অ্যালগরিদম থেকে ক্যান্সার পর্যন্ত: বায়োইনফরমেটিক্সের উপর স্কুল থেকে বক্তৃতা

2018 সালের গ্রীষ্মে, সেন্ট পিটার্সবার্গের কাছে বায়োইনফরম্যাটিক্সের একটি বার্ষিক গ্রীষ্মকালীন স্কুল অনুষ্ঠিত হয়েছিল, যেখানে 100 জন স্নাতক এবং স্নাতক ছাত্র বায়োইনফরমেটিক্স অধ্যয়ন করতে এসেছিল এবং জীববিজ্ঞান ও ওষুধের বিভিন্ন ক্ষেত্রে এর ব্যবহার সম্পর্কে জানতে এসেছিল।

স্কুলের প্রধান ফোকাস ছিল ক্যান্সার গবেষণার উপর, কিন্তু বায়োইনফরমেটিক্সের অন্যান্য ক্ষেত্রগুলির উপর বক্তৃতা ছিল, বিবর্তন থেকে শুরু করে একক-কোষের সিকোয়েন্সিং ডেটা বিশ্লেষণ পর্যন্ত। সপ্তাহের ব্যবধানে, ছেলেরা পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং ডেটা নিয়ে কাজ করতে শিখেছে, পাইথন এবং আর-এ প্রোগ্রাম করা হয়েছে, স্ট্যান্ডার্ড বায়োইনফরমেটিক্স টুলস এবং ফ্রেমওয়ার্ক ব্যবহার করেছে, টিউমার অধ্যয়ন করার সময় সিস্টেম বায়োলজি, জনসংখ্যা জেনেটিক্স এবং ড্রাগ মডেলিংয়ের পদ্ধতির সাথে পরিচিত হয়েছে, এবং আরো অনেক কিছু.

নীচে আপনি একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ এবং স্লাইড সহ স্কুলে দেওয়া 18টি বক্তৃতার একটি ভিডিও পাবেন৷ একটি তারকাচিহ্ন "*" দিয়ে চিহ্নিত করা বেশ মৌলিক এবং পূর্ব প্রস্তুতি ছাড়াই দেখা যেতে পারে।



1*। অনকোজেনোমিক্স এবং ব্যক্তিগতকৃত অনকোলজি | মিখাইল পাইটনিটস্কি, বায়োমেডিকাল কেমিস্ট্রি গবেষণা ইনস্টিটিউট

ভিডিও | স্লাইড

মিখাইল টিউমার জিনোমিক্স সম্পর্কে সংক্ষিপ্তভাবে কথা বলেছেন এবং ক্যান্সার কোষের বিবর্তন কীভাবে বোঝা আমাদের অনকোলজিতে ব্যবহারিক সমস্যাগুলি সমাধান করতে দেয়। প্রভাষক অনকোজিন এবং টিউমার দমনকারীর মধ্যে পার্থক্য, "ক্যান্সার জিন" অনুসন্ধানের পদ্ধতি এবং টিউমারের আণবিক উপপ্রকার সনাক্তকরণের জন্য বিশেষ মনোযোগ দিয়েছেন। উপসংহারে, মিখাইল অনকোজেনোমিক্সের ভবিষ্যত এবং উদ্ভূত সমস্যাগুলির দিকে মনোযোগ দিয়েছেন।

2*। বংশগত টিউমার সিন্ড্রোমের জেনেটিক নির্ণয় | আন্দ্রে আফানাসিয়েভ, yRisk

ভিডিও | স্লাইড

আন্দ্রে বংশগত টিউমার সিন্ড্রোম সম্পর্কে কথা বলেছেন এবং তাদের জীববিজ্ঞান, মহামারীবিদ্যা এবং ক্লিনিকাল প্রকাশ নিয়ে আলোচনা করেছেন। বক্তৃতার অংশটি জেনেটিক পরীক্ষার ইস্যুতে উত্সর্গীকৃত - কাদের এটি করা দরকার, এর জন্য কী করা হয়েছে, ডেটা প্রক্রিয়াকরণ এবং ফলাফলগুলি ব্যাখ্যা করতে কী অসুবিধা দেখা দেয় এবং অবশেষে, এটি রোগী এবং তাদের আত্মীয়দের জন্য কী সুবিধা নিয়ে আসে। .

