Dina usum panas 2018, hiji sakola usum panas taunan di bioinformatics dilaksanakeun deukeut St.
Fokus utama sakola nyaéta kana panalungtikan kanker, tapi aya ceramah ngeunaan daérah bioinformatika sanés, mimitian ti évolusi dugi ka analisa data sekuen sél tunggal. Sapanjang saminggu, budak lalaki diajar damel sareng data sekuensing generasi salajengna, diprogram dina Python sareng R, ngagunakeun alat sareng kerangka bioinformatika standar, janten akrab sareng metode biologi sistem, genetika populasi sareng modél ubar nalika diajar tumor. sareng seueur deui.
Di handap ieu anjeun bakal mendakan pidéo 18 ceramah anu dipasihkeun di sakola, kalayan pedaran ringkes sareng slide. Anu ditandaan ku tanda bintang "*" cukup dasar sareng tiasa ditingali tanpa persiapan sateuacana.
1*. Oncogenomics sareng onkologi pribadi | Mikhail Pyatnitsky, Institut Panalungtikan Kimia Biomédis
|
Mikhail nyarios sakedap ngeunaan génomics tumor sareng kumaha ngartos évolusi sél kanker ngamungkinkeun urang pikeun ngarengsekeun masalah praktis dina onkologi. Dosén nengetan khusus pikeun ngajelaskeun bédana antara onkogén sareng suppressor tumor, metode pikeun milarian "gén kanker" sareng ngaidentipikasi subtipe molekular tumor. Dina kacindekan, Mikhail nengetan masa depan oncogenomics jeung masalah anu bisa timbul.
2*. Diagnosis genetik sindrom tumor turunan | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Andrey nyarioskeun ngeunaan sindrom tumor turunan sareng ngabahas biologina, epidemiologi sareng manifestasi klinis. Bagian tina ceramah dikhususkeun pikeun masalah tés genetik - saha anu kedah ngajalanan éta, naon anu dilakukeun pikeun ieu, kasusah naon anu timbul dina ngolah data sareng napsirkeun hasil, sareng, tungtungna, naon mangpaatna pikeun pasien sareng baraya. .
3*. The Pan-kanker Atlas | Jerman Demidov, BIST / UPF
|
Sanajan puluhan taun panalungtikan dina widang génomics kanker sarta epigenomics, jawaban kana patarosan "kumaha, dimana jeung naha sindrom tumor timbul" masih teu lengkep. Salah sahiji alesan pikeun ieu nyaéta kabutuhan pikeun akuisisi standar sareng ngolah data anu ageung pikeun ngadeteksi épék anu ageungna anu sesah dideteksi dina set data kawates (ukuran anu khas pikeun ulikan dina hiji atanapi sababaraha laboratorium) , tapi nu dina agrégat maénkeun peran signifikan peran badag dina misalna kasakit kompléks jeung multifaktorial kayaning kanker.
Dina sababaraha taun ka pengker, seueur kelompok panaliti pangkuatna di dunya, sadar kana masalah ieu, parantos ngamimitian ngahijikeun kakuatan dina usaha pikeun ngadeteksi sareng ngajelaskeun sadaya épék ieu. Herman spoke ngeunaan salah sahiji inisiatif ieu (The PanCancer Atlas) jeung hasil diala salaku bagian tina karya konsorsium ieu laboratorium sarta diterbitkeun dina isu husus ngeunaan Cell dina kuliah ieu.
4. ChIP-Seq dina ulikan mékanisme epigenetic | Oleg Shpynov, Panalungtikan JetBrains
|
Pangaturan éksprési gén dilaksanakeun ku sababaraha cara. Dina ceramahna, Oleg nyarioskeun ngeunaan régulasi epigenetik ngaliwatan modifikasi histone, ngulik prosés ieu nganggo metode ChIP-seq sareng metode pikeun nganalisis hasil anu diala.
