Lehlabuleng la 2018, sekolo sa selemo sa selemo sa bioinformatics se ne se tšoaretsoe haufi le St. Petersburg, moo baithuti ba 100 ba liithuti tse phahameng le ba fumaneng mangolo ba tlileng ho ithuta bioinformatics le ho ithuta ka tšebeliso ea eona likarolong tse sa tšoaneng tsa baeloji le meriana.
Sepheo se seholo sa sekolo e ne e le lipatlisisong tsa mofetše, empa ho ne ho e-na le lipuo tse mabapi le likarolo tse ling tsa bioinformatics, ho tloha ho thuto ea ho iphetola ha lintho ho ea ho tlhahlobo ea data ea tatellano ea sele e le 'ngoe. Ha beke e ntse e tsoela pele, bashanyana ba ile ba ithuta ho sebetsa le data ea tatellano ea moloko o latelang, e hlophisitsoeng ho Python le R, ba sebelisa lisebelisoa tse tloaelehileng tsa bioinformatics le meralo, ba tloaelane le mekhoa ea litsamaiso tsa baeloji, liphatsa tsa lefutso tsa baahi le mohlala oa lithethefatsi ha ba ithuta lihlahala, le tse ling tse ngata.
Ka tlaase u tla fumana video ea lipuo tse 18 tse fanoeng sekolong, tse nang le tlhaloso e khutšoanyane le li-slide. Tse tšoailoeng ka naleli “*” li bohlokoa haholo 'me li ka shejoa ntle le ho itokisa pele.
1*. Oncogenomics le oncology ea motho ka mong | Mikhail Pyatnitsky, Setsi sa Lipatlisiso sa Biomedical Chemistry
|
Mikhail o buile ka bokhutšoanyane ka li-tumor genomics le kamoo ho utloisisa ho iphetola ha lisele tsa mofetše ho re lumellang ho rarolla mathata a sebetsang ho oncology. Morupeli o ile a ela hloko ka ho khetheha ho hlalosa phapang pakeng tsa li-oncogenes le li-tumor suppressors, mekhoa ea ho batla "liphatsa tsa lefutso tsa kankere" le ho khetholla mefuta e nyenyane ea limolek'hule ea lihlahala. Qetellong, Mikhail o ile a ela hloko bokamoso ba oncogenomics le mathata a ka 'nang a hlaha.
2*. Tlhahlobo ea liphatsa tsa lefutso tsa lefutso la lefutso la syndromes | Andrey Afanasyev, y Risk
|
Andrey o buile ka lefutso la lefutso la lefutso mme a bua ka biology ea bona, lefu la seoa le lipontšo tsa bona tsa bongaka. Karolo ea puo e nehetsoe tabeng ea tlhahlobo ea liphatsa tsa lefutso - hore na ke mang ea lokelang ho e etsa, ho etsoa eng bakeng sa sena, ke mathata afe a hlahang ho sebetsana le data le ho hlalosa liphello, 'me, qetellong, ke melemo efe eo e e tlisetsang bakuli le beng ka bona. .
3*. The Pan-Cancer Atlas | Jeremane Demidov, BIST/UPF
|
Ho sa tsotellehe lilemo tse mashome tsa lipatlisiso lefapheng la kankere ea genomics le epigenomics, karabo ea potso e reng "joang, hokae le hore na ke hobane'ng ha li-tumor syndromes li hlaha" e ntse e sa fella. Lebaka le leng la sena ke tlhokahalo ea ho fumana le ho sebetsa ka mokhoa o tloaelehileng oa palo e kholo ea data e le ho lemoha litlamorao tsa boholo bo bonyenyane boo ho leng thata ho bo lemoha ka sete e lekanyelitsoeng ea data (boholo bo tloaelehileng bakeng sa thuto ka har'a laboratori e le 'ngoe kapa tse' maloa). , empa eo ka kakaretso e bapalang karolo e kholo ho lefu le rarahaneng le mefuta e mengata joalo ka mofets'e.
Lilemong tse 'maloa tse fetileng, lihlopha tse ngata tsa lefats'e tse matla ka ho fetisisa tsa lipatlisiso, tse tsebang bothata bona, li qalile ho ikopanya ho leka ho lemoha le ho hlalosa liphello tsena kaofela. Herman o buile ka e 'ngoe ea matsapa ana (The PanCancer Atlas) le liphetho tse fumanoeng e le karolo ea mosebetsi oa sehlopha sena sa lilaboratori mme e phatlalalitsoe khatisong e khethehileng ea Cell puong ena.
4. ChIP-Seq thutong ea mekhoa ea epigenetic | Oleg Shpynov, Lipatlisiso tsa JetBrains
|
Taolo ea polelo ea liphatsa tsa lefutso e etsoa ka mekhoa e fapaneng. Thutong ea hae, Oleg o ile a bua ka taolo ea epigenetic ka phetoho ea histone, ho ithuta ka mekhoa ena ho sebelisa mokhoa oa ChIP-seq le mekhoa ea ho hlahloba liphello tse fumanoeng.
