2018年夏天，一年一度的生物資訊學暑期學校在聖彼得堡附近舉行，100名本科生和研究生來到這裡學習生物資訊學，了解其在生物學和醫學各個領域的應用。
學校的主要重點是癌症研究，但也有生物資訊學其他領域的講座，從演化到單細胞定序資料分析。 在一週的時間裡，這些人學會如何使用Python 和R 編程的下一代定序數據，使用標準生物資訊工具和框架，在研究腫瘤時熟悉系統生物學、群體遺傳學和藥物建模的方法，以及更多。
下面您將看到學校舉辦的 18 場講座的視頻，並附有簡要說明和幻燈片。 帶有星號“*”的內容非常基礎，無需事先準備即可觀看。
1*。 腫瘤基因組學和個性化腫瘤學| Mikhail Pyatnitsky，生物醫學化學研究所
|
米哈伊爾簡要介紹了腫瘤基因組學以及了解癌細胞的進化如何幫助我們解決腫瘤學中的實際問題。 講師特別注重講解癌基因和抑癌基因的區別、尋找「癌基因」的方法以及識別腫瘤分子亞型的方法。 總之，Mikhail關注了腫瘤基因組學的未來以及可能出現的問題。
2*。 遺傳性腫瘤綜合症的基因診斷| 安德烈·阿法納西耶夫，yRisk
|
安德烈談到了遺傳性腫瘤綜合徵，並討論了它們的生物學、流行病學和臨床表現。 講座的一部分專門討論基因檢測的問題——誰需要接受基因檢測，為此做了什麼，在處理數據和解釋結果時會出現哪些困難，最後，它會給患者及其親屬帶來什麼好處。
3*。 泛癌症圖譜| 德國傑米多夫，BIST/UPF
|
儘管在癌症基因組學和表觀基因組學領域進行了數十年的研究，但「腫瘤綜合徵如何、在何處以及為何出現」這一問題的答案仍然不完整。 原因之一是需要對大量數據進行標準化採集和處理，以便檢測在有限數據集中（一個或多個實驗室內的研究的典型規模）中難以檢測的小幅度影響。 ，但總的來說，它在癌症這樣複雜和多因素的疾病中發揮著巨大的作用。
在過去的幾年裡，世界上許多最強大的研究小組意識到了這個問題，開始聯手嘗試檢測和描述所有這些影響。 赫爾曼在本次演講中談到了其中一項舉措（泛癌圖譜）以及作為該實驗室聯盟工作的一部分而獲得的結果，並發表在《細胞》特刊上。
4. ChIP-Seq在表觀遺傳機制研究的應用 | Oleg Shpynov，JetBrains 研究部
|
基因表現的調控以不同的方式進行。 在演講中，Oleg 談到了透過組蛋白修飾進行表觀遺傳調控、使用 ChIP-seq 方法研究這些過程以及分析所得結果的方法。
5.癌症研究中的多組學| Konstantin Okonechnikov，德國癌症研究中心
|
分子生物學實驗技術的發展使得將細胞、器官甚至整個生物體的多種功能過程的研究結合起來成為可能。 為了建立生物過程各組成部分之間的聯繫，有必要使用多元組學，它結合了來自基因組學、轉錄組學、表觀基因組學和蛋白質組學的大量實驗數據。 康斯坦丁給出了在癌症研究領域使用多組學的明確例子，重點是兒科腫瘤學。
6. 單細胞分析的多功能性和限制| 康斯坦丁·奧科涅奇尼科夫
|
關於單細胞 RNA-seq 和分析這些數據的方法的更詳細的講座，以及在研究它們時克服明顯和隱藏問題的方法。
7. 單細胞RNA-seq資料分析| 康斯坦丁‧扎伊采夫，聖路易華盛頓大學
|
單細胞測序入門講座。 康斯坦丁討論了定序方法、實驗室工作和生物資訊分析中的困難以及克服這些困難的方法。
8. 利用奈米孔定序診斷肌肉營養不良症 | 帕維爾‧阿夫德耶夫，喬治華盛頓大學
|
使用牛津奈米孔技術進行定序具有可用於識別肌肉營養不良等疾病的遺傳原因的優勢。 帕維爾在演講中談到了診斷這種疾病的管道的開發。
9*。 基因組的圖形表示 | 伊利亞·明金，賓州州立大學
|
圖模型可以緊湊地表示大量相似的序列，並且經常用於基因組學。 Ilya 詳細講述如何使用圖重建基因組序列、如何以及為何使用 de Bruin 圖、這種「圖」方法在多大程度上提高了突變搜尋的準確性，以及使用圖仍然存在哪些未解決的問題。