5. Multiomics dina Kangker Panalungtikan | Konstantin Okonechnikov, Pusat Panaliti Kangker Jérman
|
Ngembangkeun téknologi ékspérimén dina biologi molekular ngamungkinkeun pikeun ngagabungkeun ulikan ngeunaan rupa-rupa prosés fungsional dina sél, organ atanapi bahkan sadayana organisme. Pikeun ngadegkeun sambungan antara komponén prosés biologis, perlu ngagunakeun multiomics, nu ngagabungkeun data ékspérimén masif ti génomics, transcriptomics, epigenomics na proteomics. Konstantin masihan conto anu jelas ngeunaan panggunaan multi-omics dina widang panalungtikan kanker kalayan fokus kana onkologi murangkalih.
6. Versatility sarta Watesan Analisis Sél Tunggal | Konstantin Okonechnikov
|
Kuliah anu langkung detil ngeunaan RNA-seq sél tunggal sareng metode pikeun nganalisis data ieu, ogé cara pikeun ngatasi masalah anu jelas sareng disumputkeun nalika diajar.
7. Analisis data RNA-seq sél tunggal | Konstantin Zaitsev, Universitas Washington di St
|
Kuliah bubuka ngeunaan sequencing sél tunggal. Konstantin ngabahas métode sequencing, kasusah dina karya laboratorium sarta analisis bioinformatika, sarta cara pikeun nungkulan aranjeunna.
8. Diagnosis dystrophy muscular ngagunakeun sequencing nanopore | Pavel Avdeev, Universitas George Washington
|
Sequencing nganggo téknologi Oxford Nanopore gaduh kaunggulan anu tiasa dianggo pikeun ngaidentipikasi panyabab genetik panyakit sapertos distrofi otot. Dina ceramahna, Pavel nyarioskeun ngeunaan ngembangkeun pipa pikeun ngadiagnosa panyakit ieu.
9*. Répréséntasi grafik génom | Ilya Minkin, Pennsylvania State University
|
Modél grafik ngamungkinkeun répréséntasi kompak tina sajumlah badag runtuyan sarupa jeung mindeng dipaké dina génomics. Ilya spoke di jéntré ngeunaan kumaha urutan génomik anu rekonstruksi ngagunakeun grafik, kumaha jeung naha grafik de Bruin dipaké, sabaraha pendekatan "grafik" misalna ngaronjatkeun akurasi pilarian mutasi, sarta naon masalah teu kaungkab dina pamakéan grafik masih tetep.
10*. proteomics ngahibur | Pavel Sinitsyn, Institut Biokimia Max Planck (2 bagian)
, |,
Protéin tanggung jawab pikeun kalolobaan prosés biokimiawi dina organisme hirup, sareng sajauh ieu proteomik mangrupikeun hiji-hijina metode pikeun analisa global kaayaan rébu protéin sakaligus. Kisaran masalah anu direngsekeun matak pikaresepeun - tina ngaidentipikasi antibodi sareng antigén dugi ka nangtukeun lokalisasi sababaraha rébu protéin. Dina ceramahna, Pavel nyarioskeun ngeunaan ieu sareng aplikasi proteomik sanésna, pamekaran ayeuna sareng pitfalls dina analisis data.
sabelas*. Prinsip dasar simulasi molekular | Pavel Yakovlev, BIOCAD
|
Kuliah téoritis bubuka dina dinamika molekular: naha éta diperlukeun, naon hancana na kumaha eta dipaké dina hubungan ngembangkeun ubar. Pavel nengetan métode dinamika molekular, katerangan gaya molekular, pedaran sambungan, konsép "médan gaya" jeung "integrasi", watesan dina modeling, sarta leuwih.
12*. Biologi Molekul jeung Genetika | Yuri Barbitov, Institute of Bioinformatics
, , |
Perkenalan tilu bagian pikeun biologi molekular sareng genetika pikeun mahasiswa rékayasa sareng lulusan. Kuliah kahiji ngabahas konsép biologi modern, masalah struktur génom jeung lumangsungna mutasi. Anu kadua nyertakeun sacara rinci masalah fungsi gen, prosés transkripsi sareng tarjamahan, anu katilu nyertakeun pangaturan éksprési gén sareng metode biologis molekular dasar.