5. Multiomics ho Patlisiso ea Kankere | Konstantin Okonechnikov, Setsi sa Lipatlisiso sa Kankere sa Jeremane
|
Nts'etsopele ea mahlale a liteko ho baeloji ea limolek'hule e entse hore ho khonehe ho kopanya boithuto ba mefuta e mengata e fapaneng ea ts'ebetso ea lisele, litho tsa 'mele kapa esita le sebopuoa sohle. Ho theha likhokahano lipakeng tsa likarolo tsa ts'ebetso ea baeloji, hoa hlokahala ho sebelisa li-multiomics, tse kopanyang lintlha tse ngata tsa liteko tse tsoang ho genomics, transcriptomics, epigenomics le proteomics. Konstantin o fane ka mehlala e hlakileng ea ts'ebeliso ea li-multi-omics lefapheng la lipatlisiso tsa mofets'e a tsepamisitse maikutlo ho oncology ea bana.
6. Mefuta e sa tšoaneng le Meeli ea Tlhahlobo ea Cell e le 'Ngoe | Konstantin Okonechnikov
|
Thuto e qaqileng haholoanyane mabapi le sele e le 'ngoe ea RNA-seq le mekhoa ea ho hlahloba lintlha tsena, hammoho le litsela tsa ho hlōla mathata a totobetseng le a patiloeng ha u ithuta tsona.
7. Tlhahlobo ea data e le 'ngoe ea RNA-seq | Konstantin Zaitsev, Univesithi ea Washington e St. Louis
|
Puo ea selelekela mabapi le tatellano ea sele e le 'ngoe. Konstantin o bua ka mekhoa ea tatellano, mathata mosebetsing oa laboratori le tlhahlobo ea bioinformatics, le litsela tsa ho li hlōla.
8. Ho hlahlojoa ha mesifa ea mesifa ho sebelisa nanopore sequencing | Pavel Avdeev, Univesithi ea George Washington
|
Ho latellana ho sebelisa theknoloji ea Oxford Nanopore ho na le melemo e ka sebelisoang ho khetholla lisosa tsa lefutso tsa mafu a kang muscular dystrophy. Puong ea hae, Pavel o buile ka nts'etsopele ea phaephe ea ho hlahloba lefu lena.
9*. Kemelo ea kerafo ea genome | Ilya Minkin, Univesithi ea Naha ea Pennsylvania
|
Mehlala ea kerafo e lumella setšoantšo se kopaneng sa palo e kholo ea tatellano e ts'oanang 'me hangata e sebelisoa ho genomics. Ilya o ile a bua ka ho qaqileng mabapi le hore na tatellano ea liphatsa tsa lefutso e tsosolosoa joang ka ho sebelisa li-graph, joang le hore na ke hobane'ng ha graph ea de Bruin e sebelisoa, mokhoa o joalo oa "graph" o eketsa ho nepahala ha lipatlisiso tsa phetoho ea liphatsa tsa lefutso, le hore na ke mathata afe a sa rarolloang ka tšebeliso ea li-graph a ntse a le teng.
10*. Liprotheine tse monate | Pavel Sinitsyn, Max Planck Institute of Biochemistry (likarolo tse peli)
, |,
Liprotheine ke tsona tse ikarabellang bakeng sa lits'ebetso tse ngata tsa biochemical nthong e phelang, 'me ho fihlela hajoale proteomics ke eona feela mokhoa oa tlhahlobo ea lefats'e ea boemo ba liprotheine tse likete ka nako e le ngoe. Letoto la mathata a rarollotsoeng lea tsoteha - ho tloha ho tsebahatsa li-antibodies le li-antigen ho ea ho fumana sebaka sa liprotheine tse likete tse 'maloa. Lipuong tsa hae, Pavel o buile ka lits'ebetso tsena le tse ling tsa proteomics, nts'etsopele ea eona ea hajoale le maraba a tlhahlobo ea data.
leshome le motso o mong*. Melao-motheo ea motheo ea lipapiso tsa limolek'hule | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Selelekela sa thuto ea theory mabapi le matla a limolek'hule: hobaneng e hlokahala, seo e se etsang le hore na e sebelisoa joang mabapi le nts'etsopele ea lithethefatsi. Pavel o ile a ela hloko mekhoa ea matla a limolek'hule, tlhaloso ea matla a limolek'hule, tlhaloso ea likhokahano, likhopolo tsa "force field" le "integration", mefokolo ea ho etsa mohlala, le tse ling tse ngata.
12*. Biology ea Limolek'hule le Liphatsa tsa lefutso | Yuri Barbitov, Setsi sa Bioinformatics
, , |
Kenyelletso ea likarolo tse tharo ho baeloji ea limolek'hule le liphatsa tsa lefutso bakeng sa baithuti ba boenjiniere le ba fumaneng mangolo. Puo ea pele e bua ka maikutlo a baeloji ea sejoale-joale, litaba tsa sebopeho sa genome le ho hlaha ha liphetoho. Ea bobeli e akaretsa ka botlalo litaba tsa tšebetso ea liphatsa tsa lefutso, tšebetso ea ho ngola le ho fetolela, ea boraro e akaretsa taolo ea liphatsa tsa lefutso le mekhoa ea motheo ea baeloji ea limolek'hule.
