතා කළාය.
17*. විද්යාඥයෙකු සඳහා CV එකක් ලියන ආකාරය | Victoria Korzhova, Max Planck ජෛව රසායන විද්යා ආයතනය
CV හි තැබිය යුතු දේ සහ ඉවත් කළ යුතු දේ? විභව රසායනාගාර කළමනාකරුවෙකුට උනන්දුවක් දක්වන කරුණු මොනවාද, සහ සඳහන් නොකිරීමට වඩා හොඳ මොනවාද? ඔබේ ජීව දත්ත පත්රය කැපී පෙනෙන ලෙස සකස් කිරීම සඳහා ඔබ තොරතුරු සකස් කළ යුත්තේ කෙසේද? දේශනය මෙම සහ වෙනත් ප්රශ්නවලට පිළිතුරු ලබා දෙනු ඇත.
18*. ජෛව තොරතුරු වෙළඳපොළ ක්රියා කරන ආකාරය | Andrey Afanasyev, yRisk
|
වෙළඳපල ක්රියා කරන්නේ කෙසේද සහ ජෛව තොරතුරු විද්යාඥයෙකුට වැඩ කළ හැක්කේ කොතැනින්ද? මෙම ප්රශ්නයට පිළිතුර විස්තරාත්මකව, උදාහරණ සහ උපදෙස් සහිතව, Andrey ගේ දේශනය තුළ ඉදිරිපත් කර ඇත.
අවසානය
ඔබ දැක ඇති පරිදි, පාසලේ දේශන මාතෘකා වලින් තරමක් පුළුල් ය - අණුක ආකෘති නිර්මාණය සහ ජෙනෝම එකලස් කිරීම සඳහා ප්රස්තාර භාවිතා කිරීම, තනි සෛල විශ්ලේෂණය සහ විද්යාත්මක වෘත්තියක් ගොඩනැගීම දක්වා. Bioinformatics ආයතනයේ අපි හැකිතාක් ජෛව තොරතුරු විෂයයන් ආවරණය කිරීම සඳහා විවිධ මාතෘකා පාසල් වැඩසටහනට ඇතුළත් කිරීමට උත්සාහ කරමු, එවිට සෑම සහභාගිවන්නෙකුටම අලුත් සහ ප්රයෝජනවත් යමක් ඉගෙන ගත හැකිය.
ජෛව තොරතුරු විද්යාව පිළිබඳ මීළඟ පාසල 29 ජූලි 3 සිට අගෝස්තු 2019 දක්වා මොස්කව් අසල පැවැත්වේ. . මෙම වසරේ මාතෘකාව සංවර්ධන ජීව විද්යාව සහ වයස්ගත පර්යේෂණ වල ජෛව තොරතුරු විද්යාව වේ.
ජෛව තොරතුරු විද්යාව ගැඹුරින් හැදෑරීමට කැමති අය සඳහා, අපි තවමත් අපගේ අයදුම්පත් භාර ගනිමින් සිටිමු ශාන්ත පීටර්ස්බර්ග්හි. නැතහොත් මෙම වැටීම මොස්කව්හි වැඩසටහන විවෘත කිරීම පිළිබඳ අපගේ ප්රවෘත්ති අනුගමනය කරන්න.
ශාන්ත පීටර්ස්බර්ග් හෝ මොස්කව්හි නොසිටින නමුත් ඇත්ත වශයෙන්ම ජෛව තොරතුරු විද්යාඥයෙකු වීමට අවශ්ය අය සඳහා, අපි සූදානම් කර ඇත. ඇල්ගොරිතම, වැඩසටහන්කරණය, ජාන විද්යාව සහ ජීව විද්යාව.
අපිටත් දුසිම් ගණන් තියෙනවා , ඔබට දැන් ගමන් ආරම්භ කළ හැක.
2018 දී, ජෛව තොරතුරු පිළිබඳ ගිම්හාන පාසල අපගේ නිත්ය හවුල්කරුවන් වන JetBrains, BIOCAD සහ EPAM යන සමාගම්වල සහාය ඇතිව පැවැත්විණි, ඒ සඳහා අපි ඔවුන්ට බෙහෙවින් ස්තූතිවන්ත වෙමු.
Bioinformatics හැමෝටම!
PS ඔබ එය ප්රමාණවත් යැයි නොසිතුවේ නම්, и .
මූලාශ්රය: www.habr.com