3*। প্যান-ক্যান্সার অ্যাটলাস | জার্মান ডেমিডভ, বিআইএসটি/ইউপিএফ

ভিডিও | স্লাইড

ক্যান্সার জিনোমিক্স এবং এপিজেনোমিক্সের ক্ষেত্রে কয়েক দশকের গবেষণা সত্ত্বেও, "কিভাবে, কোথায় এবং কেন টিউমার সিন্ড্রোম তৈরি হয়" প্রশ্নের উত্তর এখনও অসম্পূর্ণ। এর একটি কারণ হ'ল সীমিত ডেটা সেটে সনাক্ত করা কঠিন ছোট মাত্রার প্রভাবগুলি সনাক্ত করার জন্য বিপুল পরিমাণ ডেটার প্রমিত অধিগ্রহণ এবং প্রক্রিয়াকরণের প্রয়োজন (যে আকার এক বা একাধিক পরীক্ষাগারের মধ্যে একটি অধ্যয়নের জন্য সাধারণ) , কিন্তু যা সামগ্রিকভাবে ক্যান্সারের মতো জটিল এবং বহুমুখী রোগে একটি বিশাল ভূমিকা পালন করে।

গত কয়েক বছরে, বিশ্বের অনেক শক্তিশালী গবেষণা গোষ্ঠী, এই সমস্যা সম্পর্কে সচেতন, এই সমস্ত প্রভাবগুলি সনাক্ত এবং বর্ণনা করার প্রচেষ্টায় বাহিনীতে যোগ দিতে শুরু করেছে। হারম্যান এই বক্তৃতায় সেলের একটি বিশেষ সংখ্যায় প্রকাশিত গবেষণাগারের এই কনসোর্টিয়ামের কাজের অংশ হিসাবে এই উদ্যোগগুলির একটি (দ্য প্যানক্যান্সার অ্যাটলাস) এবং প্রাপ্ত ফলাফল সম্পর্কে কথা বলেছেন।

4. এপিজেনেটিক মেকানিজমের অধ্যয়নে চিআইপি-সেক | ওলেগ শপিনভ, জেটব্রেন রিসার্চ

ভিডিও | স্লাইড

জিনের অভিব্যক্তি নিয়ন্ত্রণ বিভিন্ন উপায়ে সঞ্চালিত হয়। তার বক্তৃতায়, ওলেগ হিস্টোন পরিবর্তনের মাধ্যমে এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণ সম্পর্কে কথা বলেছেন, এই প্রক্রিয়াগুলির অধ্যয়ন চিপ-সিক পদ্ধতি ব্যবহার করে এবং প্রাপ্ত ফলাফলগুলি বিশ্লেষণ করার পদ্ধতি।

5. ক্যান্সার গবেষণায় মাল্টিওমিক্স | Konstantin Okonechnikov, জার্মান ক্যান্সার গবেষণা কেন্দ্র

ভিডিও | স্লাইড

আণবিক জীববিজ্ঞানে পরীক্ষামূলক প্রযুক্তির বিকাশ কোষ, অঙ্গ বা এমনকি সমগ্র জীবের বিস্তৃত কার্যকরী প্রক্রিয়ার অধ্যয়নকে একত্রিত করা সম্ভব করেছে। জৈবিক প্রক্রিয়ার উপাদানগুলির মধ্যে সংযোগ স্থাপনের জন্য, মাল্টিওমিক্স ব্যবহার করা প্রয়োজন, যা জিনোমিক্স, ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স, এপিজেনোমিক্স এবং প্রোটিওমিক্স থেকে ব্যাপক পরীক্ষামূলক ডেটা একত্রিত করে। কনস্ট্যান্টিন পেডিয়াট্রিক অনকোলজির উপর ফোকাস রেখে ক্যান্সার গবেষণার ক্ষেত্রে মাল্টি-ওমিক্স ব্যবহারের স্পষ্ট উদাহরণ দিয়েছেন।

6. একক কোষ বিশ্লেষণের বহুমুখিতা এবং সীমাবদ্ধতা | কনস্ট্যান্টিন ওকোনেচনিকভ

ভিডিও | স্লাইড

একক-কোষ RNA-seq এবং এই ডেটা বিশ্লেষণ করার পদ্ধতিগুলির উপর আরও বিস্তারিত বক্তৃতা, সেইসাথে সেগুলি অধ্যয়ন করার সময় সুস্পষ্ট এবং লুকানো সমস্যাগুলি কাটিয়ে ওঠার উপায়।