13*. Melao-motheo ea Tlhahlobo ea Boitsebiso ba NGS | Yuri Barbitov, Setsi sa Bioinformatics
|
Puo e hlalosa mekhoa ea tatellano ea moloko oa bobeli (NGS), mefuta le litšobotsi tsa eona. Morupeli o hlalosa ka botlalo hore na "sephetho" sa data se tsoang ho sequencer se hlophisitsoe joang, hore na se fetoloa joang bakeng sa tlhahlobo, le mekhoa ea ho sebetsa le eona ke efe.
14*. U sebelisa mola oa taelo, itloaetse | Gennady Zakharov, EPAM
Kakaretso e sebetsang ea litaelo tse thusang moleng oa taelo Linux, dikgetho, le metheo ya tshebediso ya tsona. Mehlala e shebane le tlhahlobo ya tatellano ya DNA. Ntle le tshebetso e tloaelehileng Linux (mohlala, lits'ebeletso tsa cat, grep, sed, awk) bakeng sa ho sebetsa ka tatellano (lisamosebetsi, lithulusi tsa bethe) lia nahanoa.
15*. Pono ea data bakeng sa bana ba banyenyane | Nikita Alekseev, Univesithi ea ITMO
|
Motho e mong le e mong o bile le boiphihlelo ba ho hlahisa liphetho tsa merero ea bona ea mahlale kapa ho utloisisa litšoantšo tsa batho ba bang, kerafo le litšoantšo. Nikita o ile a bolela mokhoa oa ho hlalosa ka nepo lirafshoa le litšoantšo, a totobatsa ntho e ka sehloohong ho bona; mokhoa oa ho taka litšoantšo tse hlakileng. Morupeli o boetse a totobatsa seo u lokelang ho se sheba ha u bala sengoloa kapa u shebelletse khoebo.
16*. Mesebetsi ho Bioinformatics | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Video: , |
Victoria o buile ka sebopeho sa mahlale a thuto kantle ho naha le seo o hlokang ho se ela hloko ho aha mosebetsi oa mahlale kapa indasteri joalo ka seithuti sa pele, se fumaneng mangolo kapa se fumaneng mangolo.
17*. Mokhoa oa ho ngola CV bakeng sa rasaense | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biochemistry
Seo u lokelang ho se siea ho CV le seo u lokelang ho se tlosa? Ke lintlha life tse tla khahla mookameli oa lab ea ka bang teng, 'me ke life tseo ho leng molemo hore re se ke ra li bua? U lokela ho hlophisa lintlha joang ho etsa hore resume ea hau e hlahelle? Puo e tla fana ka likarabo tsa lipotso tsena le tse ling.
18*. Kamoo maraka a bioinformatics a sebetsang kateng | Andrey Afanasyev, y Risk
|
Mmaraka o sebetsa joang, 'me setsebi sa bioinformatics se ka sebetsa hokae? Karabo ea potso ena e hlahisoa ka ho qaqileng, ka mehlala le keletso, puong ea Andrey.
Bofelo
Joalokaha e ka 'na eaba u hlokometse, lithuto tsa sekolo li pharaletseng haholo litabeng - ho tloha ho mohlala oa limolek'hule le tšebeliso ea li-graph bakeng sa ho kopanya genome, ho ea ho tlhahlobo ea lisele tse le 'ngoe le ho haha mosebetsi oa saense. Rōna Setsing sa Bioinformatics re leka ho kenyelletsa lihlooho tse fapaneng lenaneong la sekolo e le hore re koahele lithuto tse ngata tsa bioinformatics kamoo ho ka khonehang, le hore monkakarolo e mong le e mong a ithute ntho e ncha le e molemo.
Sekolo se latelang sa bioinformatics se tla tšoaroa ho tloha ka July 29 ho ea ho August 3, 2019 haufi le Moscow. . Sehlooho sa selemo sena e tla ba bioinformatics ho baeloji ea nts'etsopele le lipatlisiso tsa botsofali.
Bakeng sa ba batlang ho ithuta bioinformatics ka botebo, re ntse re amohela likopo tsa rona St. Petersburg. Kapa latela litaba tsa rona mabapi le ho buloa ha lenaneo Moscow hoetla hona.
Bakeng sa ba seng St. Petersburg kapa Moscow, empa ba hlile ba batla ho ba bioinformatics, re lokiselitse ka dikgatotharabololo, mananeo, genetics le biology.
Re boetse re na le tse ngata , eo u ka qalang ho feta ho eona hona joale.
Ka 2018, sekolo sa lehlabula sa bioinformatics se ile sa tšoaroa ka tšehetso ea balekane ba rona ba kamehla - lik'hamphani JetBrains, BIOCAD le EPAM, tseo re li lebohang haholo.
Bioinformatics bohle!
PS Haeba u ne u sa nahane hore ho lekane, и .
Source: www.habr.com