13*. Prinsip Analisis Data NGS | Yuri Barbitov, Institute of Bioinformatics
|
Kuliah ngajelaskeun métode sequencing generasi kadua (NGS), jenis sarta ciri maranéhanana. Dosén ngajelaskeun sacara rinci kumaha "output" data tina sequencer disusun, kumaha dikonvérsi pikeun dianalisis, sareng kumaha cara ngerjakeunana.
14*. Ngagunakeun garis paréntah, latihan | Gennady Zakharov, EPAM
Tinjauan praktis ngeunaan paréntah garis paréntah Linux anu mangpaat, pilihan sareng dasar-dasar ngagunakeunana. Conto-conto fokus kana analisis runtuyan DNA anu diurutkeun. Salian operasi Linux Ubuntu baku (contona, ucing, grep, sed, awk), utilitas pikeun gawé bareng runtuyan (samtools, bedtools) dianggap.
15*. Visualisasi data pikeun budak leutik | Nikita Alekseev, Universitas ITMO
|
Sarerea geus ngalaman pangalaman ngagambarkeun hasil proyék ilmiah sorangan atawa ngarti diagram, grafik jeung gambar jalma séjén. Nikita ngawartoskeun kumaha leres napsirkeun grafik sareng diagram, nyorot hal utama ti aranjeunna; kumaha ngagambar gambar jelas. Dosén ogé ngantebkeun naon anu kudu dipilarian nalika maca artikel atanapi ningali iklan.
16*. Karir di Bioinformatika | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biokimia
video: , |
Victoria nyarios ngeunaan struktur élmu akademik di luar negeri sareng naon anu anjeun kedah perhatikeun pikeun ngawangun karir dina élmu atanapi industri salaku sarjana, lulusan atanapi mahasiswa pascasarjana.
17*. Kumaha carana nyerat CV pikeun élmuwan | Victoria Korzhova, Max Planck Institute of Biokimia
Naon anu kedah ditinggalkeun dina CV sareng naon anu kedah dipiceun? Fakta naon anu bakal dipikaresep ku manajer lab poténsial, sareng mana anu langkung saé henteu disebatkeun? Kumaha anjeun kedah ngatur inpormasi supados resume anjeun katingali? Kuliah bakal masihan jawaban kana ieu sareng patarosan sanésna.
18*. Kumaha pasar bioinformatika jalan | Andrey Afanasyev, yRisk
|
Kumaha jalanna pasar sareng dimana tiasa damel bioinformatika? Jawaban kana patarosan ieu dijelaskeun sacara rinci, kalayan conto sareng naséhat, dina ceramah Andrei.
ahir
Sakumaha anjeun tiasa perhatikeun, ceramah di sakola cukup lega dina topik - tina modél molekular sareng panggunaan grafik pikeun rakitan génom, kana analisa sél tunggal sareng ngawangun karir ilmiah. Kami di Institute of Bioinformatics nyobian ngalebetkeun rupa-rupa topik dina program sakola pikeun nutupan saloba-lobana disiplin bioinformatika, sareng supados unggal pamilon diajar anu énggal sareng mangpaat.
Sakola salajengna dina bioinformatika bakal dilaksanakeun ti 29 Juli dugi ka 3 Agustus 2019 caket Moskow. . Topik taun ieu bakal bioinformatika dina biologi pangembangan sareng panilitian sepuh.
Pikeun anu hoyong diajar bioinformatika sacara jero, kami masih nampi aplikasi pikeun kami di St. Petersburg. Atawa turutan warta urang ngeunaan bubuka program di Moscow ragrag ieu.
Pikeun maranéhanana anu teu di St Petersburg atanapi Moscow, tapi rék jadi bioinformatician a, kami geus disiapkeun dina algoritma, programming, genetika jeung biologi.
Urang ogé boga puluhan , anu anjeun tiasa ngamimitian ayeuna.
Dina 2018, sakola usum panas di bioinformatics dilaksanakeun kalayan dukungan mitra biasa kami - perusahaan JetBrains, BIOCAD sareng EPAM, anu kami hatur nuhun pisan.
Bioinformatika sadayana!
PS Upami anjeun henteu nganggap éta cekap, и .
sumber: www.habr.com