7. একক-কোষ RNA-seq ডেটা বিশ্লেষণ | কনস্ট্যান্টিন জাইতসেভ, সেন্ট লুইসের ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়

ভিডিও | স্লাইড

একক কোষের সিকোয়েন্সিং সম্পর্কে সূচনামূলক বক্তৃতা। কনস্ট্যান্টিন সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি, পরীক্ষাগারের কাজ এবং জৈব তথ্যবিজ্ঞান বিশ্লেষণে অসুবিধা এবং সেগুলিকে অতিক্রম করার উপায় নিয়ে আলোচনা করেছেন।

8. ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে পেশীবহুল ডিস্ট্রোফির নির্ণয় | পাভেল আভদেভ, জর্জ ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়

ভিডিও | স্লাইড

অক্সফোর্ড ন্যানোপোর প্রযুক্তি ব্যবহার করে সিকোয়েন্সিংয়ের সুবিধা রয়েছে যা পেশীবহুল ডিস্ট্রোফির মতো রোগের জেনেটিক কারণ সনাক্ত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। তার বক্তৃতায়, পাভেল এই রোগ নির্ণয়ের জন্য একটি পাইপলাইনের উন্নয়ন সম্পর্কে কথা বলেছেন।

9*। জিনোমের গ্রাফ উপস্থাপনা | ইলিয়া মিনকিন, পেনসিলভানিয়া স্টেট ইউনিভার্সিটি

ভিডিও | স্লাইড

গ্রাফ মডেলগুলি বিপুল সংখ্যক অনুরূপ ক্রমগুলির কম্প্যাক্ট উপস্থাপনাকে অনুমতি দেয় এবং প্রায়শই জিনোমিক্সে ব্যবহৃত হয়। ইলিয়া কীভাবে গ্রাফ ব্যবহার করে জিনোমিক সিকোয়েন্সগুলি পুনর্গঠন করা হয়, কীভাবে এবং কেন ডি ব্রুইন গ্রাফ ব্যবহার করা হয়, এই ধরনের একটি "গ্রাফ" পদ্ধতি কতটা মিউটেশন অনুসন্ধানের নির্ভুলতা বাড়ায় এবং গ্রাফের ব্যবহারে কী অমীমাংসিত সমস্যা এখনও রয়ে গেছে সে সম্পর্কে বিস্তারিতভাবে কথা বলেছেন।

10* বিনোদনমূলক প্রোটিওমিক্স | পাভেল সিনিটসিন, ম্যাক্স প্ল্যাঙ্ক ইনস্টিটিউট অফ বায়োকেমিস্ট্রি (2 অংশ)

1 ভিডিওগুলি, 2 ভিডিওগুলি |স্লাইড 1, স্লাইড 2

প্রোটিন একটি জীবন্ত জীবের বেশিরভাগ জৈব রাসায়নিক প্রক্রিয়ার জন্য দায়ী, এবং এখন পর্যন্ত প্রোটিওমিক্স হল একযোগে হাজার হাজার প্রোটিনের অবস্থার বৈশ্বিক বিশ্লেষণের একমাত্র পদ্ধতি। সমাধান করা সমস্যার পরিসীমা চিত্তাকর্ষক - অ্যান্টিবডি এবং অ্যান্টিজেন সনাক্ত করা থেকে শুরু করে কয়েক হাজার প্রোটিনের স্থানীয়করণ নির্ধারণ করা পর্যন্ত। তার বক্তৃতায়, পাভেল এই এবং প্রোটিওমিক্সের অন্যান্য প্রয়োগ, এর বর্তমান বিকাশ এবং ডেটা বিশ্লেষণে ক্ষতি সম্পর্কে কথা বলেছেন।

এগারো*। আণবিক সিমুলেশনের মৌলিক নীতি | পাভেল ইয়াকভলেভ, বায়োক্যাড

ভিডিও | স্লাইড

আণবিক গতিবিদ্যার পরিচায়ক তাত্ত্বিক বক্তৃতা: কেন এটি প্রয়োজন, এটি কী করে এবং কীভাবে এটি ওষুধের বিকাশের ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়। পাভেল আণবিক গতিবিদ্যার পদ্ধতি, আণবিক শক্তির ব্যাখ্যা, সংযোগের বর্ণনা, "ফোর্স ফিল্ড" এবং "একীকরণ" এর ধারণা, মডেলিংয়ের সীমাবদ্ধতা এবং আরও অনেক কিছুতে মনোযোগ দিয়েছেন।