10*。 有趣的蛋白質體學 | Pavel Sinitsyn，馬克斯普朗克生物化學研究所（2 部分）
, |,
蛋白質負責生物體中的大多數生化過程，迄今為止，蛋白質體學是同時對數千種蛋白質狀態進行全局分析的唯一方法。 解決的問題範圍令人印象深刻 - 從識別抗體和抗原到確定數千種蛋白質的定位。 在他的講座中，帕維爾談到了蛋白質體學的這些和其他應用、其當前的發展以及數據分析中的陷阱。
十一*。 分子模擬的基本原理 | 帕維爾·雅科夫列夫，BIOCAD
|
關於分子動力學的介紹理論講座：為什麼需要它、它的作用以及如何在藥物開發中使用它。 帕維爾關注分子動力學的方法、分子力的解釋、連結的描述、「力場」和「積分」的概念、建模的限制等等。
12*。 分子生物學和遺傳學| 尤里‧巴比托夫，生物資訊研究所
, , |
為工程專業學生和研究生介紹分子生物學和遺傳學，分為三個部分。 第一講討論現代生物學的概念、基因組結構問題和突變的發生。 第二部分詳細介紹了基因功能、轉錄和翻譯過程的問題，第三部分介紹了基因表現的調控和基本分子生物學方法。
13*。 NGS資料分析原理| 尤里‧巴比托夫，生物資訊研究所
|
該講座介紹了第二代測序（NGS）方法、其類型和特點。 講師詳細解釋了定序儀的資料「輸出」是如何建構的、如何轉換以供分析以及使用它的方法是什麼。
14*。 使用命令列，練習 | 根納季·扎哈羅夫，EPAM
有用的 Linux 命令列命令、選項及其使用基礎知識的實用概述。 這些範例著重於 DNA 序列的分析。 除了標準 Linux 操作（例如 cat、grep、sed、awk）之外，還考慮了用於處理序列的實用程式（samtools、bedtools）。
15*。 適合小朋友的數據視覺化 | Nikita Alekseev，ITMO 大學
|
每個人都有過展示自己的科學專案的結果或理解別人的圖表、圖表和圖片的經驗。 尼基塔（Nikita）講述如何正確解釋圖表和圖表，並強調其中的主要內容； 如何畫出清晰的圖畫。 講師也強調了閱讀文章或觀看廣告時要注意什麼。
16*。 生物資訊學職業| 維多利亞‧科爾佐娃，馬克斯‧普朗克生物化學研究所
視頻： , |
維多利亞談到了國外學術科學的結構，以及作為本科生、研究生或研究生想要在科學或工業界建立職業生涯需要注意什麼。
17*。 如何為科學家撰寫履歷 | 維多利亞‧科爾佐娃，馬克斯‧普朗克生物化學研究所
履歷中應保留哪些內容以及刪除哪些內容？ 潛在的實驗室經理會對哪些事實感興趣，哪些最好不要提及？ 您應該如何安排訊息以使您的履歷脫穎而出？ 講座將給出這些問題和其他問題的答案。
18*。 生物資訊市場如何運作| 安德烈·阿法納西耶夫，yRisk
|
市場如何運作以及生物資訊學家可以在哪裡工作？ 安德烈的演講中透過範例和建議詳細介紹了這個問題的答案。
Конец
您可能已經注意到，學校的講座主題相當廣泛 - 從分子建模和使用圖形進行基因組組裝，到單細胞分析和建立科學職業。 我們生物資訊研究所嘗試在學校課程中納入各種主題，以涵蓋盡可能多的生物資訊學學科，以便每個參與者都能學到新的有用的東西。
下一屆生物資訊學課程將於 29 年 3 月 2019 日至 XNUMX 月 XNUMX 日在莫斯科附近舉行。 。 今年的主題是發育生物學和老化研究中的生物資訊學。
對於那些想深入研究生物資訊學的人，我們仍然接受申請 在聖彼得堡。 或關注我們有關今年秋天在莫斯科開設該計畫的新聞。
對於那些不在聖彼得堡或莫斯科，但真正想成為生物資訊學家的人，我們已經準備好了 演算法、程式設計、遺傳學和生物學。
我們還有幾十個 ，您現在就可以開始查看。
2018年，生物資訊暑期學校在我們的固定合作夥伴——JetBrains、BIOCAD和EPAM公司的支持下舉辦，對此我們深表感謝。
大家生物資訊學！
PS如果覺得還不夠， и .
來源： www.habr.com