12*। আণবিক জীববিজ্ঞান এবং জেনেটিক্স | ইউরি বারবিটভ, বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউট

1 ভিডিওগুলি, 2 ভিডিওগুলি, 3 ভিডিওগুলি | স্লাইড

ইঞ্জিনিয়ারিং ছাত্র এবং স্নাতকদের জন্য আণবিক জীববিজ্ঞান এবং জেনেটিক্সের একটি তিন-অংশের ভূমিকা। প্রথম বক্তৃতায় আধুনিক জীববিজ্ঞানের ধারণা, জিনোম গঠনের সমস্যা এবং মিউটেশনের ঘটনা নিয়ে আলোচনা করা হয়েছে। দ্বিতীয়টি জিনের কার্যকারিতা, ট্রান্সক্রিপশন এবং অনুবাদের প্রক্রিয়াগুলি বিস্তারিতভাবে কভার করে, তৃতীয়টি জিনের প্রকাশের নিয়ন্ত্রণ এবং মৌলিক আণবিক জৈবিক পদ্ধতিগুলিকে কভার করে।

13*। এনজিএস ডেটা বিশ্লেষণের মূলনীতি | ইউরি বারবিটভ, বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউট

ভিডিও | স্লাইড

লেকচারটি সেকেন্ড জেনারেশন সিকোয়েন্সিং (এনজিএস) পদ্ধতি, তাদের ধরন এবং বৈশিষ্ট্য বর্ণনা করে। লেকচারার বিস্তারিতভাবে ব্যাখ্যা করেন যে কীভাবে সিকোয়েন্সার থেকে ডেটা "আউটপুট" গঠন করা হয়, কীভাবে এটি বিশ্লেষণের জন্য রূপান্তরিত হয় এবং এটির সাথে কাজ করার উপায় কী।

14* কমান্ড লাইন ব্যবহার করে, অনুশীলন করুন | গেনাডি জাখারভ, ইপিএএম

ভিডিও

কমান্ড লাইনের দরকারি কমান্ডগুলোর একটি ব্যবহারিক পর্যালোচনা Linuxবিকল্পসমূহ এবং সেগুলোর ব্যবহারের প্রাথমিক বিষয়াবলী। উদাহরণগুলো ক্রমবিন্যস্ত ডিএনএ অনুক্রমের বিশ্লেষণের উপর কেন্দ্র করে দেওয়া হয়েছে। সাধারণ কার্যক্রম ছাড়াও Linux সিকোয়েন্স নিয়ে কাজ করার জন্য ইউটিলিটি (যেমন: cat, grep, sed, awk) এবং samtools, bedtools বিবেচনা করা হয়।

15*। ছোটদের জন্য ডেটা ভিজ্যুয়ালাইজেশন | নিকিতা আলেকসিভ, আইটিএমও বিশ্ববিদ্যালয়

ভিডিও | স্লাইড

প্রত্যেকেরই তাদের নিজস্ব বৈজ্ঞানিক প্রকল্পের ফলাফল চিত্রিত করার বা অন্য লোকের ডায়াগ্রাম, গ্রাফ এবং ছবি বোঝার অভিজ্ঞতা রয়েছে। নিকিতা বলেছিলেন কীভাবে সঠিকভাবে গ্রাফ এবং ডায়াগ্রামগুলিকে ব্যাখ্যা করতে হয়, তাদের থেকে মূল জিনিসটি হাইলাইট করে; কিভাবে পরিষ্কার ছবি আঁকতে হয়। প্রভাষক একটি নিবন্ধ পড়ার বা একটি বিজ্ঞাপন দেখার সময় কি লক্ষ্য করা উচিত তা জোর দিয়েছেন।

16*। বায়োইনফরমেটিক্সে ক্যারিয়ার | ভিক্টোরিয়া কোরজোভা, ম্যাক্স প্ল্যাঙ্ক ইনস্টিটিউট অফ বায়োকেমিস্ট্রি

ভিডিও: 1, 2 | স্লাইড

ভিক্টোরিয়া বিদেশে একাডেমিক বিজ্ঞানের কাঠামো এবং একজন স্নাতক, স্নাতক বা স্নাতক ছাত্র হিসাবে বিজ্ঞান বা শিল্পে ক্যারিয়ার গড়তে আপনাকে কী মনোযোগ দিতে হবে সে সম্পর্কে কথা বলেছেন।

17*। কিভাবে একজন বিজ্ঞানীর জন্য সিভি লিখবেন | ভিক্টোরিয়া কোরজোভা, ম্যাক্স প্ল্যাঙ্ক ইনস্টিটিউট অফ বায়োকেমিস্ট্রি

ভিডিও

সিভিতে কী রাখবেন এবং কী অপসারণ করবেন? সম্ভাব্য ল্যাব ম্যানেজারের কাছে কোন তথ্যগুলি আগ্রহের বিষয় হবে এবং কোনটি উল্লেখ না করাই ভালো? আপনার জীবনবৃত্তান্তকে আলাদা করে তুলতে আপনার কীভাবে তথ্য সাজানো উচিত? বক্তৃতা এই এবং অন্যান্য প্রশ্নের উত্তর দিতে হবে.

18*। বায়োইনফরমেটিক্স মার্কেট কিভাবে কাজ করে | আন্দ্রে আফানাসিয়েভ, yRisk

ভিডিও | স্লাইড

বাজার কিভাবে কাজ করে এবং একজন বায়োইনফরমেটিশিয়ান কোথায় কাজ করতে পারে? এই প্রশ্নের উত্তর আন্দ্রেয়ের বক্তৃতায় উদাহরণ এবং পরামর্শ সহ বিস্তারিতভাবে উপস্থাপন করা হয়েছে।

শেষ

আপনি হয়তো লক্ষ্য করেছেন, স্কুলে বক্তৃতাগুলি বিষয়গুলিতে বেশ বিস্তৃত - আণবিক মডেলিং এবং জিনোম সমাবেশের জন্য গ্রাফের ব্যবহার থেকে, একক কোষের বিশ্লেষণ এবং একটি বৈজ্ঞানিক ক্যারিয়ার তৈরি করা। বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউটে আমরা যতটা সম্ভব বায়োইনফরম্যাটিক্সের বিষয়গুলিকে কভার করার জন্য স্কুলের প্রোগ্রামে বিভিন্ন বিষয় অন্তর্ভুক্ত করার চেষ্টা করি, এবং যাতে প্রতিটি অংশগ্রহণকারী নতুন এবং দরকারী কিছু শিখতে পারে।

বায়োইনফরমেটিক্সের পরবর্তী স্কুলটি মস্কোর কাছে 29 জুলাই থেকে 3 আগস্ট, 2019 পর্যন্ত অনুষ্ঠিত হবে। স্কুল 2019-এর জন্য তালিকাভুক্তি এখন 1 মে পর্যন্ত খোলা আছে. এই বছরের বিষয় হবে উন্নয়নমূলক জীববিজ্ঞান এবং বার্ধক্য গবেষণায় বায়োইনফরমেটিক্স।

যারা বায়োইনফরমেটিক্স গভীরভাবে অধ্যয়ন করতে চান, আমরা এখনও আমাদের জন্য আবেদন গ্রহণ করছি পূর্ণ-সময়ের বার্ষিক প্রোগ্রাম সেন্ট পিটার্সবার্গে। অথবা এই শরতে মস্কোতে প্রোগ্রামের উদ্বোধন সম্পর্কে আমাদের সংবাদ অনুসরণ করুন।

যারা সেন্ট পিটার্সবার্গ বা মস্কোতে নন, কিন্তু সত্যিই একজন বায়োইনফরমেটিশিয়ান হতে চান তাদের জন্য আমরা প্রস্তুত করেছি বই এবং পাঠ্যপুস্তকের তালিকা অ্যালগরিদম, প্রোগ্রামিং, জেনেটিক্স এবং জীববিজ্ঞানে।

আমরা ডজন ডজন আছে Stepik-এ খোলা এবং বিনামূল্যে অনলাইন কোর্স, যা আপনি এখনই শুরু করতে পারেন।

2018 সালে, বায়োইনফরমেটিক্সের গ্রীষ্মকালীন স্কুলটি আমাদের নিয়মিত অংশীদারদের সহায়তায় অনুষ্ঠিত হয়েছিল - জেটব্রেইনস, BIOCAD এবং EPAM কোম্পানি, যার জন্য আমরা তাদের অনেক ধন্যবাদ জানাই।

বায়োইনফরমেটিক্স সবাই!

PS যদি আপনি মনে করেন না এটি যথেষ্ট ছিল, এখানে শেষের আগে স্কুল থেকে বক্তৃতা সহ একটি পোস্ট и গত বছর আগে আরও কয়েকটি স্কুল.

উত্স: www.habr.com